The use of chip technologies, cytogenetic and molecular cytogenetic methods for a study of genetic and chromosomal changes in the cancer genome of individuals with MGUS, AMM, SMM and PCL aimed at understanding the role of genetic changes and aberrations in progression/relapse and treatment failure: a) cytogenetic study of the genome of patients using FISH and high-resolution arrayCGH; b) array CGH analysis of DNA isolated from CD138+ plasma cells aimed at determination of unbalanced and cryptic changes; c) study of aberrations of the X chromosome, mainly UTX and NUDT11 genes, and chromosome 1; d) analysis of t(4;14) and assessment of the MMSET and FGFR3 genes; e) analysis of the frequency of c-Myc gene aberrations; f) identification of features of the MGUS subgroup with high risk of malignant transformation; g)relationship of genetic and chromosomal changes with ISS MM stratification levels of NF-kappaB,DKK-1,RANKL/OPG,MIP-1alpha and HLC pairs.

Využití čipových technologií,cytogenetiky a molekulární genetiky pro studium genových a chromozomových změn v nádorovém genomu jedinců s MGUS, AMM, SMM a PCL s cílem porozumět roli genetických změn a aberací při progresi/relapsu a selhání léčby: a)cytogeneticky, metodami FISH a arrayCGH s vysokým rozlišením vyšetřovat genom nemocných s MGUS, AMM, SMM a PCL; b)metodou arrayCGH analyzovat DNA izolovanou z CD138+ plazmocytů s cílem určit nebalancované a kryptické změny; c)studovat aberace chromozomu X, především geny UTX a NUDT11 a chromozomu 1; d)analýza t(4;14) s vyhodnocením počtu kopií a lokalizací genů MMSET a FGFR3; e)analyzovat výskyt aberací genu c-Myc; f)vytypovat znaky podskupiny MGUS s „vysokým rizikem“ maligní transformace v MM; g)analyzovat vztah genových a chromozomových změn se stratifikací MM dle ISS, stupněm/trváním léčebné odezvy, s hladinami NF-kappaB, HGF, osteopontinu, syndecanu-1,DKK-1, poměru RANKL/OPG, MIP-1alfa, ICTP v séru a HLC a vyčlenit „vysoce rizikové“podskupiny MM.

• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetika MeSH
• lidské chromozomy X MeSH
• lidské chromozomy, pár 1 MeSH
• mnohočetný myelom diagnóza   terapie   MeSH
• monoklonální gamapatie nejasného významu MeSH
• nádorový supresorový protein p53 MeSH
• prognóza MeSH
• recidiva MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• spektrální karyotypizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Abnormal DNA content in the nuclei of tumour cells, which usually arises from chromosomal aneuploidy, is a frequent finding in malignant tumours. Polyploidy is usually connected to prognostically unfavourable course of disease. Oncogenes are active genesable to cause or support malignant transformation. The disorder of function or increased expression of the product of oncogene leads in a final consequence to the stimulation of tumour growth. Tumour suppressor genes encode proteins which inhibit cell division. When these genes are damaged it may happen that cells escape from control mechanisms and this also opens the way for tumour proliferation. The aim of the project is a comparison of changes in cell ploidy with some tumour biomarkers, namely p53,bcl-2, HER-2/neu and Ki-67 in relation to the other prognostic factors and the clinical course of the disease.

Abnormní DNA obsah v jádrech nádorových buněk, který je dán zpravidla chromozomální aneuplopiditou, je častým nálezem u maligních tumorů. Polyploidita je obvykle spojena s prognosticky nepříznivým průběhem onemocnění. Onkogeny jsou aktivní geny schopné způsobit nebo podpořit nádorovou transformaci. Porucha funkce nebo zvýšená exprese produktu onkogenu vede v konečném důsledku k stimulaci nádorového růstu. Tumor supresorové geny kódují proteiny, které inhibují buněčné dělení. Při jejich poškození docházík úniku buněk z kontrolních mechanizmů vedoucí opět k nádorovému bujení. Cílem projektu je komparace změn v buněčné ploiditě s některými nádorovými biomarkery, zejména p53, bcl-2, HER-2/neu a Ki-67 ve vztahu k dalším prognostickým faktorům a klinickémuprůběhu onemocnění.

• MeSH
• aneuploidie MeSH
• antigen Ki-67 MeSH
• karyotypizace MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádorový supresorový protein p53 MeSH
• nádory endometria diagnóza   genetika   MeSH
• onkogeny MeSH
• ploidie MeSH
• receptor erbB-2 MeSH
• steroidní receptory MeSH
• supresorové geny MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The project is focused on determination of the relationship of hormonal and genetic factors and fertility capability of germ cells in men with non-obstructive azoospermia. Project includes determination of androgens in blood and testicular tissue,of genetic, morphological, immunocytochemistry analysis of sperms, histopathological, immunohistological analysis of testicular tissue and molecular-cytogenetic analysis of embryos. We assume to utilize the results for prognosis specification of IVF and to further optimize the therapeutically-diagnostic approach to patients with non-obstructive azoospermia. The presented project presents the most complex and the most extensive study in relation of hormonal end genetic factors and the degree of spermatogenesisimpairment in men with non-obstructive azoospermia.

Předkládaný projekt je zaměřen na určení vztahu hormonálních a genetických faktorů a fertilizační schopnosti zárodečných buněk u mužů s neobstrukční azoospermií. Zahrnuje stanovení hladin androgenů v krvi a testikulární tkáni, genetické, morfologické a imunocytochemické vyšetření spermií, histopatologické a imunohistologické vyšetření testikulární tkáně a molekulárně-cytogenetické vyšetření embryí po intracytoplazmatické injekci spermiemi. Předpokládáme využití získaných informací pro upřesnění prognózyúspěšnosti asistované reprodukce u pacientů s neobstrukční azoospermií. Projekt představuje nejkomplexnější a nejrozsáhlejší studii vztahu hormonálních a genetických faktorů a stupně poškození spermatogeneze u mužů s neobstrukční azoospermií.

• MeSH
• androgenní receptory krev   MeSH
• androgeny MeSH
• asistovaná reprodukce MeSH
• azoospermie MeSH
• muži MeSH
• mužská infertilita MeSH
• preimplantační diagnóza MeSH
• spektrální karyotypizace MeSH
• spermatogeneze MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• endokrinologie
• andrologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1. Analysis of gene expression profile in MDS patients using cDNA microarray assay . Investigation of mutation status of proliferation genes and by determination of methylation status of differentiation genes. 2. Comparison of results obtained by gene expression profiling with results of clonality assay, measurement of telomere length and with karyotype analysis using molecular cytogenetics methods as well as with clinical data. 3. Determination of valid prognostic factors on the base of results of molecular genetics methods contributing to identification of a subgroup of risk patients with early MDS and potentially adverse outcome which should be indicated for stem cell transplantation. 4. Usefulness of a complex of molecular genetics methods for evaluation of clonal remission after chemotherapy or after administration of drugs targeting methylation status of differentiation genes or activity of proliferation genes.

1. Analýza genového expresního profilu u nemocných s MDS pomocí biočipů, sledování mutačního stavu proliferačních genů a stupně metylace promotorů diferenciačních genů. 2. Porovnání nálezů získaných při vyšetření genového expresního profilu s vyšetřenímstupně klonality, délky telomér, s analýzou karyotypu pomocí metod molekulární cytogentiky a s klinickými daty. 3. Určení prognostických faktorů na molekulárně genetické úrovni, jež by pomohly identifikovat u časných fází MDS rizikové nemocné s potenciálně nepříznivou prognosou a indikovaných k transplantaci krvetvorných buněk. 4. Využití komplexu molekulárně genetických metodik k hodnocení klonální remise po chemoterapii či po podání látek cíleně ovlivňujicích stupeń metylace diferenciačních genů a aktivitu proliferačních genů.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• DNA sondy MeSH
• exprese genu MeSH
• geny ras MeSH
• karyotypizace MeSH
• klonální delece MeSH
• metylace DNA MeSH
• myelodysplastické syndromy MeSH
• prognóza MeSH
• telomery MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Project is aimed at analysis of molecular cytogenetic markers with prognostic value in selected childhood tumors of embryonal origin (medulloblastoma/PNET, neuroblastoma, retinoblastoma, and other extracranial solid tumors). Bioptic material will be examined using CGH, HR-CGH and FISH techniques; tumor tissue will be also cultivated for metaphase analysis using SKY technique and G-banding. Histological type of the cell culture will be assessed by immunocytochemical methods. Relevance of molecular cytogenetic techniques (CGH, HR-CGH, SKY) for detection of specific aberrations and correlation between detected cytogenetic markers and clinical course of the disease will be evaluated. The final outcome of the project will be the assessment of the importanceof cumulative cytogenetic changes for both subclasification of patients and prediction of the course of disease.

Projekt je zaměřen na analýzu molekulárně cytogenetických markerů s prognostickým významem u vybraných embryonálních nádorů dětského věku (medulloblastom/PNET, neuroblastom, retinoblastom a další extrakraniální solidní nádory). Materiál z biopsií bude přímo vyšetřován metodami CGH, HR-CGH a FISH; nádorová tkáň bude rovněž kultivována v podmínkách in vitro za účelem vyšetření metafází metodami G-banding a SKY. Ověření typu kultivovaných buněk bude prováděno imunocytochemicky. Dalším cílem projektu je posoudit přínos zvolených technik (CGH, HR-CGH, SKY) pro zvýšení záchytu specifických aberací a zhodnotit korelaci mezi detekovanými molekulárně cytogenetickými markery a klinickým průběhem onemocnění. Finálním výstupem projektu bude zhodnocení významu kumulovaných cytogenetických změn pro subklasifikaci nemocných a predikci průběhu onemocnění.

• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   MeSH
• dítě MeSH
• embryonální karcinom MeSH
• hybridizace genetická MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• kmenové buňky embryonálního karcinomu cytologie   MeSH
• prognóza MeSH
• spektrální karyotypizace MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The object of the proposed project is the analysis of genetic changes, contributing to diagnosis and/or prognosis, especially in pediatric bone and soft tissue tumors. In order to analyse chromosomal and genetic changes, we will apply classical cytogenetics and molecular cytogenetics (FISH,M-FISH) and a most recent technology, arrayCGH, in combination, where necessary, with CGH. The results will be correlated with clinical data and histopathologic morphologic analysis. The aim is a better definition ofnon-random changes in cancer cells.

Předmětem řešení navrhovaného projektu je studium genetických změn, s významem pro diagnózu i prognózu, především u vybraných dětských nádorů měkkých tkání a kostí. Pro určování chromosomálních a genových změn použijeme techniku klasické cytogenetiky a molekulárně cytogenetické techniky FISH a M-FISH a nejmodernější techniku arrayCGH v kombinaci, dle potřeby, s CGH. Výsledky budou korelovány s klinickými daty nemocných a s výsledky histopatologické diagnózy. Stanovení chromosomálních i genových změn přispěje ke zpřesnění diagnózy a k hlubšímu poznání podstaty nenáhodných změn v nádorových buňkách.

• MeSH
• cytogenetika MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   využití   MeSH
• dítě MeSH
• nádory kostí diagnóza   MeSH
• nádory měkkých tkání diagnóza   MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• spektrální karyotypizace metody   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• cytologie, klinická cytologie
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Patients with superficial bladder carcinoma before TUR will be included into the project. The subject of the project will be accessing of quantitative noninvasive urinary tests before TUR, two weeks after the operation and before every cystoscopy checks.BTA TRAK and UBC IRMA tests will be carried out in the Czech Rep. A perspectiove test BLCA-4 will be carried out in the USA. Serial sample taking of the markers will enable to correlate their dynamics with the disease development. The test sensitivity when detecting the primary tumor and recurrence will be accessed and compared. The dynamics of the markers after TUR and during the surveillance will be accessed, which will enable to suggest and individual threshold value. The project will bring a proposal of how to use markers during the surveillance of the patients with superficial bladder carcinoma. It will enable to reduce the number of cystoscopy checks, which will improve the quality of patients life.

Zařazeni budou pacienti s povrchovým uroteliálním karcinomem močového měchýře před TUR. Předmětem bude hodnocení kvantitativních neinvazivních močových testů. Budou provedeny před TUR, 2 týdny po výkonu a před každou kontrolní cystoskopií. V ČR budou prováděny testy BTA TRAK a UBC IRMA. Perspektivní test BLCA-4 bude realizován v USA. Seriové odběry markerů umožní korelovat jejich dynamiku s průběhem onemocnění, tedy vznikem recidivy nebo progrese. Hodnocena a srovnávána bude senzitivita testů při záchytu primárního tumoru a recidiv. Posuzována bude dynamika změn hodnot markerů po TUR a během sledování, což umožní navrhnout metodiku stanovení individuální prahové hodnoty. Studie přinese návrh použití markerů při sledování pacientů s anamnézou povrchových nádorů měchýře. Umožní snížit počet cystoskopických kontrol, což bude mít přínos pro kvalitu pacientova života i ekonomický.

• MeSH
• ELISA metody   trendy   využití   MeSH
• miniinvazivní chirurgické výkony metody   MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• nádory močového měchýře diagnóza   MeSH
• recidiva MeSH
• sekundární prevence MeSH
• spektrální karyotypizace metody   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• urologie
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Implementation of the molecular genetic and molecular cytogenetic methods in the diagnostics of neurofibromatosis type 1 (von Recklinghausen, NF1) with the aim to improve the diagnostics with employment in prenatal diagnostics. Determination of the genotype/phenotype correlation by using clinical, electrophysiological, molecular genetic and cytogenetic methods. Discovering the incidence of NF1 and proportion of fresh mutations in Czech republic.

Zavedení molekulárně cytogenetických a molekulárně genetických metod v diagnostice neurofibromatózy 1. typu. Zpřesnění korelace genotypu a fenotypu za použití klinických, biochemických, elektrofyziologických, molekulárně cytogenetických a molekulárně genetických metod. Zavedení registu pacientů s rodinných příslušníků a zjištění incidence NF1 v České republice a stanovení podílu čertsvých mutací mezi pacienty.

• MeSH
• cytogenetika metody   MeSH
• genetické techniky využití   MeSH
• management nemoci MeSH
• mutace MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• neurofibromatóza 1 MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• polymorfismus genetický MeSH
• spektrální karyotypizace MeSH
• vysokoúčinná kapalinová chromatografie metody   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• oftalmologie
• dermatovenerologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Molecular cytogenetic study of large cohort of patients with brain tumours. Identification of the most frequent chromosomal changes and evaluation of significance of single and cumulative cytogenetic aberrations for course and prognosis of the disease. To establish prognostic model of brain tumours on the basis of genetic aberrations. Stratification of the patients into prognostic groups with possibilities to optimalize the efficiency of the treatment.

Molekulárně cytogenetická studie signifikantní skupiny nemocných s mozkovými tumory. Sledování nejčastějších chromosomových aberací a zhodnocení významu jednotlivých i kumulovaných cytogenetických odchylek pro průběh a prognózu onemocnění. Vytvoření prognostického modelu na základě genetických aberací. Stratifikace nemocných do prognostických skupin s možností následné optimalizace léčebného přístupu.

• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetika metody   MeSH
• genetické struktury MeSH
• nádory mozku diagnóza   terapie   MeSH
• prognóza MeSH
• spektrální karyotypizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• neurologie
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Project is the continuation of prospective study of patients with immunodeficiency based on the syndrome diGeorge. The majority of patients has detectable microdeletion on chromosome 22 and subsequent complex symptomatology including missing thymus. Dysregulation of the immune system is followed according to the investigation of double positive CD4+CD8+cells, that might escape central tolerance, TCR Vbeta clonality, gama/delta T lymphocytes, systemic and organ specific autoantibodies. All patients are tested for 22q11 microdeletion by in situ hybridisation FISH. Patients with diGeorge phenotype, but not proven 22q11 vaste microdeletion, would be included to more detailed analysis of critical 22q11 region. The genetic investigation of these patients would include gene Tbx1, described as candidate gene involved most probably in the pathogenesis of syndrome diGeorge.

Projekt je pokračováním dlouhodobého prospektivního sledování skupiny pacientů s imunodeficiencí na podkladě syndromu diGeorge. Většina pacientů s tímto onemocněním má mikrodeleci na 22 chromozomu a následné komplexní postižení zahrnující chybění thymu.U pacientů sledujeme dysregulaci imunitního systému, dvojitě pozitivní T lymnfocyty, které mohou uniknoout procesům centrální tolerance, TCR Vbeta restrikci lymfocytárních klonů, systémové a orgánově specifické autoprotilátky. U všech pacientů mapujeme mikrodeleci na 22 chromozomu metodou in situ hybridizace FISH. Nově se zaměříme na pacienty, u kterých tato relativně rozsáhlá delece nebyla prokázána, u kterých budeme detailně mapovat kritickou oblast na 22 chromozomu. Při těchto genetických vyšetřeníchse zaměříme na popsaný gen Tbx1, který je kandidátním genem, hrajícím klíčovou roli v patogeneze syndromu diGeorge.

• MeSH
• autoimunita MeSH
• chromozomální delece MeSH
• cytogenetické vyšetření MeSH
• DiGeorgeův syndrom imunologie   MeSH
• dítě MeSH
• lymfatické nemoci MeSH
• spektrální karyotypizace MeSH
• T-lymfocyty MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• histologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• alergologie a imunologie
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR