- MeSH
- epidemiologické faktory MeSH
- feces virologie MeSH
- fylogeneze MeSH
- genom virový MeSH
- genotypizační techniky metody MeSH
- klinické chemické testy metody MeSH
- lidé MeSH
- prasata virologie MeSH
- rizikové faktory MeSH
- Rotavirus * genetika izolace a purifikace MeSH
- virové zoonózy * epidemiologie přenos virologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
A 17-week-old crossbred finishing pig was presented for lameness of approximately one week. Clinical evaluation, including ophthalmologic examination, revealed ataxia, partial flaccid paresis of the pelvic limbs, skin lesions at feet and claws, and severely reduced vision/blindness. Both eyes had multiple persistent pupillary membranes (iris-to-iris and iris-to-lens) and hypermature cataracts. Histopathological examination of the eyes revealed microphthalmia, microphakia with cataract formation, myovascularised membrane in the vitreous, retinal detachment, and retinal dysplasia. Microscopic examination of tissues collected postmortem demonstrated nonsuppurative polioencephalomyelitis with the most prominent inflammatory lesions in the lumbar spinal cord. Subsequently, presumed Teschen/Talfan disease was confirmed by porcine teschovirus identification in the spinal cord using the reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). To the authors' knowledge, this is the first case report describing in detail histopathological changes in the porcine congenital microphthalmic syndrome.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- MeSH
- Varroidae patogenita MeSH
- včely * virologie MeSH
- virové nemoci * diagnóza epidemiologie etiologie veterinární MeSH
- viry hmyzu klasifikace MeSH
- zdravotní stav populace MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Cíl práce: Cílem tohoto sdělení je prezentovat výsledky dvou komerčně dostupných souprav určených pro rutinní detekci rotaviru A v lidské stolici ve srovnání s komerčně dostupným kvantifikačním reverzně transkripčním PCR (RT-qPCR) testem a vlastním RT-qPCR testem. Materiál a metody: Celkem bylo vyšetřeno všemi čtyřmi metodami 749 vzorků stolice získaných ze čtyř diagnostických laboratoří v průběhu období od března 2016 do června 2017. U jedné třetiny vyšetřených pacientů byla uvedena diagnóza související s postižením gastrointestinálního traktu, zbytek vyšetřených vzorků byl odebrán od pacientů s jinými základními diagnózami. Vzorky byly vyšetřeny metodou enzymatické imunoanalýzy (EIA) (RIDASCREEN® Rotavirus) a rychlým imunochromatografickým testem (RDT) (IMMUNOQUICK® No-Rot-Adeno). Jako referenční metoda byl použit RT-qPCR test (Primerdesign™ Genesig® Kit), který byl také srovnán s vlastním RT-qPCR testem připraveným v naší laboratoři. U referenčního RT-qPCR testu byly vzorky s pozitivním signálem reakce v 28. a vyšším cyklu (Ct ≥ 28) hodnoceny jako negativní, aby byly do srovnání citlivosti metod zahrnuty pouze vzorky klinicky relevantní. Výsledky: U obou rutinních diagnostických testů byla stanovena citlivost (EIA - 84,2 %, RDT - 82,5 %) a také specificita (EIA - 97,8 %, RDT - 96,4 %). Prediktivní hodnota pozitivního testu byla 87,3 % pro EIA a 80,3 % pro RDT. Prediktivní hodnota negativního testu byla vypočítána jako 97,2 % pro EIA a 96,8 % pro RDT. Počet pozitivních vzorků zjištěných referenčním RT--qPCR testem s vlastní stanovenou hladinou cut-off byl 15,2 % (n = 114). Srovnání vlastního RT-qPCR testu a referenčního RT--qPCR testu ukázalo velmi dobrou shodu výsledků - citlivost vlastního testu byla 100 % a specificita 99,7 %. Závěry: Metoda RT-qPCR je pro sledování výskytu rotavirové gastroenteritidy citlivější metodou než rutinně používané testy EIA a RDT. Tyto dva testy ve srovnání s referenční metodou vykázaly velmi dobrou specificitu. Test EIA byl však ve všech sledovaných parametrech funkčnosti vyhodnocen lépe než RDT.
Objective: The aim of this study was to compare results of two commercially available kits used for routine detection of Rotavirus A in human stool samples with results of commercial quantitative reverse-transcription PCR (RT-qPCR) test and in-house RT-qPCR. Material and methods: In total, 749 stool samples were screen-ed with the use of four different methods. The samples were collected from four diagnostic laboratories from March 2016 to June 2017. Diagnose of gastrointestinal disorders was stated in one third of tested patients, the rest of samples was collected from patients with other primary diagnose. The samples were tested with the enzymatic immunoassay (EIA) (RIDASCREEN® Rotavirus) and with rapid diagnostic immunochromatographic test (RDT) (IMMUNOQUICK® No-Rot-Adeno). As a reference method a commercial RT-qPCR test was used (Primerdesign™ Genesig® Kit) and it was compared with in-house RT-qPCR test prepared in our laboratory. The samples which in the reference RT-qPCR gave positive signal of reaction in cycle 28 or higher (Ct ≥ 28) were assessed as negatives in order to include only samples with some clinical relevance into sensitivity determination. Results: Diagnostic sensitivity was assessed as 84.2% for EIA and 82.5% for RDT. The specificity of those tests was calculated as 97.8% for EIA and 96.4% for RDT. The performance of both diagnostic tests describing their positive predictive value was determined to be 87.3% for EIA and 80.3% for RDT. Negative predictive value was calculated to be 97.2% for EIA and 96.8% for RDT. Proportion of RVA-positive samples determined with the reference RT-qPCR test with our own cut-off level was 15.2% (n=114). Comparisons of the in-house and reference RT-qPCR tests showed very good agreement of results. The sensitivity of the in-house test was 100% and its specificity 99.7%. Conclusions: RT-qPCR is more sensitive for surveillance of rotavirus gastroenteritis than routinely used EIA or RDT methods. The specificity of both evaluated tests was very high. However, EIA was in all performance parameters assessed better than RDT.
- MeSH
- chromatografie afinitní MeSH
- feces mikrobiologie MeSH
- gastroenteritida diagnóza MeSH
- imunoanalýza MeSH
- lidé MeSH
- polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
- Rotavirus * izolace a purifikace MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Cílem tohoto článku je shrnout aktuální informace o rotavirech a jimi působených onemocněních. Dále se zmiňujeme o významu vakcinace a o možném vlivu vakcín na složení rotavirových genotypů přítomných v populaci.
This article aims to summarize up-to-date information on rotaviruses and diseases they cause. Next the authors mention theimportance of vaccination and the possible effect of vaccines on the different rotavirus genotypes present in the population.
- MeSH
- dítě MeSH
- gastroenteritida komplikace patologie terapie MeSH
- infekce centrálního nervového systému MeSH
- lidé MeSH
- rotavirové infekce * diagnóza klasifikace terapie MeSH
- Rotavirus klasifikace patogenita MeSH
- vakcína proti rotavirům terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
Rotavirus představuje významného původce gastroenteritid u lidí i zvířat. Mortalita dětí v důsledku rotavirové infekce je hlavně v rozvíjejících se zemích stále vysoká. Rotaviry způsobují také významné ekonomické ztráty v souvislosti s gastroenteritidami hospodářských zvířat, zvláště u telat a selat. Přibývající počty odlišných kmenů rotavirů ukazují na nutnost používat jednotnou nomenklaturu a podrobnou klasifikaci založenou na sekvenci celého genomu viru. Fylogenetická analýza genomu rotavirů poukazuje na časté prolínání vývoje lidských a zvířecích kmenů, pravděpodobně v důsledku mnohonásobných přenosů mezi různými živočišnými druhy. Mezidruhový přenos a následné přeskupení genů je jedním z mechanismů přispívajících k velké genetické rozmanitosti rotavirů, což představuje riziko vzniku nových patogenních kmenů.
Rotaviruses are significant enteric pathogens of humans and animals. Rotavirus-associated mortality is still high in children, especially in developing countries. Rotaviruses also account for important economic losses due to gastrointestinal disease of livestock animals, notably of young cattle and pigs. Increasing numbers of different rotavirus strains stress the necessity of their uniform nomenclature and detailed classification with the use of whole-genome sequencing. Phylogenetic analyses of the rotavirus genome reveal repeated intersections between the evolution of human and animal rotavirus strains which is probably a consequence of multiple events of transmission among various animal species. The interspecies transmission and subsequent gene reassortment are important mechanisms driving the diversity of rotaviruses and enabling the emergence of new pathogenic strains.
- Klíčová slova
- zoonotický přenos, reasortment genů, mezidruhový přenos,
- MeSH
- antigeny virové MeSH
- domácí zvířata MeSH
- gastroenteritida etiologie MeSH
- genetická variace MeSH
- genotyp MeSH
- hospodářská zvířata MeSH
- lidé MeSH
- RNA virová MeSH
- rotavirové infekce * genetika přenos MeSH
- Rotavirus * genetika klasifikace MeSH
- sekvenční analýza MeSH
- zoonózy * MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
