Control of common scab disease can be reached by resistant cultivars or suppressive soils. Both mechanisms are likely to translate into particular potato microbiome profiles, but the relative importance of each is not known. Here, microbiomes of bulk and tuberosphere soil and of potato periderm were studied in one resistant and one susceptible cultivar grown in a conducive and a suppressive field. Disease severity was suppressed similarly by both means yet, the copy numbers of txtB gene (coding for a pathogenicity determinant) were similar in both soils but higher in periderms of the susceptible cultivar from conducive soil. Illumina sequencing of 16S rRNA genes for bacteria (completed by 16S rRNA microarray approach) and archaea, and of 18S rRNA genes for micro-eukarytes showed that in bacteria, the more important was the effect of cultivar and diversity decreased from resistant cultivar to bulk soil to susceptible cultivar. The major changes occurred in proportions of Actinobacteria, Chloroflexi, and Proteobacteria. In archaea and micro-eukaryotes, differences were primarily due to the suppressive and conducive soil. The effect of soil suppressiveness × cultivar resistance depended on the microbial community considered, but differed also with respect to soil and plant nutrient contents particularly in N, S and Fe.
- MeSH
- Actinobacteria klasifikace genetika růst a vývoj patogenita MeSH
- Archaea klasifikace genetika růst a vývoj patogenita MeSH
- Chloroflexi klasifikace genetika růst a vývoj patogenita MeSH
- dusík metabolismus farmakologie MeSH
- eukaryotické buňky metabolismus MeSH
- faktory virulence genetika metabolismus MeSH
- genotypizační techniky MeSH
- mikrobiota genetika MeSH
- náchylnost k nemoci imunologie MeSH
- nemoci rostlin imunologie mikrobiologie MeSH
- odolnost vůči nemocem účinky léků MeSH
- Proteobacteria klasifikace genetika růst a vývoj patogenita MeSH
- půdní mikrobiologie * MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- RNA ribozomální 18S genetika MeSH
- síra metabolismus farmakologie MeSH
- Solanum tuberosum účinky léků imunologie mikrobiologie MeSH
- železo metabolismus farmakologie MeSH
- zemědělské plodiny MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- celoroční alergická rýma terapie MeSH
- ekzém terapie MeSH
- homeopatie MeSH
- komplementární terapie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladý dospělý MeSH
- síra * farmakologie terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- MeSH
- homeopatie * metody MeSH
- lidé MeSH
- síra * farmakologie terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Klíčová slova
- Sulfur,
- MeSH
- farmakopea homeopatická jako téma MeSH
- kožní nemoci terapie MeSH
- lidé MeSH
- metabolické nemoci terapie MeSH
- pruritus terapie MeSH
- síra farmakologie terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
