The progression of colorectal cancer involves accumulation of various genetic and epigenetic events that dramatically change gene expression. The aim of this study was to investigate a possible new approach to the diagnosis of colorectal carcinoma patients, based on their gene expression profiles. Human 19K cDNA microarrays were used to analyze the gene expression profiles of 18 colorectal carcinoma patients. Transcriptome maps (TMs) were analyzed to detect chromosomal regions that could serve as potential diagnostic markers for colon cancer. A comparison of TMs showed chromosome regions with conserved changes of gene expression typical of colorectal cancer in general, and also patient-specific variable regions. We identified 195 genes with significantly altered expression in colon cancer. Functional analysis of the regulated genes distinguished three main categories: biological processes, cellular components, and molecular functions. We found that different patients had chromosome regions characterized by very similar changes of gene expression, probably linked to the most fundamental events in carcinogenesis. On the other hand, variable chromosome regions can be patient-specific. The variable regions may provide further information on the individual pathogenesis and prognosis of the patient. Comparison of TMs is proposed as a tool to facilitate diagnosis and treatment planning for individual patients.

• MeSH
• DNA nádorová genetika   MeSH
• financování organizované MeSH
• genetická transkripce MeSH
• kolorektální nádory diagnóza   genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mapování chromozomů MeSH
• nádorové biomarkery genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů metody   MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• MeSH
• čipová analýza proteinů metody   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• DNA analýza   MeSH
• dospělí MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• kolorektální nádory diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• lymfatické metastázy diagnóza   MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH
• technologie lékařská MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• MeSH
• exprese genu * MeSH
• faktor Xa MeSH
• interpretace statistických dat MeSH
• kolorektální nádory * genetika   MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• lidé MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• mikročipová analýza přístrojové vybavení   MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nikotinamid-N-methyltransferasa MeSH
• počítačové zpracování obrazu MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů * MeSH
• software MeSH
• statistika jako téma MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH