Cíl: Analýza DNA je dnes širokou verejností prijímána jako zcela standardní a bezchybná metoda, ale za nekterých okolností muže její spolehlivost výrazne klesat. Tento príspevek se zabývá procesem identifikace a stanovením váhy evidence proti podezrelému a uvedeme v nem hlavní stochastické prístupy k identifikaci osob. Metody: Z Bayesovy vety jsme odvodili vzorec pro stanovení váhy evidence a ukázali jeho použití v modelu ostrovního problému. K výpoctum složitejších situací jsme použili z Dirichletova rozdelení odvozenou beta-binomickou formuli. Výsledky: Z mnoha ruzných komplikací v modelu ostrovního problému jsme ukázali, jak se vyporádat s nejistotou ve velikosti populace. Beta-binomickou formuli jsme využili k zahrnutí subpopulacní struktury a v problematice DNA smesí. Závery: Zejména vliv populacní struktury je dnes nedostatecne prozkoumán. S využitím výsledku H. Kubátové jsme v této oblasti odvodili nové vzorce.
Objectives: The DNA analysis is now accepted by the broad public as a completely standard and faultless procedure but in some circumstances its reliability can decrease substantially. This paper deals with the process of identifying and determining the weight of evidence against the suspect. Main stochastic approaches to identification are shown. Methods: The weight-of-evidence formula was derived from Bayes theorem and its application in the model of the island problem was demonstrated. The beta-binomial formula derived from Dirichlet distribution was used for calculation of more complex situations. Results: From many various complications in the model of the island problem there was shown how to work with uncertainty in a population size. The beta-binomial formula was used to include a subpopulation structure and in issues of DNA mixtures. Conclusions: In particular, the influence of a population structure is now explored insufficiently. Using the results of H. Kubátová in this area, a new formula was derived.
- Klíčová slova
- vzorec pro stanovení váhy evidence, coancestry koeficient, beta-binomická výběrová formule, DNA směsi,
- MeSH
- DNA fingerprinting metody trendy využití MeSH
- financování organizované MeSH
- lidé MeSH
- statistika jako téma MeSH
- zločin statistika a číselné údaje MeSH
- zločinci statistika a číselné údaje MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
The bla(PER-1) presence was sought by PCR in 289 ceftazidime resistant Gram-negative bacteria isolated at Dokuz Eylul University Hospital (Turkey) between 1998 and 2003. PER-1 production rates were 32.3, 33.9, 14.9 and 37.9% in the 1998-2000 period, 2001, 2002 and 2003, respectively. bla(PER-1) was detected in 46.2 and 35.9% of ceftazidime-resistant Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii isolates, respectively. ERIC-PCR results revealed that dissemination of two endemic clones for both P. aeruginosa (X and Y) and A. baumannii (A and B) was responsible for the high prevalence. Results of the conjugation tests and plasmid curing experiments suggested that bla(PER-1) was located on the chromosome in the representative strains. It was also shown for the first time that bla(PER-1) in a clinical isolate was associated with class-1 integron which could facilitate dissemination of bla(PER-1) among bacteria.
- MeSH
- Acinetobacter baumannii genetika imunologie izolace a purifikace MeSH
- beta-laktamasy genetika imunologie izolace a purifikace MeSH
- beta-laktamová rezistence genetika imunologie účinky léků MeSH
- ceftazidim imunologie škodlivé účinky terapeutické užití MeSH
- DNA fingerprinting metody využití MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- lidé MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody využití MeSH
- Pseudomonas aeruginosa genetika imunologie izolace a purifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Turecko MeSH
Kolorektální karcinom je jedním z nejčastěji se vyskytujících nádorových onemocnění. Bohužel, významná část pacientů v klinických stádiích II a III umírá do pěti let po radikálním chirurgickém zákroku následkem progrese onemocnění. Racionální přístup k indikaci adjuvantní léčby pro tyto pacienty nabízí molekulární charakterizace jejich rizika napfříč oběma klinickými stádii pomocí technologie DNA čipů. Do studie byly zařazeny bioptické vzorky dvanácti pacientů s histologicky potvrzeným kolorektálním karcinomem (KRK) v klinickém stádiu II a III tvořené minimálnu ze 70% maligními buňkami. Šest pacientů mělo dobrou prognózu s délkou bezpříznakového přežití (DFS) delší než 36 měsíců, Šest mělo špatnou prognózu s DFS kratším než 36 měsíců. Pomocí nízkohustotních oligonukleotidových makročipů společnosti SuperArray určených k relativní kvantifikaci exprese 128 genů potenciálně zapojených do procesu metastazování, byly identifikovány profily genové exprese primárních KRK všech 12 pacientů. Analýzou expresních profilů pomocí t-testu (á = 0,01) a metody SAM jsme identifikovali 10 genů rozdílnu exprimovaných (9 upregulovaných, 1 down-regulovaný) v primárních nádorech pacientů se špatnou prognózou. Naše výsledky nasvědčují, že technologie nízkohustotních oligonukleotidových makročipů je užitečnou pomůckou pro lep- ší pochopení molekulární podstaty progrese nádorového onemocnění a zlepšení predikce metastatického potenciálu primárních nádorů u pacientů s lokoregionálně pokročilým kolorektálním karcinomem.
Colorectal cancer (CRC) is one of the most common malignancies. Unfortunately, a significant proportion of surgically cured patients in the early stage of the disease develop progression and die from the disease. Twelve patients who had histologically confirmed left-sided colon adenocarcinoma with a volume fraction showing at least 70% of malignant tumor cells were included. Only stage II-III patients according to IUCC with no prior chemotherapy or radiotherapy were eligible for the study. Six patients were poor prognosis cases with disease free survival (DFS) lower then 36 month and six were good prognosis cases with DFS>36 month. Relative gene expression levels of 128 genes potentially involved in cancer progression and dissemination were obtained by low-density oligonucleotide microarrays (SuperArray Bioscience Corp., Bethesda, MD) from 12 primary colon cancer samples. Gene expression data analysis based on the SAM and ttest (á = 0, 01) methods identified 10 genes with significantly different expression in primary tumors of patients with poor prognosis. Our preliminary data suggest that oligonucleotide microarray technology should contribute to a better understanding of the progression of colorectal cancer, and facilitate prediction of their metastatic potential.
- MeSH
- DNA fingerprinting metody využití MeSH
- exprese genu genetika MeSH
- financování organizované MeSH
- genetické markery genetika imunologie MeSH
- kolorektální nádory diagnóza etiologie genetika MeSH
- lékařská onkologie metody trendy MeSH
- lidé MeSH
- pilotní projekty MeSH
- polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí metody využití MeSH
- přežití po terapii bez příznaků nemoci MeSH
- prognóza MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů metody využití MeSH
- staging nádorů metody využití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
V našem sdělení chceme informovat o použití dvou metodik ke studiu molekulární genetické problematiky mnohočetného myelomu (MM). První zmíníme využití DNA čipů (microarrays) a ve druhé části se zaměříme na chromatinovou imunoprecipitaci v analýzách epigenetických změn genů. Obě metodiky náš výzkumný tým používá, a proto představíme i první výstupy. Využití obou metodik je u MM stejné jako u všech ostatních nádorů. Představují možnost studia patogeneze maligních onemocnění na molekulární úrovni, klasifikaci jinak neodlišitelných prognostických skupin choroby, predikci léčebné odpovědi na daný terapeutický zásah a identifikaci možných molekulárních cílů protinádorové terapie.
This review informs about utilization of two methods used in molecular examination in multiple myeloma on genomic level: DNA microarrays and chromatin immunoprecipitation. The profit of both methods is very similar in myeloma as well as in other cancers. They allow to study disease pathogenesis, generate new disease classification, and try to predict effect of therapy. Also, they are used to find the new potential target of therapy in multiple myeloma.
