Q56910080
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : ilustrace, tabulky ; 30 cm
Sekvenování nové generace (NGS) je převratnou metodou s výstupem statisíců až milionů přečtených sekvencí, která začíná být dostupná v běžné laboratorní praxi. NGS se nabízí jako ideální metoda pro určení spektra přestaveb genů pro imunoglobuliny (Ig) a T-buněčné receptory (TCR), která přinese komplexní informaci o zastoupení a kinetice lymfocytárních klonů s konkrétními sekvencemi receptorů pro antigeny. V předkládaném projektu plánujeme tuto metodu validovat pro účely sledování minimální reziduální nemoci (MRN) u lymfoidních malignit s předpokladem, že NGS předčí stávající metodu kvantifikace konkrétního klonu ve všech aspektech, včetně finančního. Současně s MRN bude možno studovat obnovování repertoáru Ig a TCR po iniciální chemoterapii a po transplantaci hemopoetických progenitorů u dětské akutní lymfoblastické leukémie a kinetiku konkrétních populací nemaligních lymfocytů cílených proti infekcím, reziduálním leukemickým buňkám, případně vlastním antigenům v případě reakce štěpu proti hostiteli.; Next generation sequencing is a ground-breaking method resulting in hundreds of thousands to millions of sequences that becomes accessible in common laboratory practice. NGS offers an ideal tool for assessment of immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor gene (TCR) rearrangement spectrum that would give complex information on representation and kinetics of lymphocyte clones with particular sequences of antigen receptors. In this project we want to validate the method for minimal residual disease (MRD) evaluation in lymphoid malignancies, assuming that NGS will outperform the current method of concrete clone quantification in every aspect, including costs. Concurrently with MRD, it will be possible to study restoring of Ig and TCR repertoire after initial chemotherapy and stem cell transplantation in childhood acute lymphoblastic leukemia and kinetics of particular non-malignant lymphocyte populations targeting infections, residual leukemic cells, or self-antigens in case of graft-versus-host disease
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie diagnóza MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody trendy MeSH
- genetické testování MeSH
- imunoglobuliny analýza MeSH
- molekulární biologie MeSH
- protoonkogenní protein MLL MeSH
- receptory antigenů T-buněk analýza MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- Konspekt
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NLK Obory
- biologie
- alergologie a imunologie
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : ilustrace ; 30 cm
V rámci projektu bude vytvořena standardní metodika pro hodnocení minimální reziduální nemoci (MRN) v kontextu mezinárodní studie pro léčbu relapsu akutní lymfoblastické leukémie, kde část pacientů bude dostávat monoklonální protilátku epratuzumab. V rámci celé studie je očekáváno zařazení 200 až 300 pacientů ročně. Součástí projektu je evaluace signalizace leukemických buněk po ovlivnění monoklonálními protilátkami a jinými cílenými léčivy pomocí komplexních proteinových arrays. Spolupráce s ÚMG AV ČR umožní odhalení patofysiologických mechanismů fungování moderních cílených léčiv na detailní molekulární úrovni.; Project is designed as a research project within the protocol IntReALL 2010 for patients with relapsed ALL. The project focuses on development and standardization of flow cytometric minimal residual disease assessment in the specific context of treatment with anti-CD22 therapy. Each year 200 -300 patients are expected to be recruited within the IntReALL study. Complex signaling pathways of leukemic cells influenced by targeted drugs will be analyzed using protein arrays. Collaboration with the Institute of Molecular Genetics of Academy of Science will bring modern molecular techniques including synthesis of monoclonal antibodies.
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
1 svazek : ilustrace, tabulky ; 30 cm
Projekt se zabývá začleněním polychromatické průtokové cytometrie a nových molekulárních metod do diagnostického algoritmu nejčastějších hematologických příčin selhání kostní dřeně v dětském věku. Prospektivním sledováním a detailní analýzou pacientů s myelodysplastickým syndromem a aplastickou anémií chceme nalézt charakteristické znaky, které do budoucna přispějí ke klasifikaci obou onemocnění a k rozlišení od reaktivních stavů. Využití výše uvedených technik povede k získání nových informací o imunopatologii a patogenezi nemoci.; The project deals with implementation of polychromatic flow cytometry and new molecular methods in diagnostic algorithm for most common hematological causes of bone marrow failure in childhood. By prospective follow-up and detailed analysis of patients with myelodysplastic syndrome and aplastic anemia we will define characteristic factors, which will contribute to classification of both diseases and distinguishing from reactive states in the future. The use of above listed techniques will lead to new information about immunopathology and pathogenesis of the diseases.
- MeSH
- algoritmy MeSH
- aplastická anemie diagnóza MeSH
- diagnostické techniky molekulární MeSH
- dítě MeSH
- imunofenotypizace MeSH
- myelodysplastické syndromy diagnóza MeSH
- pancytopenie diagnóza MeSH
- proteiny WT1 MeSH
- průtoková cytometrie MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- vzácné nemoci diagnóza MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
Přeruš. str. : il. ; 31 cm
Průtoková cytometrie je v současné době považována za jednu z nejpřínosnějších metodik v hematologii. V Laboratoři CLIP-Cytometrie se již od roku 1997 zabýváme molekulární imunologií dětských akutních lymfoblastických leukémií (ALL). Výsledky našeho vyšetřování jsou používány pro zařazení pacientů do prognostických skupin a k volbě vhodného léčebného protokolu. Význam aberantně a asynchronně exprimovaných antigenů pro prognózu dětských leukémií je rovněž dlouhodobě sledovanou problematikou. Navrhovaný projekt bude testovat význam aberantně exprimovaných molekul pro biologické chování buněk dětské ALL a možné zapojení těchto molekul v procesu leukemogeneze či rezistence k chemoterapii. Protože jsou ALL buňky signálně závislé na svém mikroprostředí, o čemž svědčí typické lokalizace v kostní dřeni, využijeme ke studiu model kokultivace leukemických lymfoblastů na vrstvě stromálních buněk, které in vitro částečně nahrazují mikroprostředí kostní dřeně.; Flow cytometry is currently seen as one of the most fruitful methods in hematology. CLIP ? Cytometry lab has been examining the surface molecules of the childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL) since 1997. Based on the results provided by our lab thepatients are divided into prognostic groups and our findings also serve to choose the best treatment protocol for every individual. The importance of aberrant and asynchronous antigens for the prognosis of ALL has been the main focus of our lab for a significant time. Here the prime goal is to test the implications of the aberrant antigens in the biological behavior of the cells of childhood ALL and their potential in the leukemogenesis or chemotherapy resistance. ALL cells are signally dependent on their microenvironment, as proved by their typical localization in the bone marrow, thus we intend to apply a technique of cocultivation of the leukemic lymphoblasts on the stromal feeder layer that mimics in vitro the microenvironment of the bone marrow.
l-asparaginase (ASNase), a key component in the treatment of childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL), hydrolyzes plasma asparagine and glutamine and thereby disturbs metabolic homeostasis of leukemic cells. The efficacy of such therapeutic strategy will depend on the capacity of cancer cells to adapt to the metabolic challenge, which could relate to the activation of compensatory metabolic routes. Therefore, we studied the impact of ASNase on the main metabolic pathways in leukemic cells. Treating leukemic cells with ASNase increased fatty-acid oxidation (FAO) and cell respiration and inhibited glycolysis. FAO, together with the decrease in protein translation and pyrimidine synthesis, was positively regulated through inhibition of the RagB-mTORC1 pathway, whereas the effect on glycolysis was RagB-mTORC1 independent. As FAO has been suggested to have a pro-survival function in leukemic cells, we tested its contribution to cell survival following ASNase treatment. Pharmacological inhibition of FAO significantly increased the sensitivity of ALL cells to ASNase. Moreover, constitutive activation of the mammalian target of rapamycin pathway increased apoptosis in leukemic cells treated with ASNase, but did not increase FAO. Our study uncovers a novel therapeutic option based on the combination of ASNase and FAO inhibitors.
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie farmakoterapie metabolismus patologie MeSH
- asparaginasa terapeutické užití MeSH
- autofagie účinky léků MeSH
- lidé MeSH
- mastné kyseliny metabolismus MeSH
- monomerní proteiny vázající GTP fyziologie MeSH
- multiproteinové komplexy fyziologie MeSH
- nádorové buněčné linie MeSH
- oxidace-redukce MeSH
- pyrimidiny biosyntéza MeSH
- TOR serin-threoninkinasy fyziologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
PURPOSE: Wilms tumor gene 1 (WT1), a zinc-finger transcription factor essential for testis development and function, along with other genes, was investigated for their role in the pathogenesis of testicular germ cell tumors (TGCT). METHODS: In total, 284 TGCT and 100 control samples were investigated, including qPCR for WT1 expression and BRAF mutation, p53 immunohistochemistry detection, and massively parallel amplicon sequencing. RESULTS: WT1 was significantly (p < 0.0001) under-expressed in TGCT, with an increased ratio of exon 5-lacking isoforms, reaching low levels in chemo-naïve relapsed TGCT patients vs. high levels in chemotherapy-pretreated relapsed patients. BRAF V600E mutation was identified in 1% of patients only. p53 protein was lowly expressed in TGCT metastases compared to the matched primary tumors. Of 9 selected TGCT-linked genes, RAS/BRAF and WT1 mutations were frequent while significant TP53 and KIT variants were not detected (p = 0.0003). CONCLUSIONS: WT1 has been identified as a novel factor involved in TGCT pathogenesis, with a potential prognostic impact. Distinct biologic nature of the two types of relapses occurring in TGCT has been demonstrated. Differential mutation rate of the key TGCT-related genes has been documented.
- MeSH
- down regulace MeSH
- fenotyp MeSH
- genetická predispozice k nemoci MeSH
- geny ras * MeSH
- germinální a embryonální nádory enzymologie genetika patologie MeSH
- imunohistochemie MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
- lidé MeSH
- mutace * MeSH
- mutační analýza DNA metody MeSH
- nádorové biomarkery genetika MeSH
- nádorové buněčné linie MeSH
- nádorový supresorový protein p53 genetika MeSH
- prospektivní studie MeSH
- proteiny WT1 genetika MeSH
- protoonkogenní proteiny B-raf genetika MeSH
- protoonkogenní proteiny c-kit genetika MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- studie proveditelnosti MeSH
- testikulární nádory enzymologie genetika patologie MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
