• MeSH
• cystická fibróza MeSH
• lidé MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• gastroenterologie

Complex structural changes in the affected tissues develop during the course of chronic bacterial infection and along with antibiotic therapy act as strong stressors exerting a severe selective pressure and resulting in adapted bacterial population tolerant to antibiotics. Staphylococcus aureus is an extraordinarily successful opportunistic pathogen whose survival adaptation strategies like tolerance and alternative resistance to antibiotics (persistence, target site mutation, hypermutability) will be the main object of the Project. Therefore, a collection of early and subsequent late S. aureus isolates cultured from respiratory samples of chronically infected cystic fibrosis patients cohort will be analyzed using phenotypic, genotypic and transcriptomic methods and compared with the controls - S. aureus strains from newborn acute infections, and control reference strains (n=100). Determination of these molecular adaptation mechanisms may lead to improve understanding of the phenomena and optimization of antibiotic therapy for individual patients of Prague Cystic Fibrosis Centre.

Komplexní patologické změny při chronické bakteriální infekci spolu s antibiotickou terapií představují stres, který selektuje adaptovanou bakteriální populaci na účinek antibiotik. Staphylococcus aureus je modelovým příkladem mimořádně úspěšného patogena, jehož neobvyklými strategiemi tolerance a alternativní rezistence k antibiotikům (perzistence, mutace cílového místa pro antibiotika a hypermutabilita) při chronické infekci se bude navrhovaný projekt prioritně zabývat. V rámci projektu bude pomocí fenotypových, genotypových a transkriptomických metod analyzován soubor vybraných časných a pozdních izolátů S. aureus od kohorty pacientů s cystickou fibrózou a porovnán s kontrolními kmeny z akutní infekce novorozenců a referenčními stafylokokových kmenů (n=100). Průkaz molekulárních mechanismů adaptací povede k lepšímu pochopení tohoto fenoménu a může vést k optimalizaci léčby konkrétních pacientů Pražského centra pro cystickou fibrózu.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• bakteriologické techniky metody   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• fenotyp MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• perzistentní infekce mikrobiologie   MeSH
• stafylokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus aureus izolace a purifikace   MeSH
• tolerance léku MeSH
• transkriptom MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The newly developed molecular methods for direct detection of S. aureus, MRSA, small colony variants (SCV) of S. aureus and SCV-MRSA and special culture methods will be used for repeat analyses of clinical specimens from CF patients (about 300 strains per year). The molecular diagnostic and typing methods will be helpful not only in direct detection and clonal characterization of the pathogen but also in the analysis of resistance (resistance determinants, hypermutator phenotype) and virulence (superantigens, the pvl gene). The obtained results and their interpretation will be vital for tailored treatment of CF patients. The analysis of intracellular persistence of strains and their in vitro susceptibility to bacteriophages, with emphasis on SCV and SCV-MRSA strains, will be a point of departure for the development of candidate phage therapy in CF patients.

Nově zavedenými molekulárními metodami na přímý průkaz infekcí S. aureus, MRSA, small colny variants (SCV) S. aureus a SCV-MRSA a speciálními kultivačními metodami opakovaně vyšetříme klinický materiál pacientů s CF (ročně zhruba 300 kmenů). Nově zavedené molekulárně diagnostické a typizační metody umožní přímý průkaz a klonální charakterizaci patogena, ale i analýzu rezistence (determinanty rezistence, hypermutatorový typ rezistence) a virulence (superantigeny, gen pvl). Aplikace těchto progresivních metod a interpretace jejich výsledků poslouží k přímé racionalizaci léčby konkrétních pacientů s CF. Analýza intracelulární perzistence a citlivosti kmenů k bakteriofágům, s důrazem na SCV a SCV-MRSA, in vitro vytvoří předpoklady pro další studium specifické fagoterapie u pacientů s CF.

• MeSH
• cystická fibróza komplikace   mikrobiologie   MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• methicilin rezistentní Staphylococcus aureus MeSH
• molekulární biologie MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• stafylokokové infekce MeSH
• Staphylococcus aureus patogenita   MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• bakteriologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The project will analyze Burkholderia cenocepacia transcriptome which is produced specifically at the final stage of the infection in patients with cystic fibrosis. To mimic conditions in vivo, clinical isolates of two epidemic B. cenocepacia strains will be incubated in medium containing either sputum or serum/whole blood that are collected at the stage of clinically stable infection or cepacia syndrome. Changes in gene expression will be analyzed using DNA arrays; at least 6 biological replicates for each condition studied will be processed. An expression level of candidate genes (ca. 6-8) and their specific expression at cepacia syndrome will be determined by RT-PCR from other sputa representing different stages of infection (200-300 sputa). A role of selected genes in pathogenesis of the infection will be further studied on bacterial mutants (this is not an inherent part of the project; will be investigated in laboratories abroad).

Projekt je zaměřen na analýzu transkriptomu Burkholderia cenocepacia, který mikroorganismus produkuje specificky v terminální fázi infekce pacientů s cystickou fibrózou. K napodobení situace in vivo budou klinické izoláty dvou epidemických kmenů B. cenocepacia inkubovány v mediu obsahujícím buď sputum, nebo sérum/plnou krev, které jsou odebrané ve fázi stabilní infekce a při cepacia syndromu. Změny v genové expresi budou hodnoceny pomocí DNA čipů na základě zpracování alespoň 6 biologických replikátů pro každou podmínku. Míra exprese kandidátních genů (cca 6-8), resp. jejich specifická exprese při cepacia syndromu bude určena RT-PCR analýzou z dalších sput, které reprezentují rozdílné fáze infekce (200 až 300 sput). Kompletní informace o roli vybraných genů v patogenezi infekce bude získána díky testování mutovaných bakterií in vivo (není přímou součástí grantu; bude odesláno k řešení do zahraniční laboratoře).

• MeSH
• Burkholderia cenocepacia patogenita   MeSH
• cystická fibróza komplikace   MeSH
• faktory virulence MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Inflammation and oxidative stress take part in progression of cystic fibrosis bronchopulmonary disease. Biomarkers of inflammation (leukotrien B4, interleukin 6, interleukin 8 and neutrophil elastase) and oxidative stress (nitrites, nitrates, nitrotyrosine, nitrosothiols, 8 isoprostane) in exhaled breath condensate. Correlation of biomarkers of inflammation and oxidative stress with level of pulmonary function, nutritional status and parameters of inflammation and antioxidants concentration in blood. Influence of inhalation corticosteroids on biomarkers of inflammation and oxidative stress in exhaled breath condensate.

zánět a oxidační stres se podílí na mechanizmech progrese bronchopulmonálního postižení u nemocných cystickou fibrózou vyšetření markerů zánětu (leukotrien B4, interleukin 6, interleukin 8, neutrofilní elastáza) a oxidačního stresu (nitrity, nitráty, nitrotyrozin, nitosotioly, glutation a 8-izoprostan) v kondenzátu vydechovaného vzduchu korelace parametrů zánětu a oxidačního stresu s hodnotami plicních funkcí, stavu výživy a parametry zánětu a antioxidantů v periferní krvi vliv terapie inhalačními kortikosteroidy na parametry zánětu a oxidačního stresu v kondenzátu vydechovaného vzduchu

• MeSH
• biologické markery analýza   MeSH
• cystická fibróza MeSH
• fyziologie dýchací soustavy MeSH
• hormony kůry nadledvin terapeutické užití   MeSH
• oxidační stres MeSH
• vydechnutí imunologie   MeSH
• zánět MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• biochemie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• nemoci pleury MeSH
• vnitřní lékařství MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína