Úvod: Pro určení optimální metody získání vzorku biologického materiálu k určení etiologického agens nozokomiální pneumonie (HAP) stále neexistuje dostatek důkazů, přičemž snaha je zaměřena na určení nejsnáze proveditelného, levného a přitom dostatečně validního způsobu odběru, který je v klinické praxi snadno proveditelný. Metody: Primárním cílem prospektivní, observační studie bylo určení prediktivní hodnoty vzorků výtěru orofaryngu (OS) a žaludečního aspirátu (GA) pro určení původců HAP. Výtěžnost těchto odběrů byla porovnána se vzorky endotracheálního aspirátu (ETA) a krytého brushe (PSB), který je považován za zlatý standard metod průkazu původce HAP. Výsledky: Do studie bylo zařazeno 56 pacientů. U 48 z nich bylo určeno v 79 izolátech signifikantní množství bakteriálních patogenů ve dvou kolech odběrů s odstupem 72 hodin. U zbylých 8 pacientů nebylo zaznamenáno signifikantní množství patogenů v žádném izolátu. Senzitivita jednotlivých typů odběrů v prvním kole byla u ETA 98%, PSB 31%, OS 64% a GA 67%; ve druhém kole ETA 87%, PSB 32%, OS 74% a GA 42%. Ve vzorcích bylo identifikováno celkem dvanáct bakteriálních species. Nejčastěji zachycenými byli: Klebsiella pneumoniae (23,7%), Burkholderia multivorans (21,1%) a Pseudomonas aeruginosa (15,8%). Závěr: Necíleně odebraný vzorek ETA je u intubovaných pacientů optimální metoda pro získání biologického materiálu k identifikaci etiologického agens HAP. U vzorků ETA byl zaznamenán výrazně častější záchyt mikrobiálního etiologického agens HAP než u PSB. V případě negativního výsledků ETA/PSB lze přihlédnout k výsledku stěru z orofaryngu a/nebo vzorku aspirátu žaludečního obsahu, které v četnosti záchytu etiologických agens následovaly ETA.
Background: There is still a lack of evidence as to which method of biological sample collection is optimal for identifying bacterial pathogens causing hospital-acquired pneumonia (HAP). Much effort has been made to find an easy and valid approach to be used in clinical practice. Methods: The primary endpoint of this prospective, observational study was to determine the predictive value of oropharyngeal swab (OS) and gastric aspiration (GA) as simple and non-invasive methods for diagnosing HAP. Their efficacy was compared to endotracheal aspiration (ETA) and protected specimen brushing (PSB), the standard methods approved for HAP diagnosis. Results: Initially, 56 patients were enrolled. Significant amounts of bacterial pathogens were detected in 48 patients (79 isolates) in Round A and in 39 patients (45 isolates) in Round B (after 72 hours). The sensitivity rates were: ETA 98%, PSB 31%, OS 64% and GA 67% in Round A and ETA 87%, PSB 32%, OS 74% and GA 42% in Round B. Strains of 12 bacterial species were identified in the samples. The three most common etiological agents (both rounds together) were Klebsiella pneumoniae (23.7%), Burkholderia multivorans (21.1%) and Pseudomonas aeruginosa (15.8%). Conclusions: Blind ETA is an optimum method for obtaining biological samples for identification of etiological agents causing HAP in intubated patients. Microbial etiological agents were more frequently detected in ETA samples than in those collected by PSB. If ETA/PSB results are negative, samples may be collected by OS and/or GA as these techniques followed ETA in terms of the frequency of pathogen detection.
- MeSH
- antibakteriální látky terapeutické užití MeSH
- bakteriální infekce * diagnóza etiologie MeSH
- Burkholderia patogenita MeSH
- infekce spojené se zdravotní péčí * diagnóza etiologie patofyziologie MeSH
- interpretace statistických dat MeSH
- Klebsiella pneumoniae patogenita MeSH
- lidé MeSH
- nozokomiální pneumonie MeSH
- orofarynx mikrobiologie patologie MeSH
- prospektivní studie MeSH
- Pseudomonas aeruginosa patogenita MeSH
- ventilátorová pneumonie etiologie patofyziologie MeSH
- žaludek mikrobiologie patologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- pozorovací studie MeSH
Several bacterial species from the Burkholderia cepacia complex (Bcc) are feared opportunistic pathogens that lead to debilitating lung infections with a high risk of developing fatal septicemia in cystic fibrosis (CF) patients. However, the pathogenic potential of other Bcc species is yet unknown. To elucidate clinical relevance of Burkholderia contaminans, a species frequently isolated from CF respiratory samples in Ibero-American countries, we aimed to identify its key virulence factors possibly linked with an unfavorable clinical outcome. We performed a genome-wide comparative analysis of two isolates of B. contaminans ST872 from sputum and blood culture of a female CF patient in Argentina. RNA-seq data showed significant changes in expression for quorum sensing-regulated virulence factors and motility and chemotaxis. Furthermore, we detected expression changes in a recently described low-oxygen-activated (lxa) locus which encodes stress-related proteins, and for two clusters responsible for the biosynthesis of antifungal and hemolytic compounds pyrrolnitrin and occidiofungin. Based on phenotypic assays that confirmed changes in motility and in proteolytic, hemolytic and antifungal activities, we were able to distinguish two phenotypes of B. contaminans that coexisted in the host and entered her bloodstream. Whole genome sequencing revealed that the sputum and bloodstream isolates (each representing a distinct phenotype) differed by over 1,400 mutations as a result of a mismatch repair-deficient hypermutable state of the sputum isolate. The inferred lack of purifying selection against nonsynonymous mutations and the high rate of pseudogenization in the derived isolate indicated limited evolutionary pressure during evolution in the nutrient-rich, stable CF sputum environment. The present study is the first to examine the genomic and transcriptomic differences between longitudinal isolates of B. contaminans. Detected activity of a number of putative virulence factors implies a genuine pathogenic nature of this novel Bcc species.
- MeSH
- bakteriální proteiny genetika MeSH
- Burkholderia genetika izolace a purifikace patogenita MeSH
- cystická fibróza komplikace mikrobiologie MeSH
- dítě MeSH
- faktory virulence genetika metabolismus fyziologie MeSH
- genom bakteriální MeSH
- infekce bakteriemi rodu Burkholderia komplikace MeSH
- lidé MeSH
- objevující se infekční nemoci MeSH
- oportunní infekce komplikace mikrobiologie MeSH
- quorum sensing MeSH
- regulace genové exprese u bakterií MeSH
- stanovení celkové genové exprese MeSH
- virulence genetika MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
