The genus Luzula consists of 115 species distributed throughout the world. Luzula is monophyletic, but species relationships within the genus are difficult to determine primarily due to the similar morphology even within geographically remote taxa (especially within the section Luzula). The plastome trnL intron, trnL-F intergenic spacer and the nuclear ribosomal ITS1-5.8S-ITS2 regions were analysed using maximum parsimony and maximum likelihood reconstruction in 93 species of Luzula. The incongruent phylogenetic signals obtained from the chloroplast and the nuclear genomes point to incomplete lineage sorting as well as recent hybridisation in this group. Although tree-building analyses revealed several well-supported lineages, the outcomes for many groups were ambiguous. In the total evidence tree, Luzula species were grouped within six main clades (1. subgenus Marlenia, 2. subgenus Pterodes except for L. pilosa, 3. sections Anthelaea and Nodulosae, 4. sections Diprophyllatae and Thyrsanochlamydeae, 5. section Alpinae except for a few species and 6. section Luzula). The subgenus Marlenia occupies the early derived lineage within the genus Luzula. The traditionally accepted subgenera Pterodes and Luzula (and its sections) appear to be non-monophyletic. A statistical parsimony network approach showed that ancient haplotypes and ribotypes co-occur with their descendants in Luzula. Furthermore, many haplotypes are shared among different species. Within the Luzula section Luzula, both recent hybridisation and incomplete lineage sorting of ancestral polymorphisms may represent potential sources of the incongruence between chloroplast and nuclear data.

• MeSH
• DNA chloroplastová genetika   MeSH
• DNA rostlinná genetika   MeSH
• fylogeneze MeSH
• Magnoliopsida klasifikace   genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• pravděpodobnostní funkce MeSH
• ribozomální DNA genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Kniha profesora Macholána je první svého druhu u nás. Přináší přehled a stručný popis v současnosti nejpoužívanějších metod fylogenetické analýzy, jako jsou evoluční modely, distanční metody, metody maximální úspornosti a věrohodnosti, bayesovská analýza, testování hypotéz či porovnávání stromů. Zvláštní kapitoly jsou věnovány fylogenetickým metodám vycházejícím z morfologických znaků a teorii koalescence. Publikace poskytuje základní informaci o tom, z jakých předpokladů jednotlivé metody vycházejí, v čem spočívají jejich výhody a nevýhody a v čem se liší. Autorovým cílem je, aby byl čtenář schopen činit poučená rozhodnutí při výběru optimálního přístupu k řešení daného problému a pro daný typ dat, stejně jako získané výsledky správně interpretovat. Knihu jistě přivítají studenti a vědečtí pracovníci širokého spektra evolučních oborů včetně systematické biologie, biogeografie, vývojové a behaviorální biologie, ekologie a ochranářské genetiky.; Kniha profesora Macholána je první svého druhu u nás. Přináší přehled a stručný popis v současnosti nejpoužívanějších metod fylogenetické analýzy, jako jsou evoluční modely, distanční metody, metody maximální úspornosti a věrohodnosti, bayesovská analýza, testování hypotéz či porovnávání stromů. Zvláštní kapitoly jsou věnovány fylogenetickým metodám vycházejícím z morfologických znaků a teorii koalescence. Publikace poskytuje základní informaci o tom, z jakých předpokladů jednotlivé metody vycházejí, v čem spočívají jejich výhody a nevýhody a v čem se liší. Autorovým cílem je, aby byl čtenář schopen činit poučená rozhodnutí při výběru optimálního přístupu k řešení daného problému a pro daný typ dat, stejně jako získané výsledky správně interpretovat.

Kniha profesora Macholána je první svého druhu u nás. Přináší přehled a stručný popis v současnosti nejpoužívanějších metod fylogenetické analýzy, jako jsou evoluční modely, distanční metody, metody maximální úspornosti a věrohodnosti, bayesovská analýza, testování hypotéz či porovnávání stromů. Zvláštní kapitoly jsou věnovány fylogenetickým metodám vycházejícím z morfologických znaků a teorii koalescence. Publikace poskytuje základní informaci o tom, z jakých předpokladů jednotlivé metody vycházejí, v čem spočívají jejich výhody a nevýhody a v čem se liší. Autorovým cílem je, aby byl čtenář schopen činit poučená rozhodnutí při výběru optimálního přístupu k řešení daného problému a pro daný typ dat, stejně jako získané výsledky správně interpretovat.

• MeSH
• fylogeneze MeSH
• modely genetické MeSH
• sběr dat MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH
• přehledy MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• biologie

• MeSH
• genetika MeSH
• statistika jako téma MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• statistika, zdravotnická statistika

Torotrogla merulae Skoracki, Dabert et Ehrnsberger, 2000 and T. rubeculi Skoracki, 2004 have been considered as distinct steno- and monoxenous quill mite species (Acari: Prostigmata: Syringophilidae) parasitizing the thrushes of the genus Turdus Linnaeus and the European robin Erithacus rubecula (Linnaeus), respectively. Morphological and molecular studies on the taxonomical status of these two species provided contradictory results. Well defined differences in morphology were not supported by substantial genetic distance in nucleotide sequences of the DNA barcode (mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I, COI, and D2 domain of the nuclear 28S rRNA gene), by the topology of the phylogenetic trees (neighbor-joining, maximum parsimony, maximum likelihood) and the network analyses of the COI haplotype genealogy (median-joining, statistical parsimony) that reveal rubeculi populations nested within merulae haplotypes. Since detected differences between T. merulae and T. rubeculi populations (1.6-2.4% for COI and 0.1% for D2) are comparable to the intraspecific level observed in majority of currently recognized European Torotrogla species and are much lower than the interspecific distances observed in the genus, we postulate their conspecificity. Because main morphological distinctions concern the structures used for feeding, we hypothesize that they are the result of phenotypic plasticity evoked by specific and different environmental conditions prevailing on the host bodies (thickness of the feather quill wall).

• MeSH
• fylogeneze MeSH
• haplotypy MeSH
• infestace roztoči parazitologie   MeSH
• peří parazitologie   MeSH
• ptáci MeSH
• roztoči anatomie a histologie   klasifikace   genetika   MeSH
• taxonomické DNA čárové kódování * MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• ženské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

A new microsporidian species of the genus Glugea Thélohan, 1891 parasitising the marine teleost fish Cephalopholis hemistiktos Rüppell, collected from the Red Sea in Saudi Arabia, is described on the basis of microscopic and molecular procedures. Spherical and whitish xenoma were observed adhering to the intestinal wall. The numerous spores contained within these xenoma, were ovoid to pyriform and measured 4.3-6.0 µm (5.1 µm) in length and 1.8-2.9 µm (2.2 µm) in width. The spore's wall was composed of two thick layers, which were thinner in the area contacting the anchoring disk. The latter appeared at the spore's anterior pole, in an eccentric position to the longitudinal axis. A lamellar polaroplast surrounded the uncoiled portion of the polar filament projected to the basal region of the spore, giving rise to 26-29 turns with winding from the base to the anterior zone of the spore. The posterior vacuole, located at the spore's posterior pole, and surrounded by the polar filament coils, was irregular and composed of light material. Molecular analysis of the rRNA genes, including the ITS region, was performed using maximum parsimony, neighbour-joining and maximum likelihood methods. The ultrastructural features observed, combined with the phylogenetic data analysed, suggest this parasite to be a new species of the genus Glugea. This is the first species of this genus to be reported from Saudi Arabia and is herein named Glugea nagelia sp. n.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• elektronová mikroskopie MeSH
• fylogeneze MeSH
• geny rRNA MeSH
• Glugea * cytologie   ultrastruktura   MeSH
• mikroskopie MeSH
• Percoidea * parazitologie   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• spory cytologie   MeSH
• střeva parazitologie   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Arábie MeSH

Trichuris sp. individuals were collected from Myocastor coypus from fancy breeder farms in the Czech Republic. Using morphological and biometrical methods, 30 female and 30 male nematodes were identified as Trichuris myocastoris. This paper presents the first molecular description of this species. The ribosomal DNA (rDNA) region, consisting of internal transcribed spacer (ITS)-1, 5.8 gene and ITS-2, was sequenced. Based on an analysis of 651 bp, T. myocastoris was found to be different from any other Trichuris species for which published sequencing of the ITS region is available. The phylogenetic relationships were estimated using the maximum parsimony methods and Bayesian analyses. T. myocastoris was found to be significantly closely related to Trichuris of rodents than those of ruminants.

• MeSH
• Bayesova věta MeSH
• DNA helmintů chemie   genetika   MeSH
• fylogeneze MeSH
• lidé MeSH
• mezerníky ribozomální DNA chemie   genetika   MeSH
• ribozomální DNA chemie   genetika   MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• trichurióza epidemiologie   veterinární   virologie   MeSH
• Trichuris * anatomie a histologie   klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika epidemiologie   MeSH

Phylogenetic analyses based on partial 18S rDNA sequences of polyonchoinean monogeneans were conducted in order to investigate the relationships between selected families and subfamilies of the Dactylogyrinea, mainly within the Dactylogyridae. We tested the status of the Ancyrocephalidae sensu Bychowsky & Nagibina (1978) and the Ancyrocephalinae sensu Kritsky & Boeger (1989). Within the Dactylogyrinea, the Diplectanidae and Dactylogyridae are well supported by maximum likelihood and maximum parsimony analyses, but their phylogenetic relationship with the Pseudomurraytrematidae remains unresolved. Phylogenetic relationships between the Pseudodactylogyrinae, Ancyrocephalinae, Ancylodiscoidinae and Dactylogyrinae indicate paraphyly of the Ancyrocephalidae sensu Bychowsky & Nagibina (1978). The group of species recently considered as the Dactylogyridae sensu Kritsky & Boeger (1989) comprises two sister groups. The first group includes the freshwater Ancyrocephalinae and the Ancylodiscoidinae. The second group includes the Pseudodactylogyrinae, Dactylogyrinae and the Ancyrocephalinae from the fish species Siganus doliatus and Tetraodon fluviatilis. The non-monophyly of the Ancyrocephalinae (i.e. the non-monophyly of the group of species recently considered as members of Ancyrocephalinae), previously suggested by Kritsky & Boeger (1989) using the morphological characters, indicates that classification of the Dactylogyridae needs to be revised.

• MeSH
• DNA helmintů chemie   genetika   MeSH
• fylogeneze MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• ryby parazitologie   MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• Trematoda klasifikace   genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH
• Finsko MeSH
• Rakousko MeSH

The phylogeny of the Bantu languages is reconstructed by application of the cladistic methodology to the combined lexical and grammatical data (87 languages, 144 characters). A maximum parsimony tree and Bayesian analysis supported some previously recognized clades, e.g., that of eastern and southern Bantu languages. Moreover, the results revealed that Bantu languages south and east of the equatorial forest are probably monophyletic. It suggests an unorthodox scenario of Bantu expansion including (after initial radiation in their homelands and neighboring territories) just a single passage through rainforest areas followed by a subsequent divergence into major clades. The likely localization of this divergence is in the area west of the Great Lakes. It conforms to the view that demographic expansion and dispersal throughout the dry-forests and savanna regions of subequatorial Africa was associated with the acquisition of new technologies (iron metallurgy and grain cultivation).

• MeSH
• černoši klasifikace   MeSH
• fylogeneze MeSH
• jazyk (prostředek komunikace) MeSH
• lidé MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Afrika MeSH

Rose chafers (Cetoniinae) are a large group of flower visitors within the pleurostict Scarabaeidae that are characterized by their distinctive flight mode with nearly closed forewings. Despite their popularity, this is the first study to use molecular data to infer their phylogenetic relationships. We used partial gene sequences for 28S rRNA, cytochrome oxidase I (cox1) and 16S rRNA (rrnL) for 299 species, representing most recognized subfamilies of Scarabaeidae, including 125 species of Cetoniinae. Combined analyses using maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inferences recovered Cetoniinae as monophyletic in all analyses, with the sister clade composed of Rutelinae and Dynastinae. Rutelinae was always recovered as paraphyletic with respect to Dynastinae. Trichiini sensu lato (s.l.) was recovered as a polyphyletic clade, while Cetoniini s.l. was recovered as paraphyletic. The inferred topologies were also supported by site bootstrapping of the ML trees. With the exception of Cremastochelini, most tribes of Cetoniinae were poly- or paraphyletic, indicating the critical need for a careful revision of rose chafer classification. Analysis of elytral base structure (including 11 scored characters) in the context of phylogeny, revealed a complex, concerted and rapid transformation of the single trait elements linked to a modified flight mode with closed elytra. This appears to be unlinked to the lateral sinuation of the elytra, which originated independently several times at later stages in the evolution of the group.

• MeSH
• Bayesova věta MeSH
• biologická evoluce * MeSH
• brouci klasifikace   genetika   MeSH
• DNA chemie   izolace a purifikace   metabolismus   MeSH
• fylogeneze MeSH
• křídla zvířecí anatomie a histologie   MeSH
• respirační komplex IV genetika   MeSH
• RNA ribozomální 16S genetika   MeSH
• RNA ribozomální 28S genetika   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH