Cíl práce: Kandidémie patří mezi poměrně časté infekční komplikace u kriticky nemocných pacientů. V posledním desetiletí se díky novým terapeutickým přístupům (zejména u některých skupin pacientů) mění spektrum kvasinek, které infekci způsobují. Předkládaná multicentrická studie si dala za úkol získat aktuální informace o epidemiologické situaci týkající se invazivních kandidóz (IC) v České republice. Materiál a metody: Do souboru byla zařazena data pacientů s kultivačně pozitivním nálezem kvasinky v krvi z 11 mikrobiologických pracovišť v České republice v rozmezí let 2012–2015. Byla hodnocena incidence, zastoupení jednotlivých kvasinkových druhů podle sledovaných let, podle věku a podle odborností. Dále byl posouzen vliv kolonizace a nakonec zda IC předcházela přítomnost toxigenního kmene Clostridium difficile ve stolici. U části izolovaných kmenů byly standardní metodikou stanoveny minimální inhibiční koncentrace (MIC) systémových antimykotik. Výsledky: V průběhu sledovaného období bylo v zúčastněných laboratořích zachyceno 921 kvasinkových kmenů od 886 pacientů. Celková incidence IC na 1 000 přijatých pacientů byla 0,40 (rozmezí 0,21–1,22 podle pracovišť). Takřka polovina izolátů spadala do druhu Candida albicans (49,7 %), následovaná Candida glabrata (15,3 %) a Candida parapsilosis (11,2 %). Na onkologických odděleních výrazně převažovaly non-albicans druhy (71,6 %), na rozdíl od chirurgických (40,4 %) nebo interních (52,0 %) oborů. Více než 70,0 % pacientů bylo v době pozitivní kultivace hospitalizováno na jednotkách intenzivní péče (JIP) a 65,0 % nemocných bylo kolonizováno stejným druhem kvasinky, který byl později nalezen v hemokultuře. Pouze u 5,1 % pacientů z celkového počtu byla potvrzena předchozí přítomnost toxigenního kmene C. difficile ve stolici. Celkem bylo otestováno 56 kmenů kvasinek (z 921) a byla zaznamenána zvýšená MIC u azolů pro C. glabrata. Závěr: Incidence kandidémií v České republice se ve sledovaném období výrazně neměnila a po C. albicans je druhou nejčastěji izolovanou kvasinkou v krvi C. glabrata.
Background: Candidemia is a severe and often life-threatening infection frequently occurring in critically ill patients. During the last decade, new therapeutic and prophylactic strategies influenced (at least in some patient subgroups) the epidemiological situation and the spectrum of causative Candida strains. The present multicentre study aimed to assess the current epidemiological situation of Candida strains causing invasive candidiasis (IC) in patients of tertiary care hospitals in the Czech Republic. Material and methods: Clinical and microbiological data on patients with bloodstream yeast isolates collected in 11 tertiary care hospitals in the Czech Republic between 2012 and 2015 were analysed. The incidence of cases and species distribution were assessed by study year, age, and specialty. Moreover, an association with the Candida colonization and presence of toxigenic strains of Clostridium difficile in stool prior to blood culture positivity was analysed. For some of the strains, minimum inhibitory concentrations (MICs) of systemic antifungals were determined using standard methods. Results: A total of 886 episodes of candidemia (921 yeast strains) were identified during the study period. The overall incidence per 1000 admissions was 0.40 (range 0.21–1.22 depending on the hospital). Almost half of the isolates belonged to the species Candida albicans (49.7 %), followed by Candida glabrata (15.3 %) and Candida parapsilosis (11.2 %). Non-albicans species of Candida significantly predominated in oncology wards (71.6 %) as compared to surgery (40.4 %) or internal medicine (52.0 %) departments. More than 70.0 % of patients stayed in intensive care units at the time of positive culture; in 65.0 % of patients, colonization with the same yeast species preceded blood culture positivity. In only 5.1 % of all patients, the previous presence of toxigenic strains of Clostridium difficile in stool was found. Fifty-six of the 921 yeast strains were tested for antifungal susceptibility, with an increase in MICs to azoles being observed for C. glabrata. Conclusion: The incidence of candidemia in the Czech Republic did not vary significantly between 2012 and 2015, and C. glabrata was the second most common yeast species after C. albicans isolated from blood.
- MeSH
- antifungální látky MeSH
- Candida klasifikace patogenita MeSH
- incidence MeSH
- infekce spojené se zdravotní péčí * MeSH
- kandidemie * diagnóza epidemiologie krev MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiální testy citlivosti metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- multicentrická studie MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Zoofilní dermatofyty jsou nejdůležitějšími původci povrchových mykóz u domácích a hospodářských zvířat, z nichž jsou často přenášeny na člověka. Tato skupina zahrnuje přibližně deset specializovaných parazitických hub, které náleží do rodů Trichophyton a Microsporum. Zatímco u zvířat mají infekce často mírný až asymptomatický průběh, při nákaze člověka se typicky projevují jako silně zánětlivé infekce kůže nebo kštice. Nejčastěji postiženou skupinou jsou děti. Cílem tohoto sdělení je podat ucelený mezioborový přehled o klinickém obraze a diagnostice těchto infekcí u člověka i domácích zvířat, a také o hlavních původcích a jejich prevalenci u zvířat, což jsou základní předpoklady nutné k pochopení dynamiky přenosu na člověka a epidemiologické situace u nás i ve světě. Samostatné podkapitoly jsou věnovány léčbě infekcí u člověka a prevenci šíření zoonotických nákaz. Dále je prezentována analýza pětiletých epidemiologických dat, která zahrnuje 2 361 případů tiney corporis (1 004 zoonotického původu) a 79 případů tiney capitis (60 zoonotických) u českých pacientů.
Zoophilic dermatophytes are the most important agents of the superficial mycoses in domestic and farm animals, and are often transmitted to humans. This group includes approximately ten specialized parasitic fungi belonging to the genera Trichophyton and Microsporum. While infections in animals have often mild symptoms or are asymptomatic, human infections typically manifest as highly inflammatory infections of skin or hairy parts of the head. The children are the most frequently affected group. The aim of this review is to provide a comprehensive interdisciplinary overview of the clinical picture and diagnostic methods of these infections in human and domestic animals, and to summarize available data on the main causal agents and their prevalence in animals. This knowledge is essential for understanding the dynamic of the disease transmission and the local and global epidemiological situation. Separate subchapters are focused on treatment of zoonotic infections and prevention of their spread. An epidemiological analysis of 2361 tinea corporis cases (1004 of zoonotic origin) and 79 tinea capitis cases (60 zoonotic) diagnosed during five-year study in Czech patients is presented.
- Klíčová slova
- zoofilní dermatofyty,
- MeSH
- lidé MeSH
- Microsporum MeSH
- tinea capitis diagnóza epidemiologie terapie MeSH
- tinea * diagnóza epidemiologie terapie MeSH
- Trichophyton MeSH
- zoonózy * diagnóza epidemiologie přenos MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Dermatofyty jsou mikroskopické vláknité houby způsobující časté infekce kůže a kožních adnex. Jejich identifikace byla do nedávné doby prováděna pouze podle morfologických charakteristik. Ta je však velmi zdlouhavá a vyžaduje značné zkušenosti. V posledních letech se v identifikaci dermatofytů začíná uplatňovat MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight) hmotnostní spektrometrie (MS). U vláknitých hub je nutné, kvůli jejich komplexní morfologii a požadavkům na kultivaci, použít odlišné postupy zpracování kultury. Tato práce se zabývá srovnáním MALDI-TOF MS v identifikaci dermatofytů v porovnání s metodou sekvenace oblasti ITS (Internal Transcribed Spacer) rDNA a konvenčními metodami. Do studie bylo zahrnuto 81 izolátů dermatofytů získaných z klinických vzorků. Výsledky MALDI-TOF MS analýzy se shodovaly s výsledky molekulárně genetické identifikace u 75 % izolátů. Metodami klasické identifikace se podařilo identifikovat pouze 47 % izolátů. MALDI-TOF MS lze tedy považovat za účinný nástroj rychlé a jednoduché identifikace dermatofytů v rutinní diagnostické laboratoři.
Dermatophytes are microscopic fungi causing skin infections and infections of skin adnexa. Their identification is usually performed by morphological characteristics requiring experienced microbiologists and quiet long turnaround time. In recent years, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) has been introducing to many diagnostic laboratories allowing identification of dermatophytes as well. For that purpose, however, specific procedures comparing with bacteria and yeasts must be used because of their complex morphology and specific cultivation requirements. This study is focused on comparison of MALDI-TOF MS-based identification, identification using DNA sequencing of Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA region and conventional methods. In the study, 81 clinical isolates of dermatophytes were included. MALDI-TOF MS correctly identified 74% of all isolates. Using classical methods, only 47% of isolates were identified. Thus, MALDI-TOF MS provides a useful tool for identification of those fungi in routine microbiological laboratories.
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Taxonomie dermatofytů prošla v minulosti řadou výrazných změn a nikdy nebyla příliš stabilní. Poslední rozsáhlejší změny proběhly v souvislosti s revizí skupiny molekulárně genetickými metodami. Hlavním cílem této práce je seznámit čtenáře s pokroky v taxonomii dermatofytů a prostřednictvím seznamu doporučených jmen sjednotit pojmenovávání druhů napříč českými pracovišti. To by mělo nejen usnadnit komunikaci, ale také porovnávání výsledků se zahraniční literaturou. Jedním z doporučení je například ukončení používání jména Trichophyton mentagrophytes v klinické praxi. V úvodu textu se diskutuje o problematickém konceptu druhu u dermatofytů, jehož rozdílná aplikace může mít velký vliv na počet uznávaných druhů. Závěrečná část je věnována budoucím změnám souvisejícím s novým vydáním Mezinárodního kódu nomenklatury řas, hub a rostlin. Jedná se především o ukončení duální nomenklatury hub a vybrání jediného správného jména pro každý druh. Obecně se dá říci, že je vhodné preferovat jméno nepohlavního stadia (Trichophyton, Microsporum, Epidermophyton), s výjimkou případů, kde toto jméno není k dispozici (např. Arthroderma benhamiae). Klíčová slova: Arthroderma – druhový koncept – fylogeneze – Mezinárodní nomenklatorický kód – jedna houba, jedno jméno – polyfázický přístup – Trichophyton interdigitale – Trichophyton mentagrophytes
Taxonomy of dermatophytes has changed significantly in the past and it has never been stable. Last extensive changes appeared after revision of the group by molecular genetic methods. This paper introduces the advances in taxonomy of dermatophytes and helps to unify the species names in use among the Czech laboratories to simplify their communication and comparison of the results with foreign literature. The complicated species concept of dermatophytes that might be applied differently and might influence the number of accepted species is discussed in the beginning. The last part is dedicated to future changes related to a new edition of the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants namely to termination of a dual nomenclature of fungi and choosing the one correct name for each species. Key words: Atrhroderma – species concept – phylogeny – the International Code of Nomenclature – one fungus one name – polyphasic approach – Trichophyton interdigitale – Trichophyton mentagrophytes
- Klíčová slova
- druhový koncept, Trichophyton mentagrophytes, Trichophyton interdigitale, polyfázický přístup, Mezinárodní nomenklatorický kód, zoofilní druhy, geofilní druhy,
- MeSH
- Arthrodermataceae klasifikace MeSH
- dermatomykózy mikrobiologie MeSH
- Epidermophyton klasifikace MeSH
- fylogeneze * MeSH
- houby klasifikace MeSH
- lidé MeSH
- Microsporum klasifikace MeSH
- mitosporické houby * izolace a purifikace klasifikace MeSH
- mykologické určovací techniky MeSH
- terminologie jako téma * MeSH
- Trichophyton klasifikace MeSH
- zoonózy MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
Cílem práce bylo zhodnotit molekulárně genetickými metodami (MGM) spektrum původců dermatofytóz na území České republiky s rozdělením podle hlavních klinických forem. Během dvou let (červenec 2011 až červen 2013) bylo na šesti regionálních pracovištích zachyceno 3235 kultivačně pozitivních vzorků s dermatofyty. Nejvyšší počet izolátů pocházel z případů tinea unguium (55,5 %), dále t. corporis (29,2 %), t. pedis (14,6 %) a t. capitis (0,7 %). Druhová identifikace izolátů všech druhů (n = 672) s výjimkou Trichophyton rubrum (n = 2 563) byla provedena MGM (PCR-fingerprinting nebo sekvenace ITS oblasti rDNA). Pro T. rubrum byla molekulárně ověřena jen identifikace morfologicky nejednoznačných izolátů (n = 189). Celkem bylo identifikováno 14 druhů dermatofytů, přičemž nejvýznamnější změnou oproti minulosti bylo vysoké zastoupení zoofilního druhu Arthroderma benhamiae, který působil velkou část případů t. corporis (22,9 %) a t. capitis (29,2 %). Geofilní druhy působily jen 1,3 % všech infekcí, přestože se jednalo o druhově nejpočetnější skupinu, ve které byly odhaleny dva nepopsané druhy a také přehlížené druhy Microsporum persicolor a M. fulvum. Klíčová slova: Arthroderma benhamiae – DNA sekvenace – geofilní dermatofyty – ITS oblast rDNA – PCR-fingerprinting – tinea capitis – tinea corporis – tinea pedis – tinea unguium – zoofilní dermatofyty
The aim of the study was to evaluate the spectrum of causative agents of the main clinical forms of dermatophytoses in the Czech Republic by molecular genetic methods (MGM). During two years (from July 2011 to June 2013), 3255 cultivation specimens were positive for dermatophytes. The highest number of specimens was isolated from tinea unguinum (55,5%), then tinea corporis (29,2%), tinea pedis (14,6%) and tinea capitis (0,7%). The identification of isolated species (n = 672) except for Trichophytom rubrum (n = 2563) was performed by MGM (PCR fingerprinting or sequencing of ITS segments of rDNA). For T. rubrum only morphologically non-clear isolates were identified (n = 189). In total, 14 species of dermatophytes were identified. The most important change noticed compared to previous results was an increased detection of Arthroderma benhamiae in the cases of tinea corporis (22,9%) and tinea capitis (29,2%). Geophilic species caused only 1,3% of all infections even if this group comprised the highest number of species with two newly described ones and also Microsporum persicolor and M. fulvum wich are usually overlooked in the morphological examination. Key words: Arthroderma benhamiae – DNA sequencing – geophilic dermatopytes – ITS region of rDNA – PCR-fingerprinting – tinea capitis – tinea corporis – tinea pedis – tinea unguinum – zoophilic dermatophytes
- Klíčová slova
- Arthroderma benhamiae, zoofilní dermatofyty, tinea unguium, tinea corporis, PCR-fingerprinting, ITS oblast rDNA, geofilní dermatofyty, Trichophyton rubrum,
- MeSH
- Arthrodermataceae genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- dermatomykózy * epidemiologie genetika mikrobiologie MeSH
- DNA fingerprinting MeSH
- DNA fungální analýza MeSH
- DNA primery diagnostické užití MeSH
- druhová specificita MeSH
- houby * genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- lidé MeSH
- Microsporum genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- mykologické určovací techniky metody MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- ribozomální DNA MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- tinea capitis epidemiologie genetika mikrobiologie MeSH
- tinea pedis epidemiologie genetika mikrobiologie MeSH
- tinea * epidemiologie genetika mikrobiologie MeSH
- Trichophyton genetika izolace a purifikace klasifikace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- dospělí MeSH
- fatální výsledek MeSH
- lidé MeSH
- meningokokové infekce diagnóza epidemiologie MeSH
- Neisseria meningitidis séroskupiny W-135 izolace a purifikace MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- kazuistiky MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH