Fosforylácia proteínov má kľúčovú úlohu v regulácii bunkových signálnych dráh. Je zahrnutá vo väčšine bunkových dejov, v ktorých súhra medzi kinázami a fosfatázami prísne kontroluje bunkové deje ako napr. proliferáciu, diferenciáciu a apoptózu. Chybné alebo pozmenené signálne dráhy sa mnohokrát podieľajú na vzniku rôznych chorôb, čo iba zdôrazňuje dôležitosť štúdia fosfoproteómu. Abundancia fosfoproteínov je v proteóme často veľmi nízka a na ich analýzu sú potrebné vysoko citlivé a špecifické prístupy. Metódami kvantitatívnej proteomiky je možné analyzovať zmeny v abundancii jednotlivých proteínov a ich posttranslačných modifikáciách a následne i v signálnych dráhach buniek. V tomto článku sa venujeme kvantitatívno‑proteomickým metódam, ktoré je možné použiť pri štúdiu fosfoproteínov a ich zapojení do signálnych dráh.
Protein phosphorylation is a key regulator in cellular signaling pathways. It is involved in most cellular events in which interplay between phosphatases and kinases strictly controls biological processes, such as differentiation, proliferation and apoptosis. Altered or defective signaling pathways often result in various diseases, emphasizing the importance of studying the phosphoproteome. The abundance of phosphoproteins in the proteome is often very low, which requires specific and highly sensitive approaches. By using quantitative proteomics methods, we are able to analyze changes in abundance of proteins and their posttranslational modifications and then changes in signaling pathways. In this review, we describe quantitative proteomics methods, which could be used for study of phosphoproteins and their connection in signaling pathways. Key words: proteomics – phosphoproteins – signaling pathways This work was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101) and by MH CZ – DRO (MMCI, 00209805). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 30. 1. 2014 Accepted:14. 4. 2014
- MeSH
- chromatografie kapalinová MeSH
- fosfopeptidy * analýza MeSH
- fosfoproteiny * analýza MeSH
- fosforylace MeSH
- hmotnostní spektrometrie * MeSH
- izotopové značení MeSH
- metody pro přípravu analytických vzorků MeSH
- proteomika * metody MeSH
- signální transdukce MeSH
- tandemová hmotnostní spektrometrie MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Magnetic non-porous hydrophilic poly(2-hydroxyethyl methacrylate-co-glycidyl methacrylate) microspheres prepared by the dispersion polymerization and modified with iminodiacetic acid (IDA) were employed for the IMAC separation of phosphopeptides. Fe(3+) and Ga(3+) ions immobilized on IDA-modified magnetic microspheres were used for the enrichment of phosphopeptides from the proteolytic digests of two model proteins differing in their physico-chemical properties and phosphate group content: porcine pepsin A and bovine α-casein. The optimum conditions for phosphopeptide adsorption and desorption in both cases were investigated and compared. The phosphopeptides separated from the proteolytic digests were analyzed by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. The ability of the prepared Fe(3+)- and Ga(3+)-IDA-modified magnetic microspheres to capture phosphopeptides from complex mixtures was shown on an example of bovine milk proteolytic digest.
- MeSH
- adsorpce MeSH
- chromatografie afinitní přístrojové vybavení metody MeSH
- fosfopeptidy analýza izolace a purifikace MeSH
- iminokyseliny chemie MeSH
- magnetismus MeSH
- mikrosféry MeSH
- mléko chemie MeSH
- polyhydroxyethylmethakrylát chemie MeSH
- polymerizace MeSH
- skot MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- skot MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- hodnotící studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
