Connecting the multiple dimensions of global soil fungal diversity

. 2023 Dec ; 9 (48) : eadj8016. [epub] 20231129

Jazyk angličtina Země Spojené státy americké Médium print-electronic

Typ dokumentu časopisecké články

Perzistentní odkaz   https://www.medvik.cz/link/pmid38019923

How the multiple facets of soil fungal diversity vary worldwide remains virtually unknown, hindering the management of this essential species-rich group. By sequencing high-resolution DNA markers in over 4000 topsoil samples from natural and human-altered ecosystems across all continents, we illustrate the distributions and drivers of different levels of taxonomic and phylogenetic diversity of fungi and their ecological groups. We show the impact of precipitation and temperature interactions on local fungal species richness (alpha diversity) across different climates. Our findings reveal how temperature drives fungal compositional turnover (beta diversity) and phylogenetic diversity, linking them with regional species richness (gamma diversity). We integrate fungi into the principles of global biodiversity distribution and present detailed maps for biodiversity conservation and modeling of global ecological processes.

Altai State University Barnaul 656049 Russia

Biology Department Utah Valley University Orem UT 84058 USA

British Antarctic Survey NERC High Cross Cambridge CB3 0ET UK

Center for Macroecology Evolution and Climate University of Copenhagen Copenhagen 1350 Denmark

Center For Mountain Futures Kunming Institute of Botany Chinese Academy of Sciences Kunming 650201 China

Center of Excellence in Fungal Research Mae Fah Luang University Chiang Rai 57100 Thailand

Center of Mycology and Microbiology University of Tartu Tartu 50409 Estonia

Centre for Environmental Sciences Hasselt University Hasselt 3500 Belgium

Centro de Investigación e Innovación para el Cambio Climático Universidad SantoTomás Valdivia Chile

Centro de Investigaciones en Microbiología y Biotecnología UR Universidad del Rosario Bogotá 111221 Colombia

Chair of Hydrobiology and Fishery Estonian University of Life Sciences Tartu 51006 Estonia

College of Biological Resource and Food Engineering Qujing Normal University Qujing China

College of Biological Resource and Food Engineering Qujing Normal University Qujing Yunnan 655011 China

Department Biology Ghent University Ghent 9000 Belgium

Department of Agricultural Food and Forest Sciences University of Palermo Palermo 90128 Italy

Department of Arctic and Marine Biology The Arctic University of Norway Tromsø 9019 Norway

Department of Biological and Environmental Science University of Jyväskylä Jyväskylä 40014 Finland

Department of Biological Sciences and Biotechnology Botswana International University of Science and Technology Palapye 10071 Botswana

Department of Biological Sciences California State Polytechnic University Arcata CA 95521 USA

Department of Biology College of Science United Arab Emirates University Al Ain UAE

Department of Biology Philipps University Marburg 35032 Germany

Department of Biology Syracuse University Syracuse 13244 USA

Department of Biomedical Sciences University of Cagliari Cagliari 09124 Italy

Department of Botany Faculty of Science University of South Bohemia České Budějovice 37005 Czech Republic

Department of Botany Jawaharlal Nehru Rajkeeya Mahavidyalaya Pondicherry University Port Blair 744101 India

Department of Crop Science University of Dschang Dschang Cameroon

Department of Ecology and Plant Geography Moscow Lomonosov State University Moscow 119234 Russia

Department of Ecology Swedish University of Agricultural Sciences Uppsala 75007 Sweden

Department of Environment Faculty of Bioscience Engineering Ghent University Ghent 9000 Belgium

Department of Environmental Science Saint Mary's University Halifax B3H 3C3 Canada

Department of Environmental Sciences Plant Ecology and Nature Conservation Wageningen University and Research Wageningen 6708 Netherlands

Department of Food Science and Technology University of Burundi Bujumbura Burundi

Department of Forest Sciences University of Helsinki Helsinki 00014 Finland

Department of Genetics Faculty of Natural and Agricultural Sciences University of the Free State Bloemfontein 9300 South Africa

Department of Mycology and Plant Resistance School of Biology 5 N Karazin Kharkiv National University Kharkiv 61022 Ukraine

Department of Natural Sciences Manchester Metropolitan University Manchester M1 5GD UK

Department of Plant Biology Faculty of Life Science University of Ilorin Ilorin 240102 Nigeria

Department of Plant Sciences Quaid i Azam University Islamabad 45320 Pakistan

Department of Silviculture and Ecology Institute of Forestry Lithuanian Research Centre for Agriculture and Forestry Girionys 53101 Lithuania

Department of Zoology College of Science King Saud University Riyadh 11451 Saudi Arabia

ELKH EKKE Lendület Environmental Microbiome Research Group Eszterházy Károly Catholic University Eger 3300 Hungary

Environmental Science Center Qatar University Doha Qatar

Faculty of Natural and Environmental Sciences Agricultural University of Iceland Reykjavík 112 Iceland

Freie Universität Berlin Institut für Biologie Berlin 14195 Germany

Gothenburg Centre for Sustainable Development Gothenburg 41133 Sweden

Gothenburg Global Biodiversity Centre University of Gothenburg Gothenburg 40530 Sweden

Grupo de BioMicro y Microbiología Ambiental Escuela de Microbiologia Universidad de Antioquia UdeA Medellin 050010 Colombia

Helmholtz Zentrum München Neuherberg 85764 Germany

Institute of Agricultural and Environmental Sciences Estonian University of Life Sciences Tartu 51006 Estonia

Institute of Botany University of the Punjab Pakistan 54590 Pakistan

Institute of Ecology and Earth Sciences University of Tartu Tartu 50409 Estonia

Institute of Forestry and Engineering Estonian University of Life Sciences Tartu 51006 Estonia

Institute of Microbiology Czech Academy of Sciences Prague Czech Republic

Instituto Ciencias Ambientales y Evolutivas Universidad Austral de Chile Valdivia Chile

Instituto de Biología Universidad Nacional Autónoma de México Ciudad de México 04510 Mexico

Instituto Juruá Manaus 69083 Brazil

Instituto Multidisciplinar para el Estudio del Medio 'Ramón Margalef' and Departamento de Ecología Universidad de Alicante Alicante 03690 Spain

Instituto Multidisciplinario de Biología Vegetal Universidad Nacional de Córdoba Cordoba 5000 Argentina

Laboratorio de Biodiversidad y Funcionamiento Ecosistemico Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Sevilla Consejo Superior de Investigaciones Científicas Sevilla 41012 Spain

Land and Water Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation Wembley 6014 Australia

Latvian State Forest Research Institute Silava Salaspils 2169 Latvia

Mycology Working Group Goethe University Frankfurt am Main Frankfurt am Main 60438 Germany

Natural History Museum of Denmark Copenhagen 1123 Denmark

Natural History Museum of Zimbabwe Bulawayo Zimbabwe

Natural History Museum University of Tartu Tartu 51003 Estonia

Plant Soil and Microbial Sciences Michigan State University East Lansing MI 48824 6254 USA

Research Unit Tropical Mycology and Plants Soil Fungi Interactions University of Parakou Parakou 00229 Benin

Royal Botanic Gardens Kew Richmond TW9 3AE UK

School of Biological Sciences and Institute of Microbiology Seoul National University Seoul 08826 Korea

Society for the Protection of Underground Networks Dover DE 19901 USA

Vokė branch Institute of Agriculture Lithuanian Research Centre for Agriculture and Forestry Vilnius LT 02232 Lithuania

Zobrazit více v PubMed

L. He, J. L. Mazza Rodrigues, N. A. Soudzilovskaia, M. Barceló, P. A. Olsson, C. Song, L. Tedersoo, F. Yuan, F. Yuan, D. A. Lipson, X. Xu, Global biogeography of fungal and bacterial biomass carbon in topsoil. Soil Biol. Biochem. 151, 108024 (2020).

R. Dean, J. A. L. Van Kan, Z. A. Pretorius, K. E. Hammond-Kosack, A. Di Pietro, P. D. Spanu, J. J. Rudd, M. Dickman, R. Kahmann, J. Ellis, G. D. Foster, The top 10 fungal pathogens in molecular plant pathology. Mol. Plant Pathol. 13, 414–430 (2012). PubMed PMC

L. Tedersoo, M. Bahram, M. Zobel, How mycorrhizal associations drive plant population and community biology. Science 367, eaba1223 (2020). PubMed

H.-J. Hawkins, R. I. M. Cargill, M. E. V. Nuland, S. C. Hagen, K. J. Field, M. Sheldrake, N. A. Soudzilovskaia, E. T. Kiers, Mycorrhizal mycelium as a global carbon pool. Curr. Biol. 33, R560–R573 (2023). PubMed

L. Tedersoo, M. Bahram, S. Polme, U. Kõljalg, N. S. Yorou, R. Wijesundera, L. V. Ruiz, A. M. Vasco-Palacios, P. Q. Thu, A. Suija, M. E. Smith, C. Sharp, E. Saluveer, A. Saitta, M. Rosas, T. Riit, D. Ratkowsky, K. Pritsch, K. Poldmaa, M. Piepenbring, C. Phosri, M. Peterson, K. Parts, K. Partel, E. Otsing, E. Nouhra, A. L. Njouonkou, R. H. Nilsson, L. N. Morgado, J. Mayor, T. W. May, L. Majuakim, D. J. Lodge, S. S. Lee, K. H. Larsson, P. Kohout, K. Hosaka, I. Hiiesalu, T. W. Henkel, H. Harend, L. D. Guo, A. Greslebin, G. Grelet, J. Geml, G. Gates, W. Dunstan, C. Dunk, R. Drenkhan, J. Dearnaley, A. De Kesel, T. Dang, X. Chen, F. Buegger, F. Q. Brearley, G. Bonito, S. Anslan, S. Abell, K. Abarenkov, Global diversity and geography of soil fungi. Science 346, 1256688 (2014). PubMed

L. Tedersoo, V. Mikryukov, S. Anslan, M. Bahram, A. N. Khalid, A. Corrales, A. Agan, A.-M. Vasco-Palacios, A. Saitta, A. Antonelli, A. C. Rinaldi, A. Verbeken, B. P. Sulistyo, B. Tamgnoue, B. Furneaux, C. D. Ritter, C. Nyamukondiwa, C. Sharp, C. Marín, D. Q. Dai, D. Gohar, D. Sharmah, E. M. Biersma, E. K. Cameron, E. De Crop, E. Otsing, E. A. Davydov, F. E. Albornoz, F. Q. Brearley, F. Buegger, G. Gates, G. Zahn, G. Bonito, I. Hiiesalu, I. Hiiesalu, I. Zettur, I. C. Barrio, J. Pärn, J. Heilmann-Clausen, J. Ankuda, J. Y. Kupagme, J. Sarapuu, J. G. Maciá-Vicente, J. D. Fovo, J. Geml, J. M. Alatalo, J. Alvarez-Manjarrez, J. Monkai, K. Põldmaa, K. Runnel, K. Adamson, K. A. Bråthen, K. Pritsch, K. I. Tchan, K. Armolaitis, K. D. Hyde, K. K. Newsham, K. Panksep, L. A. Adebola, L. J. Lamit, M. Saba, M. E. da Silva Cáceres, M. Tuomi, M. Gryzenhout, M. Bauters, M. Bálint, N. Wijayawardene, N. Hagh-Doust, N. S. Yorou, O. Kurina, P. E. Mortimer, P. Meidl, R. H. Nilsson, R. Puusepp, R. Casique-Valdés, R. Drenkhan, R. Garibay-Orijel, R. Godoy, S. Alfarraj, S. Rahimlou, S. Põlme, S. V. Dudov, S. Mundra, T. Ahmed, T. Netherway, T. W. Henkel, T. Roslin, V. E. Fedosov, V. G. Onipchenko, W. A. E. Yasanthika, Y. W. Lim, M. Piepenbring, D. Klavina, U. Kõljalg, K. Abarenkov, The Global Soil Mycobiome consortium dataset for boosting fungal diversity research. Fungal Divers. 111, 573–588 (2021).

M. Bahram, F. Hildebrand, S. K. Forslund, J. L. Anderson, N. A. Soudzilovskaia, P. M. Bodegom, J. Bengtsson-Palme, S. Anslan, L. P. Coelho, H. Harend, J. Huerta-Cepas, M. H. Medema, M. R. Maltz, S. Mundra, P. A. Olsson, M. Pent, S. Polme, S. Sunagawa, M. Ryberg, L. Tedersoo, P. Bork, Structure and function of the global topsoil microbiome. Nature 560, 233–237 (2018). PubMed

M. Delgado-Baquerizo, A. M. Oliverio, T. E. Brewer, A. Benavent-González, D. J. Eldridge, R. D. Bardgett, F. T. Maestre, B. K. Singh, N. Fierer, A global atlas of the dominant bacteria found in soil. Science 359, 320–325 (2018). PubMed

E. Egidi, M. Delgado-Baquerizo, J. M. Plett, J. Wang, D. J. Eldridge, R. D. Bardgett, F. T. Maestre, B. K. Singh, A few Ascomycota taxa dominate soil fungal communities worldwide. Nat. Commun. 10, 2369 (2019). PubMed PMC

C. A. Guerra, A. Heintz-Buschart, J. Sikorski, A. Chatzinotas, N. Guerrero-Ramírez, S. Cesarz, L. Beaumelle, M. C. Rillig, F. T. Maestre, M. Delgado-Baquerizo, F. Buscot, J. Overmann, G. Patoine, H. R. P. Phillips, M. Winter, T. Wubet, K. Küsel, R. D. Bardgett, E. K. Cameron, D. Cowan, T. Grebenc, C. Marín, A. Orgiazzi, B. K. Singh, D. H. Wall, N. Eisenhauer, Blind spots in global soil biodiversity and ecosystem function research. Nat. Commun. 11, 3870 (2020). PubMed PMC

T. Větrovský, D. Morais, P. Kohout, C. Lepinay, C. Algora, S. Awokunle Hollá, B. D. Bahnmann, K. Bílohnědá, V. Brabcová, F. D’Alò, Z. R. Human, M. Jomura, M. Kolařík, J. Kvasnǐková, S. Lladó, R. López-Mondéjar, T. Martinović, T. Mašínová, L. Meszárošová, L. Michaľíková, T. Michalová, S. Mundra, D. Navrátilová, I. Odriozola, S. Piché-Choquette, M. Štursová, K. Švec, V. Tláskal, M. Urbanová, L. Vlk, J. Voříšková, L. Žif̌áková, P. Baldrian, GlobalFungi, a global database of fungal occurrences from high-throughput-sequencing metabarcoding studies. Sci. Data 7, 228 (2020). PubMed PMC

F. T. Maestre, M. Delgado-Baquerizo, T. C. Jeffries, D. J. Eldridge, V. Ochoa, B. Gozalo, J. L. Quero, M. Garcia-Gomez, A. Gallardo, W. Ulrich, M. A. Bowker, T. Arredondo, C. Barraza-Zepeda, D. Bran, A. Florentino, J. Gaitan, J. R. Gutierrez, E. Huber-Sannwald, M. Jankju, R. L. Mau, M. Miriti, K. Naseri, A. Ospina, I. Stavi, D. L. Wang, N. N. Woods, X. Yuan, E. Zaady, B. K. Singh, Increasing aridity reduces soil microbial diversity and abundance in global drylands. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 112, 15684–15689 (2015). PubMed PMC

T. Větrovský, P. Kohout, M. Kopecký, A. Machac, M. Man, B. D. Bahnmann, V. Brabcová, J. Choi, L. Meszárošová, Z. R. Human, C. Lepinay, S. Lladó, R. López-Mondéjar, T. Martinović, T. Mašínová, D. Morais, D. Navrátilová, I. Odriozola, M. Štursová, K. Švec, V. Tláskal, M. Urbanová, J. Wan, L. Žif̌áková, A. Howe, J. Ladau, K. G. Peay, D. Storch, J. Wild, P. Baldrian, A meta-analysis of global fungal distribution reveals climate-driven patterns. Nat. Commun. 10, 5142 (2019). PubMed PMC

F. M. Sabatini, B. Jimenez-Alfaro, U. Jandt, M. Chytry, R. Field, M. Kessler, J. Lenoir, F. Schrodt, S. K. Wiser, M. A. S. Arfin Khan, F. Attorre, L. Cayuela, M. De Sanctis, J. Dengler, S. Haider, M. Z. Hatim, A. Indreica, F. Jansen, A. Pauchard, R. K. Peet, P. Petrik, V. D. Pillar, B. Sandel, M. Schmidt, Z. Tang, P. van Bodegom, K. Vassilev, C. Violle, E. Alvarez-Davila, P. Davidar, J. Dolezal, B. Herault, A. Galan-de-Mera, J. Jimenez, S. Kambach, S. Kepfer-Rojas, H. Kreft, F. Lezama, R. Linares-Palomino, A. Monteagudo Mendoza, J. K. N’Dja, O. L. Phillips, G. Rivas-Torres, P. Sklenar, K. Speziale, B. J. Strohbach, R. Vasquez Martinez, H. F. Wang, K. Wesche, H. Bruelheide, Global patterns of vascular plant alpha diversity. Nat. Commun. 13, 4683 (2022). PubMed PMC

T. J. Davies, S. A. Fritz, R. Grenyer, C. D. L. Orme, J. Bielby, O. R. P. Bininda-Emonds, M. Cardillo, K. E. Jones, J. L. Gittleman, G. M. Mace, A. Purvis, Phylogenetic trees and the future of mammalian biodiversity. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105, 11556–11563 (2008). PubMed PMC

M. R. Willig, S. J. Presley, Latitudinal gradients of biodiversity: Theory and empirical patterns, in Encyclopedia of the Anthropocene, D. A. Dellasala, M. I. Goldstein, Eds. (Elsevier, 2018), pp. 13–19.

J. B. Socolar, J. J. Gilroy, W. E. Kunin, D. P. Edwards, How should β-diversity inform biodiversity conservation? Trends Ecol. Evol. 31, 67–80 (2016). PubMed

F. T. Maestre, Y. Le Bagousse-Pinguet, M. Delgado-Baquerizo, D. J. Eldridge, H. Saiz, M. Berdugo, B. Gozalo, V. Ochoa, E. Guirado, M. García-Gómez, E. Valencia, J. J. Gaitán, S. Asensio, B. J. Mendoza, C. Plaza, P. Díaz-Martínez, A. Rey, H.-W. Hu, J.-Z. He, J.-T. Wang, A. Lehmann, M. C. Rillig, S. Cesarz, N. Eisenhauer, J. Martínez-Valderrama, E. Moreno-Jiménez, O. Sala, M. Abedi, N. Ahmadian, C. L. Alados, V. Aramayo, F. Amghar, T. Arredondo, R. J. Ahumada, K. Bahalkeh, F. B. Salem, N. Blaum, B. Boldgiv, M. A. Bowker, D. Bran, C. Bu, R. Canessa, A. P. Castillo-Monroy, H. Castro, I. Castro, P. Castro-Quezada, R. Chibani, A. A. Conceição, C. M. Currier, A. Darrouzet-Nardi, B. Deák, D. A. Donoso, A. J. Dougill, J. Durán, B. Erdenetsetseg, C. I. Espinosa, A. Fajardo, M. Farzam, D. Ferrante, A. S. K. Frank, L. H. Fraser, L. A. Gherardi, A. C. Greenville, C. A. Guerra, E. Gusmán-Montalvan, R. M. Hernández-Hernández, N. Hölzel, E. Huber-Sannwald, F. M. Hughes, O. Jadán-Maza, F. Jeltsch, A. Jentsch, K. F. Kaseke, M. Köbel, J. E. Koopman, C. V. Leder, A. Linstädter, P. C. le Roux, X. Li, P. Liancourt, J. Liu, M. A. Louw, G. Maggs-Kölling, T. P. Makhalanyane, O. M. Issa, A. J. Manzaneda, E. Marais, J. P. Mora, G. Moreno, S. M. Munson, A. Nunes, G. Oliva, G. R. Oñatibia, G. Peter, M. O. D. Pivari, Y. Pueyo, R. E. Quiroga, S. Rahmanian, S. C. Reed, P. J. Rey, B. Richard, A. Rodríguez, V. Rolo, J. G. Rubalcaba, J. C. Ruppert, A. Salah, M. A. Schuchardt, S. Spann, I. Stavi, C. R. A. Stephens, A. M. Swemmer, A. L. Teixido, A. D. Thomas, H. L. Throop, K. Tielbörger, S. Travers, J. Val, O. Valkó, L. van den Brink, S. V. Ayuso, F. Velbert, W. Wamiti, D. Wang, L. Wang, G. M. Wardle, L. Yahdjian, E. Zaady, Y. Zhang, X. Zhou, B. K. Singh, N. Gross, Grazing and ecosystem service delivery in global drylands. Science 378, 915–920 (2022). PubMed

C. A. Guerra, M. Berdugo, D. J. Eldridge, N. Eisenhauer, B. K. Singh, H. Cui, S. Abades, F. D. Alfaro, A. R. Bamigboye, F. Bastida, J. L. Blanco-Pastor, A. de los Ríos, J. Durán, T. Grebenc, J. G. Illán, Y.-R. Liu, T. P. Makhalanyane, S. Mamet, M. A. Molina-Montenegro, J. L. Moreno, A. Mukherjee, T. U. Nahberger, G. F. Peñaloza-Bojacá, C. Plaza, S. Picó, J. P. Verma, A. Rey, A. Rodríguez, L. Tedersoo, A. L. Teixido, C. Torres-Díaz, P. Trivedi, J. Wang, L. Wang, J. Wang, E. Zaady, X. Zhou, X.-Q. Zhou, M. Delgado-Baquerizo, Global hotspots for soil nature conservation. Nature 610, 693–698 (2022). PubMed

J. Davison, M. Moora, M. Semchenko, S. B. Adenan, T. Ahmed, A. A. Akhmetzhanova, J. M. Alatalo, S. Al-Quraishy, E. Andriyanova, S. Anslan, M. Bahram, A. Batbaatar, C. Brown, C. G. Bueno, J. Cahill, J. J. Cantero, B. B. Casper, M. Cherosov, S. Chideh, A. P. Coelho, M. Coghill, G. Decocq, S. Dudov, E. C. Fabiano, V. E. Fedosov, L. Fraser, S. I. Glassman, A. Helm, H. A. L. Henry, B. Hérault, I. Hiiesalu, I. Hiiesalu, W. N. Hozzein, P. Kohout, U. Kõljalg, K. Koorem, L. Laanisto, Ü. Mander, L. Mucina, J.-P. Munyampundu, L. Neuenkamp, Ü. Niinemets, C. Nyamukondiwa, J. Oja, V. Onipchenko, M. Pärtel, C. Phosri, S. Põlme, K. Püssa, A. Ronk, A. Saitta, O. Semboli, S.-K. Sepp, A. Seregin, S. Sudheer, C. P. Peña-Venegas, C. Paz, T. Vahter, M. Vasar, A. J. Veraart, L. Tedersoo, M. Zobel, M. Öpik, Temperature and pH define the realised niche space of arbuscular mycorrhizal fungi. New Phytol. 231, 763–776 (2021). PubMed

M. Bahram, M. Espenberg, J. Parn, L. Lehtovirta-Morley, S. Anslan, K. Kasak, U. Kõljalg, J. Liira, M. Maddison, M. Moora, U. Niinemets, M. Opik, M. Partel, K. Soosaar, M. Zobel, F. Hildebrand, L. Tedersoo, U. Mander, Structure and function of the soil microbiome underlying N2O emissions from global wetlands. Nat. Commun. 13, 1430 (2022). PubMed PMC

C. L. Schoch, K. A. Seifert, S. Huhndorf, V. Robert, J. L. Spouge, C. A. Levesque, W. Chen; Fungal Barcoding Consortium; Fungal Barcoding Consortium Author List , Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for fungi. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, 6241–6246 (2012). PubMed PMC

L. Tedersoo, A. Tooming-Klunderud, S. Anslan, PacBio metabarcoding of fungi and other eukaryotes: Errors, biases and perspectives. New Phytol. 217, 1370–1385 (2018). PubMed

S. Põlme, K. Abarenkov, R. H. Nilsson, B. D. Lindahl, K. E. Clemmensen, H. Kauserud, N. Nguyen, R. Kjøller, S. T. Bates, P. Baldrian, T. G. Frøslev, K. Adojaan, A. Vizzini, A. Suija, D. Pfister, H.-O. Baral, H. Järv, H. Madrid, J. Nordén, J.-K. Liu, J. Pawlowska, K. Põldmaa, K. Pärtel, K. Runnel, K. Hansen, K.-H. Larsson, K. D. Hyde, M. Sandoval-Denis, M. E. Smith, M. Toome-Heller, N. N. Wijayawardene, N. Menolli, N. K. Reynolds, R. Drenkhan, S. S. N. Maharachchikumbura, T. B. Gibertoni, T. Læssøe, W. Davis, Y. Tokarev, A. Corrales, A. M. Soares, A. Agan, A. R. Machado, A. Argüelles-Moyao, A. Detheridge, A. de Meiras-Ottoni, A. Verbeken, A. K. Dutta, B.-K. Cui, C. K. Pradeep, C. Marín, D. Stanton, D. Gohar, D. N. Wanasinghe, E. Otsing, F. Aslani, G. W. Griffith, T. H. Lumbsch, H.-P. Grossart, H. Masigol, I. Timling, I. Hiiesalu, J. Oja, J. Y. Kupagme, J. Geml, J. Alvarez-Manjarrez, K. Ilves, K. Loit, K. Adamson, K. Nara, K. Küngas, K. Rojas-Jimenez, K. Bitenieks, L. Irinyi, L. G. Nagy, L. Soonvald, L.-W. Zhou, L. Wagner, M. C. Aime, M. Öpik, M. I. Mujica, M. Metsoja, M. Ryberg, M. Vasar, M. Murata, M. P. Nelsen, M. Cleary, M. C. Samarakoon, M. Doilom, M. Bahram, N. Hagh-Doust, O. Dulya, P. Johnston, P. Kohout, Q. Chen, Q. Tian, R. Nandi, R. Amiri, R. H. Perera, R. dos Santos Chikowski, R. L. Mendes-Alvarenga, R. Garibay-Orijel, R. Gielen, R. Phookamsak, R. S. Jayawardena, S. Rahimlou, S. C. Karunarathna, S. Tibpromma, S. P. Brown, S.-K. Sepp, S. Mundra, Z.-H. Luo, T. Bose, T. Vahter, T. Netherway, T. Yang, T. May, T. Varga, W. Li, V. R. M. Coimbra, V. R. T. de Oliveira, V. X. de Lima, V. S. Mikryukov, Y. Lu, Y. Matsuda, Y. Miyamoto, U. Kõljalg, L. Tedersoo, FungalTraits: A user-friendly traits database of fungi and fungus-like stramenopiles. Fungal Divers. 105, 1–16 (2020).

T. Boekhout, A. S. Amend, F. El Baidouri, T. Gabaldón, J. Geml, M. Mittelbach, V. Robert, C. S. Tan, B. Turchetti, D. Vu, Q.-M. Wang, A. Yurkov, Trends in yeast diversity discovery. Fungal Divers. 114, 491–537 (2022).

N. N. Wijayawardene, K. D. Hyde, L. K. T. Al-Ani, L. Tedersoo, D. Haelewaters, K. C. Rajeshkumar, R. L. Zhao, A. Aptroot, D. Leontyev, R. K. Saxena, Y. S. Tokarev, D. Q. Dai, P. M. Letcher, S. L. Stephenson, D. Ertz, H. T. Lumbsch, M. Kukwa, I. Issi, H. Madrid, A. J. L. Phillips, L. Selbmann, W. P. Pfliegler, E. Horvath, K. Bensch, P. M. Kirk, K. Kolarikova, H. A. Raja, R. Radek, V. Papp, B. Dima, J. Ma, E. Malosso, S. Takamatsu, G. Rambold, P. B. Gannibal, D. Triebel, A. K. Gautam, S. Avasthi, S. Suetrong, E. Timdal, S. C. Fryar, G. Delgado, M. Reblova, M. Doilom, S. Dolatabadi, J. Z. Pawlowska, R. A. Humber, R. Kodsueb, I. Sanchez-Castro, B. T. Goto, D. K. A. Silva, F. A. de Souza, F. R. Oehl, G. A. da Silva, I. R. Silva, J. Blaszkowski, K. Jobim, L. C. Maia, F. R. Barbosa, P. O. Fiuza, P. K. Divakar, B. D. Shenoy, R. F. Castaneda-Ruiz, S. Somrithipol, A. A. Lateef, S. C. Karunarathna, S. Tibpromma, P. E. Mortimer, D. N. Wanasinghe, R. Phookamsak, J. Xu, Y. Wang, F. Tian, P. Alvarado, D. W. Li, I. Kusan, N. Matocec, A. Masic, Z. Tkalcec, S. S. N. Maharachchikumbura, M. Papizadeh, G. Heredia, F. Wartchow, M. Bakhshi, E. Boehm, N. Youssef, V. P. Hustad, J. D. Lawrey, A. L. C. M. A. Santiago, J. D. P. Bezerra, C. M. Souza-Motta, A. L. Firmino, Q. Tian, J. Houbraken, S. Hongsanan, K. Tanaka, A. J. Dissanayake, J. S. Monteiro, H. P. Grossart, A. Suija, G. Weerakoon, J. Etayo, A. Tsurykau, V. Vazquez, P. Mungai, U. Damm, Q. R. Li, H. Zhang, S. Boonmee, Y. Z. Lu, A. G. Becerra, B. Kendrick, F. Q. Brearley, J. Motiejunaite, B. Sharma, R. Khare, S. Gaikwad, D. S. A. Wijesundara, L. Z. Tang, M. Q. He, A. Flakus, P. Rodriguez-Flakus, M. P. Zhurbenko, E. H. C. McKenzie, M. Stadler, D. J. Bhat, J. K. Liu, M. Raza, R. Jeewon, E. S. Nassonova, M. Prieto, R. G. U. Jayalal, M. Erdogdu, A. Yurkov, M. Schnittler, O. N. Shchepin, Y. K. Novozhilov, A. G. S. Silva-Filho, E. Gentekaki, P. Liu, J. C. Cavender, Y. Kang, S. Mohammad, L. F. Zhang, R. F. Xu, Y. M. Li, M. C. Dayarathne, A. H. Ekanayaka, T. C. Wen, C. Y. Deng, O. L. Pereira, S. Navathe, D. L. Hawksworth, X. L. Fan, L. S. Dissanayake, E. Kuhnert, M. Thines, Outline of fungi and fungus-like taxa. Mycosphere 11, 1060–1456 (2020).

L. N. Gillman, S. D. Wright, Species richness and evolutionary speed: The influence of temperature, water and area. J. Biogeogr. 41, 39–51 (2014).

H. R. P. Phillips, C. A. Guerra, M. L. C. Bartz, M. J. I. Briones, G. Brown, T. W. Crowther, O. Ferlian, K. B. Gongalsky, J. van den Hoogen, J. Krebs, A. Orgiazzi, D. Routh, B. Schwarz, E. M. Bach, J. M. Bennett, U. Brose, T. Decaëns, B. König-Ries, M. Loreau, J. Mathieu, C. Mulder, W. H. van der Putten, K. S. Ramirez, M. C. Rillig, D. Russell, M. Rutgers, M. P. Thakur, F. T. de Vries, D. H. Wall, D. A. Wardle, M. Arai, F. O. Ayuke, G. H. Baker, R. Beauséjour, J. C. Bedano, K. Birkhofer, E. Blanchart, B. Blossey, T. Bolger, R. L. Bradley, M. A. Callaham, Y. Capowiez, M. E. Caulfield, A. Choi, F. V. Crotty, J. M. Crumsey, A. Dávalos, D. J. D. Cosin, A. Dominguez, A. E. Duhour, N. van Eekeren, C. Emmerling, L. B. Falco, R. Fernández, S. J. Fonte, C. Fragoso, A. L. C. Franco, M. Fugère, A. T. Fusilero, S. Gholami, M. J. Gundale, M. G. López, D. K. Hackenberger, L. M. Hernández, T. Hishi, A. R. Holdsworth, M. Holmstrup, K. N. Hopfensperger, E. H. Lwanga, V. Huhta, T. T. Hurisso, B. V. Iannone, M. Iordache, M. Joschko, N. Kaneko, R. Kanianska, A. M. Keith, C. A. Kelly, M. L. Kernecker, J. Klaminder, A. W. Koné, Y. Kooch, S. T. Kukkonen, H. Lalthanzara, D. R. Lammel, I. M. Lebedev, Y. Li, J. B. J. Lidon, N. K. Lincoln, S. R. Loss, R. Marichal, R. Matula, J. H. Moos, G. Moreno, A. Morón-Ríos, B. Muys, J. Neirynck, L. Norgrove, M. Novo, V. Nuutinen, V. Nuzzo, J. Pansu, S. Paudel, G. Pérès, L. Pérez-Camacho, R. Piñeiro, J.-F. Ponge, M. I. Rashid, S. Rebollo, J. Rodeiro-Iglesias, M. Á. Rodríguez, A. M. Roth, G. X. Rousseau, A. Rozen, E. Sayad, L. van Schaik, B. C. Scharenbroch, M. Schirrmann, O. Schmidt, B. Schröder, J. Seeber, M. P. Shashkov, J. Singh, S. M. Smith, M. Steinwandter, J. A. Talavera, D. Trigo, J. Tsukamoto, A. W. de Valença, S. J. Vanek, I. Virto, A. A. Wackett, M. W. Warren, N. H. Wehr, J. K. Whalen, M. B. Wironen, V. Wolters, I. V. Zenkova, W. Zhang, E. K. Cameron, N. Eisenhauer, Global distribution of earthworm diversity. Science 366, 480–485 (2019). PubMed PMC

L. D. Fernández, B. Fournier, R. Rivera, E. Lara, E. A. D. Mitchell, C. E. Hernández, Water–energy balance, past ecological perturbations and evolutionary constraints shape the latitudinal diversity gradient of soil testate amoebae in south-western South America. Glob. Ecol. Biogeogr. 25, 1216–1227 (2016).

J. Zhang, Y. Feng, F. T. Maestre, M. Berdugo, J. Wang, C. Coleine, T. Sáez-Sandino, L. García-Velázquez, B. K. Singh, M. Delgado-Baquerizo, Water availability creates global thresholds in multidimensional soil biodiversity and functions. Nat. Ecol. Evol. 7, 1002–1011 (2023). PubMed

T. Niskanen, R. Lücking, A. Dahlberg, E. Gaya, L. Suz, V. Mikryukov, K. Liimatainen, K. Druzhinina, J. Westrio, G. Mueller, K. Martins-Cunha, P. M. Kirk, L. Tedersoo, A. Antonelli, Pushing the frontiers of biodiversity research: Unveiling the global diversity, distribution, and conservation of fungi. Annu. Rev. Env. Resour. 48, (2023).

R. H. Nilsson, M. Ryberg, C. Wurzbacher, L. Tedersoo, S. Anslan, S. Põlme, V. Spirin, V. Mikryukov, S. Svantesson, M. Hartmann, C. Lennartsdotter, P. Belford, M. Khomich, A. Retter, N. Corcoll, D. G. Martinez, T. Jansson, M. Ghobad-Nejhad, D. Vu, M. Sanchez-Garcia, E. Kristiansson, K. Abarenkov, How, not if, is the question mycologists should be asking about DNA-based typification. MycoKeys 96, 143–157 (2023). PubMed PMC

M. Vasar, J. Davison, S. K. Sepp, J. Oja, S. Al-Quraishy, C. G. Bueno, J. J. Cantero, E. C. Fabiano, G. Decocq, L. Fraser, I. Hiiesalu, W. N. Hozzein, K. Koorem, M. Moora, L. Mucina, V. Onipchenko, M. Opik, M. Partel, C. Phosri, T. Vahter, L. Tedersoo, M. Zobel, Global taxonomic and phylogenetic assembly of AM fungi. Mycorrhiza 32, 135–144 (2022). PubMed

L. Tedersoo, M. Bahram, M. Toots, A. G. Diédhiou, T. W. Henkel, R. Kjøller, M. H. Morris, K. Nara, E. Nouhra, K. G. Peay, S. Põlme, M. Ryberg, M. E. Smith, U. Kõljalg, Towards global patterns in the diversity and community structure of ectomycorrhizal fungi. Mol. Ecol. 21, 4160–4170 (2012). PubMed

K. K. Newsham, D. W. Hopkins, L. C. Carvalhais, P. T. Fretwell, S. P. Rushton, A. G. O’Donnell, P. G. Dennis, Relationship between soil fungal diversity and temperature in the maritime Antarctic. Nat. Clim. Change 6, 182–186 (2016).

M. Delgado-Baquerizo, C. A. Guerra, C. Cano-Diaz, E. Egidi, J. T. Wang, N. Eisenhauer, B. K. Singh, F. T. Maestre, The proportion of soil-borne pathogens increases with warming at the global scale. Nat. Clim. Change 10, 550–554 (2020).

J. van Ruijven, E. Ampt, D. Francioli, L. Mommer, Do soil-borne fungal pathogens mediate plant diversity–productivity relationships? Evidence and future opportunities. J. Ecol. 108, 1810–1821 (2020).

M. Faticov, M.-L. Desprez-Loustau, L. Kiss, M. Massot, J. F. d’Arcier, J. Mutz, M. Z. Németh, T. Roslin, A. J. M. Tack, Niche differentiation within a cryptic pathogen complex: Climatic drivers and hyperparasitism at multiple spatial scales. Ecography 2022, e06062 (2022).

M. Labouyrie, C. Ballabio, F. Romero, P. Panagos, A. Jones, M. W. Schmid, V. Mikryukov, O. Dulya, L. Tedersoo, M. Bahram, E. Lugato, M. G. A. van der Heijden, A. Orgiazzi, Patterns in soil microbial diversity across Europe. Nat. Commun. 14, 3311 (2023). PubMed PMC

A. Rokas, Evolution of the human pathogenic lifestyle in fungi. Nat. Microbiol. 7, 607–619 (2022). PubMed PMC

M. R. Helmus, T. J. Bland, C. K. Williams, A. R. Ives, Phylogenetic measures of biodiversity. Am. Nat. 169, E68–E83 (2007). PubMed

L. J. Pollock, D. F. Rosauer, A. H. Thornhill, H. Kujala, M. D. Crisp, J. T. Miller, M. A. McCarthy, Phylogenetic diversity meets conservation policy: Small areas are key to preserving eucalypt lineages. Philos. Trans. R. Soc. B Biol. Sci. 370, 20140007 (2015). PubMed PMC

J. C. Massante, L. Götzenberger, K. Takkis, T. Hallikma, A. Kaasik, L. Laanisto, M. J. Hutchings, P. Gerhold, Contrasting latitudinal patterns in phylogenetic diversity between woody and herbaceous communities. Sci. Rep. 9, 6443 (2019). PubMed PMC

P. G. Kennedy, P. B. Matheny, K. M. Ryberg, T. W. Henkel, J. K. Uehling, M. E. Smith, Scaling up: Examining the macroecology of ectomycorrhizal fungi. Mol. Ecol. 21, 4151–4154 (2012). PubMed

S. Sanchez-Ramirez, R. S. Etienne, J. M. Moncalvo, High speciation rate at temperate latitudes explains unusual diversity gradients in a clade of ectomycorrhizal fungi. Evolution 69, 2196–2209 (2015). PubMed

L. Tedersoo, V. Mikryukov, A. Zizka, M. Bahram, N. Hagh-Doust, S. Anslan, O. Prylutskyi, M. Delgado-Baquerizo, F. T. Maestre, J. Pärn, M. Öpik, M. Moora, M. Zobel, M. Espenberg, Ü. Mander, A. N. Khalid, A. Corrales, A. Agan, A.-M. Vasco-Palacios, A. Saitta, A. C. Rinaldi, A. Verbeken, B. P. Sulistyo, B. Tamgnoue, B. Furneaux, C. D. Ritter, C. Nyamukondiwa, C. Sharp, C. Marín, D. Gohar, D. Klavina, D. Sharmah, D. Q. Dai, E. Nouhra, E. M. Biersma, E. Rähn, E. K. Cameron, E. De Crop, E. Otsing, E. A. Davydov, F. E. Albornoz, F. Q. Brearley, F. Buegger, G. Zahn, G. Bonito, I. Hiiesalu, I. C. Barrio, J. Heilmann-Clausen, J. Ankuda, J. Y. Kupagme, J. G. Maciá-Vicente, J. D. Fovo, J. Geml, J. M. Alatalo, J. Alvarez-Manjarrez, K. Põldmaa, K. Runnel, K. Adamson, K. A. Bråthen, K. Pritsch, K. I. Tchan, K. Armolaitis, K. D. Hyde, K. K. Newsham, K. Panksep, A. A. Lateef, L. Tiirmann, L. Hansson, L. J. Lamit, M. Saba, M. Tuomi, M. Gryzenhout, M. Bauters, M. Piepenbring, N. Wijayawardene, N. S. Yorou, O. Kurina, P. E. Mortimer, P. Meidl, P. Kohout, R. H. Nilsson, R. Puusepp, R. Drenkhan, R. Garibay-Orijel, R. Godoy, S. Alkahtani, S. Rahimlou, S. V. Dudov, S. Põlme, S. Ghosh, S. Mundra, T. Ahmed, T. Netherway, T. W. Henkel, T. Roslin, V. Nteziryayo, V. E. Fedosov, V. G. Onipchenko, W. A. E. Yasanthika, Y. W. Lim, N. A. Soudzilovskaia, A. Antonelli, U. Kõljalg, K. Abarenkov, Global patterns in endemicity and vulnerability of soil fungi. Glob. Change Biol. 28, 6696–6710 (2022). PubMed PMC

E. Dinerstein, D. Olson, A. Joshi, C. Vynne, N. D. Burgess, E. Wikramanayake, N. Hahn, S. Palminteri, P. Hedao, R. Noss, M. Hansen, H. Locke, E. C. Ellis, B. Jones, C. V. Barber, R. Hayes, C. Kormos, V. Martin, E. Crist, W. Sechrest, L. Price, J. E. M. Baillie, D. Weeden, K. Suckling, C. Davis, N. Sizer, R. Moore, D. Thau, T. Birch, P. Potapov, S. Turubanova, A. Tyukavina, N. de Souza, L. Pintea, J. C. Brito, O. A. Llewellyn, A. G. Miller, A. Patzelt, S. A. Ghazanfar, J. Timberlake, H. Klöser, Y. Shennan-Farpón, R. Kindt, J.-P. B. Lillesø, P. van Breugel, L. Graudal, M. Voge, K. F. Al-Shammari, M. Saleem, An ecoregion-based approach to protecting half the terrestrial realm. Bioscience 67, 534–545 (2017). PubMed PMC

C. Rahbek, M. K. Borregaard, A. Antonelli, R. K. Colwell, B. G. Holt, D. Nogues-Bravo, C. M. Ø. Rasmussen, K. Richardson, M. T. Rosing, R. J. Whittaker, J. Fjeldså, Building mountain biodiversity: Geological and evolutionary processes. Science 365, 1114–1119 (2019). PubMed

R. H. Nilsson, K.-H. Larsson, A. F. S. Taylor, J. Bengtsson-Palme, T. S. Jeppesen, D. Schigel, P. Kennedy, K. Picard, F. O. Glöckner, L. Tedersoo, I. Saar, U. Kõljalg, K. Abarenkov, The UNITE database for molecular identification of fungi: Handling dark taxa and parallel taxonomic classifications. Nucleic Acids Res. 47, D259–D264 (2019). PubMed PMC

A. Stein, K. Gerstner, H. Kreft, Environmental heterogeneity as a universal driver of species richness across taxa, biomes and spatial scales. Ecol. Lett. 17, 866–880 (2014). PubMed

A. S. Gardner, I. M. D. Maclean, K. J. Gaston, Climatic predictors of species distributions neglect biophysiologically meaningful variables. Divers. Distrib. 25, 1318–1333 (2019).

R. H. MacArthur, E. O. Wilson, The Theory of Island Biogeography (Princeton University Press, REV-Revised., 1967); www.jstor.org/stable/j.ctt19cc1t2.

