RpsA Dotaz Zobrazit nápovědu
Bifidobacteria are widely known for their probiotic potential; however, little is known regarding the ecological significance and potential probiotic effects of the phylogenetically related 'scardovial' genera (Aeriscardovia, Alloscardovia, Bombiscardovia, Galliscardovia, Neoscardovia, Parascardovia, Pseudoscardovia and Scardovia) and Gardnerella classified with bifidobacteria within the Bifidobacteriaceae family. Accurate classification and genotyping of bacteria using certain housekeeping genes is possible, whilst current phylogenomic analyses allow for extremely precise classification. Studies of applicable genetic markers may provide results comparable to those obtained from phylogenomic analyses of the family Bifidobacteriaceae. Segments of the glyS (624 nucleotides), pheS (555 nucleotides), rpsA (630 nucleotides), and rpsB (432 nucleotides) genes and their concatenated sequence were explored. The mean glyS, pheS, rpsB and rpsA gene sequence similarities calculated for Bifidobacterium taxa were 84.8, 85.2, 90.2 and 86.8%, respectively. Interestingly, the average value of the Average Nucleotide Identity among 67 type strains of the family Bifidobacteriaceae (84.70%) calculated based on values published recently was in agreement with the average pairwise similarity (84.6%) among 75 type strains of Bifidobacteriaceae family computed in this study using the concatenated sequences of four gene fragments. Similar to phylogenomic analyses, several gene sequence and phylogenetic analyses revealed that concatenated gene regions allow for classification of Bifidobacteriaceae strains into particular phylogenetic clusters and groups. Phylogeny reconstructed from the concatenated sequences assisted in defining two novel phylogenetic groups, the Bifidobacterium psychraerophilum group consisting of B. psychraerophilum, Bifidobacterium crudilactis and Bifidobacterium aquikefiri species and the Bifidobacterium bombi group consisting of B. bombi, Bifidobacterium bohemicum and Bifidobacterium commune.
Gram-stain-positive, catalase and oxidase-negative and short rod-shaped bacterium C10 with occasional branching was isolated under strictly anaerobic conditions from the rumen fluid of a red deer (Cervus elaphus) in the course of study attempting to uncover new xylanolytic and cellulolytic rumen bacteria inhabiting the digestive tract of wild ruminants in the Czech Republic. The anaerobic M10 medium containing bovine rumen fluid and carboxymethylcellulose as a defined source of organic carbon was used in the process of bacterial isolation. The 16S rRNA gene similarity revealed recently characterized new species Actinomyces succiniciruminis Am4T (GenBank accession number of the gene retrieved from the complete genome: LK995506) and Actinomyces glycerinitolerans G10T (GenBank accession number from the complete genome: NZFQTT01000017) as the closest relatives (99.7 and 99.6% gene pairwise identity, respectively), followed by the Actinomyces ruminicola DSM 27982T (97.2%, in all compared fragment of 41468 pb). Due to the taxonomic affinity of the examined strain to both species A. succiniciruminis and A. glycerinitolerans, its taxonomic status towards these species was evaluated using variable regions of rpsA (length of 519 bp) and rplB (597 bp) gene sequences amplified based on specific primers designed so as to be applicable in differentiation, classification, and phylogeny of Actinomyces species/strains. Comparative analyses using rpsA and rplB showed 98.5 and 97.9% similarities of C10 to A. succiniciruminis, respectively, and 97.5 and 97.6% similarities to A. glycerinitolerans, respectively. Thus, gene identities revealed that the evaluated isolate C10 (=DSM 100236 = LMG 28777) is a little more related to the species A. succiniciruminis isolated from the rumen of a Holstein-Friesian cow than A. glycerinitolerans. Phylogenetic analyses confirmed affinity of strain C10 to both recently characterized species. Unfortunately, they did not allow the bacterial strain to be classified into a particular species. Phenotypic characterization suggested similar conclusions. This brief contribution is aimed at classification and detailed phenotypic characterization of bacterial strain C10 isolated from the rumen of a wild red deer exhibiting, from the point of view of Actinomyces species, noteworthy cellulolytic and xylanolytic activities.
