Cíl: Zjistit výskyt potenciálně patogenních druhů babesií pro člověka v klíšťatech a v krvi psů a jelenů ve vybraných regionech České republiky. Prevalenci Babesia spp. v klíšťatech porovnat s výskytem jiných patogenů přenášených klíšťaty jako Borrelia spp., Anaplasma spp., Rickettsia spp. Materiál a metody: Vzorky klíšťat byly jednotlivě homogenizovány, ze vzorků klíšťat a krve živočichů provedena izolace DNA. Detekce Babesia spp. byla stanovena metodou PCR 18S rRNA genu a sekvenační analýzou PCR produktů určeny jednotlivé druhy babesií. Výsledky: V letech 2014–2016 byla analyzována klíšťata a krev psů a jelenů na různých místech České republiky. Ze souboru 675 klíšťat Ixodes ricinus dosahovala pozitivita na přítomnost Babesia spp. hodnot od 0,0 do 3,3 %. Sekvenační analýzou byly v klíšťatech identifikovány druhy Babesia venatorum, Babesia microti (patogenní druhy pro člověka) a druh Babesia capreoli. Prevalence Babesia spp. v klíšťatech byla v porovnání s výskytem jiných patogenů jako Borrelia burgdorferi s. l. (29,3 %), Anaplasma phagocytophilum (4,9 %) nižší a srovnatelná s Rickettsia spp. (1,6 %). U třetiny pozitivních klíšťat na babesie byla zjištěna koinfekce s Borrelia burgdorferi s. l. (B. venatorum – Borrelia garinii, Borrelia afzelii a B. microti – B. afzelii). Ze 109 vzorků krve psů bylo 3,7 % pozitivních na Babesia spp. s výskytem druhů Babesia gibsoni a Babesia vulpes. Z 50 vzorků krve jelenů z přírodního ekosystému dosahovala pozitivita 4,0 %. Identifikován byl druh Babesia divergens, nejvíce patogenní druh Babesia spp. pro člověka. Z 80 vzorků krve jelenů chovaných na farmách bylo pozitivních 5,0 % s výskytem druhu Babesia odocoilei. Nukleotidové sekvence babesií způsobujících humánní babesiózu byly zaslány do genové banky a přijaty pod čísly ON892053 (B. venatorum), ON892061 (B. microti), ON892067 (B. divergens). Závěr: Metodou PCR 18S rRNA genu a sekvenací amplikonů byly na území České republiky detekovány tři druhy babesií patogenních pro člověka: B. divergens, B. venatorum, B. microti. Výskyt těchto druhů babesií znamená potenciální riziko onemocnění babesiózou, zejména pro asplenické a imunokompromitované pacienty. Zjištěné koinfekce s Borrelia burgdorferi s. l. mohou být příčinou komplikovaného průběhu onemocnění.
Aim: To determine the occurrence of species of Babesia potentially pathogenic for humans in ticks and in the blood of dogs and deer in selected regions of the Czech Republic. To compare the prevalence of Babesia spp. in ticks with that of other tick-borne pathogens, such as Borrelia spp., Anaplasma spp., and Rickettsia spp. Material and Methods: Tick samples were individually homogenized. DNA was isolated from tick samples and animal blood. The detection of Babesia spp. was based on PCR of the 18S rRNA gene, and the identification to the species level was done by sequencing analysis of the PCR products. Results: In 2014–2016, ticks and blood of dogs and deer collected in various areas of the Czech Republic were analyzed. In a set of 675 Ixodes ricinus ticks, the positivity rate for Babesia spp. varied from 0.0 to 3.3 %. The species Babesia venatorum, Babesia microti (both pathogenic for humans), and Babesia capreoli were identified in ticks by sequencing analysis. The prevalence of Babesia spp. in ticks compared to that of other pathogens such as Borrelia burgdorferi s. l. (29.3 %) or Anaplasma phagocytophilum (4.9 %) was lower and comparable to that of Rickettsia spp. (1.6 %). Co-infection with Borrelia burgdorferi s.l (B. venatorum – Borrelia garinii, Borrelia afzelii, and B. microti – B. afzelii) was found in a third of Babesia spp. positive ticks. Out of 109 dog blood samples, 3.7 % were positive for Babesia spp., specifically Babesia gibsoni and Babesia vulpes. Of 50 blood samples of wild deer from the natural ecosystem, the positivity rate reached 4.0 %. The species Babesia divergens, a major human pathogen, was identified. Out of 80 blood samples from farmed deer, 5.0 % were positive for the species Babesia odocoilei. Nucleotide sequences of the agents causing human babesiosis were deposited in the gene bank under accession numbers ON892053 (B. venatorum), ON892061 (B. microti), and ON892067 (B. divergens). Conclusions: Using PCR of the 18S rRNA gene and amplicon sequencing, three species of Babesia causing human babesiosis were detected in the Czech Republic: B. divergens, B. venatorum, and B. microti. Babesia spp. pathogenic for humans pose a potential risk especially in asplenic and immunocompromised patients. The detected co-infections with Borrelia spp. can be the cause of a complicated course of the disease.
- MeSH
- Babesia mikrobiologie MeSH
- babezióza * epidemiologie krev přenos MeSH
- Borrelia burgdorferi MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- klíšťata * mikrobiologie MeSH
- koinfekce diagnóza přenos MeSH
- krev mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- nemoci přenášené klíšťaty epidemiologie přenos prevence a kontrola MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- psi * mikrobiologie MeSH
- vysoká zvěř * krev mikrobiologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- psi * mikrobiologie MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
First edition 70 stran : ilustrace ; 23 cm
The publication focuses on methods of RT-qPCR testing of viral respiratory diseases, for example COVID-19. Intended for professional public.
- MeSH
- infekce dýchací soustavy diagnóza MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- testování na COVID-19 metody MeSH
- virologie MeSH
- virové nemoci diagnóza MeSH
- Publikační typ
- monografie MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- pneumologie a ftizeologie
- diagnostika
The problem of bacterial resistance to antibiotics has become a global issue and a major health challenge that requires continuous studies on how this resistance develops and spreads, and its relationship to resistance to other factors such as heavy metals and biocides. The current study aimed to determine the prevalence and distribution of antibiotics, heavy metals, and biocides-resistant genes on the chromosomes and plasmids of some Enterobacteria species. The results showed that antibiotics resistant genes (blaCTX, sul 1) were present in all isolates except for Klebsiella pneumoniae chromosome, while for heavy metals resistant genes, czcA detected in all isolates except for K. pneumoniae plasmid, ncc gene was only detected in the chromosome of Escherichia coli O157.H7 and E. coli, and plasmid of E. coli O157.H7. biocides gene (qacE∆1) was present in all isolates except for the E. faecalis chromosome. The current study resulted that the studied resistance genes spread clearly among the types of Enterobacteria, and this reflects the possibility of transmission of these genes among the bacteria present in this habitat.
- MeSH
- antibiotická rezistence genetika MeSH
- dezinficiencia MeSH
- Enterobacteriaceae * genetika izolace a purifikace MeSH
- genetické techniky přístrojové vybavení MeSH
- léková rezistence * genetika MeSH
- plazmidy genetika izolace a purifikace MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- těžké kovy MeSH
- Publikační typ
- klinická studie MeSH
Východiska: N-myc downstream-regulovaný gen 1 (NDRG1) má významnou funkci při progresi nádorů. U karcinomu prostaty (prostate cancer – PCa) však regulační mechanizmus NDRG1 zůstává nejasný. Materiál a metody: Hladiny exprese miR-96-5p a NDRG1 byly hodnoceny v buněčných liniích PCa a v tkáních prostaty a validovány ve veřejných databázích pomocí polymerázové řetězové reakce v reálném čase, analýzy western blot a imunohistochemie. Funkce miR-96-5p a NDRG1 byla zkoumána pomocí testů hojení ran a transwell testů in vitro a testu myšího xenoimplantátu in vivo. Dráha regulovaná pomocí NDRG1 byla testována technikou sekvenování nové generace. K detekci vztahu mezi miR-96-5p, NDRG1 a NF-kB dráhou byl použit imunofluorescenční test a test s luciferázou. Výsledky: Nadměrná exprese NDRG1 potlačuje migraci, invazi a epiteliálně-mezenchymální přechod (EMT) in vitro a inhibuje metastázy in vivo. Navíc miR-96-5p přispívá k deficitu NDRG1 a podporuje migraci a invazi buněk PCa. Kromě toho ztráta NDRG1 aktivuje dráhu NF-kB, která stimuluje fosforylaci p65 a IKBa a indukuje EMT v PCa. Závěr: MiR-96-5p podporuje migraci a invazi PCa tím, že cílí na NDRG1 a reguluje dráhu NF-kB.
Background: The N-myc downstream-regulated gene 1 (NDRG1) has been discovered as a significant gene in the progression of cancers. However, the regulatory mechanism of NDRG1 remained obscure in prostate cancer (PCa). Methods: The miR-96-5p and NDRG1 expression levels were evaluated in PCa cell lines, and prostate tissues, and validated in public databases by real-time polymerase chain reaction, western blot analysis, and immunohistochemistry. The function of miR-96-5p and NDRG1 were investigated by scratch assay and transwell assays in vitro, and mouse xenograft assay in vivo. The candidate pathway regulated by NDRG1 was conducted by the next-generation gene sequencing technique. Immunofluorescence and luciferase assays were used to detect the relation between miR-96-5p, NDRG1, and NF-kB pathway. Results: Overexpressing NDRG1 suppresses the migration, invasion, and epithelial-mesenchymal transition (EMT) in vitro, and inhibits metastasis in vivo. Moreover, miR-96-5p contributes to NDRG1 deficiency and promotes PCa cell migration and invasion. Furthermore, NDRG1 loss activates the NF-kB pathway, which stimulates p65 and IKBa phosphorylation and induces EMT in PCa. Conclusions: MiR-96-5p promotes the migration and invasion of PCa by targeting NDRG1 and regulating the NF-kB pathway.
- Klíčová slova
- NDRG1, miR-96-5p,
- MeSH
- epitelo-mezenchymální tranzice MeSH
- genetické techniky MeSH
- imunohistochemie metody MeSH
- lidé MeSH
- nádorové buněčné linie MeSH
- nádory prostaty * genetika patofyziologie MeSH
- NF-kappa B * MeSH
- pohyb buněk MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- sekvenční analýza MeSH
- signální transdukce MeSH
- transfekce metody MeSH
- western blotting metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- klinická studie MeSH
Zvyšující se výskyt antibiotických rezistencí patří k závažným problémům 21.století. Výskyt bakteriálních kmenů rezistentních k antibiotikům následně zužuje spektrum vhodných antibiotik použitelných pro léčbu i běžných bakteriálních infekcí nebo pro prevenci jejich výskytu, např. v chirurgii. Čistírny odpadních vod, nemocnice, ale i potravinový řetězec patří k ohniskům, kde nejčastěji dochází ke vzniku či šíření nových i stávajících kmenů bakterií rezistentních k antibiotikům a genů rezistence k antibiotikům. Ke stanovení antibiotických rezistencí se v laboratořích standardně používají fenotypové kultivační metody, které jsou však náročné na čas i práci a částečně i přesnou interpretaci výsledků. Z tohoto důvodu jsou hledány rychlejší alternativní metody detekce bakterií rezistentních k antibiotikům nebo přímo genů rezistence k antibiotikům. Příkladem alternativní metody detekce bakterií rezistentních k antibiotikům je například použití fenotypové metody využívající hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice s průletovým analyzátorem pro stanovení producentů beta-laktamas. Zrychlení a zároveň větší přesnost detekce poskytují genotypové metody. Pomocí polymerasové řetězové reakce lze přímo detekovat a kvantifikovat geny rezistence k antibiotikům. Pro další zrychlení a vyšší specifitu detekce amplikonů z PCR lze použít mikročipy. Metody masivního paralelního sekvenování poskytují ucelenou informaci o rezistomu daného prostředí. Umožňují sekvenovat DNA amplikony či jednotlivé molekuly DNA pro detekci determinant antibiotické rezistence. Metody masivního paralelního sekvenování mají potenciál nahradit konvenční charakterizaci patogenů a umožňují detekci všech mikroorganismů ve vzorku (včetně obtížně kultivovatelných či nekultivovatelných mikroorganismů).
The increasing occurrence of antibiotic resistance is one of the major problems of the 21st century. The occurrence of bacterial strains resistant to antibiotics subsequently narrows the spectrum of suitable antibiotics usable for the treatment of common bacterial infections or for the prevention of their occurrence, e.g., in surgery. Wastewater treatment plants, hospitals, and also the food chain belong to the hotspots, where the emergence and spread of new or existing strains of antibiotic resistant bacteria and antibiotic resistance genes occur most frequently. Phenotypic culture methods are routinely used in laboratories to determine antibiotic resistance, but they are laborious and time-consuming and the interpretation of exact results is also difficult. For this reason, faster alternatives for the detection of antibiotic resistant bacteria or even antibiotic resistance genes are sought. Such an example of an alternative method for the detection of antibiotic resistant bacteria is the use of the matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry phenotypic method to identify the beta-lactamase producers. Genotype methods provide faster analysis and, at the same time, more accurate detection. Antibiotic resistance genes can be directly detected and quantified by polymerase chain reaction. Microarrays can be used to further speed up and increase the specificity of PCR amplicons detection. Massive parallel methods provide comprehensive information on the resistoma of the specific environment. They facilitate sequencing of individual DNA molecules or amplicons to detect determinants of antibiotic resistance. Massive parallel methods have the potential to replace conventional pathogen characterization and allow the detection of all microorganisms in a sample (including difficult-to-cultivate or noncultivable microorganisms).
- MeSH
- antibiotická rezistence * genetika MeSH
- mikrobiální testy citlivosti metody MeSH
- mikrobiologické techniky * klasifikace metody MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů metody MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Bakterie komplexu Burkholderia cepacia vyvolávají u pacientů s cystickou fibrózou (CF) závažné plicní infekce. Riziko epidemického šíření infekce přimělo centra CF zavést přísná izolační opatření. Navíc je nutné správně a včas mikrobiálního původce identifikovat, k čemuž slouží postupy molekulární mikrobiologie. V posledním desetiletí nebyl v ČR diagnostikován žádný nový případ infekce způsobené epidemickým kmenem ST-32 druhu Burkholderia cenocepacia, který stál za velkou epidemií 90. let 20. století.
Bacteria from the Burkholderia cepacia complex cause severe lung infections in people with cystic fibrosis (CF). The risk of epidemic spread of the infection led the CF centres to implement strict isolation precautions. Furthermore, it was imperative to identify the microbial agent correctly and timely which was made possible thanks to the methods of molecular microbiology. No new Burkholderia cenocepacia infections, caused by the ST-32 strain which had been responsible for a large outbreak in 1990s, were diagnosed in the Czech Republic in the last ten years.
rRNA gene Sanger sequencing is being used for the identification of cultured pathogens. A new diagnostic approach is sequencing of uncultured samples by using the commercial DNA extraction and sequencing platform SepsiTest (ST). The goal was to analyze the clinical performance of ST with a focus on nongrowing pathogens and the impact on antibiotic therapy. A literature search used PubMed/Medline, Cochrane, Science Direct, and Google Scholar. Eligibility followed PRISMA-P criteria. Quality and risk of bias were assessed drawing on QUADAS-2 (quality assessment of diagnostic accuracy studies, revised) criteria. Meta-analyses were performed regarding accuracy metrics compared to standard references and the added value of ST in terms of extra found pathogens. We identified 25 studies on sepsis, infectious endocarditis, bacterial meningitis, joint infections, pyomyositis, and various diseases from routine diagnosis. Patients with suspected infections of purportedly sterile body sites originated from various hospital wards. The overall sensitivity (79%; 95% confidence interval [CI], 73 to 84%) and specificity (83%; 95% CI, 72 to 90%) were accompanied by large effect sizes. ST-related positivity was 32% (95% CI, 30 to 34%), which was significantly higher than the culture positivity (20%; 95% CI, 18 to 22%). The overall added value of ST was 14% (95% CI, 10 to 20%) for all samples. With 130 relevant taxa, ST uncovered high microbial richness. Four studies demonstrated changes of antibiotic treatment at 12% (95% CI, 9 to 15%) of all patients upon availability of ST results. ST appears to be an approach for the diagnosis of nongrowing pathogens. The potential clinical role of this agnostic molecular diagnostic tool is discussed regarding changes of antibiotic treatment in cases where culture stays negative.
- MeSH
- antibakteriální látky MeSH
- Bacteria * genetika MeSH
- geny rRNA MeSH
- lidé MeSH
- metaanalýza jako téma MeSH
- mykózy * MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- RNA ribozomální 18S MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- systematický přehled jako téma MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- metaanalýza MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- systematický přehled MeSH
Mikrofluidika je inovativní obor, který se zabývá zpracováním malého množství kapaliny v mikrokanálech. V kombinaci s pokročilými analytickými technikami, jako je např. mikrofluidní PCR, nabízí významné výhody nejen pro analýzu genové exprese. Tato metoda využívá mikrokanály a mikroventily k přesnému dávkování a míchání činidel, čímž se minimalizuje spotřeba vzorku a činidla a také čas stráve‐ ný pipetováním. Tyto vlastnosti činí mikrofluidní PCR ideální pro analýzu genové exprese, kde je vyžadováno podrobné monitorování a kvantifikace mRNA. Jedním z přístrojů umožňujícím mikrofluidní PCR je Biomark X. Díky své schopnosti multiplexování a také díky své‐ mu mikrofluidnímu designu umožňuje analýzu mnoha vzorků současně. Tato pokročilá technologie má široké uplatnění v biologickém výzkumu, diagnostice a personalizované medicíně a nabízí nové příležitosti k objevování a pochopení genetických procesů.
Microfluidics is an innovative science that deals with the manipulation of small volumes of fluid in microchannels. In combination with advanced analytical techniques such as microfluidic PCR, it offers significant advantages not only for gene expression analysis. Microflui‐ dic PCR enables PCR reactions to be performed using very small sample volumes, as it utilizes microchannels and microvalves for precise reagent dispensing and mixing. This fact increases both sensitivity and accuracy of the analysis. The Biomark X instrument utilizes micro‐ fluidic PCR for gene expression analysis, as it is ideal for mRNA quantification. With its multiplexing capability and microfluidic design, it enables the analysis of multiple samples simultaneously. This advanced technology finds broad applications in biological research, diagnostics, and provides new opportunities for the discovery and understanding of genetic processes.
Although triple labeling of molecular beacons has been documented to improve quenching efficiencies and studies generally assume similar benefits at long TaqMan probes, a limited number of works have studied this issue in TaqMan probes. We therefore prepared a series of long triple-labeled oligodeoxynucleotide probes with 6-carboxyfluorescein as a fluorophore at the 5'-end and BlackBerry (BBQ-650) or azaphthalocyanine quenchers at the 3'-end and in the intrastrand position and systematically compared their quenching efficiencies with those of the corresponding double-labeled probes including important control probes. A model polymerase chain reaction (PCR) assay enabled the determination of the quenching efficiencies of static and Förster resonance energy transfer (FRET) quenching in the target probes. The type of probe had no effect on the static quenching ability. Importantly, FRET quenching of double-labeled probes with a quencher at the 3'-end showed a statistically insignificant difference from the control probe without any quencher, indicating the need to shift the quencher closer to the fluorophore in long probes. Shortening the distance between the fluorophore and the quencher played a key role in FRET quenching, whereas the introduction of an additional quencher only slightly improved the quenching efficiency. BBQ-labeled probes had lower quenching efficiencies than azaphthalocyanine probes. The methodologies and relationships described above seem, however, to be universal and applicable to any quencher.
