Structural and biochemical characterization of the novel serpin Iripin-5 from Ixodes ricinus

. 2021 Sep 01 ; 77 (Pt 9) : 1183-1196. [epub] 20210823

Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print-electronic

Typ dokumentu časopisecké články

Perzistentní odkaz   https://www.medvik.cz/link/pmid34473088

Grantová podpora
CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/00004 European Regional Development Fund, MEYS
19-14704Y Grantová Agentura České Republiky
105/2019/P Jihočeská Univerzita v Českých Budějovicích
04-039/2019/P Jihočeská Univerzita v Českých Budějovicích

Iripin-5 is the main Ixodes ricinus salivary serpin, which acts as a modulator of host defence mechanisms by impairing neutrophil migration, suppressing nitric oxide production by macrophages and altering complement functions. Iripin-5 influences host immunity and shows high expression in the salivary glands. Here, the crystal structure of Iripin-5 in the most thermodynamically stable state of serpins is described. In the reactive-centre loop, the main substrate-recognition site of Iripin-5 is likely to be represented by Arg342, which implies the targeting of trypsin-like proteases. Furthermore, a computational structural analysis of selected Iripin-5-protease complexes together with interface analysis revealed the most probable residues of Iripin-5 involved in complex formation.

Zobrazit více v PubMed

Barrett, A. J., Rawlings, N. D. & Woessner, J. F. (2004).

Belorgey, D., Hägglöf, P., Karlsson-Li, S. & Lomas, D. A. (2007). PubMed PMC

Berendsen, H. J. C., Grigera, J. R. & Straatsma, T. P. (1987).

Berendsen, H. J. C., van der Spoel, D. & van Drunen, R. (1995).

Berman, H., Henrick, K. & Nakamura, H. (2003). PubMed

Bos, I. G. A., Hack, C. E. & Abrahams, J. P. (2002). PubMed

Chlastáková, A., Kotál, J., Beránková, Z., Kaščáková, B., Martins, L. A., Langhansová, H., Prudnikova, T., Ederová, M., Kutá Smatanová, I., Kotsyfakis, M. & Chmelař, J. (2021). PubMed PMC

Chmelař, J., Kotál, J., Kopecký, J., Pedra, J. H. F. & Kotsyfakis, M. (2016). PubMed PMC

Chmelař, J., Kotál, J., Langhansová, H. & Kotsyfakis, M. (2017). PubMed PMC

Chmelar, J., Oliveira, C. J., Rezacova, P., Francischetti, I. M. B., Kovarova, Z., Pejler, G., Kopacek, P., Ribeiro, J. M. C., Mares, M., Kopecky, J. & Kotsyfakis, M. (2011). PubMed PMC

Cox, J. & Mann, M. (2008). PubMed

Cox, J., Neuhauser, N., Michalski, A., Scheltema, R. A., Olsen, J. V. & Mann, M. (2011). PubMed

Daix, V., Schroeder, H., Praet, N., Georgin, J.-P., Chiappino, I., Gillet, L., de Fays, K., Decrem, Y., Leboulle, G., Godfroid, E., Bollen, A., Pastoret, P.-P., Gern, L., Sharp, P. M. & Vanderplasschen, A. (2007). PubMed

DeLano, W. L. (2002).

Dunstone, M. A. & Whisstock, J. C. (2011). PubMed

Emsley, P., Lohkamp, B., Scott, W. G. & Cowtan, K. (2010). PubMed PMC

Feller, S. E. & MacKerell, A. D. (2000).

Francischetti, I. M. B., Sa-Nunes, A., Mans, B. J., Santos, I. M. & Ribeiro, J. M. C. (2009). PubMed PMC

Fujinaga, M., Chernaia, M. M., Halenbeck, R., Koths, K. & James, M. N. G. (1996). PubMed

Gettins, P. G. W. (2002). PubMed

Gettins, P. G. W. & Olson, S. T. (2016). PubMed PMC

Hansen, G., Gielen-Haertwig, H., Reinemer, P., Schomburg, D., Harrenga, A. & Niefind, K. (2011). PubMed

Humphrey, W., Dalke, A. & Schulten, K. (1996). PubMed

Huntington, J. A. (2011). PubMed

Kabsch, W. (2010). PubMed PMC

Katona, G., Berglund, G. I., Hajdu, J., Gráf, L. & Szilágyi, L. (2002). PubMed

Kervinen, J., Crysler, C., Bayoumy, S., Abad, M. C., Spurlino, J., Deckman, I., Greco, M. N., Maryanoff, B. E. & de Garavilla, L. (2010). PubMed

Klauda, J. B., Brooks, B. R., MacKerell, A. D., Venable, R. M. & Pastor, R. W. (2005). PubMed

Kotál, J., Langhansová, H., Lieskovská, J., Andersen, J. F., Francischetti, I. M. B., Chavakis, T., Kopecký, J., Pedra, J. H. F., Kotsyfakis, M. & Chmelař, J. (2015). PubMed PMC

Kovářová, Z., Chmelař, J., Šanda, M., Brynda, J., Mareš, M. & Řezáčová, P. (2010). PubMed PMC

Krissinel, E. & Henrick, K. (2007). PubMed

Kýčková, K. & Kopecký, J. (2006). PubMed

Laroux, F. S., Pavlick, K. P., Hines, I. N., Kawachi, S., Harada, H., Bharwani, S., Hoffman, J. M. & Grisham, M. B. (2001). PubMed

Law, R. H. P., Zhang, Q., McGowan, S., Buckle, A. M., Silverman, G. A., Wong, W., Rosado, C. J., Langendorf, C. G., Pike, R. N., Bird, P. I. & Whisstock, J. C. (2006). PubMed PMC

Leboulle, G., Crippa, M., Decrem, Y., Mejri, N., Brossard, M., Bollen, A. & Godfroid, E. (2002). PubMed

Livak, K. J. & Schmittgen, T. D. (2001). PubMed

Madeira, F., Park, Y. M., Lee, J., Buso, N., Gur, T., Madhusoodanan, N., Basutkar, P., Tivey, A. R. N., Potter, S. C., Finn, R. D. & Lopez, R. (2019). PubMed PMC

Marijanovic, E. M., Fodor, J., Riley, B. T., Porebski, B. T., Costa, M. G. S., Kass, I., Hoke, D. E., McGowan, S. & Buckle, A. M. (2019). PubMed PMC

Mellet, P., Michels, B. & Bieth, J. G. (1996). PubMed

Mueller, U., Darowski, N., Fuchs, M. R., Förster, R., Hellmig, M., Paithankar, K. S., Pühringer, S., Steffien, M., Zocher, G. & Weiss, M. S. (2012). PubMed PMC

Mulenga, A., Khumthong, R. & Chalaire, K. C. (2009). PubMed PMC

Murshudov, G. N., Skubák, P., Lebedev, A. A., Pannu, N. S., Steiner, R. A., Nicholls, R. A., Winn, M. D., Long, F. & Vagin, A. A. (2011). PubMed PMC

Nagata, K. (1996). PubMed

Páleníková, J., Lieskovská, J., Langhansová, H., Kotsyfakis, M., Chmelař, J. & Kopecký, J. (2015). PubMed PMC

Pemberton, P. A., Stein, P. E., Pepys, M. B., Potter, J. M. & Carrell, R. W. (1988). PubMed

Porter, L., Radulović, Ž., Kim, T., Braz, G. R. C., Da Silva Vaz, I. & Mulenga, A. (2015). PubMed PMC

Prevot, P.-P., Adam, B., Boudjeltia, K. Z., Brossard, M., Lins, L., Cauchie, P., Brasseur, R., Vanhaeverbeek, M., Vanhamme, L. & Godfroid, E. (2006). PubMed

Prevot, P.-P., Beschin, A., Lins, L., Beaufays, J., Grosjean, A., Bruys, L., Adam, B., Brossard, M., Brasseur, R., Zouaoui Boudjeltia, K., Vanhamme, L. & Godfroid, E. (2009). PubMed

Prevot, P.-P., Couvreur, B., Denis, V., Brossard, M., Vanhamme, L. & Godfroid, E. (2007). PubMed

Rappsilber, J., Mann, M. & Ishihama, Y. (2007). PubMed

Rashid, Q., Kapil, C., Singh, P., Kumari, V. & Jairajpuri, M. A. (2015). PubMed

Robert, X. & Gouet, P. (2014). PubMed PMC

Schlee, S., Straub, K., Schwab, T., Kinateder, T., Merkl, R. & Sterner, R. (2019). PubMed

Shevchenko, A., Tomas, H., Havlis, J., Olsen, J. V. & Mann, M. (2006). PubMed

Silverman, G. A., Bird, P. I., Carrell, R. W., Church, F. C., Coughlin, P. B., Gettins, P. G., Irving, J. A., Lomas, D. A., Luke, C. J., Moyer, R. W., Pemberton, P. A., Remold-O’Donnell, E., Salvesen, G. S., Travis, J. & Whisstock, J. C. (2001). PubMed

Sparta, K. M., Krug, M., Heinemann, U., Mueller, U. & Weiss, M. S. (2016).

Spence, M. A., Mortimer, M. D., Buckle, A. M., Minh, B. Q. & Jackson, C. J. (2021). PubMed PMC

Sprong, H., Azagi, T., Hoornstra, D., Nijhof, A. M., Knorr, S., Baarsma, M. E. & Hovius, J. W. (2018). PubMed PMC

Tirloni, L., Seixas, A., Mulenga, A., da Silva Vaz, I. Jr & Termignoni, C. (2014). PubMed

Tsukada, H. & Blow, D. M. (1985). PubMed

Tyson, K. R., Elkins, C. & de Silva, A. M. (2008). PubMed

Vagin, A. & Teplyakov, A. (2010). PubMed

Vangone, A., Spinelli, R., Scarano, V., Cavallo, L. & Oliva, R. (2011). PubMed

Williams, C. J., Headd, J. J., Moriarty, N. W., Prisant, M. G., Videau, L. L., Deis, L. N., Verma, V., Keedy, D. A., Hintze, B. J., Chen, V. B., Jain, S., Lewis, S. M., Arendall, W. B., Snoeyink, J., Adams, P. D., Lovell, S. C., Richardson, J. S. & Richardson, D. C. (2018). PubMed PMC

Winn, M. D., Ballard, C. C., Cowtan, K. D., Dodson, E. J., Emsley, P., Evans, P. R., Keegan, R. M., Krissinel, E. B., Leslie, A. G. W., McCoy, A., McNicholas, S. J., Murshudov, G. N., Pannu, N. S., Potterton, E. A., Powell, H. R., Read, R. J., Vagin, A. & Wilson, K. S. (2011). PubMed PMC

Yamasaki, M., Arii, Y., Mikami, B. & Hirose, M. (2002). PubMed

Zou, Z., Anisowicz, A., Hendrix, M. J., Thor, A., Neveu, M., Sheng, S., Rafidi, K., Seftor, E. & Sager, R. (1994). PubMed

Zundert, G. C. P. van, Rodrigues, J. P. G. L. M., Trellet, M., Schmitz, C., Kastritis, P. L., Karaca, E., Melquiond, A. S. J., van Dijk, M., de Vries, S. J. & Bonvin, A. M. J. J. (2016). PubMed

Najít záznam

Citační ukazatele

Nahrávání dat ...

Možnosti archivace

Nahrávání dat ...