Analysis and sorting of plant chromosomes (plant flow cytogenetics) is a special application of flow cytometry in plant genomics and its success depends critically on sample quality. This unit describes the methodology in a stepwise manner, starting with the induction of cell cycle synchrony and accumulation of dividing cells in mitotic metaphase, and continues with the preparation of suspensions of intact mitotic chromosomes, flow analysis and sorting of chromosomes, and finally processing of the sorted chromosomes. Each step of the protocol is described in detail as some procedures have not been used widely. Supporting histograms are presented as well as hints on dealing with plant material; the utility of sorted chromosomes for plant genomics is also discussed. © 2016 by John Wiley & Sons, Inc.
- MeSH
- chromozomy rostlin metabolismus MeSH
- DNA rostlinná genetika MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- karyotypizace MeSH
- meristém cytologie účinky léků MeSH
- metafáze účinky léků MeSH
- molekulová hmotnost MeSH
- oxid dusný farmakologie MeSH
- proteomika MeSH
- průtoková cytometrie metody MeSH
- rostliny genetika MeSH
- semena rostlinná účinky léků MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Nuclear genomes of many important plant species are tremendously complicated to map and sequence. The ability to isolate single chromosomes, which represent small units of nuclear genome, is priceless in many areas of plant research including cytogenetics, genomics, and proteomics. Flow cytometry is the only technique which can provide large quantities of pure chromosome fractions suitable for downstream applications including physical mapping, preparation of chromosome-specific BAC libraries, sequencing, and optical mapping. Here, we describe step-by-step procedure of preparation of liquid suspensions of intact mitotic metaphase chromosomes and their flow cytometric analysis and sorting.
Genome analysis in many plant species is hampered by large genome size and by sequence redundancy due to the presence of repetitive DNA and polyploidy. One solution is to reduce the sample complexity by dissecting the genomes to single chromosomes. This can be realized by flow cytometric sorting, which enables purification of chromosomes in large numbers. Coupling the chromosome sorting technology with next generation sequencing provides a targeted and cost effective way to tackle complex genomes. The methods outlined in this article describe a procedure for preparation of chromosomal DNA suitable for next-generation sequencing.
- MeSH
- chromozomy rostlin ultrastruktura MeSH
- délka genomu MeSH
- fluorescenční mikroskopie MeSH
- genom rostlinný * MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- ječmen (rod) cytologie genetika MeSH
- klíčení genetika MeSH
- metafáze genetika MeSH
- polyploidie MeSH
- průtoková cytometrie metody MeSH
- pšenice cytologie genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- semena rostlinná genetika MeSH
- umělé bakteriální chromozomy MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- žito cytologie genetika MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Příznaky nefrolitiázy u dětí nejsou tak typické jako u dospělých. Kojenci často reagují na odchod konkrementu neklidem, odmítáním potravy. Malé děti udávají bolest bříška bez přesné lokalizace, vegetativní symptomatologie může být různého charakteru a stupně. Jen starší děti dovedou popsat renální koliku. Diagnóza nefrolitiázy v dětském věku, zvláště u kojenců a menších dětí, je proto mnohem obtížnější než u dospělých. Je tedy nutné, aby lékař při vyšetření malých dětí s neurčitými bolestmi břicha, neklidem nebo náhle vzniklými dysuriemi pomýšlel i na možnost nefrolitiázy.
- MeSH
- dítě MeSH
- kameny v močovodu diagnóza terapie MeSH
- lidé MeSH
- rázové vlny s vysokou energií terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