L. Cai, H. Kreft, A. Taylor, P. Denelle, J. Schrader, F. Essl, M. van Kleunen, J. Pergl, P. Pyšek, A. Stein, M. Winter, J. F. Barcelona, N. Fuentes, D. N. Inderjit, J. Karger, A. Kartesz, M. Kuprijanov, D. Nishino, A. Nickrent, A. Nowak, P. B. Patzelt, P. Pelser, J. J. Singh, P. W. Wieringa, Global models and predictions of plant diversity based on advanced machine learning techniques. New Phytol. 237, 1432–1445 (2022). PubMed

A. Antonelli, W. D. Kissling, S. G. A. Flantua, M. A. Bermúdez, A. Mulch, A. N. Muellner-Riehl, H. Kreft, H. P. Linder, C. Badgley, J. Fjeldså, S. A. Fritz, C. Rahbek, F. Herman, H. Hooghiemstra, C. Hoorn, Geological and climatic influences on mountain biodiversity. Nat. Geosci. 11, 718–725 (2018).

Wenner-Gren Foundation for Anthropological Research, D. M. Hopkins, Eds., Paleoecology of Beringia (Academic Press, 1982).

D. N. Karger, O. Conrad, J. Böhner, T. Kawohl, H. Kreft, R. W. Soria-Auza, N. E. Zimmermann, H. P. Linder, M. Kessler, Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. Sci. Data 4, 170122 (2017). PubMed PMC

P. O. Title, J. B. Bemmels, ENVIREM: An expanded set of bioclimatic and topographic variables increases flexibility and improves performance of ecological niche modeling. Ecography 41, 291–307 (2018).

S. Noce, L. Caporaso, M. Santini, A new global dataset of bioclimatic indicators. Sci. Data. 7, 398 (2020). PubMed PMC

J. J. Lembrechts, J. Aalto, M. B. Ashcroft, P. De Frenne, M. Kopecký, J. Lenoir, M. Luoto, I. M. D. Maclean, O. Roupsard, E. Fuentes-Lillo, R. A. García, L. Pellissier, C. Pitteloud, J. M. Alatalo, S. W. Smith, R. G. Björk, L. Muffler, A. R. Backes, S. Cesarz, F. Gottschall, J. Okello, J. Urban, R. Plichta, M. Svátek, S. S. Phartyal, S. Wipf, N. Eisenhauer, M. Pușcaș, P. D. Turtureanu, A. Varlagin, R. D. Dimarco, A. S. Jump, K. Randall, E. Dorrepaal, K. Larson, J. Walz, L. Vitale, M. Svoboda, R. F. Higgens, A. H. Halbritter, S. R. Curasi, I. Klupar, A. Koontz, W. D. Pearse, E. Simpson, M. Stemkovski, B. J. Graae, M. V. Sørensen, T. T. Høye, M. R. F. Calzado, J. Lorite, M. Carbognani, M. Tomaselli, T. G. W. Forte, A. Petraglia, S. Haesen, B. Somers, K. Van Meerbeek, M. P. Björkman, K. Hylander, S. Merinero, M. Gharun, N. Buchmann, J. Dolezal, R. Matula, A. D. Thomas, J. J. Bailey, D. Ghosn, G. Kazakis, M. A. de Pablo, J. Kemppinen, P. Niittynen, L. Rew, T. Seipel, C. Larson, J. D. M. Speed, J. Ardö, N. Cannone, M. Guglielmin, F. Malfasi, M. Y. Bader, R. Canessa, A. Stanisci, J. Kreyling, J. Schmeddes, L. Teuber, V. Aschero, M. Čiliak, F. Máliš, P. De Smedt, S. Govaert, C. Meeussen, P. Vangansbeke, K. Gigauri, A. Lamprecht, H. Pauli, K. Steinbauer, M. Winkler, M. Ueyama, M. A. Nuñez, T.-M. Ursu, S. Haider, R. E. M. Wedegärtner, M. Smiljanic, M. Trouillier, M. Wilmking, J. Altman, J. Brůna, L. Hederová, M. Macek, M. Man, J. Wild, P. Vittoz, M. Pärtel, P. Baraňok, R. Kanka, J. Kollár, A. Palaj, A. Barros, A. C. Mazzolari, M. Bauters, P. Boeckx, J.-L. B. Alonso, S. Zong, V. Di Cecco, Z. Sitková, K. Tielbörger, L. van den Brink, R. Weigel, J. Homeier, C. J. Dahlberg, S. Medinets, V. Medinets, H. J. De Boeck, M. Portillo-Estrada, L. T. Verryckt, A. Milbau, G. N. Daskalova, H. J. D. Thomas, I. H. Myers-Smith, B. Blonder, J. G. Stephan, P. Descombes, F. Zellweger, E. R. Frei, B. Heinesch, C. Andrews, J. Dick, L. Siebicke, A. Rocha, R. A. Senior, C. Rixen, J. J. Jimenez, J. Boike, A. Pauchard, T. Scholten, B. Scheffers, D. Klinges, E. W. Basham, J. Zhang, Z. Zhang, C. Géron, F. Fazlioglu, O. Candan, J. S. Bravo, F. Hrbacek, K. Laska, E. Cremonese, P. Haase, F. E. Moyano, C. Rossi, I. Nijs, SoilTemp: A global database of near-surface temperature. Glob. Change Biol. 26, 6616–6629 (2020). PubMed

J. T. Abatzoglou, S. Z. Dobrowski, S. A. Parks, K. C. Hegewisch, TerraClimate, a high-resolution global dataset of monthly climate and climatic water balance from 1958–2015. Sci. Data 5, 170191 (2018). PubMed PMC

L. Poggio, L. M. de Sousa, N. H. Batjes, G. B. M. Heuvelink, B. Kempen, E. Ribeiro, D. Rossiter, SoilGrids 2.0: Producing soil information for the globe with quantified spatial uncertainty. Soil 7, 217–240 (2021).

D. M. Olson, E. Dinerstein, E. D. Wikramanayake, N. D. Burgess, G. V. N. Powell, E. C. Underwood, J. A. D’Amico, I. Itoua, H. E. Strand, J. C. Morrison, C. J. Loucks, T. F. Allnutt, T. H. Ricketts, Y. Kura, J. F. Lamoreux, W. W. Wettengel, P. Hedao, K. R. Kassem, Terrestrial ecoregions of the World: A new map of life on Earth. Bioscience 51, 933–938 (2001).

L. Tedersoo, B. Lindahl, Fungal identification biases in microbiome projects. Environ. Microbiol. Rep. 8, 774–779 (2016). PubMed

T. Rognes, T. Flouri, B. Nichols, C. Quince, F. Mahé, VSEARCH: A versatile open source tool for metagenomics. PeerJ 4, e2584 (2016). PubMed PMC

A. R. Rivers, K. C. Weber, T. G. Gardner, S. Liu, S. D. Armstrong, ITSxpress: Software to rapidly trim internally transcribed spacer sequences with quality scores for marker gene analysis. F1000Research 7, 1418 (2018). PubMed PMC

M. Blaxter, J. Mann, T. Chapman, F. Thomas, C. Whitton, R. Floyd, E. Abebe, Defining operational taxonomic units using DNA barcode data. Philos. Trans. R. Soc. B Biol. Sci. 360, 1935–1943 (2005). PubMed PMC

V. Mikryukov, S. Anslan, L. Tedersoo, NextITS: A pipeline for metabarcoding fungi and other eukaryotes with full-length ITS sequenced with PacBio (2023); https://github.com/vmikk/NextITS.

D. Vu, R. H. Nilsson, G. J. M. Verkley, Dnabarcoder: An open-source software package for analysing and predicting DNA sequence similarity cutoffs for fungal sequence identification. Mol. Ecol. Resour. 22, 2793–2809 (2022). PubMed PMC

L. Beule, P. Karlovsky, Improved normalization of species count data in ecology by scaling with ranked subsampling (SRS): Application to microbial communities. PeerJ 8, e9593 (2020). PubMed PMC

L. Tedersoo, S. Sanchez-Ramirez, U. Kõljalg, M. Bahram, M. Doring, D. Schigel, T. May, M. Ryberg, K. Abarenkov, High-level classification of the fungi and a tool for evolutionary ecological analyses. Fungal Divers 90, 135–159 (2018).

C. Tsirogiannis, B. Sandel, PhyloMeasures: A package for computing phylogenetic biodiversity measures and their statistical moments. Ecography 39, 709–714 (2016).

D. Gudex-Cross, L. Zhu, S. R. Keyser, B. Zuckerberg, J. N. Pauli, V. C. Radeloff, Winter conditions structure extratropical patterns of species richness of amphibians, birds and mammals globally. Glob. Ecol. Biogeogr. 31, 1366–1380 (2022).

K. Ivushkin, H. Bartholomeus, A. K. Bregt, A. Pulatov, B. Kempen, L. de Sousa, Global mapping of soil salinity change. Remote Sens. Environ. 231, 111260 (2019).

S. E. Fick, R. J. Hijmans, WorldClim 2: New 1-km spatial resolution climate surfaces for global land areas. Int. J. Climatol. 37, 4302–4315 (2017).

M. Buchhorn, M. Lesiv, N.-E. Tsendbazar, M. Herold, L. Bertels, B. Smets, Copernicus Global Land cover layers—Collection 2. Remote Sens. (Basel) 12, 1044 (2020).

N. A. Soudzilovskaia, P. M. van Bodegom, C. Terrer, M. van’t Zelfde, I. McCallum, M. L. McCormack, J. B. Fisher, M. C. Brundrett, N. C. de Sá, L. Tedersoo, Global mycorrhizal plant distribution linked to terrestrial carbon stocks. Nat. Commun. 10, 5077 (2019). PubMed PMC

A. Toussaint, G. Bueno, J. Davison, M. Moora, L. Tedersoo, M. Zobel, M. Öpik, M. Pärtel, Asymmetric patterns of global diversity among plants and mycorrhizal fungi. J. Veg. Sci. 31, 355–366 (2020).

B. M. Benito, spatialRF: Easy Spatial Regression with Random Forest (2021); https://blasbenito.github.io/spatialRF/.

M. B. Kursa, W. R. Rudnicki, Feature selection with the boruta package. J. Stat. Softw. 36, 1–13 (2010).

T. Chen, C. Guestrin, XGBoost: A scalable tree boosting system, in Proceedings of the 22nd ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, KDD ‘16 (Association for Computing Machinery, 2016), pp. 785–794.

M. Lang, M. Binder, J. Richter, P. Schratz, F. Pfisterer, S. Coors, Q. Au, G. Casalicchio, L. Kotthoff, B. Bischl, mlr3: A modern object-oriented machine learning framework in R. J. Open Source Softw. 4, 1903 (2019).

M. Becker, M. Binder, B. Bischl, L. Kotthoff, M. Lang, F. Pfisterer, N. G. Reich, J. Richter, P. Schratz, R. Sonabend, D. Pulatov, mlr3: A modern object-oriented machine learning framework in R (2021); https://mlr3book.mlr-org.com/.

T. Hengl, R. A. MacMillan, Predictive soil mapping with R (OpenGeoHub Foundation, 2019); https://soilmapper.org/.

B. Greenwell, fastshap: Fast approximate Shapley values (2023); https://github.com/bgreenwell/fastshap.

R. J. Hijmans, terra: Spatial data analysis (2023); https://rspatial.org/.

O. Perpiñán, R. J. Hijmans, rasterVis package (2023); https://oscarperpinan.github.io/rastervis/.

T. Wei, V. Simko, R package “corrplot”: Visualization of a correlation matrix (2021); https://github.com/taiyun/corrplot.

H. Meyer, E. Pebesma, Predicting into unknown space? Estimating the area of applicability of spatial prediction models. Methods Ecol. Evol. 12, 1620–1633 (2021).

B. H. Daru, P. C. le Roux, J. Gopalraj, D. S. Park, B. G. Holt, M. Greve, Spatial overlaps between the global protected areas network and terrestrial hotspots of evolutionary diversity. Glob. Ecol. Biogeogr. 28, 757–766 (2019).

S. N. Wood, Fast stable restricted maximum likelihood and marginal likelihood estimation of semiparametric generalized linear models. J. R. Stat. Soc. Ser. B Stat. Methodol. 73, 3–36 (2011).

J. J. Lennon, P. Koleff, J. J. D. GreenwooD, K. J. Gaston, The geographical structure of British bird distributions: Diversity, spatial turnover and scale. J. Anim. Ecol. 70, 966–979 (2001).

B. G. Holt, J.-P. Lessard, M. K. Borregaard, S. A. Fritz, M. B. Araújo, D. Dimitrov, P.-H. Fabre, C. H. Graham, G. R. Graves, K. A. Jønsson, D. Nogués-Bravo, Z. Wang, R. J. Whittaker, J. Fjeldså, C. Rahbek, An update of Wallace’s zoogeographic regions of the world. Science 339, 74–78 (2013). PubMed

B. H. Daru, P. Karunarathne, K. Schliep, phyloregion: R package for biogeographical regionalization and macroecology. Methods Ecol. Evol. 11, 1483–1491 (2020).

J. Oksanen, G. L. Simpson, F. G. Blanchet, R. Kindt, P. Legendre, P. R. Minchin, R. B. O’Hara, P. Solymos, M. H. H. Stevens, E. Szoecs, H. Wagner, M. Barbour, M. Bedward, B. Bolker, D. Borcard, G. Carvalho, M. Chirico, M. D. Caceres, S. Durand, H. B. A. Evangelista, R. FitzJohn, M. Friendly, B. Furneaux, G. Hannigan, M. O. Hill, L. Lahti, D. McGlinn, M.-H. Ouellette, E. R. Cunha, T. Smith, A. Stier, C. J. F. T. Braak, J. Weedon, vegan: Community Ecology Package (2023); https://github.com/vegandevs/vegan.

M. J. Anderson, Permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA), in Wiley StatsRef: Statistics Reference Online, N. Balakrishnan, T. Colton, B. Everitt, W. Piegorsch, F. Ruggeri, J. L. Teugels, Eds. (Wiley, ed. 1, 2017), pp. 1–15.

K. Mokany, C. Ware, S. N. C. Woolley, S. Ferrier, M. C. Fitzpatrick, A working guide to harnessing generalized dissimilarity modelling for biodiversity analysis and conservation assessment. Glob. Ecol. Biogeogr. 31, 802–821 (2022).

M. J. Anderson, Distance-based tests for homogeneity of multivariate dispersions. Biometrics 62, 245–253 (2006). PubMed

D. Lüdecke, M. Ben-Shachar, I. Patil, D. Makowski, Extracting, computing and exploring the parameters of statistical models using R. J. Open Source Softw. 5, 2445 (2020).

E. Pebesma, Simple features for R: Standardized support for spatial vector data. R J. 10, 439 (2018).

Nejnovějších 20 citací...

Zobrazit více v
Medvik | PubMed

The contribution of tropical long-term studies to mycology

. 2024 Nov 11 ; 15 (1) : 35. [epub] 20241111

Najít záznam

Citační ukazatele

Nahrávání dat ...

Možnosti archivace

Nahrávání dat ...