Evaluation of reference genes and normalization strategy for quantitative real-time PCR in human pancreatic carcinoma
Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print
Typ dokumentu časopisecké články, práce podpořená grantem
PubMed
22377737
PubMed Central
PMC3826910
DOI
10.3233/dma-2011-0875
PII: A1240J248P001128
Knihovny.cz E-zdroje
- MeSH
- eukaryotický iniciační faktor 2B genetika MeSH
- exprese genu MeSH
- jaderné proteiny genetika MeSH
- karcinom diagnóza genetika patologie MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mitochondriální proteiny genetika MeSH
- nádorové biomarkery genetika MeSH
- nádory slinivky břišní diagnóza genetika patologie MeSH
- pankreas metabolismus patologie MeSH
- ribonukleasy genetika MeSH
- ribonukleoproteiny genetika MeSH
- ribozomální proteiny genetika MeSH
- senioři MeSH
- software MeSH
- stabilita RNA MeSH
- stanovení celkové genové exprese MeSH
- transkripční faktory genetika MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Názvy látek
- ELF1 protein, human MeSH Prohlížeč
- eukaryotický iniciační faktor 2B MeSH
- jaderné proteiny MeSH
- mitochondriální proteiny MeSH
- MRPL19 protein, human MeSH Prohlížeč
- nádorové biomarkery MeSH
- POP4 protein, human MeSH Prohlížeč
- ribonukleasy MeSH
- ribonukleoproteiny MeSH
- ribozomální proteiny MeSH
- transkripční faktory MeSH
Histologically verified pairs (n=10) of pancreatic tumors and non-neoplastic tissues were used for quantitative real-time PCR and the stability of 24 reference genes was analyzed with geNorm and NormFinder software. Raw C{q} values correlated with the degree of RNA degradation. This correlation was abolished by normalization to C{q} of 18S endogenous control gene. Both geNorm and NormFinder programs suggested EIF2B1, ELF1, MRPL19, and POP4 as the same most stable genes. We have thus identified suitable reference genes for future expression studies in pancreatic carcinoma. Normalization method reducing the effects of RNA degradation on the quality of results was also developed.
Citace poskytuje Crossref.org
KRAS pathway expression changes in pancreatic cancer models by conventional and experimental taxanes
Hedgehog pathway overexpression in pancreatic cancer is abrogated by new-generation taxoid SB-T-1216
