Using expression profiling arrays we will identify intracellular (from endomyocardial biopsies) as well as circulating (from plasma, urine and peripheral blood mononuclear cells) miRNAs that will distinguish heart transplant patients with graft rejection from those without rejection; different miRNA profile during cellular and antibody-mediated rejection will be identified. We will further validate panel of miRNAs that will enable more comfort and non-invasive detection of both types of rejection without the need of economically and technically demanding invasive diagnostics.

S využitím expresního profilováni identifikujeme intracelulární (z endomyokardiálních biopsií) a cirkulující (z plasmy, moči a periferních mononukleárních buněk) miRNA, které rozliší pacienty po srdeční transplantaci prodělávající rejekci od jedinců bez rejekce; dále identifikujeme profil miRNA, který od sebe odliší buněčnou rejekci od rejekce zprostředkované protilátkami. Následně validujeme panel miRNA, který umožní komfortnější neinvazivní detekci obou typů rejekce srdečního štěpu, bez nutnosti ekonomicky i technicky náročné invazivní diagnostiky.

• MeSH
• analýza moči metody   MeSH
• biochemická analýza krve metody   MeSH
• biologické markery analýza   MeSH
• biopsie metody   MeSH
• cirkulující mikroRNA analýza   MeSH
• lidé MeSH
• mikro RNA analýza   MeSH
• rejekce štěpu diagnóza   MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• transplantace srdce MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• transplantologie
• kardiologie
• biochemie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Although the spectrum of cancer biomarkers is constantly expanding, determining the morphology is a decisive criterion for diagnosis. Recent research in breast cancer has shown that the degree of differentiation is accompanied by changes in miRNA expression. However, nothing is known about relationship between the described changes and tumor morphology or whether these changes have an individual or general character. We suggest to compare the miRNA expression profiles from different parts of the same tumor which have different morphology as well as tumors with the same morphology from different patients and analyse whether specific miRNAs are released into blood. Microdissection of cells from paraffin blocks of TNBC and miRNA microarray analysis will be used. Tissue and serum levels of selected miRNAs will be monitored by qPCR in an extended validation set and their functions will be studied by experiments on cell lines. The project could contribute to the discovery of new principles governing morphogenesis in tumors as well as identify novel diagnostic and prognostic markers.

Přestože se spektrum biomarkerů užívaných v onkologii neustále rozšiřuje, zůstává stanovení morfologie nádorů rozhodujícím kritériem diagnostiky. U karcinomů prsu bylo nedávno zjištěno, že stupeň diferenciace je provázen změnami exprese miRNA. Není však nic známo o tom, zda popsané změny souvisí se změnou morfologie a zda mají individuální nebo obecný charakter. Cílem navrhovaného projektu je použít zatím unikátní přístup a srovnat expresní profil miRNA z různých částí téhož nádoru s rozdílnou morfologickou charakteristikou i nádorů se stejnou morfologií od různých pacientek a zároveň zjistit, zda je možné tyto specifické miRNA detekovat v krvi. Pro řešení navrhujeme použít mikrodisekční metody izolace buněk z parafínových bloků TNBC a mikročipovou analýzu miRNA. Tkáňové a sérové hladiny vybraných miRNA budou sledovány pomocí qPCR v rozšířeném validačním souboru a jejich funkce bude studována pomocí experimentů na buněčných liniích. Projekt by mohl přispět k odhalení nových principů řídících morfogenezi v nádorech a rovněž k identifikaci nových diagnostických a prognostických znaků.

• MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• exprese genu MeSH
• lidé MeSH
• mikro RNA MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• mikrodisekce MeSH
• morfogeneze MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• prognóza MeSH
• triple-negativní karcinom prsu diagnóza   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Prostate cancer is the most common malignancy in males in the Czech Republic. It can only be diagnosed by prostate biopsy; up to 30% of tumours, however, may be missed in the first biopsy session. Recently, multiparametric magnetic resonance imaging (mpMRI) has been used to improve prostate biopsy detection rate. The aim of the project is to investigate, whether prostate biopsy using mpMRI images and transrectal ultrasound (TRUS) fusion is better than standard template TRUS biopsy in terms of detection rate, staging and grading accuracy and complication rate. The outcome of MRI-TRUS fusion biopsy will be compared to standard TRUS biopsy. In patients with prostate cancer, who will undergo radical prostatectomy, MRI results will be compared with the final histopathological assessment of the sample. We anticipate, that MRI-TRUS fusion biopsy will prove superior in all parameters and that the study may contribute to MRI-TRUS fusion biopsy being incorporated into prostate cancer diagnostic algorithm.

Karcinom prostaty je nejčastějším nádorem u mužů v ČR. Diagnostikovat jej lze pouze biopticky, až 30% nádorů však nemusí být při první biopsii zachyceno. V posledních letech se pro zvýšení výtěžnosti biopsií začala využívat multiparametrická magnetická rezonance (mpMRI) prostaty. Cílem projektu je zjistit, zda biopsie prostaty prováděná pomocí fúze obrazu MRI a transrektální sonografie (TRUS) nabízí výhodu oproti standardní systematické TRUS biopsii z hlediska detekce tumoru, přesnosti stagingu a gradingu nádoru a výskytu komplikací. V naší studii porovnáme výsledky biopsie pomocí fúze mpMRI s TRUS s výsledky standardně provedené TRUS biopsie prostaty. U mužů s karcinomem prostaty, kteří podstoupí radikální prostatektomii, srovnáme výsledek vyšetření mpMRI s histopatologickým vyšetřením získaného preparátu. Předpokládáme, že studie prokáže lepší výsledky biopsie prostaty pomocí fúze MRI a TRUS ve všech zmíněných parametrech a přispěje k začlenění této metody do standardního algoritmu diagnostiky karcinomu prostaty.

• MeSH
• biopsie MeSH
• endosonografie metody   MeSH
• lidé MeSH
• magnetická rezonanční tomografie metody   MeSH
• nádory prostaty diagnostické zobrazování   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• koloproktologie
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The so-called “liquid biopsy” utilizing circulating-tumor DNA (ctDNA) from blood or urine as a source for molecular profiling of tumors is globally being transferred from research to clinical practice. The main benefit is the possibility for repeated sample acquisition at minimum invasivity. In advanced stages of colorectal cancer such approach is useable in patient follow-up. The proposed muti-center study aims on a group of 500 patients in stages III and IV from three leading centers of surgical oncology. Longitudinal samples will be acquired before and after surgery and during the period of follow-up and/or (neo)adjuvant therapy. The study follows previous projects in which the sample acquisition and processing were optimized and a low-cost ctDNA testing was developed. The aim of this study is application into the clinical practice for confirmation of resection radicality, early detection of disease relapse or progression and monitoring of response to therapy. By the extent and methodology it is a unique study with high potential for clinical practice.

Metoda "tekuté biopsie" (liquid biopsy), která pro vyšetření molekulárního profilu tumoru využívá jako zdroj nádorovou DNA z krevního oběhu či moči (circulating-tumor DNA, ctDNA) se celosvětově začíná posouvat z výzkumů do klinické praxe s hlavní výhodou možnosti opakovaných vyšetření s minimální invazivitou. U pokročilých stádií kolorektálního karcinomu je tento postup využitelný při dispenzarizaci. Tato multicentrická studie zahrnuje cílovou skupinu 500 pacientů ve stádiích III a IV ze tří předních onkochirurgických center. U pacientů budou prováděny opakované náběry v době před- a po- operační a v průběhu následné dispenzarizace či (neo)adjuvantní terapie. Studie navazuje na předchozí projekty, kdy byl optimalizován postup sběru a zpracování vzorků a vyvinuta nízkonákladová metodika vyšetřování ctDNA. Cílem studie je aplikace do klinické praxe pro ověření radikality resekce, včasný záchyt recidivy či progrese onemocnění a sledování odpovědi na systémovou léčbu. Rozsahem a metodickými postupy jde i ve světovém měřítku o unikátní studii s potenciálem přínosu pro klinickou praxi.

• MeSH
• cirkulující nádorová DNA MeSH
• kolorektální nádory terapie   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• sekundární prevence MeSH
• tekutá biopsie MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• multicentrická studie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• koloproktologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Standard treatment in early stages cervical cancer includes systematic pelvic lymphadenectomy which is associated with significantly increased risk of postoperative morbidity. Sentinel lymph node (SLN) biopsy in the management of cervical cancer has been extensively studied, so a detection technique is well standardized, and very low false negative rate in staging of pelvic lymph nodes has been well documented. However, SLN biopsy is still not used in current clinical practice since a prospective study on oncological outcome has not been performed yet. It is the aim of this project to conduct a multicenter randomized prospective trial comparing SLN biopsy versus systematic pelvic lymphadenectomy. The protocol entails all requirements for phase III clinical trial including randomization, central quality assurance and clinical monitoring. The trial has a realistic potential to reach a calculated number of cases required for the survival assessment and thus brings a level A evidence data which are essential for changing of the international guidelines.

Systematická pánevní lymfadenektomie je standardní součástí léčby časných stádií karcinomu děložního hrdla. Tento výkon významně zvyšuje riziko pooperační morbidity. Biopsie sentinelové uzliny (SLN) byla v léčbě časných stádií karcinomu děložního hrdla intenzivně studována. Metodika detekce SLN je dobře standardizována a nízká falešná negativita ve stagingu pánevních lymfatických uzlin je dostatečně doložena. Přesto biopsie SLN není využívána v klinické praxi, protože dosud nebyla provedena prospektivní studie s cílem hodnotit přežití pacientek. Hlavním cílem projektu je uspořádat multicentrickou randomizovanou prospektivní studii srovnávající provedení pouze odběru SLN versus systematické pánevní lymfadenektomie. Protokol studie splňuje kritéria pro klinickou studii fáze III, včetně randomizace, centrálního ověřování kvality a klinického monitoringu. Projekt má reálný potenciál dosáhnout počtu pacientek nutného k analýze přežití a tedy k získání výsledků nejvyšší evidence, které povedou ke změně mezinárodních doporučení.

• MeSH
• analýza přežití MeSH
• biopsie sentinelové lymfatické uzliny metody   MeSH
• lidé MeSH
• lymfadenektomie metody   MeSH
• morbidita MeSH
• nádory děložního čípku terapie   MeSH
• prospektivní studie MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• multicentrická studie MeSH
• randomizované kontrolované studie MeSH
• srovnávací studie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Exhaled breath condensate (EBC) represents a rich source for countless biomarkers that can provide valuable information about respiratory as well as systemic diseases. Finding non-invasive methods for early detection of lung cancer on the background of underlying lung injury (inflammation, smoking, infections, etc.) would be highly beneficial. Proteomic analysis of EBC has the potential to detect early changes in the status of the respiratory system and possibly other organs. It could also replace or complement some invasive sampling methods in future and provide non-invasive lung cancer screening technique. Together, our studies will advance the development and validation of EBC as a novel tool for the proper diagnosis of lung cancer and monitoring of disease activity, treatment efficacy and prognosis.

Výdechový plicní kondenzát (exhaled breath condensate, EBC) představuje bohatý zdroj nesčetných biomarkerů, které mohou poskytnout cenné informace o respiračních i systémových onemocněních. Identifikace neinvazivních metod pro sensitivní a specifickou diagnostiku karcinomu plic, která by jej odlišila od jiných plicních nemocí, často doprovázejících nádor (zánět, kouření, infekce), by měla mimořádnou klinickou hodnotu. Proteomická analýza EBC má realistický potenciál detekovat časné změny ve stavu dýchacích cest a pravděpodobně i v dalších orgánech. Tato metoda by mohla nahradit nebo doplnit některé invazivní techniky odběru biologického materiálu v budoucnosti a umožnit neinvazivní skrínink karcinomu plic v rizikových populacích. Předkládaný projekt umožní vývoj a validaci proteomických biomarkerů v EBC pro časnou diagnostiku plicních nádorů, monitorování aktivity onemocnění a stanovení jeho prognózy, případně predikci terapeutické odpovědi.

• MeSH
• dechové testy metody   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• nádory plic diagnóza   genetika   MeSH
• proteomika metody   MeSH
• tekutá biopsie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Informační leták s pravidly pro návštěvu odběrového místa pro testování na COVID-19.

• MeSH
• koronavirové infekce MeSH
• odběr biologického vzorku MeSH
• testování na COVID-19 MeSH
• Publikační typ
• letáky MeSH
• populární práce MeSH

• Konspekt
• Hygiena. Lidské zdraví
• NLK Obory
• hygiena

Doporučení Klinické skupiny COVID MZ pro odběr klinického materiálu z horních cest dýchacích pro diagnostiku COVID-19.

• MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• odběr biologického vzorku MeSH
• testování na COVID-19 MeSH
• Publikační typ
• laboratorní příručky MeSH
• směrnice MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• diagnostika
• infekční lékařství

Atherosclerosis and aneurysms (AAA), although usually considered as different diagnostic entities, share some common features. Similar to atherosclerosis, aneurysms are also related to systemic inflammation, and might be related also to vascular immune dysregulation and subintimal vascular and perivascular inflammation. In this study we establish a large biobank and databank, which will enable a valuable source for many subsequent sub-projects, which will guarantee useful research activity.We will look for systemic and vascular factors promoting formation of AAA or atherosclerosis. We will evaluate which systemic and imaging factors might be useful in monitoring vascular inflammation. We will examine blood and tissue samples from consecutive patients referred to surgery due to AAA (n=150) and atherosclerosis (n=300) as well as 80 kidney donors without vascular pathology. Subgroup of AAA patients and atherosclerotic patients will undergo PET/CT. Accumulation of 18-FDG and thickness of the adventitial and perivascular adipose tissue will be evaluated.

Ačkoliv ateroskleróza a aneuryzmatické postižení tepen jsou dnes brány jako dvě rozdílné patologie, nacházíme u nich některé společné rysy.Jak u aterosklerózy, tak u aneuryzmatu nacházíme spojitost se systémovým zánětem, cévní imunitní dysregulací a subintimálním vaskulárním a perivaskulárním zánětem. V této studii bychom rádi založili biobanku a databanku, které budou zdrojem pro rozsáhlé výzkumné aktivity. Hledáme systémové i cévní biomarkery spojené s formováním aneuryzmatu i progresí aterosklerózy. Stanovíme systémové markery i zobrazovací metody, které mohou monitorovat zánět v cévní stěně. Vyšetřovat budeme krevní vzorky a vzorky stěny tepen od pacientů indikovaných k resekčním výkonům subrenálních výdutí (n=150) a k bypassovým operacím na aortě a pánevních tepnách (n=300). Stejně tak budou vyšetřeni nemocní se smrtí mozku indikovaní jako dárci orgánů. Podskupina nemocných podstoupí PET/CT vyšetření, při kterém bude hodnocena akumulace 18-FDG a tloušťka adventicie a perivaskulárního tuku.

• MeSH
• aneurysma břišní aorty MeSH
• ateroskleróza MeSH
• banky biologického materiálu MeSH
• biologické markery MeSH
• biopsie MeSH
• epigenomika MeSH
• hematologické testy MeSH
• nemoci cév MeSH
• zánět MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• angiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

The main cause of morbidity and mortality of patients with renal cell carcinoma is the progression to metastatic disease (mRCC). Identification and validation of biomarkers has the potential to improve the therapeutic results in mRCC treated with tyrosine kinase inhibitors (TKI) sunitinib and pazopanib. Primary or secondary resistance to the TKIs occur frequently and no clinically useful biomarkers are available that would discriminate between patients with potential benefit from the therapy and those with high likelihood of early progression. The proposed project includes a comprehensive series of experiments that could identify, validate, and analytically characterise specific panels of miRNAs as novel molecular biomarkers enabling the prediction of response and time to progression in patients with mRCC treated with sunitinib and pazopanib. In addition to tumor samples, serum samples will be investigated aiming to develop a minimally invasive “liquid biopsy” approach for the characterisation of the disease in individual patients.

Většina pacientů s renálním karcinomem umírá na komplikace spojené s progresí a metastazováním onemocnění. Zaměřili jsme se proto na hledání nových biomarkerů s potenciálem zlepšení léčebných výsledků tyrozinkinázových inhibitorů sunitinibu a pazopanibu u metastatického onemocnění. Léčbu komplikuje primární a sekundární rezistence k TKI, avšak onkologové nemají v současnosti k dispozici žádný prediktivní biomarker, který by dovedl rozlišit skupinu pacientů, kteří mají benefit z léčby, od skupiny, která progreduje navzdory léčbě TKI. Předkládaný projekt navrhuje ucelený soubor experimentů, jejichž cílem je identifikovat, validovat a analyticky zhodnotit nové molekulární biomarkery – specifické panely miRNA – umožňující predikovat léčebnou odpověď a čas do progrese u pacientů léčených sunitinibem a pazopanibem. Kromě tkání budou vyšetřeny také vzorky krevního séra ve snaze vyvinout vyšetření v rámci konceptu tzv. tekuté biopsie, minimálně invazivního přístupu k získání informací o pacientově metastatickém onemocnění.

• Klíčová slova
• pazopanib,
• MeSH
• inhibitory proteinkinas terapeutické užití   MeSH
• karcinom z renálních buněk MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• mikro RNA MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• prognóza MeSH
• sérum MeSH
• sunitinib MeSH
• tekutá biopsie MeSH
• tkáně MeSH
• tyrosinkinasy MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• nefrologie
• molekulární biologie, molekulární medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR