Mikroprostředí hraje významnou roli v patogenezi lymfomu a jeho prognóze. Vzhledem k úzké interakci mezi imunitním systémem a střevní mikrobiotou není překvapením, že některé lymfomy (např. mucosa-associated lymphoid tissue- MALT lymfom žaludku ad.) jsou prokazatelně způsobeny přítomností specifických typů baktérií. Hlavním cílem navrhovaného projektu je získat nové poznatky o složení, vlivu a odlišnostech mikrobiomu u pacientů s nitroočním lymfomem, lymfomem CNS a s dalšími typy lymfomů, a popsat jejich vztah i vzhledem k jejich molekulárně genetické charakteristice. K dosažení těchto cílů bude využita analýza vlastní nádorové tkáně, nitroočních tekutin, likvoru, séra a mikrobiomu pacientů s lymfomem, a experimentální model nitroočního lymfomu u myši. Výsledky získané z pokusů na experimentálním modelu budou porovnány s klinickým výzkumem u pacientů. Získané poznatky přispějí k navržení nového diagnostického a léčebného protokolu lymfomu v humánní medicíně.; Microenvironment plays a significant role in the lymphoma pathogenesis and prognosis. Since there is such a close interaction between the immune system and the intestinal microbiota, it is not surprising that some lymphomas such as mucosa-associated lymphoid tissue, i.e. MALT gastric lymphoma have been shown to be caused by the presence of certain specific bacteria. The main aim of this project is to gain new knowledge of the composition, influence and differences in microbiome in patients with intraocular, CNS and other types of lymphoma, and to define their relationship and molecular biological characteristics. To achieve these goals, analysis of tumour tissue, intraocular fluids, CSF, serum and microbiome of patients with lymphoma, and experimental murine model of lymphoma, will be used. The experimental results will be compared to those from clinical research of patients with lymphoma. The acquired data will contribute to the definition of new diagnostic and therapeutic strategies in human lymphoma.

• Keywords
• microRNA, microRNA, mikrobiom, microbiome, DLBCL, DLBCL, lymfom, lymphoma, mikrobiota, microbiota, vitreoretinální lymfom, MALT, CNS lymfom, vitreoretinal lymphoma, MALT, CNS lymphoma,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Mikroprostředí nádoru hraje důležitou roli v jeho progresi, metastazování a terapeutické rezistenci. Součástí mikroprostředí glioblastoma multiforme (GBM) jsou často pozorované hypoxické oblasti přispívající k vysoce malignímu fenotypu těchto nádorů, což zhoršuje jak prognózu přežití, tak odpovídavost na terapii. Projekt se bude zabývat 1) stanovením exprese vybraných hypoxických markerů a markerů invazivity v rámci relevantních signálních drah podílejících se na progresi GBM z odebraného vzorku u konkrétních pacientů, 2) retrospektivním a prospektivním zhodnocením klinických dat (overall survival, progression-free survival, response rate) vybraných pacientů s diagnózou GBM s ohledem na předchozí léčbu. Výstupem projektu bude stanovení přítomnosti a úrovně exprese výše uvedených molekul u GBM pacientů léčených odlišnými terapeutickými přístupy a určení korelace mezi signalizací indukovanou hypoxií a odpovídavostí pacientů na konkrétní terapeutické protokoly. Mezi stanovovanými molekulami identifikovat potenciální biomarker(y) progrese GBM použitelné v klinické diagnostice a praxi.; Tumor microenvironment plays an important role in progression, metastasis and therapeutic resistance. Microenvironment of glioblastoma multiforme (GBM) often contains observable hypoxic regions contributing to malignant phenotype, resulting in poor patient survival prognosis and responsiveness to therapy. The proposed project will aim 1) to determine the expression patterns of markers of hypoxia and invasiveness contributing to GBM progression in tumor samples obtained from particular patients 2) retrospective and prospective analyses of clinical data (overall survival, progression-free survival, response rate) in selected GBM patients related to their previous therapy. The outcomes of the project include determination of expression of the above-mentioned molecules in GBM patients treated with different therapeutic protocols, definition of correlation between hypoxia and responsiveness of patients to the therapeutic protocols. Furthermore, amongst analyzed molecules the project seeks to identify potential biomarker(s) of GBM progression applicable in clinical diagnostics and therapy.

• Keywords
• signalizace, diagnostika, mikroprostředí, microenvironment, diagnostics, Glioblastoma multiforme, signaling, hypoxie, Hypoxia, glioblastoma multiforme, invazivita, prognostické a prediktivní markery, invasiveness, prognostic and predictive markers,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Spinocelulární karcinomy hlavy a krku (HNSCC) jsou pátým nejčastějším solidním nádorem. Prozatím bohužel nebylo dosaženo zlepšení v přežívání pacientů s HNSCC, což je důsledek nedostatku markerů terapeutické odpovědi a vzniku rezistence k léčbě. Rezistence může být významně podpořena fibroblasty asociovanými s nádorem (CAF), které vylučují faktory umožňující přežívání nádorových buněk. Mnohé jsou obsaženy v exosomech. Exosomy uvolňované z CAFs v nádorovém mikroprostředí mohou zvyšovat invazivní chování nádorových buněk a jejich rezistenci. Uvnitř exosomů byla prokázána přítomnost mnoha typů RNA. V tomto projektu chceme prozkoumat obsah RNA v exosomech produkovaných CAF pomocí sekvenování nové generace. Chceme testovat význam exosomálních RNA jako biomarkerů pro klinicky relevantní charakteristiky pacientů s HNSCC indikovaných pro chirurgický zákrok a adjuvantní chemoterapii. Dále bychom chtěli sestavit panel exozomálních RNA, které lze detekovat v žilní krvi pacientů, které reflektují přítomnost maligního tumoru a fenotypu rezistentního k terapii.; Head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) are the fifth most common solid cancer. Unfortunately, no significant improvement has been achieved in HNSCC patient survival due to unpredictable therapy response and therapy resistance which may be significantly supported by cancer-associated fibroblasts (CAFs). CAFs can promote HNSCC by secreting factors with pro-survival effect. Many of these factors may be contained in exosomes. Exosomes released from CAFs in the tumour microenvironment may increase the invasive behaviour of cancer cells and therapy resistance. The presence of many types of RNA within exosomes has been proven. We want to investigate the RNA cargo within CAFs-derived exosomes by using Next-Gen Sequencing. We will test exosomal RNA as biomarkers for clinically relevant characteristics of HNSCC patients indicated for curative surgery and adjuvant chemotherapy. We will compile a panel of exosomal RNAs which can be detected in the venous blood of HNSCC patients and reflect the presence of a malignant tumour and treatment-resistant phenotype.

• Keywords
• sekvenování nové generace, Spinocelulární karcinomy v oblasti hlavy a krku, exosomes, Exosomy, head and neck cancer, fibroblasty asociované s nádorem, kódující a nekódující RNA, cancer-associated fibroblasts, coding and non-coding RNA, Next-Gen Sequencing,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Multiformní glioblastom (GBM) je běžný maligní nádor mozku u dospělých a navzdory agresivní léčbě zůstává prakticky nevyléčitelný se špatnou prognózou a mediánem přežití 12 měsíců po resekci, radioterapii a chemoterapii. Terapeutické přístupy k imunoterapii GBM mají omezenou úspěšnost, zejména v důsledku chráněné bariéry mozku a imunosupresivního mikroprostředí nádoru. Nový výzkum naznačuje možnost použití imunitních efektorových buněk, které účinně zničí maligní GBM buňky. Naše předchozí studie ukázala, že vrozené gamma-delta (gd) T buňky byly vysoce reaktivní na nádor GBM. Cílem navrhovaného projektu je buněčná a molekulární analýza gd T buněk u pacientů před a během léčby včetně podrobné charakterizace jejich interakcí s GBM buňkami a identifikace významných markerů v mikroprostředí nádorů, které jsou odpovědné za rezistenci na terapii a relapsu onemocnění. Současné výzkumné záměry zaměřené na odstranění reziduálních nádorových buněk pomocí gd T buněk poskytují platformu pro imunoterapii GBM.; Glioblastoma multiforme (GBM) is the common malignant brain tumour in adults and despite aggressive treatment it remains virtually incurable with a poor prognosis and median survival of 12 months following resection, radiotherapy and chemotherapy. Therapeutic approaches to GBM immunotherapy have had limited success, principally due to the protected brain barrier and the immunosuppressive tumour microenvironment. New research indicates the possibility of using immune effector cells that effectively destroy malignant GBM cells. Our previous study showed innate gamma-delta (gd) T cells were highly reactive to GBM tumour. The aim of the proposed project is cellular and molecular analyses of gd T cells in patients before and during treatment, including the detailed characterization of their interactions with GBM cells and identification of significant markers within the tumour microenvironment responsible for therapy resistance and relapse of the disease. The current research interests aiming to eliminate residual tumour cells by gd T cells provide a platform for GBM immunotherapy.

• Keywords
• tumour microenvironment, nádorové mikroprostředí, glioblastoma, glioblastom, Gammadelta T buňky, Gammadelta T cells,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Publikace se zaměřuje na různé aspekty melanomu, včetně mikroprostředí, rezistence a terapie. Určeno odborné veřejnosti.; Publikace mapuje problematiku melanomu od vzniku melanocytů z buněk neurální lišty, vliv embryonálního prostředí na melanocyty a nádorové melanocyty až po vznik melanomu.

