• MeSH
• Respiratory Tract Infections diagnosis   MeSH
• Polymerase Chain Reaction methods   MeSH
• COVID-19 Testing methods   MeSH
• Virology MeSH
• Virus Diseases diagnosis   MeSH
• Publication type
• Monograph MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• pneumologie a ftizeologie
• diagnostika

• MeSH
• Biochemistry MeSH
• Metabolic Diseases MeSH
• Pathology MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NML Fields
• biochemie
• patologie
• NML Publication type
• učebnice vysokých škol

"Genetics and Genomics in Medicine is a new textbook written for undergraduate and graduate students, as well as medical researchers, which explains the science behind the uses of genetics and genomics in medicine today. It is not just about rare inherited and chromosomal disorders, but how genetics affects the whole spectrum of human health and disease. DNA technologies are explained, with emphasis on the modern techniques that have revolutionized the use of genetic information in medicine and are indicating the role of genetics in common complex diseases. The detailed, integrative coverage of genetic approaches to treatment and prevention includes pharmacogenomics and the prospects for personalized medicine. Cancers are essentially genetic diseases and are given a dedicated chapter that includes new insights from cancer genome sequencing. Clinical disorders are covered throughout and there are extensive end-of-chapter questions and problems"--Provided by publisher.

Nekanonické struktury DNA vyskytující se v regulačních oblastech lidského genomu, jako jsou DNA i-motivy, DNA G-kvadruplexy a dvou-řetězcové úseky DNA obsahující nepárující se báze či abazická místa, jsou důležitými cíli pro vývoj protinádorových léčiv. Současné postupy pro identifikaci cílových struktur DNA a vývoj DNA vazebných ligandů (léčiv) nezohledňují vliv specifického vnitrobuněčného prostředí nádorových buněk a neumožňují jednoznačně určit, zda-li je léčivem vyvolaný fenotyp následkem přímé interakce ligandu s vybranou cílovou strukturou DNA. Tyto nedostatky v procesu identifikace cílů protinádorové terapie a vývoje příslušných léčiv mají za následek: i) vysoký podíl potenciálních léčiv, které neuspějí v preklinických testech, ii) nežádoucí vedlejší účinky již zavedených léčiv v klinické praxi a iii) klinické projevy necitlivosti/resistence rakovinných buněk k danému léčivu.; Non-canonical DNA structures in regulatory regions of the human genome, such as DNA i-motifs, DNA G-quadruplexes, and mismatch/abasic sites containing double stranded DNAs, are important therapeutic targets for design and development of anti-cancer drugs. Currently established procedures for the identification of DNA targets and development of DNA-binding ligands/drugs are either based on data that abstracts from the influence of the specific intracellular microenvironment of cancer cells or on data that do not connect the ligand-induced biological phenotype to the direct action of the ligand on the desired DNA target. These shortcomings in the process of the therapeutic target identification as well as in the process of the drug development constitute significant source of bias being in part responsible for: i) high failure-rate of potential drugs in pre-clinical trials, ii) undesirable side-affects of drugs encountered in clinical practice, and iii) clinical manifestations of cancer cells’ drug insensitivity/resistance.

• Keywords
• non-B DNA, in-cell NMR spectroscopy, léčiva vazající DNA, interakce léčivo-DNA in vivo, DNA binding drugs, non-B DNA, in-cell NMR spectroscopy, DNA-ligand interactions in vivo,

• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• Biology MeSH
• Cytology MeSH
• Molecular Biology MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NML Fields
• biologie
• NML Publication type
• učebnice vysokých škol

Zobrazovací metody jsou základem diagnostiky, stagingu i sledování efektu terapie plicního karcinomu. Trendem posledních let je využití tzv. funkčních zobrazovacích metod, které kombinují morfologii s určitým klinickým parametrem - např. metabolickou aktivitou (PET/CT), difuzivitou (MR) či vaskularizací (CT). Tato kombinace umožňuje jednak zpřesnění klinického obrazu onemocnění a současně poskytuje informaci o dynamice jeho průběhu. Vývoj metod v oblasti nádorové genomiky v posledních několika letech vedl k novým minimálně-invazivním postupům molekulárních vyšetření DNA uvolňované z nádorové masy do periferního oběhu (circulating tumor DNA, ctDNA) a jejich využití pro zpřesnění diagnostiky a racionální volbu cílené protinádorové terapie. V tomto projektu je předkládán zcela nový koncept funkčních zobrazovacích metod založených na kombinaci PET/CT vyšetření s kvantitativním stanovením ctDNA, který bude vyvinut na souboru celkem 200 pacientů podstupující systémovou terapii bronchogenního karcinomu, u kterých bude v čase sledován a hodnocen klinický průběh onemocnění a léčby.; Imaging methods are fundamental for diagnosis, staging and monitoring of therapy of lung cancer. Functional imaging combines morphology with clinical parameters - e.g. metabolic activity (PET/CT), diffusivity (MR) or vascularization (CT) is a new trend to improve accuracy of clinical description of the actual disease status and information on the dynamics of its progress. Development of methods in the field of cancer genomics in the last few years has led to a new minimally-invasive procedures for molecular profiling of DNA released from the tumor mass into the peripheral circulation (circulating tumor DNA, ctDNA) and its usage for more accurate diagnosis and rational choice of targeted anticancer therapies. The present project proposes an entirely new concept of functional imaging methods based on the combination of PET/CT examination with quantitative determination of ctDNA which will be developed on the set of 200 patients undergoing systemic therapy of lung cancer. The clinical course of the disease treatment will be followed over time using this new combination approach.

• MeSH
• Circulating Tumor DNA analysis   MeSH
• Phenomics methods   MeSH
• Genomics methods   MeSH
• Genotyping Techniques MeSH
• Combined Modality Therapy methods   MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Lung Neoplasms diagnostic imaging   genetics   MeSH
• Positron Emission Tomography Computed Tomography methods   MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Cílem projektu je posoudit využitelnost vysokoúčinných metod paralelního sekvenování (HTS – high-throughput sequencing) jako nástroje pro komplexní charakterizaci dynamiky mikrobiomu dutiny ústní a tím pro včasnou diagnózu rizika i nástupu parodontitidy a pro sledování postupu léčby. V dlouhodobé studii, sledující dynamiku změn složení orálního mikrobiomu v již ustaveném souboru 20 původně zdravých osob i kontrolní skupiny pacientů s chronickou parodontitidou, bude podrobně zdokumentována transformace „zdravého“ bakteriálního biofilmu na parodontální v průběhu celkem sedmiletého monitorovacího období. Na souboru 60 pacientů s agresivní parodontitidou léčených dvěma různými standartními postupy bude HTS využita pro monitorování orálního mikrobiomu v průběhu vlastní terapie i v následném období. Porovnání výstupů obou experimentů poskytne informaci, zda a jak se liší kompozice subgingiválního biofilmu u chronické a agresivní parodontitidy. Pro uživatelská medicínská pracoviště bude vypracován komplexní metodický postup pro včasnou diagnózu i monitorování průběhu léčby.; The aim of the project is to evaluate the applicability of high throughput sequencing (HTS) as a tool for complex characterization of oral microbiome dynamics and thus for early diagnosis of risk and onset of periodontitis and for monitoring of treatment. The 7-year long-term study exploring the dynamics of changes in the oral microbiome composition in already established group of 20 initially healthy subjects and a control group of patients with chronic periodontitis will document in detail the transformation of "healthy" bacterial biofilm into the periodontal one. The HTS will be employed also for monitoring of oral microbiome during and after the therapy of a group of 60 patients with aggressive periodontitis treated by either of two standard procedures. Comparison of outputs of both experiments will reveal, whether the composition of subgingival biofilm differs in chronic and aggressive periodontitis. The complex methodological procedure for HTS integration into system of early diagnosis and treatment of patients with periodontitis will be developed.

• MeSH
• Aggressive Periodontitis microbiology   MeSH
• Biofilms MeSH
• Chronic Periodontitis microbiology   MeSH
• Microbiota MeSH
• Oral Medicine MeSH
• Mouth microbiology   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing methods   MeSH

• Conspectus
• Stomatologie
• NML Fields
• zubní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• bakteriologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Publikace se zaměřuje na genomiku, epigenetiku, metabolismus, stravování a zdraví. Určeno široké veřejnosti.; Text vysvětluje, že se vyplatí znát svou genovou výbavu a přizpůsobit jí způsob stravování a cvičení. Rady a tipy vás nasměrují na cestu k lepšímu zdraví i v případě, že svůj genetický profil zatím neznáte.

• MeSH
• Diet MeSH
• Epigenomics MeSH
• Nutritional Physiological Phenomena genetics   MeSH
• Genomics MeSH
• Genes MeSH
• Metabolism genetics   MeSH
• Health MeSH
• Publication type
• Monograph MeSH
• Popular Work MeSH

• Conspectus
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• nutriční terapie, dietoterapie a výživa
• vnitřní lékařství

Zavedení metod označovaných jako next-generation sequencing (NGS) umožnilo detailní výzkum lidského mikrobiomu. Jak bylo prokázáno u mikrobiomu vaginálního či gastrointestinálního traktu, zastoupení určitých specifických bakteriálních druhů má nezastupitelnou úlohu v udržování optimálního složení daného mikrobiomu. Pacienti podstupující transplantaci krvetvorných buněk jsou ohroženi infekčními komplikacemi, jejichž zdrojem je obvykle endogenní mikroflóra. V pozdní post-transplantační periodě jsou pacienti vnímaví k infekcím vyvolaných opouzdřenými patogeny, zejména Streptococcus pneumoniae, které jsou součástí komenzální mikroflóry nazofaryngu. Změna ve složení nazofaryngeální mikroflóry může přispět k rozvoji kolonizace pneumokoky a následnému vzniku infekcí. Pomocí NGS bude studováno podrobné složení a variabilita nazofaryngeálního mikrobiomu u pacientů, kteří podstoupili transplantaci krvetvorných buněk, jejíž složení může být u těchto pacientů ovlivněno díky opakované expozici antibiotikům a absence určitých mikrobů může přispívat ke zvýšené vnímavosti k pneumokokovým nákazám.; The introduction of next-generation sequencing (NGS) has allowed research of human microbiome. As was demonstrated in studies of the vaginal or gastrointestinal microbiome representation of certain phyla play an irreplaceable role in maintaining of optimal composition of the microbiome. Patients undergoing hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) are at risk of infectious complications, whose source is usually endogenous microbiota. In the late post-transplant period, patients are susceptible to infections caused by encapsulated pathogens as Streptococcus pneumoniae, which is the part of the commensal nasopharyngeal microflora. The change in the composition of nasopharyngeal microflora may contribute to the development of pneumococcal colonization. Using NGS the detailed composition and variability of nasopharyngeal microbiome in patients undergoing HSCT will be studied, as it is composition may be affected in these patients due to repeated exposure to the antibiotic and the absence of certain microbes may contribute to increased susceptibility to pneumococcal infections.

• MeSH
• Bacteria isolation & purification   MeSH
• Humans MeSH
• Microbiota MeSH
• Nasopharynx microbiology   MeSH
• Pneumococcal Infections prevention & control   MeSH
• Colony Count, Microbial MeSH
• Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction MeSH
• Transplant Recipients MeSH
• Hematopoietic Stem Cell Transplantation MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• transplantologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Masa aberantních buněk mnohočetného myelomu je v době diagnózy složena ze směsi několika nezávislých klonů s proměnlivou velikostí v čase. Populace aberantních buněk minimální reziduální nemoci (MRN) představuje pouze podmnožinu klonů z původního množství, které přežily léčbu. Zmenšení počtu klonů mnohočetného myelomu je spojeno se snížením celkové genetické variability. Snížení heterogenity uvnitř nádoru po aplikaci primární terapie dovoluje zařazení individualizované léčby zacílené na zbytkový klon. Genomové sekvenování spolu s profilováním genové exprese ve zbytkovém klonu umožní identifikovat sadu klíčových mutací a/nebo poškozených metabolických drah, které mohou být odstraněny některou z nových cílených terapeutických látek.; Mass of multiple myeloma aberrant cells represents at the time of diagnosis a mixture of multiple independent clones that vary in size with time. Population of aberrant cells of minimal residual disease (MRD) represents only a subset of clones from their complex pool, which survived the treatment. The reduction of the number of multiple myeloma clones is associated with decreased genetic variability. Decrease in intratumor heterogeneity after frontline therapy allows implementation of individualized therapy targeting residual clone. Genome wide sequencing combined with gene expression profiling of residual clone will enable to identify key set of mutations and/or affected pathways that can be eliminated by some of the novel targeted therapeutic agents.

• MeSH
• Clone Cells MeSH
• Molecular Targeted Therapy methods   MeSH
• Genome, Human MeSH
• Genomics methods   MeSH
• Precision Medicine methods   MeSH
• Humans MeSH
• Multiple Myeloma drug therapy   genetics   MeSH
• Mutation MeSH
• Flow Cytometry methods   MeSH
• Neoplasm, Residual drug therapy   genetics   MeSH
• Sequence Analysis, DNA methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR