Cíl práce: Zhodnocení stavu a změny trendů ve výskytu invazivních onemocnění způsobených Haemophilus influenzae v České republice (ČR) v letech 1999–2020 s ohledem na zavedení očkování dětí proti H. influenzae sérotypu b (Hib) v roce 2001. Charakterizace kmenů multilokusovou sekvenční typizací (MLST) a hledání korelací mezi sérotypy, sekvenčními typy a skupinami pacientů či klinickými projevy onemocnění. Materiál a metody: Analyzováno bylo 623 invazivních kmenů H. influenzae zachycených v rámci surveillance invazivního hemofilového onemocnění v ČR. Pro všechny kmeny byly určeny biotypy na základě fenotypového projevu a sérotypy pomocí sklíčkové aglutinace se specifickými antiséry a-f. U 383 kmenů ze sbírky Národní referenční laboratoře pro hemofilové nákazy (NRL HEM) získaných v rámci surveillance v ČR byla provedena MLST s určením sekvenčních typů (ST). Pro analýzy byl dataset doplněn z databáze PubMLST 5 kmeny sérotypů vyskytujících se v ČR výjimečně nebo vůbec. Kalkulace podobnosti kmenů na základě MLST a dat o kmenu (sérotyp, biotyp, ST) a pacientovi (diagnóza, pohlaví, věk) byla provedena v programu BioNumerics 7.6. Výsledky: Po zavedení očkování proti Hib v roce 2001 došlo v následujících letech k dramatickému poklesu invazivních Hib onemocnění o více než 90 %. V letech 1999-2020 bylo v ČR zaznamenáno celkem 623 invazivních onemocnění způsobených H. influenzae, v posledních letech se jednalo o cca 20 invazivních onemocnění ročně. V současnosti jsou v ČR dominantní skupinou kmenů způsobující hemofilové invazivní onemocnění neopouzdřené kmeny (HiNT) následované kmeny sérotypů Hif a Hie. Nejběžnější manifestací hemofilového invazivního onemocnění byla před zavedením očkování meningitida, nyní je to sepse. Analyzovány byly sekvenční typy 383 kmenů ze sbírky NRL HEM získaných v rámci surveillance v ČR. Výsledky ukázaly vysokou klonálnost opouzdřených kmenů a diverzitu HiNT, což odpovídá i výsledkům jiných studií. Analýza podobnosti kmenů neukázala žádné prokazatelné vztahy mezi věkem pacientů či klinickou manifestací a sérotypy a konkrétními ST. Závěr: Z hlediska invazivních hemofilových onemocnění došlo k dramatické změně v důsledku očkování proti Hib po roce 2001, kdy došlo ke snížení onemocnění způsobených Hib z desítek na jednotky případů ročně. V posledních 10 letech je situace v ČR stabilní bez výrazných změn v počtech případů či v zastoupení sérotypů a odpovídá situaci v ostatních zemích Evropské unie. Pro sledování dalšího vývoje je žádoucí pokračovat v NRL HEM v surveillance invazivních onemocnění způsobených H. influenzae včetně molekulárně-biologické charakterizace kmenů. MLST je metoda umožňující charakterizaci kmenů na základě alelických variant vybraných housekeeping genů, avšak neumožňuje spojit konkrétní sekvenční typy H. influenzae se skupinami pacientů na základě věku, pohlaví či klinických projevů. V budoucnu by mohlo být možné identifikovat závislost onemocnění na konkrétních skupinách kmenů pomocí celogenomové sekvenace.

Aim: To assess the trends and changes in the incidence of invasive disease caused by Haemophilus influenzae in the Czech Republic (CR) between 1999 and 2020 with regard to the introduction of childhood vaccination against H. influenzae serotype b (Hib) in 2001. Characterization of strains by multilocus sequence typing (MLST) and search for correlations between serotypes, sequence types, and patient groups or clinical manifestations of the disease. Material and methods: A total of 623 invasive H. influenzae strains from surveillance of invasive Haemophilus disease in the Czech Republic were analysed. All strains were biotyped based on phenotypic characteristics and serotyped using slide agglutination with specific a-f antisera. Three hundred and eighty-three strains from the collection of the National Reference Laboratory for Haemophilus Infections (NRL HEM) originating from surveillance in the CR were analysed by MLST and assigned to sequence types (ST). For analyses, the dataset was supplemented with five strains from the PubMLST database of serotypes rarely or not at all found in the CR. Similarity calculations based on MLST and strain (serotype, biotype, ST) and patient (diagnosis, sex, age) data were performed in BioNumerics 7.6. Results: After the introduction of Hib vaccination in 2001, a dramatic decline of more than 90% was observed in invasive Hib disease over the following years. Between 1999 and 2020, a total of 623 cases of invasive disease caused by H. influenzae were recorded in the CR, with about 20 cases reported annually in recent years. At present, the dominant agents causing Haemophilus invasive disease in the CR are non-enveloped strains (HiNT) followed by strains of Hif and Hie serotypes. The most common manifestation of Haemophilus invasive disease in the pre-vaccination era was meningitis, while now it is sepsis. Sequence types of 383 strains from the NRL HEM collection originating from surveillance in the CR were analysed. The results showed high clonality of the encapsulated strains and diversity of HiNT strains, which is consistent with the results of others. Strain similarity analysis showed no demonstrable relationships between patient age or clinical manifestation and serotype and ST. Conclusion: In invasive Haemophilus disease, there has been a dramatic change as a result of Hib vaccination after 2001, with a reduction of cases caused by Hib from tens to units annually. In the last decade, the situation in the CR has been stable with no significant changes in the number of cases or in the representation of causative serotypes and is in line with the reports from other EU countries. In order to monitor further developments, it is desirable that the NRL HEM should continue the surveillance of invasive disease caused by H. influenzae, including molecular biological characteristics of strains. MLST allows the characterisation of strains based on allelic variants of selected housekeeping genes, but it does not allow the association of specific H. influenzae sequence types with patient age, sex or clinical manifestations. In the future, whole genome sequencing could be a useful tool for determining the correlation between the disease and specific strains.

• MeSH
• epidemiologické studie MeSH
• Haemophilus influenzae * izolace a purifikace   MeSH
• hemofilové infekce * epidemiologie   prevence a kontrola   MeSH
• lidé MeSH
• sérotypizace MeSH
• surveillance populace MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Streptococcus pyogenes je patogen způsobující především hnisavé infekce faryngu a kůže, může však vyvolat i systémové infekce, které mohou být doprovázeny streptokokovým syndromem toxického šoku. Významnými faktory virulence produkovanými tímto agens jsou pyrogenní exotoxiny, tzv. superantigeny. Vyvolávají hyperstimulaci imunitního systému s masivní sekrecí prozánětlivých cytokinů, která může vyústit až v poškození tkání a selhání orgánů. Hlavním faktorem virulence S. pyogenes je M protein kódovaný genem emm, na jehož základě jsou kmeny členěny do emm typů. V Národní referenční laboratoři pro streptokokové nákazy bylo analyzováno celkem 27 klinických izolátů S. pyogenes z let 2018–2020, které patřily k 11 různým emm typům. Zjišťována byla přítomnost genů kódujících superantigeny – speA, speC, speG, speH, speI, speJ, speK, speL, speM, ssa a smeZ – pomocí polymerázové řetězové reakce v reálném čase (RT-PCR). Napříč analyzovanými kmeny byly identifikovány všechny testované geny kódující superantigeny. Počet superantigenů nesených izoláty se pohyboval mezi 0–6 geny. Jelikož nosičství konkrétních superantigenů je spojeno s emm typy, sledování distribuce superantigenů přináší cenná epidemiologická data o subtypech S. pyogenes v rámci emm typů.

Streptococcus pyogenes is a pathogen which causes mainly suppurative infections of the pharynx and skin but may also be involved in systemic infections, possibly accompanied by streptococcal toxic shock syndrome. Important virulence factors produced by this agent are pyrogenic exotoxins, the so-called superantigens. They induce hyperstimulation of the immune system with massive secretion of anti-inflammatory cytokines, which may even result in tissue damage and/or organ failure. The major virulence factor of S. pyogenes is M protein encoded by the emm gene, used as the basis for emm typing. The National Reference Laboratory for Streptococcal Infections analysed 27 clinical isolates of S. pyogenes from 2018–2020 assigned to 11 emm types. The real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) was used to detect the genes encoding superantigens – speA, speC, speG, speH, speI, speJ, speK, speL, speM, ssa, and smeZ. All the genes listed above were revealed across the study strains. The number of superantigens carried by the study isolates ranged from zero to six. As the carriage of specific superantigens is associated with emm types, the monitoring of superantigen distribution provides valuable epidemiological data on S. pyogenes subtypes within emm types.

• MeSH
• lidé MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• Streptococcus pyogenes * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• superantigeny izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

V programu surveillance bylo v roce 2020 hlášeno 20 závažných onemocnění způsobených Haemophilus influenzae. Do NRL pro hemofilové nákazy bylo odesláno k ověření 17 kmenů H. influenzae a tři izoláty DNA. Celková nemocnost činila 0,19/100000 obyvatel, nejvyšší byla ve věkové skupině 0–11 měsíců (0,90/100000 obyv.) a ve věkové skupině 65 let a více (0,51/100 000 obyv.). V souvislosti s invazivním H. influenzae onemocněním zemřeli čtyři pacienti, celková smrtnost činila 20 %. Nejčastější klinickou formou byla sepse (10 onemocnění) a meningitida (5 onemocnění). V roce 2020 bylo hlášeno jedno závažné onemocnění způsobené H. influenzae b (Hib), epiglotitidou onemocněl 5letý chlapec, který byl řádně očkovaný čtyřmi dávkami Hib vakcíny. V tomto případě se jednalo o skutečné selhání Hib vakcinace. Z klinického materiálu byl nejčastěji izolován neopouzdřený H. influenzae (HiNT), který způsobil 18 případů onemocnění (5 meningitid, 9 sepsí, 4 pneumonie). Opouzdřený H. influenzae f (Hif) byl původcem jedné sepse. Metodou multilokusové sekvenční typizace (MLST) byly určeny sekvenční typy u 17 izolátů H. influenzae (1 Hib, 1 Hif a15 neopouzdřených izolátů HiNT). Izolát Hib vykazoval sekvenční typ ST6 a izolát Hif sekvenční typ ST124. Dva z testovaných izolátů HiNT vykazovaly shodný sekvenční typ ST103 a dalších 13 izolátů HiNT různé sekvenční typy. U jednoho izolátu byl prokázán nový sekvenční typ ST2318. V letech 2009 - 2020 bylo celkem zaznamenáno 258 závažných onemocnění způsobených H. influenzae. Nejvyšší věkově specifická nemocnost byla opakovaně zjištěna u dětí do jednoho roku věku a starších osob (65 let a více). Závažné onemocnění způsobené H. influenzae bylo spojeno se smrtností v průměru 15,4 % (0-32 %). Ve sledovaném období byla nejčastěji hlášenou klinickou formou sepse (121 případů) a meningitida (69 případů). Nejčastějším původcem byl neopouzdřený HiNT, který vyvolal 152 onemocnění (59 %). Opouzdřený Hif byl původcem 24 závažných onemocnění (9 %) a opouzdřený Hie 14 závažných onemocnění (5 %). Opouzdřený kmen Hib způsobil ve sledovaném období pouze 12 závažných onemocnění (5 %). Identifikace 56 původců závažných onemocnění (22 %) probíhala jen na úroveň H. influenzae bez další typizace.

In 2020, 20 cases of invasive Haemophilus influenzae disease were reported to the surveillance programme. Seventeen Haemophilus influenzae (H. influenzae) strains and three DNA isolates were referred to the National Reference Laboratory for Haemophilus Infection for confirmation. The overall incidence rate was 0.19 per 100 000 population. The most afflicted age groups were 0–11 months (0.90/100 000) and 65 years and over (0.51/100 000). Four patients with H. influenzae disease died; the overall case fatality rate was 20 %. The most common clinical forms were sepsis (10 cases) and meningitis (five cases). One case of invasive H. influenzae b (Hib) disease was reported in 2020. A five-year boy duly vaccinated with four doses of Hib vaccine developed epiglottitis. This was an actual Hib vaccine failure. The most frequent clinical isolates were non-encapsulated H. influenzae (HiNT), which were recovered from 18 cases (five cases of meningitis, nine cases of sepsis, and four cases of pneumonia). Encapsulated H. influenzae f (Hif) was the cause of one case od sepsis. Using multilocus sequence typing (MLST), sequence types were identified in 17 H. influenzae isolates (one Hib, one Hif, and 15 non-encapsulated isolates HiNT). The Hib isolate was assigned to ST6 and the Hif isolate to ST124. Two of the HiNT isolates were ST103 while the others were assigned to different sequence types. One isolate belonged to a new sequence type, ST2318. Two hundred and fifty-eight cases of invasive H. influenzae disease were reported in 2009 to 2020. The highest age- -specific incidence was repeatedly found in children under one year of age and adults aged 65 years and over. The average case fatality rate was 15.4 % (range 0–32 %). The most frequent clinical forms in 2009–2020 were sepsis (121 cases) and meningitis (69 cases). The most common causative agent was non-encapsulated HiNT, responsible for 152 cases (59 %). Encapsulated Hif was isolated from 24 invasive cases (9 %) and encapsulated Hie from 14 invasive cases (5 %). Encapsulated Hib accounted for 12 invasive cases (5 %) over the study period. Fifty-six (22 %) invasive H. influenzae strains were identified only to the species level without further typing.

Despite extensive data demonstrating that immature retroviral particle assembly can take place either at the plasma membrane or at a distinct location within the cytoplasm, targeting of viral precursor proteins to either assembly site still remains poorly understood. Biochemical data presented here suggest that Tctex-1, a light chain of the molecular motor dynein, is involved in the intracellular targeting of Mason-Pfizer monkey virus (M-PMV) polyproteins to the cytoplasmic assembly site. Comparison of the three-dimensional structures of M-PMV wild-type matrix protein (wt MA) with a single amino acid mutant (R55F), which redirects assembly from a cytoplasmic site to the plasma membrane, revealed different mutual orientations of their C- and N-terminal domains. This conformational change buries a putative intracellular targeting motif located between both domains in the hydrophobic pocket of the MA molecule, thereby preventing the interaction with cellular transport mechanisms.

• MeSH
• biologické modely MeSH
• biologický transport MeSH
• buněčná membrána metabolismus   virologie   MeSH
• Cercopithecus aethiops MeSH
• COS buňky MeSH
• cytoplazma metabolismus   MeSH
• dyneiny metabolismus   MeSH
• fenotyp MeSH
• financování organizované MeSH
• genomová oblast t-komplexu MeSH
• jaderné proteiny fyziologie   chemie   metabolismus   MeSH
• lidé MeSH
• Masonův-Pfizerův opičí virus metabolismus   MeSH
• mutace MeSH
• proteiny asociované s mikrotubuly fyziologie   chemie   metabolismus   MeSH
• Retroviridae metabolismus   MeSH
• terciární struktura proteinů MeSH
• vazebná místa MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH

NMR spectroscopy, X-ray diffraction analysis, and quantum chemical calculations were used for conformational behavior study of partially alkylated thiacalix[4]arenes bearing methyl (1), ethyl (2), or propyl (3) groups at the lower rim. The conformational properties are governed by two basic effects: (i) stabilization by intramolecular hydrogen bonds, and (ii) sterical requirements of the alkoxy groups at the lower rim. While the monosubstituted derivatives 1a and 3a adopt the cone conformation in solution, distally disubstituted compounds 1b, 1'b, 2b, 2'b, 3b, and 3'b exhibit several interesting conformational features. They prefer pinched cone conformation in solution, and, except for 3'b, they form also 1,2-alternate conformation, which is flexible and undergoes rather fast transition between two identical structures. The crystal structures of the compounds 1b, 2b, 2'b, and 3b revealed yet quite rare 1,2-alternate conformation forming molecular channels held together by pi-pi interactions. Different channels-with hexagonal symmetry, 0.26 nm wide-are formed in the crystal structure of the pinched cone conformation of 3b. An uncommon hydrogen bonding pattern was found in dimethoxy and dipropoxy derivatives 1'b and 3'b that adopt distorted cone conformations in crystal. Trialkoxy-substituted compounds 1c and 3c adopt the partial cone conformation in solution. A higher mobility of methyl derivative 1c enables also existence of the cone conformer.

• MeSH
• alkylace MeSH
• fenoly chemie   MeSH
• financování organizované MeSH
• krystalografie rentgenová MeSH
• kvantová teorie MeSH
• magnetická rezonanční spektroskopie metody   MeSH
• molekulární konformace MeSH
• molekulární modely MeSH
• sulfidy chemie   MeSH