Most (about 70%) malignant epithelial ovarian tumors are high grade serous carcinomas. The second most frequent are endometrioid and clear cell carcinomas (approximately 10% each), followed by low grade serous (<5%) and mucinous carcinomas (<3%). However, these tumors, despite low incidence, pose a serious problem, especially regarding the therapeutic potential of advanced tumors. Currently, along with the emergence of new treatment options (targeted therapy, immunotherapy), the detailed characterization of individual tumors is important, allowing not only assessment of prognosis but also predicting the response to the therapy. However, the characterization of rare types of ovarian epithelial tumors including not only assessment of morphological and immunohistochemical features, but also to genetic and epigenetic changes or the assessment of tumor microenvironment, is limited. This is due to their low incidence, and studies dealing with this problem are relatively rare, often assessing only limited range of parameters.

Většinu (asi 70 %) maligních epitelových nádorů ovaria představují high grade serózní karcinomy. Na druhém místě jsou s ohledem na incidenci endometroidní a světlobuněčné karcinomy (každý asi 10 %) následované low grade serózními (< 5 %) a mucinózními karcinomy (< 3 %). Tyto nádory však i přes nízkou incidenci představují závažný problém, zejména s ohledem na léčebné možnosti pokročilých nádorů. V současné době spolu s nástupem nových léčebných možností (cílená léčba, imunoterapie) nabývá na významu co nejpodrobnější charakterizace jednotlivých nádorů, která umožní nejen stanovení prognózy, ale případně i predikuje odpověď na léčbu. Charakterizace vzácných typů epitelových nádorů ovaria je však na komplexní úrovni zahrnující nejen hodnocení morfologických a imunohistochemických rysů, ale i genetických změn či hodnocení nádorového mikroprostředí limitovaná, zejména v souvislosti s jejich nízkou incidencí. Studie věnujících se této problematice jsou poměrně vzácné, často s omezeným počtem případů i hodnocenými parametry.

• Klíčová slova
• genetika, immunohistochemistry, genetics, ovarian tumors, nádory ovaria, mucinózní karcinom, low grade serózní karcinom, světlobuněčný karcinom, immunohistochemie, tumor infiltrující lymfocyty, mikrosatelitová instabilita, mucinous carcinoma, low grade serous carcinoma, clear cell carcinoma, tumor infiltrating lymphocytes, microsatellite instability,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

HNF1B is a transcription factor which plays a key role in ontogenesis and regulates the expression of numerous genes involved in cell cycle modulation. Epigenetic changes and mutations of HNF1B (TCF2) are involved in the tumorigenesis of certain tumors. Immuno-histochemically, these changes can be associated with the loss or overexpression of the HNF1B protein. The protein exists in several isoforms, whose number and precise characterization are presently not exactly known. Genome-wide association studies have found an association of certain single nucleotide polymorphisms with an increased or conversely decreased incidence of certain solid tumors, such as carcinomas of the prostate and endometrium. However, overall knowledge of the epigenetic and genetic changes of HNF1B and their relation to neoplasms is very limited. In our work we want to build on our previous project focused on the problematics of HNF-1B in female genital tract tumors, and extend the analysis to other types of solid tumors of this and other areas, in which HNF1B involvement in carcinogenesis can be expected.

HNF-1B je transkripční faktor, který hraje klíčovou roli při ontogenezi a reguluje expresi četných genů podílejících se na modulaci buněčného cyklu. Epigenetické změny a mutace HNF-1B (TCF2) se podílí na vzniku některých nádorů a na imunohistochemické úrovni se tyto změny mohou projevit ztrátou nebo zvýšenou expresí proteinu HNF-1ß. Protein se vyskytuje ve více izoformách, jejichž počet a přesná charakterizace však v současné době nejsou přesně známé. Celogenomové asociační studie prokázaly souvislost některých jednonukleotidových polymorfismů se zvýšenou či naopak sníženou incidencí některých solidních nádorů, jako jsou například karcinomy prostaty a endometria. Celkové znalosti týkající se epigenetických a zejména genetických změn HNF1B a jejich vztahu k nádorovým onemocněním jsou však velmi limitované. V naší práci chceme navázat na náš předchozí projekt zabývající se problematikou HNF1B u nádorů ženského genitálu a rozšířit analýzu na další typy solidních epitelových nádorů této a jiných oblastí, u kterých lze účast HNF1B v procesu karcinogeneze očekávat.

• MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• exprese genu MeSH
• hepatocytární jaderný faktor 1-beta genetika   MeSH
• imunohistochemie metody   MeSH
• lidé MeSH
• nádory genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Malignant melanoma represents the most aggressive type of skin cancer with high metastatic potential and poor prognosis. Better understanding of molecular mechanisms involved in pathogenesis of melanoma and identification of novel biomarkers is needed for precise diagnostic classification and prediction of therapeutical outcomes. Here we aim to perform a comprehensive study employing next-generation sequencing, in situ hybridisation and immunohistochemical analysis to identify new defects in oncogenes and tumour suppressor genes involved in melanoma, protein expression and characterization of stromal microenvironment. Selected mutations will be functionally tested in culture of melanocytes, focusing mainly on their role in DNA damage response and cell cycle checkpoints. Identified genetic changes will be correlated with histopathological findings, immunohistochemical profile and clinical data. We expect deepening of known and identification of new markers allowing better prediction, diagnosis and treatment of melanoma.

Maligní melanom (MM) představuje nejagresivnější typ kožních nádorů s vysokým metastatickým potenciálem a nepříznivou prognózou. Rozvoj poznatků týkajících se molekulárních mechanismů podmiňujících rozvoj MM a nalezení nových biomarkerů je potřebné pro přesnou diagnostiku a volbu léčebných postupů. V předkládaném projektu plánujeme provést komplexní studii založenou na sekvenování nové generace, in situ hybridizaci a imunohistochemické analýze se zaměřením na defekty v onkogenech a tumor supresorových genech zapojených do rozvoje MM, expresi proteinů a charakteristiku stromálního mikroprostředí. Funkční význam vybraných mutací bude dále testován na kulturách melanocytů, především se zaměřením na jejich roli v odpovědi na poškození DNA a regulaci buněčného cyklu. Nalezené změny na genetické úrovni budou korelovány s histopatologickým obrazem, imunohistochemickým profilem a s klinickými daty. Očekáváme prohloubení znalostí o známých a identifikaci nových biomarkerů umožňujících lepší predikci, diagnostiku a léčbu MM.

• MeSH
• geny p53 genetika   MeSH
• hybridizace in situ MeSH
• imunohistochemie metody   MeSH
• lidé MeSH
• melanom genetika   mikrobiologie   MeSH
• mutace MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• onkogeny genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The primary objective of the project is to studying of HNF-1 beta expression, mutation and epigenetic changes in some carcinomas of female genital tract. This study will be performed using analysis of archival tissue samples bioptically examined in our department, either in the past during the years 2006-2012, or during the study (2013-2015). Including of the samples in the study is subject to obtaining of informed consent. Total number of samples examined is supposed to be 250-300 (from 220-250 patients). All samples will be anonymised. Methodology includes in all cases immunohistochemical analysis of protein expression. In selected cases, Real-Time PCR analysis will be performed with methyl-profiler primers for analyzing the DNA methylation status of CpG islands. Detection of mutation HNF-1 beta gene will be performed by sequenation analysis.

Navrhovaný projekt se primárně zaměřuje na studium exprese, mutace a epigenetických změn HNF-1ß v některých karcinomech ženského genitálu. Studie bude prováděna na bioptických vzorcích vyšetřených a archivovaných na našem pracovišti. Tato tkáň se odebírá v rámci diagnostických nebo terapeutických zákroků a je vyšetřena v rutinním bioptickém provozu, ať už v minulých letech (v období 2006-2012), nebo v průběhu studie. Celkem se bude jednat o 250-300 vzorků od 220-250 pacientek. Zařazení vzorků do studie je podmíněno podepsáním informovaného souhlasu. Vzorky budou anonymní a v rámci studie nebude možná identifikace jednotlivých pacientek. Metodika bude ve všech případech zahrnovat imunohistochemickou analýzu exprese proteinu. Ve vybraných případech bude provedena analýza real-time PCR s metyl-profilujícími primery ke zjištění metylačního stavu genu. Detekce mutací genu HNF-1ß bude provedena asi u 120 případů vybraných nádorů metodou sekvenační analýzy.

• MeSH
• exprese genu MeSH
• gynekologická onemocnění diagnóza   genetika   MeSH
• hepatocytární jaderný faktor 1-beta analýza   MeSH
• imunohistochemie MeSH
• metylace MeSH
• mutace MeSH
• nádory ženských pohlavních orgánů diagnóza   genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   využití   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   využití   MeSH
• ženy MeSH

• Konspekt
• Gynekologie. Porodnictví
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Accurate clinical staging is crucial for the management of patients in early stages of cervical cancer. Ultrasound examination has certain advantages compared to a golden standard of magnetic resonance imaging: dynamic tests combined with functional Doppler display. Ultrasound allows for very accurate local staging and subsequent individualization of treatment. Accuracy of ultrasound is comparable to magnetic resonance imaging, ultrasound, however, requires considerable level of erudition. The proposed project is exploring whether the erudition is transferable, in which parameters and under what conditions, and it sets rules and conditions for obtaining and maintaining erudition in ultrasound of the cervix. This issue is currently widely discussed and is crucial for the introduction of ultrasound into clinical practice in oncogynecology.

Přesný klinický staging je klíčový pro management pacientek v časných stádiích karcinomu děložního hrdla. Ultrazvukové vyšetření má oproti dosud standardně využívané magnetické rezonanci výhodu dynamického vyšetření kombinovaného s funkčním dopplerovským zobrazením, umožňuje velmi přesný lokální staging s následnou individualizací léčby. Přesnost ultrazvuku je srovnatelná s magnetickou rezonancí, ultrazvukové vyšetření však vyžaduje značnou erudici vyšetřujícího. Navrhovaný projekt zkoumá, zda je tato erudice přenositelná, v jakých parametrech a za jakých podmínek, a stanovuje pravidla a podmínky pro získání a udržení erudice v ultrazvukovém vyšetření děložního hrdla. Tato problematika je v současnosti široce diskutována a je klíčová pro zavedení ultrazvuku do běžné klinické praxe v onkogynekologii.

• MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• karcinom diagnóza   MeSH
• nádory děložního čípku diagnóza   MeSH
• staging nádorů MeSH
• transrektální ultrazvuk o vysoké intenzitě MeSH
• ultrasonografie MeSH
• ženy MeSH

• Konspekt
• Gynekologie. Porodnictví
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

This proposal is designed as a retrospective study analyzing molecular characteristics of borderline ovarian tumors and comparing these characteristics to biological behavior of tumors. We will study frequency and modalities of inactivation of certain cellular pathways in tumor tissue. Analysis will comprise wide spectrum of genomic (genetic and epigenetic) changes ? mutations of oncogenes KRAS and BRAF, loss of heterozygosity in chromosomal loci harboring tumorsupressor genes and methylation of promoter sequences. Comparison of genomic changes of benign, borderline and malignant tumors will identify changes important and typical for progression to invasive disease. Collected data will be compared to clinical and pathological characteristics of concrete tumor. Model of prediction and prognosis will be reveloped as an output and is supposed to allow tailor therapy to concrete tumor characteristics in each patient.

Navrhovaný projekt se zabývá retrospektivním studiem molekulárních charakteristik borderline nádorů vaječníků a vztahem těchto charakteristik k biologickému chování nádorů. V tkáních tumorů budou zkoumány četnosti a způsoby inaktivace některých buněčnýchcest. Analyzovány budou jak genetické ? mutace genů KRAS a BRAF a ztráta heterozygosity v chromozomálních oblastech nesoucích některé tumorsupresory -, tak epigenetické (metylace promotorových sekvencí) změny. Porovnáním molekulárních změn v benigních,borderline a maligních nádorech vaječníků budou identifikovány změny důležité pro progresi nádoru v invazivní karcinom. Získaná data budou vztažena ke klinicko-patologickým charakteristikám nádorů u jednotlivých pacientek. Výsledkem pak bude model predikce biologického chování bordeline nádorů na základě jejich molekulárních charakteristik. Takovýto model bude v kontextu výzkumu borderline ovariálních nádorů jedinečný a umožní přizpůsobit terapii konkrétním charakteristikám nádoru u konkrétní pacientky.

• MeSH
• metylace DNA MeSH
• nádorová transformace buněk MeSH
• nádory vaječníků klasifikace   MeSH
• onkogenní protein p21(ras) MeSH
• promotorové oblasti (genetika) MeSH
• protoonkogenní proteiny B-raf MeSH
• protoonkogenní proteiny MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• smíšený nádor Müllerův klasifikace   MeSH
• staging nádorů MeSH
• transformované buněčné linie MeSH
• ztráta heterozygozity MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The evidence of micro-metastases in catchment pelvic lymphatic nodes is a prognostic parameter in early- stage cervical carcinoma recently discussed in the literature. The assessment of the presence of infection by human papillomaviruses (HPV) is one ofmethods for identification of micro-metastases. Detection of high-risk strains of human papillomaviruses (HR HPV), and perhaps even genotypization of 13 subtypes, will be carried out from samples taken from the tumour tissue, sentinel nodes and other catchment lymphatic nodes. The presence of HR HPV will be correlated with the results of standard histopathological investigation and histological investigation of the sentinel node. The expected benefit of the study consists of an improvement of diagnostics of the micro-metastatic affection of lymphatic nodes.

Průkaz mikrometastáz ve spádových pánevních lymfatických uzlinách je recentně literárně diskutovaným prognostickým parametrem u časných stádií karcinomu děložního hrdla. Jednou z metod identifikace mikromestáz je vyšetření přítomnosti lidských papillomavirů (HPV). Průkaz vysoce rizikových kmenů lidských papillomavirů (HR HPV) bude proveden ze tkáně nádoru, sentinelových uzlin a ostatních spádových lymfatických uzlin. V případě pozitivity bude provedena genotypizace 13 hlavních HR genotypů HPV. Bude korelována přítomnost HR HPV s výsledky standardního histopatologického vyšetření a histologického vyšetření sentinelové uzliny. Očekávaný přínos studie je ve zpřesnění diagnostiky mikrometastatického postižení lymfatických uzlin.

• MeSH
• biopsie sentinelové lymfatické uzliny MeSH
• časná diagnóza MeSH
• infekce papilomavirem MeSH
• lymfatické metastázy MeSH
• nádory děložního čípku chirurgie   terapie   MeSH
• ženy MeSH

• Konspekt
• Gynekologie. Porodnictví
• NLK Obory
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Pathomorphology of diseases of musculoskeletal system will be studied to outline some new histologic features, immunophenotype and biologic behaviour of bone and soft tissue tumours and tumour-like lesions. A normologic histomorphologic study of fetal bones will be provided.

Patomorfologie nádorových a nenádorových onemocnění kostí a měkkých tkání. Histomorfologie fetálního skeletu. Myochondroblasty, cykliny D u obrovskobuněčných lézí. Histopatologie, imunohistochemie, elektronová mikroskopie a molekulární patologie nádorů atumoriformních lézí kostí a měkkých tkání.

• MeSH
• aktiny MeSH
• chondrocyty MeSH
• elektronová mikroskopie MeSH
• histocytochemie MeSH
• histologie srovnávací MeSH
• imunohistochemie MeSH
• muskuloskeletální systém anatomie a histologie   patologie   MeSH
• nádory kostí patofyziologie   MeSH
• nemoci chrupavky patofyziologie   MeSH
• nemoci kostí patofyziologie   MeSH
• obrovskobuněčný nádor kosti MeSH
• protoonkogenní proteiny MeSH
• tkáně patofyziologie   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• ortopedie
• biologie
• biochemie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

This project improve diagnostic algorithm and explain the role of mast cells in IC by their calculating in the detrusor biopsy. The final stage of this project will be to establish the relation between results of symptom score index and bladder biopsy.

Projekt obsahuje zpřesnění diagnostiky a úlohy mastocytů u intersticiální cystitidy, jejich kvantifikací v bioptickém vzorku z detruzoru, stanovení možné závislosti mezi symptomovým skóre a počtem mastocytů za použití standardních statistických metod

• MeSH
• biopsie MeSH
• faktorová analýza statistická MeSH
• intersticiální cystitida diagnóza   MeSH
• mastocyty MeSH
• močový měchýř chirurgie   MeSH
• poruchy močení MeSH
• stupnice dopadu nemoci na kvalitu života MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• urologie
• chirurgie
• transplantologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Pathomorphology of diseases of musculoskeletal system will be studied to outline some new histological features, immunophenotype and biologic behaviour of bone and soft tissue tumours and of some osteopathies. Bone tissue changes after implantation of prostheses will be defined.

Etiopatogeneze a patomorfologie nádorových a nenádorových onemocnění pohybového aparátu. Histopatologie, imunohistochemie, FISH a elektronová mikroskopie nádorů a tumoriformních lézí kostí a měkkých tkání, osteopatií a osteodysplazií.

• MeSH
• elektronová mikroskopie MeSH
• imunohistochemie MeSH
• nádory kostí patologie   MeSH
• nádory měkkých tkání MeSH
• nemoci kostí MeSH
• vývojové onemocnění kostí MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• ortopedie
• cytologie, klinická cytologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR