Bordetella pertussis je lidský patogen, který je původcem černého kašle, vysoce nakažlivé respirační choroby, jejíž výskyt je v současné době na vzestupu a to i v ekonomicky vyspělých zemích s vysokou proočkovaností jako je Česká republika. Tento vzestup je přičítán zejména přechodu z celobuněčných vakcín na vakcíny acelulární. Acelulární vakcíny jsou sice ve srovnání s celobuněčnými méně reaktogenní, nicméně poskytují sníženou a kratší ochranu před nákazou. Navíc došlo u cirkulujících kmenů B. pertussis v reakci na antigeny obsažené ve vakcínách ke genotypovým změnám. Naším cílem je analyzovat celogenomové sekvence a produkci faktorů virulence v klinických izolátech získaných na území České republiky v letech 2008 – 2015. Pro srovnávací analýzu budou využity i původní vakcinační kmeny používané k výrobě celobuněčné vakcíny. Dále pomocí proteomiky a imunoprecipitace použijeme séra pacientů nakažených černým kašlem k identifikaci nových imunogenních antigenů produkovaných současnými kmeny B. pertussis.; Bordetella pertussis is the causative agent of human whooping cough (pertussis), a highly contagious respiratory disease that remains to be the least controlled vaccine-preventable infectious disease. Despite generalized vaccination, pertussis is again on the rise in highly vaccinated populations including Czech Republic. The increase in pertussis cases has been mostly attributed to short-lived immunity induced by the acellular vaccine and escape from immunity due to pathogen adaptation and antigen variation. Therefore, using comparative genomics we will analyze Czech clinical isolates of B. pertussis collected during the recent period 2008 - 2015. Importantly, genomic sequences, expression and production of virulence factors will be compared with those of B. pertussis vaccine strains. In addition, using proteomics and immunoprecipitation we will apply recent human sera of infected patients for identification of novel immunogenic antigens of B. pertussis.

• MeSH
• Bordetella pertussis genetics   pathogenicity   MeSH
• Virulence Factors, Bordetella analysis   MeSH
• Humans MeSH
• Whooping Cough genetics   prevention & control   MeSH
• Whole Genome Sequencing methods   MeSH
• Virulence MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• pneumologie a ftizeologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• Keywords
• Ostatní lékařské obory,
• MeSH
• Infectious Disease Medicine MeSH
• Microbiological Techniques MeSH
• Microbiology MeSH

• NML Fields
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• chemie, klinická chemie
• lékařství

• MeSH
• Host-Parasite Interactions MeSH
• Publication type
• Abstracts MeSH
• Congress MeSH
• Program MeSH
• Collected Work MeSH
• News MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• infekční lékařství

• MeSH
• Virus Diseases MeSH
• Viruses MeSH
• Publication type
• Monograph MeSH

• Conspectus
• Virologie
• NML Fields
• virologie
• infekční lékařství

Projekt je zaměřen na analýzu transkriptomu Burkholderia cenocepacia, který mikroorganismus produkuje specificky v terminální fázi infekce pacientů s cystickou fibrózou. K napodobení situace in vivo budou klinické izoláty dvou epidemických kmenů B. cenocepacia inkubovány v mediu obsahujícím buď sputum, nebo sérum/plnou krev, které jsou odebrané ve fázi stabilní infekce a při cepacia syndromu. Změny v genové expresi budou hodnoceny pomocí DNA čipů na základě zpracování alespoň 6 biologických replikátů pro každou podmínku. Míra exprese kandidátních genů (cca 6-8), resp. jejich specifická exprese při cepacia syndromu bude určena RT-PCR analýzou z dalších sput, které reprezentují rozdílné fáze infekce (200 až 300 sput). Kompletní informace o roli vybraných genů v patogenezi infekce bude získána díky testování mutovaných bakterií in vivo (není přímou součástí grantu; bude odesláno k řešení do zahraniční laboratoře).; The project will analyze Burkholderia cenocepacia transcriptome which is produced specifically at the final stage of the infection in patients with cystic fibrosis. To mimic conditions in vivo, clinical isolates of two epidemic B. cenocepacia strains will be incubated in medium containing either sputum or serum/whole blood that are collected at the stage of clinically stable infection or cepacia syndrome. Changes in gene expression will be analyzed using DNA arrays; at least 6 biological replicates for each condition studied will be processed. An expression level of candidate genes (ca. 6-8) and their specific expression at cepacia syndrome will be determined by RT-PCR from other sputa representing different stages of infection (200-300 sputa). A role of selected genes in pathogenesis of the infection will be further studied on bacterial mutants (this is not an inherent part of the project; will be investigated in laboratories abroad).

• MeSH
• Burkholderia cenocepacia pathogenicity   MeSH
• Cystic Fibrosis complications   MeSH
• Virulence Factors MeSH
• Burkholderia Infections MeSH
• Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction MeSH
• Oligonucleotide Array Sequence Analysis MeSH
• Gene Expression Profiling MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• infekční lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

V navrhovaném projektu budou izoláty B. pertussis z celé ČR z období 1964-2015 studovány molekulárními metodami: multilocus variable number tandem repeat analysis (MLVA) a sekvenací genů ptxA, prnA, fim, promotoru ptxP, a vybrané izoláty metodou multilocus sequence typing (MLST). Předpokládaná velikost studovaného souboru je 190 izolátů B. pertussis. Bude sledováno, zda v ČR došlo ke genetickému a antigennímu posunu B. pertussis v průběhu plošného očkování celobuněčnou a později acelulární vakcínou v období 1964-2015. Projekt by měl zodpovědět otázku, zda se v ČR objevují nové linie B. pertussis, které mají schopnost šířit se i v proočkované populaci. V kladném případě by výsledky studie sloužily jako podklad pro návrh aktualizace vakcinační strategie v ČR. Pokrytí padesátiletého období je významné i z mezinárodního hlediska. Poskytnutí molekulárních charakteristik B. pertussis do mezinárodních databází rozšíří poznatky potřebné k vývoji nové účinnější vakcíny proti pertusi.; B. pertussis isolates from 1964-2015 obtained from CR will be analysed by the following molecular methods: multilocus variable-number tandem-repeat analysis, sequencing of the ptxA/C, prnA and fim genes, and multilocus sequence typing. The study set will include 190 isolates of B. pertussis. The data will be used for analysing clonal and antigenic shifts in BP following the countrywide vaccination with the whole-cell and later with acellular pertussis vaccines in the period 1964-2015. The project is expected to answer the question whether there are new lines of B. pertussis in CR, which have the ability to spread in the vaccinated population. If so, the results of the study would be served as a basis for the draft update of vaccination strategies in CR. The fifty-year span study design is significant worldwide. The providing of B. pertussis molecular characteristics to the international databases will be relevant to the development of a novel more efficient vaccine against pertussis

• MeSH
• Bordetella pertussis genetics   MeSH
• Virulence Factors, Bordetella analysis   MeSH
• Bordetella Infections MeSH
• Molecular Biology MeSH
• Molecular Epidemiology MeSH
• Multilocus Sequence Typing MeSH
• Whooping Cough MeSH
• Pertussis Vaccine MeSH
• Vaccination MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• biologie
• infekční lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• Respiratory Tract Diseases MeSH
• Lung Diseases MeSH
• Respiration Disorders MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• pneumologie a ftizeologie
• NML Publication type
• kolektivní monografie

• MeSH
• Infectious Disease Medicine MeSH
• Microbiological Techniques MeSH
• Microbiology MeSH

• Conspectus
• Mikrobiologie
• NML Fields
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• chemie, klinická chemie
• lékařství
• NML Publication type
• učebnice vysokých škol

I. Analýza genotypu kmenů pneumokoků pomocí molekulárních typizačních metod a jejich zařazení do mezinárodně přístupné databáze. II. PCR identifikace determinant faktorů virulence, sortázy B, C a D. III. Studium distribuce genů sortázy jednotlivých sérotypů a genotypů pneumokoků - analýza zastoupení genů u kmenů izolovaných z různých klinických materiálů. IV. Rozšíření genů sortáz u kmenů pneumokoků se sníženou citlivostí k penicilinu, studium vlivu přítomnosti pilu pro rozvoj rezistence k antibiotikům.; I. Genotypic analysis of pneumococcal strains by molecular typing methods and their integration into the internationally accessible database. II. PCR identification of the virulence factor determinants, class B, C and D sortases. III. Study of the distribution of the sortase genes among pneumococcal serotypes and genotypes - analysis of the distribution of genes among strains isolated from various clinical specimens. IV. Prevalence of the sortase genes in pneumococcal strains with reduced penicillin susceptibility, study of the implication of the pilus in the development of resistance to antimicrobials.

• MeSH
• Drug Resistance, Bacterial MeSH
• Virulence Factors MeSH
• Genotype MeSH
• Peptidyl Transferases MeSH
• Penicillin Resistance MeSH
• Serotyping MeSH
• Streptococcus pneumoniae genetics   MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• virologie
• farmacie a farmakologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• Chronic Disease MeSH
• Gastrointestinal Neoplasms epidemiology   etiology   complications   MeSH
• Digestive System Neoplasms epidemiology   etiology   complications   MeSH
• Risk Factors * MeSH
• Inflammation physiopathology   MeSH
• Publication type
• Congress MeSH
• Collected Work MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• gastroenterologie