Příspěvek pojednává některé aspekty využívání programů pro statistickou analýzu. Ukazuje se, že vedle tradičních programových systému jako SPSS nebo STATISTICA se stále více prosazuje systém R se svým programovacím jazykem. Tento systém má dvě hlavní výhody. Je volně šiřitelný stejně jako programové balíčky, které jsou v něm vytvářeny. Existuje již několik tisíc programových balíčku v jazyce R pro nejrůznější úkoly statistické analýzy. Pojednáváme základy systému R a některé rozšiřující programové balíčky.

The paper discusses some aspects of using statistical analysis programs. Besides traditional program systems such as SPSS or STATISTICA, rising popularity of R system with its own programming language has been seen. This system entails two principal advantages. It can be freely distributed, similarly as its program packages created in its environment. Currently, several thousand program packages in the R language exist for varied tasks of statistical analysis. This paper discusses the basics of the R system, as well as some extension program packages.

• Klíčová slova
• systém R,
• MeSH
• automatizované zpracování dat metody   MeSH
• biomedicínský výzkum metody   MeSH
• programovací jazyk MeSH
• software MeSH
• statistika jako téma MeSH

The visual evaluation of data derived from screening and optimization experiments in the development of new analytical methods poses a considerable time investment and introduces the risk of subjectivity. This study presents a novel approach to processing such data, based on factor analysis of mixed data and hierarchical clustering - multivariate techniques implemented in the R programming language. The methodology is demonstrated in the early-stage screening and optimization of the chromatographic separation of 15 structurally diverse drugs that affect the central nervous system, using a custom R Language script. The presented explorative approach enabled the identification of key parameters affecting the separation and significantly reduced the time required to evaluate the comprehensive dataset from the screening experiments. Based on the data analysis results, the optimal combination of stationary phase and mobile phase composition was selected, considering retention, overall resolution, and peak shape of compounds. Additionally, compounds vulnerable to changes in selected chromatographic conditions were identified. As a complement to the presented R Language script, a web-based application ChromaFAMDeX has been developed to offer an intuitive interface that enhances the accessibility of the used statistical methods. Accompanying the publication, the R script and the link to the standalone application are provided, enabling replication and adaptation of the methodology.

• MeSH
• chromatografie kapalinová metody   MeSH
• multivariační analýza MeSH
• programovací jazyk * MeSH
• shluková analýza MeSH
• software MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• Klíčová slova
• Turbo Pascal,
• MeSH
• počítače MeSH
• programovací jazyk MeSH
• software MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Programování. Software
• NLK Obory
• technika

• MeSH
• dějiny 20. století MeSH
• jazyk (prostředek komunikace) * MeSH
• komunikace * MeSH
• lidé MeSH
• novodobá literatura * MeSH
• psaní MeSH
• rodina * MeSH
• schizofrenie (psychologie) * MeSH
• vztahy mezi otcem a dítětem MeSH
• Check Tag
• dějiny 20. století MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• biografie MeSH
• časopisecké články MeSH
• historické články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Československo MeSH

Citizen science projects store an enormous amount of information about species distribution, diversity and characteristics. Researchers are now beginning to make use of this rich collection of data. However, access to these databases is not always straightforward. Apart from the largest and international projects, citizen science repositories often lack specific Application Programming Interfaces (APIs) to connect them to the scientific environments. Thus, it is necessary to develop simple routines to allow researchers to take advantage of the information collected by smaller citizen science projects, for instance, programming specific packages to connect them to popular scientific environments (like R). Here, we present rAvis, an R-package to connect R-users with Proyecto AVIS (http://proyectoavis.com), a Spanish citizen science project with more than 82,000 bird observation records. We develop several functions to explore the database, to plot the geographic distribution of the species occurrences, and to generate personal queries to the database about species occurrences (number of individuals, distribution, etc.) and birdwatcher observations (number of species recorded by each collaborator, UTMs visited, etc.). This new R-package will allow scientists to access this database and to exploit the information generated by Spanish birdwatchers over the last 40 years.

• MeSH
• biodiverzita MeSH
• časové faktory MeSH
• databáze faktografické * MeSH
• dobrovolní pracovníci MeSH
• ekologie metody   MeSH
• internet MeSH
• populační dynamika MeSH
• programovací jazyk MeSH
• ptáci * MeSH
• software * MeSH
• výpočetní biologie metody   MeSH
• výzkumný projekt MeSH
• zeměpis MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Španělsko MeSH

• Klíčová slova
• R software, systém R,
• MeSH
• automatizované zpracování dat MeSH
• software MeSH
• statistika jako téma MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH
• příručky MeSH

• Konspekt
• Kombinatorika. Teorie grafů. Matematická statistika. Operační výzkum. Matematické modelování
• NLK Obory
• statistika, zdravotnická statistika

BACKGROUND: The Immunoglobulins (IG) and the T cell receptors (TR) play the key role in antigen recognition during the adaptive immune response. Recent progress in next-generation sequencing technologies has provided an opportunity for the deep T cell receptor repertoire profiling. However, a specialised software is required for the rational analysis of massive data generated by next-generation sequencing. RESULTS: Here we introduce tcR, a new R package, representing a platform for the advanced analysis of T cell receptor repertoires, which includes diversity measures, shared T cell receptor sequences identification, gene usage statistics computation and other widely used methods. The tool has proven its utility in recent research studies. CONCLUSIONS: tcR is an R package for the advanced analysis of T cell receptor repertoires after primary TR sequences extraction from raw sequencing reads. The stable version can be directly installed from The Comprehensive R Archive Network ( http://cran.r-project.org/mirrors.html ). The source code and development version are available at tcR GitHub ( http://imminfo.github.io/tcr/ ) along with the full documentation and typical usage examples.

• MeSH
• imunoglobuliny genetika   MeSH
• lidé MeSH
• programovací jazyk MeSH
• receptory antigenů T-buněk genetika   imunologie   MeSH
• sekvenční analýza DNA metody   MeSH
• software * MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• jazykové poruchy MeSH
• komunikace MeSH
• psycholingvistika MeSH
• vývoj řeči MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Psychologie
• NLK Obory
• psychologie, klinická psychologie

OBJECTIVE: We investigate machine translation (MT) of user search queries in the context of cross-lingual information retrieval (IR) in the medical domain. The main focus is on techniques to adapt MT to increase translation quality; however, we also explore MT adaptation to improve effectiveness of cross-lingual IR. METHODS AND DATA: Our MT system is Moses, a state-of-the-art phrase-based statistical machine translation system. The IR system is based on the BM25 retrieval model implemented in the Lucene search engine. The MT techniques employed in this work include in-domain training and tuning, intelligent training data selection, optimization of phrase table configuration, compound splitting, and exploiting synonyms as translation variants. The IR methods include morphological normalization and using multiple translation variants for query expansion. The experiments are performed and thoroughly evaluated on three language pairs: Czech-English, German-English, and French-English. MT quality is evaluated on data sets created within the Khresmoi project and IR effectiveness is tested on the CLEF eHealth 2013 data sets. RESULTS: The search query translation results achieved in our experiments are outstanding - our systems outperform not only our strong baselines, but also Google Translate and Microsoft Bing Translator in direct comparison carried out on all the language pairs. The baseline BLEU scores increased from 26.59 to 41.45 for Czech-English, from 23.03 to 40.82 for German-English, and from 32.67 to 40.82 for French-English. This is a 55% improvement on average. In terms of the IR performance on this particular test collection, a significant improvement over the baseline is achieved only for French-English. For Czech-English and German-English, the increased MT quality does not lead to better IR results. CONCLUSIONS: Most of the MT techniques employed in our experiments improve MT of medical search queries. Especially the intelligent training data selection proves to be very successful for domain adaptation of MT. Certain improvements are also obtained from German compound splitting on the source language side. Translation quality, however, does not appear to correlate with the IR performance - better translation does not necessarily yield better retrieval. We discuss in detail the contribution of the individual techniques and state-of-the-art features and provide future research directions.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• jazyk (prostředek komunikace) MeSH
• překládání * MeSH
• software MeSH
• ukládání a vyhledávání informací metody   MeSH
• umělá inteligence MeSH
• Unified Medical Language System MeSH
• zpracování přirozeného jazyka MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Feuersteinova metoda zlepšuje poznávací dovednosti člověka a jeho schopnost organizace informací. Podle autora není inteligence neměnnou strukturou, ale je možné s ní pracovat a rozvíjet ji.; Feuersteinova metoda zlepšuje poznávací dovednosti člověka a jeho schopnost organizace informací. Podle autora není inteligence neměnnou strukturou, ale je možné s ní pracovat a rozvíjet ji. V této knize autoři rozvíjejí Feuersteinovy principy, založené mj. na neurobiologických výzkumech, v přístupu k stimulaci a obohacení jazykového vývoje malých dětí a těch starších dětí a dospělých, kteří trpí mentální či jinou poruchou. Přístup je založen na principu samomluvy, resp. zprostředkované samomluvy, kdy je dítě účastno samomluvy dospělého (rodič, učitel, terapeut, vychovatel), což mimovolně rozvíjí jeho vlastní jazykové schopnosti. Klíčovým rysem metody je rezignace na interakci s dítětem – cílem není vtáhnout je do komunikace, ale držet ho v prostředí přirozeného jazyka (s dalšími prvky, jako je intonace, gesta, mimika…), které podněcují jeho vlastní schopnost jazykového rozvoje. Dalším krokem může být motivace dítěte k vlastní samomluvě, která je pro ně přijatelnější než komunikace s druhým, přičemž nejde o patologický jev, ale formu rozvoje.

• MeSH
• myšlení MeSH
• poruchy řeči MeSH
• řečová terapie MeSH
• speciální vzdělávání MeSH
• výchova a vzdělávání MeSH
• vývoj řeči MeSH
• vzdělávací modely MeSH
• Publikační typ
• populární práce MeSH

• Konspekt
• Výchova a vzdělávání
• NLK Obory
• pedagogika