Cíle: Cílem studie bylo vyhodnotit úplnost dat a odhadnout senzitivitu surveillance spalniček v rámci hlášení do nové elektronické verze národního Informačního systému infekční nemoci (ISIN) za účelem posouzení fungování tohoto systému. Metody: Byla hodnocena úplnost hlášení spalniček v ISIN pro demografické charakteristiky (týden a kraj hlášení, věk a pohlaví), datum prvních příznaků, komplikace, hospitalizace, stav očkování, použité laboratorní metody a země importu od ledna 2018 do června 2019. Pomocí metody dvojího záchytu „capture-recapture method“ (CRM) porovnáním registrů Národní referenční laboratoře (NRL) a ISIN byl vyhodnocen počet případů spalniček. Případy byly spárovány pomocí jedinečného osobního identifikátoru (rodné číslo). Celkový odhadovaný skutečný počet případů spalniček v populaci byl vypočten pomocí Chapmanova vzorce. Senzitivita hlášení byla kalkulována podílem počtu hlášených případů odhadovaným skutečným počtem případů pomocí CRM. Výsledky: V ISIN bylo ve stanoveném časovém období nahlášeno 765 případů spalniček. U mnoha proměnných byla nalezena 100% úplnost. Data chyběla hlavně u statusu očkování (20 %), sérologických výsledků (55 %) a použitých laboratorních metod (8 %). NRL vyšetřila v uvedeném období 653 vzorků pacientů. V obou registrech (ISIN a NRL) bylo zachyceno celkem 612 shodných případů. Odhadovaný skutečný počet případů spalniček v populaci pomocí CRM byl 816 (95% CI: 809–823) ve srovnání se skutečně hlášenými 806 případy při spárování dat obou systémů. Odhadovaná senzitivita surveillance systému je 98,8 %. Pět procent (n = 41) případů pozitivně testovaných v NRL nebylo v ISIN hlášeno. Závěr: U většiny proměnných jsme zjistili vysokou úroveň úplnosti údajů o případech onemocnění spalničkami hlášených v ISIN. Odhadovaný skutečný a reálně hlášený počet případů dobře koreloval a vypočtená senzitivita systému ISIN byla na velmi vysoké úrovni. Zdroje dat použité ve studii nebyly navzájem dostatečně nezávislé, a proto výsledky nemusí být zcela přesné. Do budoucna je vhodné provést určité technické změny v ISIN, zejména nastavit více povinných polí v rámci jednotlivých proměnných a více logických syntaxí v automatickém nastavení systému, pro dosažení vyšší úplnosti, kontroly kvality a validity vkládaných dat. Poskytovatelé údajů by měli do ISIN hlásit všechny případy spalniček s maximální precizností při zadávání jednotlivých proměnných, a vyšetřující laboratoře zasílat vzorky ke konfirmaci do NRL v požadovaných případech.

Aim: The aim of study was to evaluate completeness and estimate sensitivity of the measles surveillance using the new electronic version of the national notification system of infectious diseases (ISIN) in order to assess its performance. Material and Methods: The completeness of measles reporting in the ISIN for demographic characteristics (week and region of reporting, age and gender), date of onset, complications, hospitalisations, vaccination status, used laboratory methods and country of import from January 2018 to June 2019 was assessed. The register from National Reference Laboratory (NRL) and the ISIN were compared using the capture-recapture method (CRM). Cases were matched using unique personal identifier. The total number of measles cases in the population was assessed using the Chapman’s formula. Sensitivity of reporting was calculated by dividing the number of reported cases by the CRM estimated true number of cases. Results: In the ISIN, 765 measles cases were registered within specified time period. For many variables 100% completeness was found. The data were missing mainly for vaccination status (20%), serology results (55%) and used laboratory methods (8%). The NRL confirmed 653 patient samples in respected period. Within both registries (ISIN and NRL) the total 612 cases were matched. Estimated real number of measles cases using the CRM was 816 (95% CI: 809-823) compared to 806 reported cases. The estimated surveillance system sensitivity was 98.8%. Five percent (n = 41) of cases tested positively in the NRL were not reported to the ISIN. Conclusions: We found high level of reported measles data completeness in the ISIN for most variables. Estimated real and reported number of cases was in a good correlation and calculated sensitivity of the ISIN was on very high level. Though, the data sources used in the study were not independent on each other, therefore results may not be fully accurate. The technical changes (more mandatory fields and more logical syntax to check data) in the ISIN to improve data completeness are being recommended. Data providers should report all measles cases to the ISIN with maximum precision in entering individual variables and investigating laboratories should send samples for confirmation to the NRL in required cases.

• MeSH
• Disease Notification MeSH
• Humans MeSH
• Measles * epidemiology   MeSH
• Population Surveillance methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Geographicals
• Czech Republic MeSH

Cíl práce: Mezi roky 2017 a 2019 došlo ke globálnímu rozšíření viru a vzniku rozsáhlé epidemie spalniček, která náhle skončila na počátku roku 2020. Také v České republice (ČR) probíhaly epidemie spalniček jako součást celosvětového postižení. V současné komplikované epidemiologické situaci nabývá na významu molekulární surveillance, která je nezbytná pro potvrzení importu onemocnění a pro sledování cest přenosu viru. Umožňuje získat důkazy o přerušení endemického šíření a je nepostradatelná pro verifikaci eliminace spalniček. Cílem práce je zjistit, zda některý z genotypů viru spalniček cirkuloval v ČR déle než 12 měsíců, a tím se potvrdilo nebo vyvrátilo endemické šíření viru na našem území ve vztahu k nedávnému odebrání statusu země s eliminovanými spalničkami. Dalším cílem je zhodnocení současné laboratorní diagnostiky v souvislosti s epidemiemi spalniček posledních let a povinností zasílat vzorky ke konfirmaci a genotypizaci. Materiál a metodika: Celkem bylo molekulárně analyzováno 243 pozitivních nazofaryngeálních výtěrů od pacientů z ohnisek nákazy z celé ČR odebraných v letech 2018 a 2019. Molekulární analýza byla provedena sekvenováním nejvariabilnější části genomu viru spalniček – genu nukleoproteinu (N-450), podle metodiky Světové zdravotnické organizace (WHO). Sekvenční analýza byla provedena Sangerovou metodou s využitím sekvenátoru Applied Biosystems 3500, data byla analyzována pomocí bioinformatického softwaru Geneious. Výsledky: V ČR se během epidemie v letech 2018–2019 uplatnily pouze dva genotypy, majoritní D8 v osmi variantách a minoritní B3 v šesti variantách, u 8 vzorků byl detekován genotyp A. Dominující genotyp roku 2017 (D8, 4283) se v ČR poprvé objevil v lednu 2018 a po čtyřech měsících byl nahrazen genotypem D8, 4683, který se v ČR uplatňoval od března 2018 až do června 2019. Vzorků s tímto genotypem bylo 170/243, tj. 70 %. Mezi první a další detekcí tohoto genotypu byly tři měsíce s nulovým záchytem, to ovšem neznamená, že by během těchto měsíců v populaci necirkuloval. Analýza sedmi vzorků z roku 2017 spolupracující Regionální referenční laboratoří v Institutu Roberta Kocha v Berlíně (RRL RKI) prokázala u pěti vzorků z Ostravy příslušnost ke genotypu B3 a dvě různé varianty genotypu D8 (Praha, Liberec). V laboratorní diagnostice byl zaznamenán posun v typu zasílaných klinických materiálů, neboť mezi lety 2017 a 2019 vzrostl podíl vzorků k přímému průkazu viru z 18 % na 43 %. Zasílání vzorků k sekvenaci do Národní referenční laboratoře v Praze (NRL) probíhalo podle nastavených legislativních pravidel. Laboratoře za rok 2018 a 2019 zaslaly celkem 424 vzorků. Sekvenace byla úspěšná u 243 z nich, tj. u téměř 60 %. U ostatních vzorků se sekvenace nepodařila pro nízkou virovou nálož. Závěry: V ČR byla zavedena sekvenace viru spalniček jako nezbytná součást molekulární surveillance, podařilo se analyzovat téměř 60 % pozitivních vzorků. Na základě provedené sekvenční analýzy bylo prokázáno endemické šíření viru spalniček, neboť mezi roky 2018 a 2019 cirkuloval nepřetržitě virus genotypu D8, 4683 MVs/Gir Somnath.IND/42.16 na území České republiky po dobu 16 měsíců. Laboratorní diagnostika se více zaměřuje na přímý průkaz viru, což společně s rozšířením genotypizace o další úsek genomu umožní zkvalitnění molekulární surveillance.

Objective: Between 2017 and 2019, measles virus spread globally, causing a large measles epidemic that suddenly ended in 2020. Measles outbreaks also occurred in the Czech Republic (CR) as part of the global public health problem. In the recent alarming epidemiological situation, molecular surveillance is becoming increasingly important as it plays a vital role in the identification of imported cases and in the monitoring of virus transmission. Molecular surveillance makes it possible to obtain evidence of the discontinuation of the endemic spread and is indispensable for the verification of measles elimination. The study aim is to find out whether any of measles virus genotypes circulated in the CR for more than 12 months in order to either confirm or refute the endemic spread of measles virus in the country in relation to the recent loss of the measles elimination status. Another aim is to assess the current laboratory diagnosis from the perspective of recent measles outbreaks and the obligation to refer samples for confirmation and genotyping. Material and methods: In total, 243 positive nasopharyngeal swabs collected from outbreak patients from all over the CR in 2018 and 2019 were analysed by molecular methods. The most variable part of the measles virus genome, the nucleoprotein gene (N-450), was sequenced according to the WHO protocol. The sequence analysis was performed by Sanger method using the Applied Biosystems 3 500 sequencer, and sequence data were analysed by the bioinformatics programe Geneious. Results: In the CR, only two genotypes were found in measles outbreaks in 2018–2019, eight variants of the dominant D8 and six B3 variants, while genotype A was detected in eight samples. The dominant genotype of 2017 (D8, 4283) was identified for the first time in the CR in January 2018. Four months later, it was replaced by genotype D8, 4683, occurring in the CR from March 2018 to June 2019. This genotype was identified in 170 of 243 samples (70%). There was a 3-month window between the first and the second detection of this genotype, which does not imply that in the meantime the virus did not circulate in the population. The analysis of seven samples from 2017 conducted by the collaborating Regional Reference Laboratory at the Robert Koch Institute (RRL RKI) in Berlin assigned five samples from Ostrava to genotype B3 and detected two variants of genotype D8 (Praha, Liberec). Laboratory diagnosis was facilitated by a higher proportion of clinical specimens available for direct detection of the virus, which increased from 18% in 2017 to 43% in 2019. Samples were referred to the National Reference Laboratory (NRL) in Prague for sequencing in accordance with the set legal rules. Between 2018 – 2019, laboratories sent 424 samples. Two hundred and forty-three samples (60%) were successfully sequenced, while the sequencing of the remaining samples failed due to low viral load. Conclusions: Measles virus sequencing was introduced in the Czech Republic as a necessary part of molecular surveillance, and almost 60% of positive samples were analysed. The sequencing analysis confirmed the endemic spread of measles virus, with genotype D8, 4683 MVs/GirSomnath.IND/42.16 found to circulate in the CR for 16 months between 2018 and 2019. Laboratory diagnosis is recently focusing more on direct detection of the virus, which along with genotyping extended to include another part of the genome will improve molecular surveillance.

• MeSH
• Molecular Diagnostic Techniques methods   MeSH
• Genotype MeSH
• Humans MeSH
• Measles * epidemiology   MeSH
• Measles virus isolation & purification   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
• Geographicals
• Czech Republic MeSH

Spalničky patří k nejzávažnějším virovým onemocněním dětského věku, závažně mohou probíhat i u vnímavých dospělých. Onemocnění je preventabilní očkováním, problémem začíná být pokles proočkovanosti v důsledku odsunování nebo odmítání očkování. V období pandemie covidu-19 byl v České republice hlášen téměř nulový počet onemocnění spalničkami, nicméně lze očekávat, že po zrušení nefarmaceutických opatření u covidu-19 může dojít k návratu spalniček. Cílená protivirová terapie není k dispozici, proto zůstává jedinou prevencí onemocnění spalničkami očkování.

Measles are one of the most severe viral diseases of childhood. Severe course of illness can be seen also in susceptible adults. Measles are vaccine-preventable, but decreasing vaccine coverage due to postponing or refusal of vaccination starts to be a problem. During the COVID-19 pandemic, there were almost zero measles cases reported in the Czech Republic, however, it is expected that a measles reoccurrence will appear once COVID-19 non-pharmaceutical interventions are lifted. Targeted antiviral therapy is not available, so vaccination is the only preventable measure for measles.

• MeSH
• Biomarkers MeSH
• COVID-19 MeSH
• Child MeSH
• Humans MeSH
• Post-Exposure Prophylaxis MeSH
• Primary Prevention MeSH
• Measles Vaccine MeSH
• Measles diagnosis   epidemiology   therapy   MeSH
• Vaccination trends   MeSH
• Check Tag
• Child MeSH
• Humans MeSH
• Publication type
• Review MeSH

Na konci roku 2019 došlo po třech letech k odeznění spalničkové epidemie v ČR a k nástupu nového patogenu. Pandemie covid-19 silně ovlivnila činnost pracoviště, neboť se laboratoř aktivně zapojila do PCR diagnostiky SARS-CoV-2, která pokračovala i v roce 2021. V rámci grantového projektu bylo provedeno speciální testování klinických vzorků z proběhlé epidemie spalniček, která v České republice vyvrcholila v roce 2019. Jednalo se o genotypizaci všech pozitivních vzorků, čímž byla zahájena molekulární surveillance v ČR. Byla testována avidita IgG protilátek proti viru spalniček, která nepatří mezi rutinní sérologické metody a umožní rozlišit mezi primárním a sekundárním selháním vakcinace. Byla zahájena standardizace neutralizačního testu, který je jako jediný schopen detekovat neutralizační, tedy protektivní, protilátky proti viru spalniček. NRL se podílela na projektu sledujícím séroprevalenci protilátek proti vybraným nákazám, kdy byly testovány IgG protilátky proti parvoviru B19 v kohortě žen, které podstupují císařský řez, s cílem získat alespoň orientační informaci o promořenosti žen fertilního věku v ČR. Neboť ačkoli je známo, že anamnestické IgG protilátky poskytují celoživotní ochranu a že nákaza parvovirem B19 u gravidních žen může vést až k fatálnímu poškození plodu, v rámci těhotenského screeningu se testování těchto protilátek neprovádí.

At the end of 2019, the measles epidemic subsided and a new pathogen appeared. The covid-19 pandemic greatly affected the work of the NRL because the laboratory was actively involved in PCR diagnostics of SARS-CoV-2 through to 2021. As part of the grant project, special testing of clinical samples from the recent measles epidemic, which had culminated in the Czech Republic, was carried out in 2019. This involved the genotyping of all positive samples and initiated molecular surveillance in the Czech Republic. The avidity of IgG antibodies against the measles virus was tested; this is not a part routine serological methodology and enables distinguishing between primary and secondary vaccination failure. The standardisation of the neutralisation test, which is the only test capable of detecting neutralising or protective antibodies against the measles virus was initiated. The NRL participated in a project monitoring the seroprevalence of antibodies against selected infections. This involved testing IgG antibodies against parvovirus B19 in a cohort of women undergoing caesarean section, with the aim of obtaining at least indicative information on prevalence among women of childbearing age in the Czech Republic. Although it is known that anamnestic IgG antibodies provide lifelong protection and that parvovirus B19 infection in pregnant women can lead to fatal damage to the foetus, testing for these antibodies is not performed as part of pregnancy screening.

• MeSH
• Clinical Laboratory Techniques MeSH
• Humans MeSH
• Measles * diagnosis   epidemiology   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Geographicals
• Czech Republic MeSH