BACKGROUND: The advancement of sequencing technologies today has made a plethora of whole-genome re-sequenced (WGRS) data publicly available. However, research utilizing the WGRS data without further configuration is nearly impossible. To solve this problem, our research group has developed an interactive Allele Catalog Tool to enable researchers to explore the coding region allelic variation present in over 1,000 re-sequenced accessions each for soybean, Arabidopsis, and maize. RESULTS: The Allele Catalog Tool was designed originally with soybean genomic data and resources. The Allele Catalog datasets were generated using our variant calling pipeline (SnakyVC) and the Allele Catalog pipeline (AlleleCatalog). The variant calling pipeline is developed to parallelly process raw sequencing reads to generate the Variant Call Format (VCF) files, and the Allele Catalog pipeline takes VCF files to perform imputations, functional effect predictions, and assemble alleles for each gene to generate curated Allele Catalog datasets. Both pipelines were utilized to generate the data panels (VCF files and Allele Catalog files) in which the accessions of the WGRS datasets were collected from various sources, currently representing over 1,000 diverse accessions for soybean, Arabidopsis, and maize individually. The main features of the Allele Catalog Tool include data query, visualization of results, categorical filtering, and download functions. Queries are performed from user input, and results are a tabular format of summary results by categorical description and genotype results of the alleles for each gene. The categorical information is specific to each species; additionally, available detailed meta-information is provided in modal popups. The genotypic information contains the variant positions, reference or alternate genotypes, the functional effect classes, and the amino-acid changes of each accession. Besides that, the results can also be downloaded for other research purposes. CONCLUSIONS: The Allele Catalog Tool is a web-based tool that currently supports three species: soybean, Arabidopsis, and maize. The Soybean Allele Catalog Tool is hosted on the SoyKB website ( https://soykb.org/SoybeanAlleleCatalogTool/ ), while the Allele Catalog Tool for Arabidopsis and maize is hosted on the KBCommons website ( https://kbcommons.org/system/tools/AlleleCatalogTool/Zmays and https://kbcommons.org/system/tools/AlleleCatalogTool/Athaliana ). Researchers can use this tool to connect variant alleles of genes with meta-information of species.
- MeSH
- alely * MeSH
- Arabidopsis * genetika MeSH
- data mining * metody MeSH
- datové soubory jako téma * MeSH
- frekvence genu MeSH
- genotyp MeSH
- Glycine max * genetika MeSH
- internet * MeSH
- kukuřice setá * genetika MeSH
- metadata MeSH
- mutace MeSH
- pigmentace genetika MeSH
- rostlinné geny genetika MeSH
- software * MeSH
- substituce aminokyselin MeSH
- vegetační klid genetika MeSH
- vizualizace dat MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Cílem článku je seznámit čtenáře s výhodami a nevýhodami sekvence 4D Flow. Vyšetření touto sekvencí umožňuje retrospektivně zjistit průtok a jiné parametry toku v objemu zájmu. Je ovšem náročné jak z hlediska času, tak následného zpracování dat. Pro vysokou cenu komerčních programů může být pro uživatele nutné vytvořit si vlastní nástroje zpracování dat. Komerční programy poskytují omezené nástroje segmentace, ale naopak zvládají všechny základní korekce a nabízí množství funkcionalit. Přes svůj velký potenciál má sekvence svá omezení, zejména je to nízké prostorové rozlišení a dlouhá doba akvizice.
The goal of this paper is to inform about the 4D Flow sequence, its advantages and disadvantages. 4D Flow examination allows to assess flow rate and other flow parameters in the volume of interest retrospectively. However, it is expensive in terms of time and postprocessing. An in-house software may be necessary, as commercial programs remain costly. They offer a number of functionalities and data corrections. Their segmentations tools, however, remain relatively limited. Low spatial resolution and long data acquisition are the primary limitations of the sequence
- Klíčová slova
- 4D Flow,
- MeSH
- automatizované zpracování dat * metody MeSH
- diagnostické techniky kardiovaskulární přístrojové vybavení MeSH
- lidé MeSH
- magnetická rezonanční tomografie * metody MeSH
- reologie krve MeSH
- software MeSH
- vizualizace dat MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
During the time of the novel coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, it has been crucial to search for novel antiviral drugs from plants and well as other natural sources as alternatives for prophylaxis. This work reviews the antiviral potential of plant extracts, and the results of previous research for the treatment and prophylaxis of coronavirus disease and previous kinds of representative coronaviruses group. Detailed descriptions of medicinal herbs and crops based on their origin native area, plant parts used, and their antiviral potentials have been conducted. The possible role of plant-derived natural antiviral compounds for the development of plant-based drugs against coronavirus has been described. To identify useful scientific trends, VOSviewer visualization of presented scientific data analysis was used.
- MeSH
- alkaloidy chemie farmakologie MeSH
- antivirové látky chemie terapeutické užití MeSH
- COVID-19 farmakoterapie prevence a kontrola MeSH
- flavonoidy chemie farmakologie MeSH
- léčivé rostliny chemie MeSH
- lidé MeSH
- rostlinné extrakty chemie farmakologie terapeutické užití MeSH
- terpeny chemie farmakologie MeSH
- vizualizace dat MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- přehledy MeSH
- MeSH
- komunikace MeSH
- lidé MeSH
- orální hygiena MeSH
- sluchově postižení * MeSH
- vizualizace dat MeSH
- znaková řeč MeSH
- zubní hygienici MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- rozhovory MeSH
Background: Classifying diseases into ICD codes has mainly relied on human reading a large amount of written materials, such as discharge diagnoses, chief complaints, medical history, and operation records as the basis for classification. Coding is both laborious and time consuming because a disease coder with professional abilities takes about 20 minutes per case in average. Therefore, an automatic code classification system can significantly reduce the human effort. Objectives: This paper aims at constructing a machine learning model for ICD-10 coding, where the model is to automatically determine the corresponding diagnosis codes solely based on free-text medical notes. Methods: In this paper, we apply Natural Language Processing (NLP) and Recurrent Neural Network (RNN) architecture to classify ICD-10 codes from natural language texts with supervised learning. Results: In the experiments on large hospital data, our predicting result can reach F1-score of 0.62 on ICD-10-CM code. Conclusion: The developed model can significantly reduce manpower in coding time compared with a professional coder.
- MeSH
- automatizované zpracování dat metody MeSH
- deep learning * MeSH
- elektronické zdravotní záznamy MeSH
- mezinárodní klasifikace nemocí * MeSH
- neuronové sítě (počítačové) MeSH
- strojové učení MeSH
- ukládání a vyhledávání informací metody statistika a číselné údaje MeSH
- vizualizace dat MeSH
- zpracování přirozeného jazyka MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Práce ukazuje, jakými současnými směry vývoje se ubírá v zobrazovacích postupech výpočetní tomografie. Jsou zmíněny možnosti snížení dávky pomocí cínové filtrace, skenovací možnosti hrudníku se separací pulmonální a aortální arteriální fáze, nízkodávková vyšetření dětí bez nutnosti sedace či anestezie, adaptivní aplikace kontrastní látky s redukcí jejího objemu, možnosti analýzy dat pomocí nových postupů, jako je pokročilá analýza materiálového složení, incipientní zavádění metod analýzy založené na hlubokém učení a umělé inteligenci.
The article is presentin current ways of the development of the scannng techniques in computed tomography. The following methods are mentioned: tin filtration of the spektra, scanning with the separate pulmonary and aortic arterial phase imaging, low-dose children imaging without sedation or anaesthesia, addaptive application of the contrast materiál with the possibilities of the dose reduction, novel trends in materiál analysis a the advent of the deep learning based methods and other artificial intelligence approaches in diagnostic.
- MeSH
- analýza dat MeSH
- dávka záření MeSH
- kontrastní látky aplikace a dávkování MeSH
- lidé MeSH
- tomografie emisní počítačová * metody trendy MeSH
- vizualizace dat MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
Cíl: Srovnat rychlost a přesnost měření automatické a manuální CT volumometrie jater, zároveň porovnat výsledky dvou různě zkušených radiologů. Metodika: Do retrospektivní studie bylo zahrnuto celkem 66 pacientů s jaterními metastázami kolorektálního karcinomu, kteří byli kandidáti chirurgické resekce části jater, ve všech případech pravostranné hepatektomie. Byla provedena analýza objemu celých jater a FLRV (předpokládaný zbytkový objem jater po resekci) pomocí automatické a manuální CT volumometrie. Měření prováděli dva lékaři radiologové, jeden atestovaný s dlouholetou zkušeností v oboru a druhý v předatestační přípravě. Srovnány byly výsledky objemů a časů měření mezi automatickou a manuální metodou a také mezi oběma uživateli. Výsledky: Bylo zjištěno statisticky významně rychlejší měření automatickou CT volumometrií oproti ruční metodě (p < 0,0001). Bez statistické významností bylo srovnání naměřených objemů celých jater a FLRV oběma způsoby volumometrie (p = 0,552). Nebyla pozorována závislost výsledků manuální i automatické analýzy na zkušenosti uživatele. Hodnoty časů i naměřených objemů od obou vyšetřujících se významně nelišily (p = 0,612, resp. p = 0,909). Závěr: Automatická CT volumometrie je optimální metodou pro měření jaterních objemů. Získané hodnoty jsou dostatečně přesné a rychlost měření je významně vyšší oproti manuální CT volumometrii.
Objectives: To compare speed and accuracy between both the automatic and manual CT liver volumetry and between two radiologist with different long of their medical practice. Methods: 66 patients with liver metastases of colorectal cancer were included to the study. The analysis of total liver volume and FLRV (future liver remnant volume) was performed using automatic and manual CT volumetry by two different experienced radiologist. Results: Statistically significantly faster procedure was observed by the automatic CT volumetry in comparison to the manual method (p < 0.0001). No statistically significantly different value of detected liver volumes were found by manual and automatic method (p = 0.552) neither the two performing radiologist (p = 0.612 from time and p = 0.909 from volumes). Conclusion: The automatic CT volumetry is optimal method for the measurement of the liver. The results are accurate and the speed of analysis is significantly higher in comparison to the manual CT volumetry.
- MeSH
- hepatektomie * MeSH
- játra diagnostické zobrazování chirurgie MeSH
- lidé MeSH
- nádory jater diagnostické zobrazování MeSH
- předoperační vyšetření metody MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- tomografie emisní počítačová metody MeSH
- velikost orgánu MeSH
- vizualizace dat MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Cíl: Jedná se o pilotní studii s cílem zjistit korelaci mezi procentuálním zachycením voštiny na HRCT plic vyhodnocené automatickým programem CALIPER a vizuální identifikací přítomnosti voštiny pěti zkušenými radiology u pacientů se známou intersticiální plicní fibrózou (IPF). Metodika: Patnáct pacientů vybraných z abecedního seznamu pacientů z Fakultní nemocnice Hradec Králové (FNHK) se stanovenou diagnózou idiopatické plicní fibrózy (IPF). U 12 z nich byla provedena analýza programem CALIPER a následně i ohodnocení pěti radiology z FNHK. Výsledky: Nejlepšího poměru mezi senzitivitou a specificitou bylo dosaženo při 3,5 procentuálním zastoupení voštiny v pravé plíci, kdy bylo dosaženo senzitivity 80 % a specificity 85,7 %. U dvou hodnocených pacientů došlo k výrazně rozdílné interpretaci přítomnosti voštiny. Závěr: Pilotní studie prokázala, že stanovení 3,5% hranice pro přítomnost voštiny má 80% senzitivitu a 85,7% specificitu v porovnání mezi programem CALIPER s vizuálním konsenzem radiologů. Pro limitace v této studii doporučujeme další výzkum.
Purpose: The pilot study to investigate the correlation between the percentage of HRCT honeycombing captured by the CALIPER automatic program and the visual identification of this morph presence by five radiological examinations in patients with known interstitial pulmonary fibrosis (IPF). Methods: 15 patients selected from the alphabetical list of patients from the Faculty Hospital Hradec Králové (FNHK) with established diagnosis of idiopathic pulmonary fibrosis (IPF). For 12 of them, the CALIPER program was analysed, followed by the evaluation of five radiologists from FNHK. Results: The best ratio between sensitivity and specificity was achieved at a 3.5 percent representation of honeycomb in right lung, when the sensitivity was 80% and the specificity was 85.7%. 13% of patients evaluated had a significantly different interpretation of honeycomb presence. Conclusion: Pilot studies have shown that the 3.5% threshold for the presence of honeycombing has 80% sensitivity and 85.7% specificity when is program CALIPER compared to the visual consensus of radiologists. For limitations in this study, we recommend further research.