- MeSH
- chromatinová imunoprecipitace metody využití MeSH
- DNA fingerprinting metody využití MeSH
- exprese genu genetika MeSH
- financování organizované MeSH
- hematologické nádory diagnóza etiologie genetika MeSH
- lékařská onkologie metody trendy MeSH
- lidé MeSH
- mnohočetný myelom diagnóza etiologie genetika MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů metody využití MeSH
- systémy cílené aplikace léků metody využití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Objectives: To compare M. tuberculosis complex genotypes from representative regions of the Czech Republic in order to estimate changes in strain prevalence and in the extent of imported drug-resistant tuberculosis. Methods: Primary M. tuberculosis complex isolates (n = 155) and follow-up isolates (n = 15) from 155 patients from the first half of 2004 (98 from Prague, 37 from South Moravia and 35 from the Moravian-Silesian region) were genotyped by IS6110-RFLP, spoligotyping, and partly by VNTR-genotyping. Results: Based on IS6110-RFLP, 110 of 155 (71%) primary isolates were unique. Forty-five isolates (29 %) were found in 15 clusters comprising two to six patients and all but one cluster were also discriminated by MIRU-VNTR-genotyping. Four clusters comprised patients from different regions, and six were ongoing for several years. An indication of MDR-strain transmission was found in one instance. All four Beijing-type isolates with any resistance were associated with immigration from Eastern Europe. Conclusions: The molecular epidemiological data of this period-prevalence, population based study and its comparison to earlier investigations point to a low extent of clustering between M. tuberculosis complex isolates in representative regions of the Czech Republic. Few clusters extending geographically and/or over several years were identified, providing a means for an in-depth analysis of risk factors of transmission. Beijing genotype isolates were shown to increase in prevalence to reach 6.5%. Drug resistant isolates of this genotype were associated with immigration of from Eastern Europe, although direct transmission of a resistant isolate was probable only in one of eleven cases.
- MeSH
- DNA fingerprinting metody trendy využití MeSH
- genotyp MeSH
- léková rezistence genetika imunologie účinky léků MeSH
- lidé MeSH
- molekulární epidemiologie metody statistika a číselné údaje trendy MeSH
- tuberkulóza epidemiologie genetika imunologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Multirezistentní tuberkulóza (MDRTB) je definovaná jako onemocnění vyvolané kmenem Mycobacterium tuberculosis rezistentním minimálně na kombinaci antituberkulotik izoniazid a rifampicin. Jedná se o případy specifického onemocnění, kde selhává kauzální antituberkulotická terapie, což s sebou přináší riziko šíření původce nákazy v populaci. v Národní referenční laboratoři pro mykobakterie bylo soustředěno celkem 2 813 kmenů M. tuberculosis, izolovaných v mykobakteriologických laboratořích ČR v období 1999-2001. U kmenů s potvrzenou multirezistencí byla provedena analýza DNA metodou RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), neboli IS6110 fingerprinting. MDR tuberkulózou onemocnělo celkem 39 osob, které v jednotlivých letech sledovaného období vylučovaly 56 kmenů M. tuberculosis. Průměrný procentuální podíl MDRTB činil 1,96 % ze všech případů bacilární tuberkulózy. Nejčastějším typem multirezistence (48,2 %) byla současná rezistence na 4 ze základních antituberkulotik (izoniazid, rifampicin, etambutol a streptomycin). Při určování I^LP profilů bylo zjištěno, že převažující část kmenů (61,5 %), byla zařazena celkem do 8 klastrů, v ostatních případech se jednalo o kmeny neklastrované. Mezi osobami, vylučujícími kmeny klastrované a neklastrované, neexistovaly významné odchylky ani po stránce geografické, ani po stránce populační struktury. Předběžné výsledky porovnání s restrikčními profily kmenů z mezinárodní databáze MDR M. tubercxúosis svědčí pro unikátnost profilů „českých" kmenů, které prozatím nebyly izolovány v jiných státech a regionech.
Multidrug resistant tuberculosis (MDRTB), defined as a disease caused by a Mycobacterium tuberculosis resistant at least to the combination of antituberculosis drugs isoniazid and rifampicin, is an issue often discussed in the Czech Republic. These are cases of a specific disease, in which causal antituberculosis therapy fails. In consequence, we cannot rule out the possibilty that the pathogen responsiblec for the infection will spread among the population. The National reference laboratory for mycobacteria (NRLM) collected, in all, 2 813 strains of M. tuberculosis, isolated in the years 1999-2001 by mycobacteriological laboratories in the Czech Republic. In confirmed multidrug resistant strains the laboratory analysed DNA by the RFLP (Restriction Frangment Length Polymorphism) method, i.e by 1S6110 fingerprinting. In all, there were 39 cases of MDR tuberculosis. In the individual years of the investigated period these patients eliminated 56 strains of M. tuberculosis. The average share of MDR TB was 1.96% of all bacillary tuberculosis cases. The most frequent type of multidrug resistance (48.2%) was the simultaneous resistance to 4 of the chief antituberculosis drugs (isoniazid, rifampicin, ethambutol and streptomycin). The determination of RFLP profiles revealed that the major proportion of strains (61.5%) was included in 8 clusters - the remaining strains were unclustered. Among the subjects eliminating both clustered and unclustered strains there were no significant differences, either geographical or in the population structure. Preliminary results of a comparison with restriction profiles of strains from the international data base of MDR M. tuberculosis bespeak the singular nature of „Czech" strains, which until now have not been isolated in other countries and regions.
[Molecular epidemiology of tuberculosis among prisoners]
Předmětemstudie je soubor 27 kmenů Mycobacteria tuberculosis izolovaných od vězňů s diagnózoutuberkulózy v roce 2000, 19 Čechů a 8 cizinců (věkový průměr 41, resp. 35 let). Molekulárně-epidemiologickévyšetření těchto kmenů bylo provedeno technikou RFLP fingerprintingu (RestrictionFragment Length Polymorphism) s průkazem insertivní sekvence IS6110 a technikou spoligotypizace,založené na detekci hybridizace spacerových oligonukleotidů. DNA fingerprinting ukázalvysokou polymorfii v počtu i molekulární hmotnosti sekvence IS6110, která je obvyklá u českýchi jiných evropských kmenů M. tuberculosis. Všechny kmeny s výjimkou jedné dvojice se vyznačovalyvzájemně odlišnými profily fingerprintů. U dvojice s identickými fingerprinty šlo pravděpodobněo duplicitní vyšetření stejného materiálu, k jehož záměně došlo běhemtransportu nebo v laboratoři.Metodou fingerprintingu nebyl tedy prokázán interhumánní přenos tuberkulózy mezi vyšetřenýmivězni. Technika spoligotypizace prokázala nález genotypu Beijing M. tuberculosis u dvou nemocnýchvězňů, jednoho Alžířana a jednoho Albánce a dále u jednoho českého vězně. Tento genotypnacházený u vysokého procenta nemocných v jihovýchodní Asii a u migrantů z této oblasti, je jehoprvním nálezem v České republice.Nálezy dokumentují dobrou úroveň programu kontroly tuberkulózy v českém vězeňském systémua současně poukazují na potenciální možnost šíření tuberkulózy od migrantů přicházejících z oblastívysoké prevalence.
The subject of the investigation is a group of 27 strains of Mycobacterium tuberculosis isolated in2000 fromprisoners with the diagnosis of tuberculosis, 19 Czechs and 8 foreigners (mean age 41 and35 years resp.). The molecular-epidemiological examination of these strains was made using theRFLP fingerprint technique (Restriction Fragment Length Polymorphism) with evidence of theinsertive sequence IS6110 and the technique of spoligotyping, based on detection of hybridizationof spacer oligonucleotides. DNA fingerprinting revealed a high polymorphism in the number andmolecular weight of sequence IS6110 which is common in Czech and other European strains of M.tuberculosis. All strains with the exception of two had mutually different fingerprint profiles. In thetwo with identical fingerprints probably a duplicit examination of the same material was involvedwhich occurred by mistake during transport or in the laboratory. The fingerprint method thus didnot prove interhuman transmission of tuberculosis between the examined prisoners. The techniqueof spoligotyping revealed the finding of genotype Beijing M. tuberculosis in two sick prisoners, oneAlgerian and one Albanese, and in one Czech prisoner. This genotype found in a high percentage ofpatients in southeastern Asia and in migrants from this area was detected for the first time in theCzech Republic.The findings are evidence of a satisfactory standard of the programme of tuberculosis control in theCzech prison system and at the same time draw attention to the potential possibility of the spreadof tuberculosis from migrants coming from areas with a high prevalence.
- MeSH
- DNA fingerprinting metody využití MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- lidé MeSH
- Mycobacterium tuberculosis genetika MeSH
- tuberkulóza epidemiologie mikrobiologie terapie MeSH
- věznice MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- DNA fingerprinting metody využití MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- grampozitivní bakterie imunologie klasifikace MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody využití MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