• MeSH
• Melanoma MeSH
• Tumor Microenvironment MeSH
• Publication type
• Monograph MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie

• MeSH
• Biology MeSH
• Genetics, Medical MeSH
• Molecular Medicine MeSH

• Conspectus
• Lékařské vědy. Lékařství
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NML Fields
• biologie
• NML Publication type
• učebnice vysokých škol

Imunoterapie představuje v současné době nejvíce se rozvíjející léčebnou modalitu v onkologii. Efekt checkpoint inhibitorů není omezen na typ nádoru, ale je patrný v celém spektru solidních nádorů (maligní melanom, nádory plic, tumor ledviny, nádory močového měchýře, nádory hlavy a krku, jícnu, žaludku, MSI tumory atd.). Mechanismus účinku imunoterapie spočívá v ovlivnění interakce mezi vlastními imunitními buňkami pacienta a buňkami nádoru. Podle typu nádoru je účinná ale jen u 20-40% pacientů. Proto je zásadně nutné hledat potenciální biomarkery, které by mohly pomoci predikovat odpověď na léčbu imunoterapií. Cílem projektu je na základě genomové analýzy, proteomiky, hodnocení nádorové tkáně, jejího mikroprostředí a imunoprofilu stanovit komplexní profil různých solidních nádorů a korelovat ho s odpovědí na léčbu. Nedílnou součástí je hledání zástupného markeru z periferní krve, který by byl spojen s odpovědí na léčbu a eventuálně umožnil monitoraci efektu terapie během léčby.; Immunotherapy is currently the most evolving treatment modality in oncology. The checkpoint inhibitors efficacy is not limited to the tumor tissue-type, but is evident in the broad range of solid tumors (malignant melanoma, lung, kidney, bladder, head and neck, esophageal, stomach cancer, MSI tumors etc.). Its mechanism of action is to influence the interaction between the patient's own immune system and the tumor. Depending on the type of tumor, immunotherapy is effective only in 20-40% of patients. Therefore, it is crucial to seek for potential biomarkers that could help to predict the response to immunotherapy treatment. The aim of our project is to determine the complex profile of various solid tumors based on genomic analysis, proteomics, evaluation of tumor tissue, its microenvironment and immuneprofile and to correlate it with the response to treatment. An integral part of the research is searching for a peripheral blood surrogate marker associated with treatment response and eventually allowing the monitoring of the therapy efficacy during the treatment.

• Keywords
• biomarker, biomarker, imunoterapie, immunotherapy, prognostic factors, checkpoint inhibitory, prognostické faktory, imunoprofil, checkpoint inhibitors, immunoprofiling, solid tumors, solidní nádory,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Většinu (asi 70 %) maligních epitelových nádorů ovaria představují high grade serózní karcinomy. Na druhém místě jsou s ohledem na incidenci endometroidní a světlobuněčné karcinomy (každý asi 10 %) následované low grade serózními (< 5 %) a mucinózními karcinomy (< 3 %). Tyto nádory však i přes nízkou incidenci představují závažný problém, zejména s ohledem na léčebné možnosti pokročilých nádorů. V současné době spolu s nástupem nových léčebných možností (cílená léčba, imunoterapie) nabývá na významu co nejpodrobnější charakterizace jednotlivých nádorů, která umožní nejen stanovení prognózy, ale případně i predikuje odpověď na léčbu. Charakterizace vzácných typů epitelových nádorů ovaria je však na komplexní úrovni zahrnující nejen hodnocení morfologických a imunohistochemických rysů, ale i genetických změn či hodnocení nádorového mikroprostředí limitovaná, zejména v souvislosti s jejich nízkou incidencí. Studie věnujících se této problematice jsou poměrně vzácné, často s omezeným počtem případů i hodnocenými parametry.; Most (about 70%) malignant epithelial ovarian tumors are high grade serous carcinomas. The second most frequent are endometrioid and clear cell carcinomas (approximately 10% each), followed by low grade serous (<5%) and mucinous carcinomas (<3%). However, these tumors, despite low incidence, pose a serious problem, especially regarding the therapeutic potential of advanced tumors. Currently, along with the emergence of new treatment options (targeted therapy, immunotherapy), the detailed characterization of individual tumors is important, allowing not only assessment of prognosis but also predicting the response to the therapy. However, the characterization of rare types of ovarian epithelial tumors including not only assessment of morphological and immunohistochemical features, but also to genetic and epigenetic changes or the assessment of tumor microenvironment, is limited. This is due to their low incidence, and studies dealing with this problem are relatively rare, often assessing only limited range of parameters.

• Keywords
• genetika, immunohistochemistry, genetics, ovarian tumors, nádory ovaria, mucinózní karcinom, low grade serózní karcinom, světlobuněčný karcinom, immunohistochemie, tumor infiltrující lymfocyty, mikrosatelitová instabilita, mucinous carcinoma, low grade serous carcinoma, clear cell carcinoma, tumor infiltrating lymphocytes, microsatellite instability,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

V posledních letech došlo v oblasti protinádorové imunoterapie k mnoha pokrokům a u některých solidních tumorů a hematoonkologických malignit k zavedení této terapie do terapeutických protokolů. Tumor infiltrující T lymfocyty (TILs) existují v závislosti na typu signálů vycházejících z nádorového mikroprostředí v různých funkčních stavech. Nejčastějším typem protinádorové imunoterapie je cílení na inhibiční molekuly imunitních kontrolních bodů jako je např. PD-1 exprimovaný na CD8+ T lymfocytech. Anti PD-1 protilátky jsou účinné v léčbě nemalobuněčných karcinomů plic (NSCLC), renálních karcinomů nebo melanomů. Až u 60-70 % případů se však vyvine rezistence. Selhání imunoterapie se přičítá mnoha faktorům, např. nízké antigenicitě nádorových buněk, lokální imunosupresi či heterogenitě nádoru. V poslední době se zdůrazňuje role dalšího faktoru, ovlivňujícího efekt imunoterapie a chemoterapie: mikrobiota, zejména mikrobiom GIT, mají na imunitní systém silný modulační efekt. Je tedy pravděpodobné, že dysbióza nebo antibiotická léčba mohou rezistenci na protinádorovou léčbu ovlivnit.; During the recent years, cancer immunotherapy has been rediscovered and in some cases of solid and haematological tumours also successfully implemented into the therapeutic strategy. Tumour infiltrating T lymphocytes exists in different functional status, according to different signals arising from tumour microenvironment. The most widely used therapy is targeting immune checkpoint inhibitors like PD-1 expressed on CD8+ T lymphocytes. Anti PD-1 antibodies are effective against non-small cell lung cancer (NSCLC), renal cell carcinoma or advanced melanoma. However, primary resistance was observed in 60-70% of cases. Failure of anticancer therapy is due to many factors as poor intrinsic antigenicity of tumour cells, local immunosuppression or heterogeneity of cancer clones. Recent studies highlighted another key player involved in efficacy of cancer immunotherapy and chemotherapy: microbiota, particularly gut microbioma have strong modulatory effect to immune system. Therefore, dysbiosis or concomitant antibiotic treatment could also influence primary resistance in cancer patients.

• Keywords
• mikrobiom, antibiotika, antibiotics, imunoterapie, immunotherapy, microbioma, probiotika, Probiotics, tumor infiltrující lymfocyty, tumor infiltrating lymphocytes, non small cell lung cancer, nemalobuněčný karcinom plic,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Nekanonické struktury DNA vyskytující se v regulačních oblastech lidského genomu, jako jsou DNA i-motivy, DNA G-kvadruplexy a dvou-řetězcové úseky DNA obsahující nepárující se báze či abazická místa, jsou důležitými cíli pro vývoj protinádorových léčiv. Současné postupy pro identifikaci cílových struktur DNA a vývoj DNA vazebných ligandů (léčiv) nezohledňují vliv specifického vnitrobuněčného prostředí nádorových buněk a neumožňují jednoznačně určit, zda-li je léčivem vyvolaný fenotyp následkem přímé interakce ligandu s vybranou cílovou strukturou DNA. Tyto nedostatky v procesu identifikace cílů protinádorové terapie a vývoje příslušných léčiv mají za následek: i) vysoký podíl potenciálních léčiv, které neuspějí v preklinických testech, ii) nežádoucí vedlejší účinky již zavedených léčiv v klinické praxi a iii) klinické projevy necitlivosti/resistence rakovinných buněk k danému léčivu.; Non-canonical DNA structures in regulatory regions of the human genome, such as DNA i-motifs, DNA G-quadruplexes, and mismatch/abasic sites containing double stranded DNAs, are important therapeutic targets for design and development of anti-cancer drugs. Currently established procedures for the identification of DNA targets and development of DNA-binding ligands/drugs are either based on data that abstracts from the influence of the specific intracellular microenvironment of cancer cells or on data that do not connect the ligand-induced biological phenotype to the direct action of the ligand on the desired DNA target. These shortcomings in the process of the therapeutic target identification as well as in the process of the drug development constitute significant source of bias being in part responsible for: i) high failure-rate of potential drugs in pre-clinical trials, ii) undesirable side-affects of drugs encountered in clinical practice, and iii) clinical manifestations of cancer cells’ drug insensitivity/resistance.

• Keywords
• non-B DNA, in-cell NMR spectroscopy, léčiva vazající DNA, interakce léčivo-DNA in vivo, DNA binding drugs, non-B DNA, in-cell NMR spectroscopy, DNA-ligand interactions in vivo,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR