Tato kniha je kombinací učebnice a užitečné příručky, neboť vedle souhrnu základních vlastností lékařsky významných bakterií, jimi vyvolávaných nemocí a zásad jejich léčby uvádí i aktuální novější poznatky z molekulární biologie a genetiky

• MeSH
• Bacteria klasifikace   MeSH
• bakteriální infekce farmakoterapie   prevence a kontrola   terapie   MeSH
• bakteriální toxiny MeSH
• protilátky bakteriální MeSH
• vakcíny MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• bakteriologie
• epidemiologie
• infekční lékařství
• NLK Publikační typ
• učebnice vysokých škol

Antibiotic resistance is an emerging problem worldwide. The aim of the present project is the in vivo study of clinically important antibiotic resistance mechanisms in Enterobacteriaceae on clinically relevant model of sepsis (pig model) using MALDI-TOF mass spectrometry and Raman spectroscopy. Novel assays that should allow explanation of the behavior of beta-lactamases into the bacterial cell during an infection will be developed. These assays should help us to validate and set up proper interpretation criteria for susceptibility testing. In the project, successful clones carrying clinically important beta-lactam resistance mechanisms will be selected based on whole-genome sequencing data. Additionally, a proper infection model must be established, in order a sufficient number of bacteria to be obtained. Methods for proper fixation and transport of the bacteria will be developed and validated. Thus, these techniques will enable us to better understand the pathogenesis of beta-lactamase-producing bacteria.

V poslední době dochází k celosvětovému šíření antibiotické rezistence. Cílem předkládaného projektu je studium mechanizmů klinicky významné antibiotické rezistence enterobakterií pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie a Ramanovy spektroskopie na klinicky relevantním modelu sepse (prasečí model). Budou vyvinuty nové spektrometrické metody, které by měly napomoci k objasnění chování beta-laktamáz v bakteriální buňce během infekce. Tyto metody napomohou k ustavení vhodných interpretačních kritérií při vyšetření citlivosti na antibiotika. Běhemm řešení budou použity epidemicky úspěšné klony enterobakterií, které budou detailně charakterizovány pomocí celogenomové sekvenace. Zároveň bude vyvinut vhodný animální model, který umožní získat dostatečnou koncentraci bakterií v klinickém vzorku (např. peritonitida). Budou rovněž validovány metody fixace a transportu klinického materiálu do laboratoře tak, aby byly vhodné pro výše uvedené analýzy. Zmíněné techniky umožní lépe pochopit patogenezi infekcí způsobených bakteriemi produkujícími beta-laktamázy.

• MeSH
• beta-laktamasy MeSH
• gramnegativní bakteriální infekce mikrobiologie   MeSH
• hmotnostní spektrometrie metody   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• mikrobiota MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence MeSH
• modely nemocí na zvířatech MeSH
• prasata MeSH
• sekvenování celého genomu metody   MeSH
• sepse mikrobiologie   MeSH
• spektrální analýza metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• farmacie a farmakologie
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Dissemination of antibiotic resistant bacteria represents a top clinical challenge. Enterobacterales order, especially Escherichia coli and Klebsiella spp., is among the most common agents of urinary tract and other severe infections and is commonly resistant to multiple antibiotics. Resistant bacteria can spread from hospitals via raw sewage to urban wastewater treatment plants and into surface waters. This project is focused on revealing complex transmission routes of antibiotic resistance from hospitals to the environment using culture-dependent and -independent sequencing approaches. Whole genome sequencing will provide genetic context of clinically important bacterial clones. Metagenomics will enable characterization of complex bacterial populations, detection of genetic markers of interest (resistance and virulence genes, mobile genetic elements) and the investigation of silent sources of antibiotic resistance. Such a combined approach will reveal the spread of resistant bacteria and clinically and epidemiologically relevant elements from hospitals into the environment.

Šíření bakterií rezistentních k antibiotikům představuje závažný medicínský problém. Zástupci řádu Enterobacterales, zejména Escherichia coli a Klebsiella spp., patří mezi původce močových a jiných závažných infekcí člověka a zároveň často vykazují mnohočetnou rezistenci k antibiotikům. Rezistentní bakterie se mohou šířit z nemocnic do odpadních vod a následně přes městské čistírny odpadních vod do vod povrchových. Tento projekt je zaměřen na celkové sledování cest šíření antibiotické rezistence z nemocnic do prostředí s využitím sekvenačních technik závislých i nezávislých na předchozí kultivaci. Celogenomové sekvenování bude použito k mapování genetického pozadí klinicky závažných bakteriálních klonů. Metagenomika umožní detailní charakterizaci komplexních bakteriálních populací, detekci zájmových genetických markerů (genů rezistence, virulence, mobilních genetických elementů) a zhodnocení skrytých zdrojů antibiotické rezistence. Kombinací použitých přístupů bude zhodnoceno šíření rezistentních bakterií a klinicky a epidemiologicky důležitých elementů z nemocnic do prostředí.

• Klíčová slova
• Celogenomové sekvenování, antibiotic resistance, Escherichia coli, Escherichia coli, antibiotická rezistence, metagenomika, metagenomics, Whole Genome Sequencing, Klebsiella spp., odpadní vody, Klebsiella spp., waste waters, klinické izoláty, clinical isolates,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Despite an enormous effort, the current molecular predictive and prognostic classifiers of colorectal cancer (CRC) are only marginally better than standard clinical risk factors. The reasons why lie in the tumour heterogeneity on one side and on inability of tumour molecular profiling to capture several other aspects that might be equally important, such as tumour microenvironment, including gut microbiota. We believe that microbiota and its interaction with immune system remains one of the missing pieces in the puzzle of CRC heterogeneity characterization. In this project, samples from patients with primary CRC will be assessed from different perspectives (tumour molecular pathology, stroma, immune cells, microbiota). The results will lead to identification of high-risk microbial-immune-molecular CRC pathophenotypes, which will contribute to a significant refinement of colorectal carcinoma classification and to the discovery of new / improvement of existing predictive and prognostic markers.

Přes obrovské úsilí věnované vývoji molekulárních prediktivních a prognostických modelů kolorektálního karcinomu (CRC) mají tyto jen okrajově lepší výsledky než standardně klinicky používané rizikové faktory. Důvodem je nádorová heterogenita na jedné straně a neschopnost molekulárního profilování popsat další důležité faktory, jako je mikroprostředí nádoru, včetně střevní mikroflóry. Jsme přesvědčeni, že mikroflóra a její interakce s imunitním systémem zůstává jedním z chybějících kousků v puzzle heterogenity CRC. V tomto projektu budeme prospektivně sbírat vzorky pacientů s kolorektálním karcinomem stadia II a III a charakterizovat je z pohledu molekulární patologie, imunitního profilu a složení střevní mikroflóry. Výsledky povedou k identifikaci vysoce rizikových mikrobiálně-imunitně-molekulárních CRC patofenotypů, které přispějí k významnému vylepšení klasifikace CRC a k objevu nových, nebo vylepšení stávajících prediktivních a prognostických ukazetelů.

• MeSH
• Bacteria MeSH
• fenotyp MeSH
• imunita MeSH
• kolorektální nádory diagnóza   imunologie   mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• nádorové mikroprostředí MeSH
• rizikové faktory MeSH
• střevní mikroflóra MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• koloproktologie
• onkologie
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Bacterial sepsis (BS) still represents an important cause of morbidity and mortality. Early antibiotical treatment is one of the basic therapeutical approaches in septic patients. The decision about initial antibiotic treatment is based on nonspecific clinical symptoms and laboratory markers. This is reason of an effort to improve early diagnosis of BS, which should be more specific in relationship to the etiology of BS. The aim of this study is an evaluation of immune markers in early etiologic diagnosis of BS. Endotoxin of G- bacteria activates TLR-4 and CD14, whereas peptidoglycan of G+ cocci stimulates TLR-2. G- bacteria induce an early production of IL-1beta and TNF-alpha. Supertoxines of streptococci and staphylococci have similar ability, but they also stimulate IFN-gamma. G+ sepsis in comparison to G- sepsis causes more pronounced suppression of lymphocyte subsets. These parameters will be evaluated in septic patients in relationship to bacterial origin, prognosis and pathogenesis of BS.

Bakteriální sepse (BS) nadále představuje významnou příčinu morbidity i mortality. Jedním ze základních terapeutických postupů u septických pacientů je časné podání empirické antibiotické léčby. Rozhodování o antibiotické léčbě vychází z nespecifických klinických i laboratorních ukazatelů. Proto existuje snaha zlepšit časnou diagnostiku BS, která by měla být více specifická ve vztahu k etiologii onemocnění. Cílem studie je sledování využitelnosti imunologických ukazatelů v rychlé etiologické diagnosticeBS. Endotoxin G-bakterií aktivuje TLR-4 a CD14, zatímco peptidoglykan G+ koků stimuluje TLR-2. G- bakterie indukují časnou produkci IL-1beta i TNF alfa. Tuto schopnost má supertoxin streptokoků a stafylokoků, který však stimuluje i produkci IFN-gama CD4+ T-lymfocyty. G + sepse ve srovnání s G- sepsí způsobuje trvalejší supresi lymfocytárních subpopulací. U septických pacientů budou uvedené parametry sledovány ve vztahu k bakteriální etiologii, prognóze i patogenezi BS.

• MeSH
• antibakteriální látky terapeutické užití   MeSH
• biologické markery analýza   MeSH
• časná diagnóza MeSH
• receptory imunologické imunologie   MeSH
• sepse etiologie   farmakoterapie   MeSH
• toll-like receptor 2 analýza   MeSH
• toll-like receptor 4 analýza   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

"The purpose of EMI is to provide a forum to publish a wide range of scientific reports related to emerging infectious diseases, especially with new information from developing countries where such diseases are constantly arising and being discovered regularly. It will report discoveries of emerging microbes (bacteria, viruses, fungi and other pathogens) including their previously unknown phenotypic or genotypic characteristics, as well as cutting edge information associated with microbial mechanisms of pathogenesis, immune evasion and protection, clinical presentation and outcome, drug efficacy and its resistance, epidemiology and other issues important to global health."

• MeSH
• objevující se infekční nemoci * MeSH
• Publikační typ
• periodika MeSH

• Konspekt
• Lékařské vědy. Lékařství
• NLK Obory
• infekční lékařství

Multiresistant bacteria, especially of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae and multiresistant Pseudomonas spp. is a threat to current medicine, significantly reducing treatment options in critically ill patients. The project is focused on molecular-epidemiological typing of clinically/epidemiologically important resistance genes encoded on mobile genetic elements in Enterobacteriaceae and Pseudomonas spp., spreading in bacterial populations in health-care settings, diffusing into the environment by sewage water and colonizing/infecting wildlife, especially water birds. In the project, only bacterial isolates (not primary clinical samples) will be used. All these isolates will be collected anonymously, therefore, patients informed consent will not be a prerequisite for further molecular analysis. Obtained data will be published in international journals, popularized for microbiologists and infectious-disease specialists; and used for education of M.D., D.V.M. and Ph.D. students.

Šíření multirezistentních bakterií, především Enterobacteriaceae produkujících karbapenemázy a multirezistentních pseudomonád, představuje významné ohrožení dalšího rozvoje medicíny zejména u kriticky nemocných pacientů. Projekt je zaměřen na molekulárně-epidemiologickou analýzu klinicky/epidemiologicky významných genů rezistence a mobilních elementů, na nichž jsou kódovány, u enterobakterií a pseudomonád, jejich rozšíření v nemocničních zařízeních, difúzi do prostředí prostřednictvím odpadní vody a kolonizaci/infekci volně žijících zvířat, především vodního ptactva. Během řešení projektu budou zpracovávány pouze bakteriální izoláty (nikoliv primární pacientské vzorky). Tyto izoláty jsou anonymizovány. Z toho důvodu není vyžadován informovaný souhlas. Získaná data budou publikována v mezinárodních časopisech a popularizována pro využití mikrobiology a infekčními lékaři. Zároveň budou využita k výuce v magisterském (MUDr., MDDr., MVDr.) a doktorském (Ph.D.) studijním programu.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• Enterobacteriaceae rezistentní na karbapenemy MeSH
• Enterobacteriaceae MeSH
• farmakoepidemiologie MeSH
• fluorochinolony MeSH
• karbapenemy MeSH
• Pseudomonas MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Problematika multirezistencie baktérií na antibiotiká nadobúda v súčasnosti pandemický charakter. Výskyt bakteriálnych kmeňov s klinicky a epidemiologicky významnými mechanizmami rezistencie produkujúcich karbapenemázy je novým a nebezpečným fenoménom pozorovaným na Slovensku od konca roka 2013. Baktérie produkujúce tieto enzýmy sú schopné degradovať účinok antibiotík, čím sa liečba v súčasnosti dostupnými antibiotikami stáva neúčinnou. V roku 2014 bolo MZ SR vypracované Odborné usmernenie, ktoré zahŕňa organizačné a protiepidemiologické postupy eliminujúce proces šírenia týchto nebezpečných kmeňov. Organizačné opatrenia sú zamerané na vzdelávanie zdravotníckych pracovníkov, podmienky laboratórnych analýz a materiálno– technické vybavenie pre osobitný ošetrovateľský režim. Protiepidemiologické postupy zahŕňajú vstupný laboratórny skríning, včasnú identifikáciu a izoláciu rizikového pacienta a účinné hygienické postupy. K povinnosti poskytovateľa patrí hlásenie výskytu týchto nebezpečných bakteriálnych kmeňov.

The issue of bacterial multiresistance to antibiotics is currently pandemic. The emergence of bacterial stems with clinically and epidemiologically important resistance mechanisms producing carbapenemases is a new and dangerous phenomenon observed in Slovakia since the end of 2013. The bacteria producing these enzymes can degrade the effect of antibiotics, making current treatment with available antibiotics ineffective. In 2014, the Ministry of Health of the SR prepared the Expert Guideline, which includes organizational and anti-epidemiological procedures eliminating the process of spreading these dangerous stems. Organizational measures are focused on educating of health care workers, on conditions of laboratory analyses and material-technical equipment for the distinct nursing regimen. Anti-epidemiological procedures include initial laboratory screening, early identification and isolation of the patient at risk and effective hygiene procedures. It is the responsibility of the provider to report the presence of these dangerous bacterial stems.

• MeSH
• bakteriální infekce epidemiologie   klasifikace   komplikace   ošetřování   prevence a kontrola   přenos   terapie   MeSH
• karbapenemy škodlivé účinky   MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence MeSH
• nemocnice MeSH

Growing incidence of bacteria resistant to last-line antibiotics represents one of the most important medical issue, complicating the successful treatment of life-threatening infections. In this project, molecular-epidemiological and genomic analysis of carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) isolated from patients in Czech hospitals and its comparison with the carbapenem-susceptible population will be performed. Whole genome sequencing and bioinformatics analysis will allow to identify specific features of CPE, high-risk clones with increased importance for public health and mobile genetic elements associated with the dissemination of resistance to carbapenems in hospitals. Complex genomic analysis will reveal genetic structure of the studied bacterial populations including their dynamics through microevolutionary changes in the clinical context of a hospital outbreak. The project outcomes will be used to improve the diagnostics of infectious diseases and to outline effective interventions for the prevention and control of the transmission of bacterial pathogens.

Narůstající incidence bakterií rezistentních k antibiotikům poslední volby představuje jeden z nejvýznamnějších medicínských problémů, který komplikuje úspěšnou léčbu život ohrožujících infekcí. V rámci navrhovaného projektu bude provedena molekulárně-epidemiologická/genomická analýza Enterobacterales produkujících karbapenemázy (CPE) izolovaných z pacientů hospitalizovaných v českých nemocnicích a srovnání s bakteriální populací citlivou ke karbapenemům. S využitím nejmodernějších postupů celogenomového sekvenování a bioinformatické analýzy budou identifikovány jedinečné rysy CPE, vysoce rizikové klony se zvýšeným významem pro zdraví populace a mobilní genetické elementy spojené s šířením rezistence ke karbapenemům v nemocnicích. Komplexní genomická analýza umožní popsat genetickou strukturu sledovaných bakteriálních populací včetně její dynamiky prostřednictvím mikroevolučních změn během šíření nemocničních nákaz. Výsledky projektu budou bezprostředně využity pro zlepšení a zpřesnění diagnostiky infekčních nemocí a návrh účinnějších postupů v prevenci a kontrole šíření patogenů.

• Klíčová slova
• Whole-genome sequencing, antibiotic resistance, antibiotická rezistence, karbapenemy, populační studie, carbapenems, genomika, genomics, Enterobacterales, celogenomová sekvenace, Enterobacterales, population study,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR