Vysoké riziko pokračujícího šíření spalniček v zemích EU/EEA včetně ČR stále přetrvává jako důsledek zejména nezanedbatelného počtu nenaočkovaných osob a nedostatečného vakcinačního pokrytí dvěma dávkami vakcíny proti spalničkám. Významnou roli v šíření infekce má i vyvanutí imunity. Laboratorní diagnostika spalniček založená na sérologickém vyšetření akutního vzorku krve (nejčastěji vyšetřovaném klinickém materiálu) neposkytuje vždy, a to zejména u reinfikovaných vakcinovaných, jednoznačně interpretovatelné výsledky V současné době je největším problémem neznalost chování viru u očkované populace a rovněž neznalost protektivního titru protilátek u standardizovaných sérologických metod. Zhodnocení klinických příznaků, imunologického profilu a epidemiologických souvislostí u pacientů neočkovaných či neúplně očkovaných v porovnání s plně naočkovanými jedinci rozšíří naše znalosti o infekci způsobené virem spalniček a umožní zlepšit systém surveillance spalniček stejně jako podpořit argumentaci pro zvýšení proočkovanosti.; The high risk of further spread of measles in the EU/EEA countries including the Czech Republic continues due to a relatively high number of unvaccinated persons and insufficient two-dose measles vaccine coverage. Waning immunity also plays an important role in the spread of infection. The laboratory diagnosis of measles based on the serological testing of an acute blood sample (as the most commonly tested clinical specimen) may not always provide unambiguously interpretable results, as is the case with the re-infected vaccinated individuals. At present, the greatest problem is the lack of knowledge of the virus behaviour in the vaccinated population and what the protective levels of antibodies are in the standardised serological tests. The comparison of clinical symptoms, immunological profiles, and epidemiological links between unvaccinated, incompletely vaccinated, and fully vaccinated patients will contribute to a better knowledge of the measles and will make it possible to improve the measles surveillance system and to put forward further arguments for a higher vaccine uptake.

• MeSH
• Chain of Infection MeSH
• Genotype MeSH
• Unvaccinated Persons MeSH
• Serologic Tests MeSH
• Measles epidemiology   MeSH
• Population Surveillance MeSH
• Vaccination MeSH
• Measles virus MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• epidemiologie
• infekční lékařství
• preventivní medicína
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Náhlá srdeční smrt mladých lidí je často způsobena monogenním onemocněním srdce, především kardiomyopatiemi nebo primárními poruchami rytmu. Všem osobám náhle zemřelým na suspektní nebo potvrzenou monogenní kardiální nebo neznámou příčinu ve věku 0-35 let v reprezentativní části České republiky bude odebrána část tkáně lymfatických uzlin a sleziny ke genetické analýze. Očekáváme přibližně 68 osob ve věku 0-1 rok a 116 osob ve věku 1-35 let v průběhu studie. Příbuzní zemřelého budou zároveň pozváni ke kardiogenetickému vyšetření. Zjistí se tak, zda je náhlá srdeční smrt ve věku 0-35 let v české populaci ve významném počtu případů podmíněna monogenně dědičným onemocněním, a v jakém procentu rodin se najdou další nosiči kauzální mutace. Jim pak bude doporučeno sledování a případně léčba k prevenci náhlé smrti. Na základě těchto výsledků bude možné zhodnotit přínos molekulární pitvy u mladých náhle zemřelých lidí v naší populaci a eventuálně formulovat standardy týkající se molekulární pitvy a prosadit její úhradu zdravotními pojišťovnami.; Sudden cardiac death in the young is often caused by monogenic heart diseases, especially cardiomyopathies or primary electrical disorders. Part of lymph nodes and spleen will be retained for genetic analysis from all sudden death victims aged 0-35 years with a suspected monogenic heart disease or unknown cause from a representative part of the Czech Republic. We expect around 68 infants aged 0-1 year and 116 persons aged 1-35 years during the study period. Simultaneously relatives of the deceased will be referred to a cardiogeneticist. This approach will show whether sudden cardiac death in the young Czech population results from monogenic causes in a significant number of cases and what percentage of families will have other causative mutation carriers. These carriers will receive adequate follow-up and treatment. Based on the study results it will be possible to assess the benefit of molecular autopsy for the families of young sudden cardiac death victims in our population and to propose guidelines regarding molecular autopsy and procure its funding by health insurance companies.

• MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Genetic Diseases, Inborn MeSH
• Genetic Testing MeSH
• Death, Sudden, Cardiac etiology   MeSH
• Pilot Projects MeSH
• Autopsy MeSH
• Age Factors MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• kardiologie
• molekulární biologie, molekulární medicína
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Prevence vzniku nádorů u nosičů dědičných alterací nádorových predispozičních genů vyžaduje jasnou identifikaci zodpovědných patogenních mutací. Při analýze nádorové predispozice je odhalena řada variant s nejasným významem (VUS) komplikujících klinickou interpretaci výsledků. Pokud VUS postihují proces sestřihu transkriptu příslušného genu, lze je považovat za patogenní. V projektu se zaměříme na vyhodnocení změn sestřihového vzorce mRNA transkriptů u nosičů dědičných variant genů predisponujících ke vzniku dědičné formy karcinomu (ca) prsu a ovarií (CHEK2, PALB2, NBN, TP53, RAD51C/D, MLH1, MSH2/6, BRIP1). Nejprve provedeme identifikaci jejich sestřihových variant v normálních tkáních (leukocyty, mamární a tuková tkáň) zdravých osob bez přítomnosti dědičných variant pomocí multiplexní PCR (mPCR) umožňující amplifikaci všech sestřihových oblastí s následnou charakterizací sekvenovánín nové generace (NGS). Vyšetření RNA od nosičů VUS umožní kvalitativně (fragmentační a mPCR/NGS analýza) i kvantitativně (qPCR) identifikovat VUS způsobující změny sestřihového vzorce příslušného genu.; Clinical management that enables efficient cancer prevention in carriers of germ-line alterations in cancer susceptibility genes requires and unequivocal characterization of the pathogenic mutation. Current cancer predisposition analyses reveal many variants of unknown clinical significance (VUS) which complicate the clinical interpretation of results. The VUS that change splicing of corresponding gene product may be considered as pathogenic. Our project aims to identify splicing alterations in carriers of VUS in genes predisposing to breast and ovarian cancer (CHEK2, PALB2, NBN, TP53, RAD51C/D, MLH1, MSH2/6, BRIP1). First, we aim to perform a comprehensive characterization of naturally occurring splicing variants of analyzed genes in normal lymphocytes, mammary and adipose tissues from non-cancer individuals using multiplex (m)PCR/next generation sequencing (NGS) analysis. Subsequently, the analyses of RNA from carriers of VUS will enable to characterize the qualitative (fragment analysis, mPCR/NGS) and quantitative (qPCR) changes in splicing pattern of corresponding genes.

• MeSH
• Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome genetics   classification   MeSH
• Genetic Predisposition to Disease genetics   classification   MeSH
• Genes, Neoplasm genetics   MeSH
• RNA Precursors MeSH
• RNA Splicing genetics   MeSH
• RNA Splicing Factors MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• gynekologie a porodnictví
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Prospektivní kohortová studie dětských a adolescentních potomků v riziku (PVR) bipolární afektivní poruchy (BAP). Cíli studie je identifikovat klinické a laboratorní markery rizika afektivní poruchy. 60 PVR a 60 pohlavím a věkem párovaných potomků zdravých rodičů jako kontrol bude v průběhu projektu hodnoceno s ročními odstupy. Zjišťována bude frekvence klinických psychiatrických diagnóz, skóre symptomů úzkosti a poruch nálady, kvalita života, exekutivní funkce, pozornost, temperamentové charakteristiky, paměť a rozpoznávání emocí. Pomocí subjektivních a objektivních metod bude hodnocena kvantita a kvalita spánku a dále budou zjišťovány elektroencefalografické indikátory fronto-limbické konektivity. Porovnávány budou rozdíly mezi PVR a kontrolami, mezi symptomatickými a asymptomatickými PVR a rozdíly v rámci kohorty mezi výsledky průběžných vyšetření při prospektivním sledování.; Prospective, cohort, observational study, of children and adolescents at risk of bipolar disorder (high-risk offspring, HRO). The objective is to identify clinical and laboratory markers of the risk of mood disorder. Sixty HRO and sixty age and sex matched offspring of parents without psychiatric illness as controls will be assessed annually. Frequency of the of psychiatric diagnosis, scores of anxiety and affective symptoms, self reported QoL, executive and attention functions, memory and emotion recognition will be assessed. Sleep quality and quantity by the use of subjective and objective methods as well as electroencephalographic indicators of fronto-limbic-connectivity will be evaluated. The differences between HRO and controls, between symptomatic and asymptomatic HRO and between follow-up evaluations will be compared.

• MeSH
• Biomarkers MeSH
• Bipolar Disorder epidemiology   genetics   MeSH
• Child MeSH
• Electroencephalography MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Adolescent MeSH
• Neuropsychiatry MeSH
• Neuropsychology MeSH
• Prospective Studies MeSH
• Risk Factors MeSH
• Sleep MeSH
• Check Tag
• Child MeSH
• Adolescent MeSH

• Conspectus
• Pediatrie
• NML Fields
• pediatrie
• genetika, lékařská genetika
• psychiatrie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• Genetic Predisposition to Disease * MeSH
• Genetic Testing methods   MeSH
• Neoplasms * etiology   genetics   prevention & control   MeSH
• Primary Prevention MeSH
• Stress, Psychological prevention & control   therapy   MeSH
• Relaxation MeSH
• Publication type
• Interview MeSH

Mentální retardace a poruchy autistického spektra jsou z hlediska genetiky velkou heterogenní skupinou mnoha vzácných onemocnění. Budou sekvenovány exomy u asi 100 rodin s postiženými dětmi se sporadickým i familiálním výskytem. Varianty budou hodnoceny podle různých modelů dědičnosti a kritérií pro posouzení patogenity. Budou odhaleny varianty v již validovaných kauzálních genech, které budou v rodinách klinicky využity, a varianty v kandidátních genech, u kterých budou hledáni v jiných kohortách ve světě pacienti s variantami v týchž genech. Jejich existence, podobnost fenotypů a funkční studie mohou vést k validaci nových kauzálních genů. Popis nových pacientů s variantami ve vzácně mutovaných genech upřesní korelaci genotyp-fenotyp. Bude sestavena databáze častých českých benigních populačních variant. Bude porovnána analýza panelů genů, exomů a genomů. Optimalizace stávajících laboratorních a bioinformatických postupů a další zkušenosti získané ve výzkumném uspořádání (informovaný souhlas, postoje k nejistotě, incidentalomu atd.) pomohou v zavádění těchto metod do rutinní pra...; From the genetics perspective intellectual disability and autism spectrum disorders are a large heterogeneous group of rare diseases. Exomes will be sequenced in about 100 families with sporadic or familial occurrence of affected children. Variants will be evaluated using all inheritance models and criteria for pathogenicity. Variants in validated causal genes will be found and used clinically in the families. For variants in candidate genes, other patients with variants in the genes will be searched in other cohorts worldwide. Their existence, phenotypic similarity and functional studies can lead to validation of new causal genes. New patients with variants in rarely mutated genes contribute to the genotype-phenotype correlation. A database of common Czech benign population variants will be assembled. Analyses of gene panels, exomes and genomes will be compared. Optimisation of extant pipelines and other experience gained in the research setting (informed consent, attitudes towards uncertainty, incidentalome etc.) will help in the implementation of these methods in routine practi...

• MeSH
• Exome genetics   MeSH
• Phenotype MeSH
• Genetic Variation genetics   MeSH
• Genetic Testing methods   MeSH
• Genotype MeSH
• Humans MeSH
• Intellectual Disability genetics   MeSH
• Autism Spectrum Disorder genetics   MeSH
• Computational Biology methods   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• psychiatrie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Komplexní patologické změny při chronické bakteriální infekci spolu s antibiotickou terapií představují stres, který selektuje adaptovanou bakteriální populaci na účinek antibiotik. Staphylococcus aureus je modelovým příkladem mimořádně úspěšného patogena, jehož neobvyklými strategiemi tolerance a alternativní rezistence k antibiotikům (perzistence, mutace cílového místa pro antibiotika a hypermutabilita) při chronické infekci se bude navrhovaný projekt prioritně zabývat. V rámci projektu bude pomocí fenotypových, genotypových a transkriptomických metod analyzován soubor vybraných časných a pozdních izolátů S. aureus od kohorty pacientů s cystickou fibrózou a porovnán s kontrolními kmeny z akutní infekce novorozenců a referenčními stafylokokových kmenů (n=100). Průkaz molekulárních mechanismů adaptací povede k lepšímu pochopení tohoto fenoménu a může vést k optimalizaci léčby konkrétních pacientů Pražského centra pro cystickou fibrózu.; Complex structural changes in the affected tissues develop during the course of chronic bacterial infection and along with antibiotic therapy act as strong stressors exerting a severe selective pressure and resulting in adapted bacterial population tolerant to antibiotics. Staphylococcus aureus is an extraordinarily successful opportunistic pathogen whose survival adaptation strategies like tolerance and alternative resistance to antibiotics (persistence, target site mutation, hypermutability) will be the main object of the Project. Therefore, a collection of early and subsequent late S. aureus isolates cultured from respiratory samples of chronically infected cystic fibrosis patients cohort will be analyzed using phenotypic, genotypic and transcriptomic methods and compared with the controls - S. aureus strains from newborn acute infections, and control reference strains (n=100). Determination of these molecular adaptation mechanisms may lead to improve understanding of the phenomena and optimization of antibiotic therapy for individual patients of Prague Cystic Fibrosis Centre.

• MeSH
• Drug Resistance, Bacterial MeSH
• Bacteriological Techniques methods   MeSH
• Molecular Diagnostic Techniques methods   MeSH
• Phenotype MeSH
• Genotype MeSH
• Humans MeSH
• Mutation MeSH
• Persistent Infection microbiology   MeSH
• Staphylococcal Infections microbiology   MeSH
• Staphylococcus aureus isolation & purification   MeSH
• Drug Tolerance MeSH
• Transcriptome MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• infekční lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• farmacie a farmakologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Nealkoholická jaterní steatóza (NAFLD) se pojí se zvýšeným rizikem kardiovaskulárních chorob a vyšší celkovou mortalitou. U pacientů po transplantaci jater je prevalence NAFLD/NASH (steatohepatitida) ve srovnání s běžnou populací významně vyšší. Identifikace časných známek NAFLD/NASH může být relevantní pro další predikci rozvoje onemocnění nejenom u transplantovaných pacientů, ale i v běžné populaci. Zaměříme se na tyto oblasti: 1. profilace rizikových alel vybraných genů asociovaných s vyšší pravděpodobností rozvoje steatózy v genomu příjemce; 2. přítomnost inzulínové rezistence a změn v energetickém metabolismu ve svalu a v játrech příjemce; 3. identifikace změn v expresi (aktivace/suprese) specifických metabolických drah ve štěpu metodou microarray (na úrovni transkriptomu). Dále se zaměříme na validaci neinvazivních metod, které mohou indikovat časné fáze NAFLD. Využijeme možnosti vzájemně korelovat údaje získané magnetickou rezonanční spektroskopií a elastografií s histologickým hodnocením a transkriptomickými daty.; Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) is associated with higher risk of cardiovascular disease and overall mortality. Identification of NAFLD/NASH (steatohepatitis) markers is relevant for NAFLD prediction or early diagnosis and treatment not only in liver transplant recipients, included into this study, but also in general population. We will focus on these indicators: 1. recipient ́s profile of genetic polymorphisms associated with higher probability of steatosis; 2. occurrence of insulin resistance and altered liver/skeletal muscle energy metabolism; 3. identification of genes and/or pathways differentially expressed in liver tissue due to NAFLD/NASH. We will also focus on the validation of non-invasive methods such as MR spectroscopy and elastography in identification of early stages of NAFLD. Results obtained from these non-invasive methods together with histological results and the identified set of genetic, metabolic and transcriptomic markers associated with NAFLD/NASH disease will be cross-correlated and assessed for its predictive value for the progression of NAFLD/NASH.

• MeSH
• Alleles MeSH
• Biomarkers MeSH
• Tissue Donors MeSH
• Genotype MeSH
• Insulin Resistance MeSH
• Humans MeSH
• Multiomics MeSH
• Non-alcoholic Fatty Liver Disease etiology   genetics   MeSH
• Postoperative Period MeSH
• Risk Factors MeSH
• Gene Expression Profiling MeSH
• Liver Transplantation MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• hepatologie
• transplantologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Rakovina je komplexní onemocnění podmíněné mutacemi v genech, které jsou důležité pro normální buněčné funkce jako např. buněčný růst a reparační procesy. Přibližně 5 až 10 % nádorů je asociováno se zárodečnou mutací zděděnou od rodičů. Současné poznatky naznačují, že dědičné predispozice k rozvoji nádorového onemocnění mohou být častější, než se dříve předpokládalo. Cílem navrhované studie je vyhledávání zárodečných mutací a změn, které vedou ke zvýšenému riziku vzniku leukemií a dalších hematologických malignit ve vybraných rodinách se opakovaným výskytem jedinců trpících hematoonkologickým onemocněním. Pro naplnění tohoto cíle využijeme exomové sekvenování a ověříme, zda mají sekvenční varianty nalezené ve vytipovaných rodinách onkopatogenetický význam také v obecném souboru pacientů. Předpokládáme, že zamýšlený postup povede ke zlepšení individualizované péče o onkologické pacienty a jejich rodiny a k modifikaci diagnostických a léčebných postupů onkologických onemocnění.; Cancer is a complex disease underlaid by mutations in genes responsible for cell functions such as cell growth and reparation processes. It is known that about 5 to 10 % of all cancers are associated with germline gene mutations inherited from parents. Growing evidence suggests that the inherited gene variants predisposing to the development of numerous cancer types could be more common than previously appreciated. The aim of the proposed study is to search for germline mutations and changes leading to increased risk of leukemia and other hematological malignancies in selected families with aggregation of several affected individuals. To fulfill this aim, we will explore inherited sequence variants using exome sequencing and evaluate the oncopathogenic significance of found variants in a general patient cohort. We believe that our approach will enhance individualized patient care and disease management.

• MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Hematologic Neoplasms genetics   MeSH
• Humans MeSH
• Mutation MeSH
• Risk Factors MeSH
• Exome Sequencing MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• hematologie a transfuzní lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Projekt se zaměřuje na rotaviry skupin A, B a C (RVA, RVB a RVC), které patří celosvětově k významným původcům gastroenteritid dětí i dospělých. V České republice je běžně prováděna diagnostika RVA antigenu ve vzorcích stolice, nicméně prevalence RVB a RVC u dětských i dospělých pacientů není známá. RVC byl prokázán jako původce gastroenteritid v některých evropských zemích a RVB je běžně diagnostikován v Asii jako původce průjmů dospělých. Zvýšená migrace obyvatelstva, prokázaný zoonotický potenciál rotavirů a stárnutí populace odůvodňují potřebu výzkumu v této oblasti. Ohroženy jsou zejména sociálně slabé skupiny obyvatelstva se sníženými hygienickými standardy včetně imigrantů z rozvojových zemí. Cílem projektu bude provést epidemiologickou studii u různých věkových skupin obyvatelstva a na základě sekvenční a fylogenetické analýzy s použitím celogenomového sekvenování stanovit zastoupení cirkulujících genotypů. Na základě získaných údajů bude vyvinuta diagnostická metoda založená na PCR, která umožní detekci všech skupin humánních rotavirů, jejichž výskyt lze v populaci očekáv...; The project is aimed at members of genus Rotavirus groups A, B, and C (RVA, RVB and RVC) which are an important cause of gastroenteritis worldwide. In the Czech Republic, the rotavirus diagnostics is directed to RVA antigen in stools; the prevalence of RVB and RVC in children and adult patients is unknown. RVC was described as an aetiological agent of diarrhoea in several European countries and RVB is commonly diagnosed in Asia as a cause of adult gastroenteritis. Increased migration, aging of population, and documented zoonotic potential of rotaviruses substantiate the need for research in this field. Especially endangered groups of population are socioeconomically segregated subpopulations and immigrants from developing countries. The goal of the project is to carry out an epidemiological study in different age groups of population and assess the distribution of circulating genotypes based on the sequence and phylogenetic analyses including next-generation sequencing. Next the PCR-based diagnostic method will be developed for detection of all rotavirus groups present in populati...

• MeSH
• Child MeSH
• Adult MeSH
• Phylogeny MeSH
• Gastroenteritis etiology   virology   MeSH
• Genotype MeSH
• Humans MeSH
• Rotavirus Infections virology   MeSH
• Rotavirus isolation & purification   pathogenicity   MeSH
• Whole Genome Sequencing methods   MeSH
• Check Tag
• Child MeSH
• Adult MeSH
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• infekční lékařství
• virologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR