TOF-SIMS
Dotaz
Zobrazit nápovědu
This review describes the current state of mass spectrometry imaging (MSI) in life sciences. A brief overview of mass spectrometry principles is presented followed by a thorough introduction to the MSI workflows, principles and areas of application. Three major desorption-ionization techniques used in MSI, namely, secondary ion mass spectrometry (SIMS), matrix-assisted laser desorption ionization (MALDI), and desorption electrospray ionization (DESI) are described, and biomedical and life science imaging applications of each ionization technique are reviewed. A separate section is devoted to data handling and current challenges and future perspectives are briefly discussed at the end.
- MeSH
- biologické vědy metody MeSH
- biomedicínský výzkum metody MeSH
- hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací přístrojové vybavení metody MeSH
- lidé MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice přístrojové vybavení metody MeSH
- spektrometrie hmotnostní sekundárních iontů přístrojové vybavení metody MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
Proteomika je nový metodický a koncepční přístup ke studiu živých systémů, který usiluje o zmapování celého proteomu – bílkovinného komplementu genomu. Snaží se tedy o kvantitativní i kvalitativní popis všech bílkovin přítomných v daný okamžik v buňce, tkáni či organizmu. Základními nástroji proteomiky jsou separační techniky založené na principech elektroforézy a chromatografie, sloužící k rozdělení složitých bílkovinných směsí, a hlavně hmotnostní spektrometrie využívaná k identifikaci jednotlivých proteinů. Proteomika je velmi mladým a bouřlivě se rozvíjejícím oborem, který však již prokázal obrovský potenciál pro studium mnoha fyziologických i patologických molekulárních mechanizmů i pro přímé využití v diagnostice závažných onemocnění.
Proteomics is a new methodological and conceptual approach to the study of live systems, which aims to map the whole proteom - the protein complement of genome. It aspires to describe quantitatively and qualitatively all proteins present at the given moment in the cell, tissue or the organism. The principal tools of proteomics are separation techniques based on electrophoresis and chromatography, which are used to fractionate complex protein mixtures and namely the mass spectrometry used for the identification of individual proteins. Proteomics represents very young and rapid developing specialization, which has already proved its valuable potential for the study of various physiological and pathlogical molecular mechanisms and for the direct use in the diagnostics of serious diseases.¨
- MeSH
- 2D gelová elektroforéza metody přístrojové vybavení využití MeSH
- chromatografie metody přístrojové vybavení využití MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- molekulová hmotnost MeSH
- proteom analýza MeSH
- proteomika metody trendy MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody přístrojové vybavení MeSH
- spektrometrie hmotnostní sekundárních iontů metody přístrojové vybavení MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- ELISA metody MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- fluorometrie metody MeSH
- imunochemie metody MeSH
- lidé MeSH
- produkty pokročilé glykace diagnostické užití krev metabolismus MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice MeSH
- spektrometrie hmotnostní sekundárních iontů metody MeSH
- vysokoúčinná kapalinová chromatografie metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
sv.
- MeSH
- hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací MeSH
- spektrometrie hmotnostní - bombardování rychlými atomy MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice MeSH
- spektrometrie hmotnostní sekundárních iontů MeSH
- Publikační typ
- periodika MeSH
- Konspekt
- Chemie. Mineralogické vědy
- NLK Obory
- chemie, klinická chemie
- farmacie a farmakologie
The Aspergillus series Nigri contains biotechnologically and medically important species. They can produce hazardous mycotoxins, which is relevant due to the frequent occurrence of these species on foodstuffs and in the indoor environment. The taxonomy of the series has undergone numerous rearrangements, and currently, there are 14 species accepted in the series, most of which are considered cryptic. Species-level identifications are, however, problematic or impossible for many isolates even when using DNA sequencing or MALDI-TOF mass spectrometry, indicating a possible problem in the definition of species limits or the presence of undescribed species diversity. To re-examine the species boundaries, we collected DNA sequences from three phylogenetic markers (benA, CaM and RPB2) for 276 strains from series Nigri and generated 18 new whole-genome sequences. With the three-gene dataset, we employed phylogenetic methods based on the multispecies coalescence model, including four single-locus methods (GMYC, bGMYC, PTP and bPTP) and one multilocus method (STACEY). From a total of 15 methods and their various settings, 11 supported the recognition of only three species corresponding to the three main phylogenetic lineages: A. niger, A. tubingensis and A. brasiliensis. Similarly, recognition of these three species was supported by the GCPSR approach (Genealogical Concordance Phylogenetic Species Recognition) and analysis in DELINEATE software. We also showed that the phylogeny based on benA, CaM and RPB2 is suboptimal and displays significant differences from a phylogeny constructed using 5 752 single-copy orthologous proteins; therefore, the results of the delimitation methods may be subject to a higher than usual level of uncertainty. To overcome this, we randomly selected 200 genes from these genomes and performed ten independent STACEY analyses, each with 20 genes. All analyses supported the recognition of only one species in the A. niger and A. brasiliensis lineages, while one to four species were inconsistently delimited in the A. tubingensis lineage. After considering all of these results and their practical implications, we propose that the revised series Nigri includes six species: A. brasiliensis, A. eucalypticola, A. luchuensis (syn. A. piperis), A. niger (syn. A. vinaceus and A. welwitschiae), A. tubingensis (syn. A. chiangmaiensis, A. costaricensis, A. neoniger and A. pseudopiperis) and A. vadensis. We also showed that the intraspecific genetic variability in the redefined A. niger and A. tubingensis does not deviate from that commonly found in other aspergilli. We supplemented the study with a list of accepted species, synonyms and unresolved names, some of which may threaten the stability of the current taxonomy. Citation: Bian C, Kusuya Y, Sklenář F, D'hooge E, Yaguchi T, Ban S, Visagie CM, Houbraken J, Takahashi H, Hubka V (2022). Reducing the number of accepted species in Aspergillus series Nigri. Studies in Mycology102: 95-132. doi: 10.3114/sim.2022.102.03.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
