• MeSH
• algoritmy MeSH
• automatizované zpracování dat metody   MeSH
• počítačové systémy MeSH
• sekvence aminokyselin MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční analýza metody   MeSH

• Konspekt
• Lékařské vědy. Lékařství
• NLK Obory
• lékařská informatika
• biologie
• embryologie a teratologie
• genetika, lékařská genetika

Karcinom prsu patří mezi nejčastější maligní onemocnění u žen a představuje závažný zdravotní problém. U přibližně 5-10% případů nádoru prsu lze prokázat dědičnou formu onemocnění, která je charakteristická brzkým vznikem a zvýšeným rizikem rekurence. Pro prevenci a časnou diagnostiku dědičné formy karcinomu prsu má zásadní význam identifikace příčinných alterací zodpovědných, nebo zvyšujících riziko jeho vzniku. S rozšířením nových sekvenačních technik, které umožňují rychlou analýzu rozsáhlých částí lidského genomu, jsou kromě zárodečných prokazatelně patogenních mutací často identifikovány sekvenční varianty v regulačních nekódujících oblastech predispozičních genů. Klinický význam naprosté většiny těchto alterací je neznámý, přičemž jejich detekce představuje závažný klinický problém z hlediska interpretace genetického vyšetření. Cílem předkládaného projektu je posouzení klinického významu sekvenčních variant detekovaných při genetickém vyšetření vysoce rizikových jedinců, v regulačních oblastech genů predisponujících ke vzniku karcinomu prsu.; Breast cancer is the most frequent malignancy in the female population and presents a serious health problem. Approximately 5–10% of all breast cancer cases are of hereditary origin characterized by early and repetitive onset. The identification of causal alterations or factors increasing the risk is crucial for early diagnosis and prevention of hereditary form of breast cancer. With usage of new DNA sequence technologies enabling more genes to be assessed and greater gene coverage, increasingly the identified variants are in regulatory non-coding regions of breast cancer susceptibility genes. The clinical significance of the majority of these alterations is unknown. This presents uncertainity in genetic counselling of carriers of these variants, which poses a significant clinical problem. This project will address the problem by establishing the relationship between the bioinformatically predicted consequences of these variants, their functional effect in vitro, and their contribution to breast cancer susceptibility.

• MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické testování MeSH
• lidé MeSH
• nádory prsu diagnóza   genetika   MeSH
• rizikové faktory MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) regulují diferenciaci krevních buněk na mnoha úrovních a jejich abnormální exprese tak přispívá k různým hematopoetickým onemocněním. LncRNA se mohou ukázat jako významné diagnostické a prognostické markery přispívajícími k včasné detekci progrese MDS a zlepšení přežití pacientů, či se mohou v budoucnu stát potenciálními terapeutickými cíli. V navrhovaném projektu budou prováděna celogenomová vyšetření hladin lncRNAs u pacientů s MDS a srovnání expresních profilů mezi různými skupinami pacientů s cílem najít lncRNAs s výrazně odlišnými hladinami a potenciálním využitím v diagnostice MDS. Protože znalosti o jednotlivých lncRNA jsou často limitovány na pouhou anotaci transkriptu, budou v rámci projektu dále studovány příčiny, role a důsledky deregulovaných lncRNA pro patogenezi MDS pomocí experimentálních a výpočetních přístupů.; Long non-coding RNAs (lncRNAs) regulate hematopoietic lineage differentiation at almost every stage and their abnormal expression may contribute to various hematopoietic disorders. They may become useful diagnostic and prognostic markers contributing to detection of the MDS progression and increase of the patients' survival, and even potential therapeutic targets in future. In the proposed project, genome-wide screening of lncRNA levels in MDS patients will be employed to compare expression profiles between various risk groups of patients with the aim to find lncRNAs with significantly different levels and relevance to MDS diagnostics. Because the knowledge about individual lncRNAs is often limited to the simple transcript annotation, the causes, roles and consequences of deregulated lncRNAs in the pathogenesis of MDS will be studied by experimental and computational approaches.

• MeSH
• exprese genu MeSH
• myelodysplastické syndromy diagnóza   genetika   MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• RNA dlouhá nekódující genetika   škodlivé účinky   MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• biologická evoluce MeSH
• druhová specificita MeSH
• fylogeneze MeSH
• genetický kód MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• NLK Publikační typ
• elektronické časopisy

Dědičná neuropatie Charcot-Marie-Tooth (CMT) je nejčastějším dědičným neurologickým onemocněním a patří s prevalencí až 1:2500 mezi nejčastější geneticky podmíněná onemocnění vůbec. V ČR je tedy chorobou CMT postiženo až 4000 osob. CMT je příkladem skupiny chorob s extrémní genetickou heterogenitou, kdy mutace v již více než 50 různých genech mohou být příčinou CMT. V posledních 2-3 letech došlo k rychlému rozvoji a dostupnosti nových sekvenčních a genotypizačních technologií s obrovskou kapacitou a možností vyšetření stovek a tisíců genových sekvencí současně během krátké doby a za zlomek ceny, která se stala dostupnou i pro např. sekvenování celého exomu (všech kódujících částí všech genů). To dává možnost pro zásadní zefektivnění molekulární diagnostiky u geneticky velmi heterogenních skupin neurologických chorob, zejména dědičné neuropatie CMT. Tyto nové možnosti vysokokapacitního vyšetření je nezbytné využít i pro klinickou diagnostiku neurologických chorob a tento cíl si klade i tento projekt.; Hereditary peripheral neuropathies known as Charcot-Marie-Tooth (CMT) with the incidence of 1:2500 are the most frequent genetically caused neuromuscular disorders. It is estimated that in the Czech Republic at least 4000 patients are affected with CMT. Hereditary peripheral neuropathies are a very heterogeneous group of disorders, especially genetically. Recently, mutations in more than 50 genes are associated with CMT. Major developments in the availability of new genotyping and sequencing techniques were made in last 2-3 years. This is most apparent with so-called next generation sequencing which has made possible to sequence the whole exome (all coding exons of all genes) in real-time. This is what has meant a great progress in the genetic diagnosis of a very heterogenous group of disorders, with CMT being a representative example. The aim of the project is to make advantage of these new techniques and to use them to improve genetic diagnostic of neurological disorders.

• MeSH
• Charcotova-Marieova-Toothova nemoc MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• exom genetika   MeSH
• genotypizační techniky MeSH
• hereditární motorické a senzitivní neuropatie MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• databáze genetické MeSH
• genetický kód MeSH
• genová knihovna MeSH
• kodon MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• lékařská informatika
• NLK Publikační typ
• www dokumenty

Cílem projektu je identifikace genů zodpovědných za vznik dědičného karcinomu (ca) ovaria v ČR. Analýza testovacího panelu ~600 kandidátních genů bude provedena v dobře charakterizovaném souboru 400 vysoce-rizikových pacientek s ca ovaria bez detekované mutace v hlavních predispozičních genech BRCA1/2 a v souboru 300 anonymních nenádorových kontrol pomocí sekvenování nové generace (NGS) a bioinformatické analýzy. Vybrané alterace budou konfirmovány Sangerovým sekvenováním, u kandidátních variant nejasného významu bude provedena jejich funkční in vitro analýza. S ohledem na podíl poruch DNA-reparačních mechanismů pro vznik ca ovaria se zaměříme na analýzu genů kódující proteiny zúčastněné v reparaci DNA. Po vyhodnocení pravděpodobných predispozičních genů pro vznik ca ovaria v naší populaci provedeme návrh diagnostického panelu pro genetické vyšetření pomocí cíleného NGS a jeho validaci v souboru 300 neselektovaných pacientek s ca ovaria a 300 nenádorových kontrol. Výsledky budou statisticky vyhodnoceny a jejich možný klinický výstup bude diskutován v odborných společnostech.; Aim of the project is the analysis of almost 600 selected genes referred to ovarian cancer (ca) in well characterized cohort of 400 high-risk ovarian ca patients negatively tested for BRCA1/2 mutations and 300 anonymous non-ca controls using next gen sequencing (NGS) and bioinformatics analysis. Detected alterations will be confirmed by Sanger sequencing; candidate alterations of unknown significance will be tested using in vitro functional analysis. Regarding the importance of DNA repair to ovarian carcinogenesis, we will focus on the analysis of genes coding for proteins involved in DNA repair. After the selection of genes probably predisposing to ovarian ca in our population, we will design a diagnostic gene panel for the genetic examination using targeted NGS and validate it in a group of 300 unselected ovarian ca patients and 300 non-ca controls. Results will be statistically evaluated and their clinical use will be discussed in Medical Associations.

• MeSH
• diagnostické techniky porodnicko-gynekologické MeSH
• genetické nemoci vrozené genetika   MeSH
• mutace MeSH
• nádory vaječníků genetika   MeSH
• poruchy opravy DNA MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• techniky in vitro MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Kandidátní genetické predispoziční faktory ovlivňující riziko vzniku ca prsu budou identifikovány pomocí next-gen sekvenování na analyzátoru SOLiD4. Kódující sekvence >250 genů izolovaná selektivní hybridizací (exon trapping) bude analyzována u 300 vzorků rizikových BRCA1/2-negativních pacientů s ca prsu a 300 kontrol. Po mapování a bioinformatické analýze bude validace alterací se statisticky odlišnou frekvencí výskytu mezi studovanými soubory provedena genotypizačními postupy (DHPLC a HRM) v rozšířených souborech vzorků vysoce rizikových pacientek (+250), neselektovaného ca prsu (600) a kontrol (600). Funkční vliv vybraných alterací v mamární tumorogenezi bude simultánně studován in vitro v modelech linií ca prsu. Zkonstruované klony buněk exprimující studované varianty budou analyzovány s ohledem na viabilitu buněk po genotoxickém poškození a kinetiku DNA reparace. Vliv kandidátních alterací na predikci/prognózu ca prsu u jejich nosičů bude statisticky vyhodnocen.; Candidate genetic BC predisposition factors will be identified using the next-gen sequencing on SOLiD4 analyzer. Entire coding sequence of >250 selected genes isolated by exon trapping will be analyzed in 300 samples of high-risk (BRCA1/2-negative) BC patients and 300 controls. Following the mapping of sequencing data and bioinformatics analysis, the variants differing in frequency between analyzed sample sets will be validated in the independent sample sets of high risk patients (+250), unselected BC patients (600) and controls (600). Simultaneously, the functional effect of selected variants in mammary tumorigenesis will be studied in BC cell lines. The cells expressing transfected variants will be analyzed considering the cell viability upon genotoxic stress and DNA-repair kinetics. Influence of candidate alterations on prediction/prognosis of BC in their carriers/non-carriers will be statistically evaluated.

• MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genotypizační techniky MeSH
• geny BRCA1 MeSH
• geny BRCA2 MeSH
• karcinom genetika   MeSH
• nádory prsu genetika   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• rizikové faktory MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• gynekologie a porodnictví
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• genomová knihovna MeSH
• projekt Lidský genom MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• biologie

• MeSH
• biotechnologie MeSH
• genetické inženýrství MeSH
• genetický kód MeSH
• klonování DNA MeSH
• klonování organismů MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• rekombinantní DNA MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• biomedicínské inženýrství