• MeSH
• RNA, Untranslated * MeSH
• Publication type
• Periodical MeSH

• Conspectus
• Chemie. Mineralogické vědy
• NML Fields
• chemie, klinická chemie
• genetika, lékařská genetika

• MeSH
• RNA, Untranslated * MeSH
• Publication type
• Periodical MeSH

• Conspectus
• Chemie. Mineralogické vědy
• NML Fields
• chemie, klinická chemie
• genetika, lékařská genetika

Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) regulují diferenciaci krevních buněk na mnoha úrovních a jejich abnormální exprese tak přispívá k různým hematopoetickým onemocněním. LncRNA se mohou ukázat jako významné diagnostické a prognostické markery přispívajícími k včasné detekci progrese MDS a zlepšení přežití pacientů, či se mohou v budoucnu stát potenciálními terapeutickými cíli. V navrhovaném projektu budou prováděna celogenomová vyšetření hladin lncRNAs u pacientů s MDS a srovnání expresních profilů mezi různými skupinami pacientů s cílem najít lncRNAs s výrazně odlišnými hladinami a potenciálním využitím v diagnostice MDS. Protože znalosti o jednotlivých lncRNA jsou často limitovány na pouhou anotaci transkriptu, budou v rámci projektu dále studovány příčiny, role a důsledky deregulovaných lncRNA pro patogenezi MDS pomocí experimentálních a výpočetních přístupů.; Long non-coding RNAs (lncRNAs) regulate hematopoietic lineage differentiation at almost every stage and their abnormal expression may contribute to various hematopoietic disorders. They may become useful diagnostic and prognostic markers contributing to detection of the MDS progression and increase of the patients' survival, and even potential therapeutic targets in future. In the proposed project, genome-wide screening of lncRNA levels in MDS patients will be employed to compare expression profiles between various risk groups of patients with the aim to find lncRNAs with significantly different levels and relevance to MDS diagnostics. Because the knowledge about individual lncRNAs is often limited to the simple transcript annotation, the causes, roles and consequences of deregulated lncRNAs in the pathogenesis of MDS will be studied by experimental and computational approaches.

• MeSH
• Gene Expression MeSH
• Myelodysplastic Syndromes diagnosis   genetics   MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• RNA, Long Noncoding genetics   adverse effects   MeSH
• Whole Genome Sequencing MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Multiformní glioblastom (GBM) je nejčastějším primárním nádorem mozku s mediánem přežití přibližně 13 měsíců od stanovení diagnózy. Ačkoliv se prognóza u jednotlivých pacientů značně liší, histopatologická vyšetření nejsou schopna individuální riziko předem odhadnout. Proto je velice důležité najít nové molekulární biomarkery umožňující predikovat u pacientů s GBM klinickou odpověď a pomoci tak více individualizovat jejich léčbu. Dlouhé nekódující RNA (lncRNAs) jsou relativně nově objevenou třídou nekódujících regulátorů genové exprese hrající významnou roli v nádorové biologii včetně GBM. Nedávné studie navíc naznačily, že specifická exprese některých lncRNAs se zdá být asociována se stupněm malignity gliomů, stejně tak jako s přežíváním pacientů s GBM. Specifické expresní profily lncRNAs v tkáni GBM by proto mohly představovat potenciální prognostické a prediktivní biomarkery. Pochopení mechanizmů, do nichž jsou tyto lncRNAs u GBM zapojeny, by mohlo vést k vývoji nových terapeutických strategií a zlepšení přežívání pacientů s GBM.; Glioblastoma multiforme (GBM) is the most frequent primary brain tumor with median survival approximately 13 months from diagnosis. The prognosis varies considerably from patient to patient, whereas the histopathological examination has no ability to estimate individual risk of GBM cases. Therefore, it is very important to find new powerful molecular biomarkers enabling prediction of clinical outcome and as a consequence more individualized approach to treatment of GBM patients. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are a relatively new class of non-coding gene regulators playing critical roles in tumor biology, including GBM. Recent studies suggest that specific expression patterns of lncRNAs seem to be associated with grade of glioma as well as with survival of GBM patients. Therefore, specific expression profiles of lncRNAs in tumor tissue indicate potential prognosis and prediction of therapeutic response in GBM. Moreover, understanding the mechanism of lncRNAs function may lead to the development of novel therapeutic strategies and improvement of survival in patients with GBM.

• MeSH
• Glioblastoma genetics   therapy   MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Prognosis MeSH
• Gene Expression Regulation MeSH
• RNA, Long Noncoding therapeutic use   MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• molekulární biologie, molekulární medicína
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Plasmocelulární leukemie (PCL) je nejagresivnější formou monoklonálních gamapatií. Je to raritní onemocnění, s incidencí v Evropě jen zhruba 0,04 případů na 100 000 obyvatel za rok. Diagnostická kritéria PCL jsou založena na více než 20 % cirkulujících plazmatických buňkách v periferní krvi a jejich absolutním počtem vyšším než 2x109/l. Tyto hodnoty byly však nastaveny v roce 1974 a kvůli malému množství pacientů nebyly nikdy řádně validovány a mohou podhodnocovat opravdový počet pacientů s PCL. Je tedy možné, že nižší hladina plasmocytózy je dostatečná pro definici této choroby. Zároveň, nekódující molekuly RNA přímo regulují expresi genů, které mohou ovlivnit migraci plazmatických buněk z kostní dřeně do periferní krve. Tento grant se zaměří na redefinování diagnostických kritérií PCL na základě flowcytometrické analýzy cirkulujících plazmatických buněk, změn jejich hladin v závislosti na léčbě a na analýzu nekódujících molekul RNA.; Plasma cell leukemia (PCL) is the most aggressive form of monoclonal gammopathies. It is a rare disease with incidence in Europe of only 0.04 cases per 100 000 people per year. The PCL diagnostic criteria are based on more than 20% of plasma cells in peripheral blood and their absolute count greater than 2x109/L. However, these values were set in 1974; due to very small number of patients, they were not properly validated and may underestimate the real number of PCL patients. Thus, it is possible that lower degree of peripheral plasmocytosis is sufficient to define the disease. At the same time, the so-called non-coding RNA molecules directly regulate expression of genes; thus, the effect of these molecules on changes that allow cPC to migrate out of the bone marrow will be analyzed. This grant aims to redefine diagnostics criteria of PCL based on flowcytometric analysis of circulating plasma cells, changes in their amounts in connection to treatment and on analysis of non-coding RNA molecules.

• MeSH
• Gene Expression MeSH
• RNA, Untranslated MeSH
• Leukemia, Plasma Cell diagnosis   MeSH
• Flow Cytometry MeSH
• Liquid Biopsy MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• Gastrointestinal Neoplasms diagnosis   MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• RNA, Untranslated MeSH
• Gene Expression Profiling MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• gastroenterologie
• biologie
• NML Publication type
• studie

Mnohočetný myelom (MM) je druhé nejčastější hematoonkologické onemocnění, jehož vývoj probíhá v několika fázích. Vyvíjí se ze stádia monoklonální gamapatie nejasného významu (MGUS) a může progradovat až do agresivní formy MM - extramedulárního relapsu (EM). V periferní krvi byly nalezeny cirkulující molekuly nukleových kyselin, jako jsou dlouhé nekódující molekuly RNA (lncRNA) a volně cirkulující molekuly DNA (cfDNA). Cílem projektu bude sledovat dynamiku těchto molekul s hypotézou, že jejich hladiny odráží progresi MM. Specifické cfDNA pocházejí přímo z nádorových buněk a mohou tedy odrážet průběh onemocnění. Dlouhé nekódující molekuly RNA se mohou stát snadno dostupnými a minimálně invazivními markery progrese MGUS do MM i EM a podle našich předpokladů mohou zlepšit monitorování těchto chorob.; Multiple myeloma (MM) is the second most common hematooncological disease in the world characterized by multi-stage development. MM develops from monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS) and may progress to aggressive form of MM - extramedullary relapse (EM). Circulating molecules of nucleic acids, such as long non-coding RNA (lncRNA) and cell-free DNA (cfDNA) have been described in peripheral blood. The project aims to monitor dynamics of these molecules with the presumption that their levels mirror MM progression. Specific cfDNA originate directly from tumor cells and may reflect the course of the disease. Long non-coding RNA may become easily accessible and minimally invasive markers of MGUS progression into MM as well as EM. We hypothesize that lncRNA may improve monitoring of these diseases.

• MeSH
• DNA, Neoplasm MeSH
• Multiple Myeloma MeSH
• Biomarkers, Tumor MeSH
• Neoplastic Cells, Circulating MeSH
• RNA, Long Noncoding MeSH
• Neoplasm Staging MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• biochemie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Celkové přežití nemocných s radikálně operavaným kolorektálním karcinomem je i přes výrazné úspěchy moderní onkochirurgické léčby doplněné onkologickou adjuvantní léčbou zatíženo vysokým procentem nemocných s časnou recidivou, která zhoršuje kvalitu života a zkracuje celkové přežití nemocných. Recidiva souvisí s mikrometastatickým rozsevem malignity. Schopnost nádorového procesu vytvářet mikrometastatickou nemoc je možno obecně chápat jako klíč ke generalizaci procesu a tvorbě makroskopických vzdálených orgánových metastáz. Hlavním záměrem předkládaného projektu je hledat rozdíly v expresi genů hrajících roli při vývoji a vzniku metastatického procesu a identifikovat geny s rozdílným expresním profilem ve tkáních pacientů s dlouhodobou remisí a pacientů s časnou recidivou onemocnění. U vybraných genů provedeme mutační analýzu a všechna získaná data zkorelujeme s klinickým stavem pozorovaných pacientů.; The overall survival of the patients with the colorectal cancer after the radical surgery is despite of the improvement of the modern onco-surgical treatment, which is usualy combined with the oncological adjuvant treatment, still complicated with high portion of patients with the early reccurence, which worsen the quality of life and shorten the overall survival of patients. Reccurence is also connected with micrometastatic disease. The ability of the malignity to form the micrometastases should be considered as a key to the generalization of the disease with the macroscopic metastases in distant organs. The main aim of our project is to identify the differences in the expression of genes which are involved in the formation and development of the metastases and to identify genes with the different expression in the patients with the long disease free interval compared to the patients with the early reccurence. All results will be confronted with the clinical state of patients.

• MeSH
• Gene Expression MeSH
• Pharmacogenetics MeSH
• Fluorouracil MeSH
• Colorectal Surgery MeSH
• Colorectal Neoplasms MeSH
• Quality of Life MeSH
• Neoplasm Metastasis MeSH
• Neoplasm Micrometastasis MeSH
• Liver Neoplasms secondary   MeSH
• Prognosis MeSH
• Recurrence MeSH
• RNA, Long Noncoding MeSH
• Tetraspanins MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• gastroenterologie
• onkologie
• biologie
• chirurgie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• DNA Modification Methylases MeSH
• Epigenesis, Genetic MeSH
• Histones metabolism   MeSH
• Neoplasms genetics   MeSH
• Publication type
• Handbook MeSH

• Conspectus
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• onkologie

"Genetics and Genomics in Medicine is a new textbook written for undergraduate and graduate students, as well as medical researchers, which explains the science behind the uses of genetics and genomics in medicine today. It is not just about rare inherited and chromosomal disorders, but how genetics affects the whole spectrum of human health and disease. DNA technologies are explained, with emphasis on the modern techniques that have revolutionized the use of genetic information in medicine and are indicating the role of genetics in common complex diseases. The detailed, integrative coverage of genetic approaches to treatment and prevention includes pharmacogenomics and the prospects for personalized medicine. Cancers are essentially genetic diseases and are given a dedicated chapter that includes new insights from cancer genome sequencing. Clinical disorders are covered throughout and there are extensive end-of-chapter questions and problems"--Provided by publisher.