Nádorové buňky se od buněk normální tkáně liší mimo jiné aktivací různých signálních drah. Tyto změny jsou podmíněny odlišnou aktivitou kináz a fosfatáz způsobujících rozdíly ve fosforylaci proteinů. Detekce těchto změn je zásadní pro cílenou léčbu zaměřenou na inhibici nebo aktivaci konkrétních signálních drah. Existují různé metody, kterými lze fosforylaci proteinů stanovit. Jednou z vhodných metod schopných charakterizovat fosfoproteom je hmotnostní spektrometrie. Tento článek je zaměřen na analýzu změn ve fosfoproteomu buněčné linie MDA MB 468 odvozené od nádoru prsu s vnesenými geny kódujícími izoformy proteinu p63. Buňky s tetracyklinem indukovanou expresí izoforem proteinu p63 byly srovnány s kontrolními buňkami s přirozenou expresí p63. Denaturované proteiny z buněčného lyzátu byly nejprve enzymaticky štěpeny na peptidy a následně obohaceny o fosfopeptidy. Měření probíhalo pomocí kapalinového chromatografu spojeného s hmotnostním spektrometrem Orbitrap Elite. Každý vzorek byl analyzován třemi různými hmotnostně spektrometrickými metodami s cílem najít nejvhodnější podmínky pro detekování fosforylovaných peptidů. Z naměřených dat pak byly identifikovány a kvantifikovány fosfoproteiny. Počet fosfoproteinů identifikovaných jednotlivými hmotnostně spektrometrickými metodami byl srovnatelný, avšak každou metodou bylo získáno několik unikátních fosforylovaných proteinů. Analýzou získaných dat bylo zjištěno, že v buňkách MDA MB 468 obě izoformy proteinu p63 (TAp63α a ∆Np63α) ovlivňují zejména fosforylaci proteinů odpovědných za sestřih RNA.

Compared to normal cells, tumor cells can show different activity of kinases and phosphatases resulting in altered phosphorylation states of proteins affecting their activity within various signaling pathways. The detection of these alterations is essential for development of targeted therapy based on activation/inhibition of specific signaling pathways. Various methods can be used for detection of protein phosphorylation; however, a comprehensive assessment of phosphoproteome is performed by mass spectrometry. The differences in phosphoproteome were studied using MDA MB 468 cell line (with incorporated genes encoding isoforms of p63) derived from breast carcinoma. Cells with tetracycline‑induced expression of the p63 isoforms were compared to control cells with wild‑type expression. Denatured proteins from cell lysates were digested to peptides, enriched for phosphopeptides and subsequently separated using liquid chromatograph coupled with mass spectrometer Orbitrap Elite. Three different mass spectrometric methods were used for each sample analysis to find the most suitable conditions for the detection of phosphorylated peptides. Then phosphoproteins were identified and quantified. The number of identified phosphoproteins using all chosen mass spectrometric methods was similar; however, each method showed several unique phosphorylated proteins. Our analysis revealed that both p63 isoforms (TAp63α a ∆Np63α) mainly affected phosphorylation of proteins associated with RNA splicing in MDA MB468 cells. Key words: mass spectrometry – phosphoproteins – signaling pathways – p63 isoforms – breast cancer This study was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101), by the project MEYS – NPS I – LO1413, by MH CZ – DRO (MMCI, 002 09805), by IGA NT/14602-3/2013 and BBMRI_CZ (LM2010004). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 9. 4. 2015 Accepted: 20. 7. 2015

• Klíčová slova
• izoformy p63, fosfoproteom, fragmentace,
• MeSH
• chromatografie kapalinová MeSH
• fosfopeptidy MeSH
• fosfoproteiny * analýza   MeSH
• fosforylace MeSH
• hmotnostní spektrometrie metody   statistika a číselné údaje   MeSH
• nádorové buněčné linie * MeSH
• nádorové supresorové proteiny analýza   MeSH
• nádory prsu diagnóza   MeSH
• protein - isoformy * MeSH
• proteom analýza   MeSH
• signální transdukce MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie statistika a číselné údaje   MeSH
• tetracyklin diagnostické užití   MeSH
• transkripční faktory analýza   MeSH
• Publikační typ
• hodnotící studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH