Molecular networking connects mass spectra of molecules based on the similarity of their fragmentation patterns. However, during ionization, molecules commonly form multiple ion species with different fragmentation behavior. As a result, the fragmentation spectra of these ion species often remain unconnected in tandem mass spectrometry-based molecular networks, leading to redundant and disconnected sub-networks of the same compound classes. To overcome this bottleneck, we develop Ion Identity Molecular Networking (IIMN) that integrates chromatographic peak shape correlation analysis into molecular networks to connect and collapse different ion species of the same molecule. The new feature relationships improve network connectivity for structurally related molecules, can be used to reveal unknown ion-ligand complexes, enhance annotation within molecular networks, and facilitate the expansion of spectral reference libraries. IIMN is integrated into various open source feature finding tools and the GNPS environment. Moreover, IIMN-based spectral libraries with a broad coverage of ion species are publicly available.
- MeSH
- hmotnostní spektrometrie metody MeSH
- internet MeSH
- ionty chemie metabolismus MeSH
- metabolické sítě a dráhy * MeSH
- metabolomika metody MeSH
- molekulární struktura MeSH
- reprodukovatelnost výsledků MeSH
- software MeSH
- výpočetní biologie metody MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
- Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S. MeSH
- MeSH
- alkaloidy biosyntéza MeSH
- Bacteria genetika metabolismus MeSH
- biosyntéza peptidů nezávislá na nukleových kyselinách MeSH
- databáze genetické MeSH
- genetické markery MeSH
- houby genetika metabolismus MeSH
- metagenom MeSH
- mezinárodní spolupráce MeSH
- multigenová rodina * MeSH
- peptidy metabolismus MeSH
- polyketidy metabolismus MeSH
- polysacharidy biosyntéza MeSH
- proteosyntéza * MeSH
- rostliny genetika metabolismus MeSH
- terminologie jako téma MeSH
- terpeny metabolismus MeSH
- výpočetní biologie normy MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S. MeSH