- MeSH
- Actinomyces klasifikace genetika izolace a purifikace metabolismus MeSH
- bachor mikrobiologie MeSH
- bakteriální geny genetika MeSH
- celulosa metabolismus MeSH
- DNA bakterií genetika MeSH
- fenotyp MeSH
- fylogeneze MeSH
- mastné kyseliny analýza MeSH
- peptidoglykan analýza MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- vysoká zvěř mikrobiologie MeSH
- xylany metabolismus MeSH
- zastoupení bazí MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Východisko. Nové biočipové technologie umožňují současné sledování velkého počtu genů včetně semikvantita- tivního vyhodnocení jejich aktivity. V souvislosti s výzkumným zaměřením oddělění molekulární genetiky Ústavu hematologie jsme pomocí této nové techniky vyšetřili několik pacientů s diagnózou chronické myeloidní leukémie (CML), u které za jednu z hlavních patogenních změn je považován vznik fúzního bcr/abl genu, jehož produktem je protein s konstitutivní tyrozin kinázovou aktivitou, která se vymyká normální regulaci. Cílem studie bylo stanovení profilu genové exprese buněk periferní krve pacientů s chronickou myeloidní leukémií (s přestavbou bcr/abl) v době plně rozvinutého, ale ještě neléčeného onemocnění v porovnání s normálními buňkami zdravých osob. Metody a výsledky. Pro sledování genové exprese jsme využili Atlas Array technologii (firma CLONTECH), která zahrnuje izolaci RNA, přepis RNA na cDNA za současného radioaktivního značení 32 P. Radioaktivně značená cDNA byla hybridizována na Atlas Human Cancer cDNA Expression Array s 588 geny. Detekce signálů byla provedena autoradiograficky a pro vyhodnocení expresní aktivity byl použit software AtlasImage 1.5 (CLONTECH). Genová exprese byla studována u pěti pacientů s diagnózou CML a jedné kontrolní zdravé osoby. Z periferní krve byly izolovány leukocyty a u tří pacientů byly leukocyty separovány na granulocyty a mononukleární buňky. Genová exprese pacientů byla porovnána s genovou expresí kontrolní osoby. Expresní profily pacientů se dosti překrývaly a my jsme se zaměřili na největší rozdíly v expresi genů ve srovnání s kontrolou. Mezi geny, které u pacientů vykazovaly shodné změny v expresi, patří c-jun N-terminální kináza, MMP-8, MMP-9, integrin a E, integrin b, PDGF (zvýšená exprese) a ZAP-70, IRF1, MCL-1, STAT 5B, RARA, CDC25B, RPSA, TNFR (snížená exprese). Druhou skupinu tvoří geny, jejichž exprese se výrazně lišila od kontroly, ale u pacientů se vyskytují nepravidelně („jednotlivě”) - PCNA, MMP-17, CD59, rho G, CRAF1, PIG7 (zvýšená exprese) a notch, caspase 8, caspase 4, interleukin 6 receptor, rho B, TIMP1 (snížená exprese) atd. Závěry. Sledování expresních profilů u pacientů se stejnou diagnózou může přispět k odhalení genů, které participují na rozvoji daného onemocnění. Všeobecně se soudí, že ačkoliv je vznik bcr/abl fúzního genu hlavní příčinou, není jedinou determinantou určující rozvoj CML. Předkládaná studie vedla k odhalení změn genové exprese, které byly zřetelně vyjádřeny u všech pacientů a které lze proto považovat za typické, a ukázala změny vyjádřené jen v některých vzorcích. Ty ukazují na individuální variabilitu.
Background. The new technologies that have the DNA laboratory over recent years and the general progress in knowledge of the human genome, have allowed the simultaneous observation of the activity of a large number of genes. Chronic myeloid leukemia is characterized with abnormal tyrosine kinase activity of the fused bcr/abl gene, which is most often product of translocation between chromosomes 9 an 22. It is as yet unknown whether this is the only and sufficient cause of the disease, or whether other supporting and co-active abnormalities exist. It is also not yet clear whether an increase of proliferating activity or reduced programmed cell death plays the dominant role. The aim of this study was to make further steps in resolving the question as to which of these hypotheses fits better. Methods and Results. Membrane macroarrays (Clontech 7742-1: Human Cancer cDNA Expression Array with 588 gene probes) were used throughout the study, on which cDNA reverse-transcribed from total RNA in turn isolated from peripheral white blood cells and labelled with 32 P was hybridized. Cells obtained from 5 patients with confirmed diagnoses by cytogenetic and molecular (bcr/abl) analyses, but who had not yet been treated by chemotherapy, were the source of the material. In some cases mononuclears and granulocytes were also isolated by Ficoll-Paque centrifugation. Radioactivity was detected by autoradiography or by a Phosphorimager (Fujifilm FLA-2000). Comparison with normal gene expression (healthy donor) was made by subtraction using Clontech AtlaImage 1.5 software. Although changes of expression of identical genes were not observed in all of patients examined, the majority of them were concordant. Values at least double those of the controls applied to the activity of c-jun N-terminal kinase, MMP-8, MMP-9, integrin a E, integrin b and PDGF, whereas the expression of ZAP-70, IRF1, MCL-1, STAT 5B, RARA, CDC25B, RPSA, TNFR decreased. Increases of PCNA, MMP-17, CD59, rho G, CRAF1 and PIG7 or decreases of notch, caspase 8, caspase 4, interleukin 6 receptor, rho B and TIMP1 were observed only in some cell samples. Conclusions. It seems that some maturation processes and transmembrane signalling are blocked, as well as the effectors of apoptosis. On the other hand, the reduced activity of ZAP-70, IRF1 and MCL-1 also indicated that proliferation breaks were weakened. The involvement of both processes-released replication and ineffective apoptosis - was evident; the problem of bcr/abl gene fusion being the necessary first and sufficient step on the way towards developing chronic myeloid leukemia, however, remained unresolved.
Cíl: Retroperitoneální sarkom (RPS) představuje vzácný maligní nádor s vysokým rizikem recidiv a letálního průběhu onemocnění. Cílem studie je zhodnocení výsledků léčby měkko-tkáňových retroperitoneálních sarkomů. Materiál a metoda: Retrospektivně byla zhodnocena skupina 43 pacientů s RPS. Adjuvantní irradiace a chemoterapie byly podány všem pacientům s pozitivními chirurgickými okraji (PSM - positive surgical margin) a "high-grade" onemocněním. Zhodnotili jsme vliv PSM a "high-grade" onemocnění na riziko recidiv a na přežití pacientů. Medián sledování byl 60 (26-128) měsíců. Medián věku pacienta byl 61 (35-75) let. U dvanácti ze čtrnácti pacientů s "high-grade" onemocněním a u všech pacientů s PSM došlo k recidivě onemocnění. Jednomu pacientovi s "low-grade" onemocněním byla prokázána recidiva v podobě vzdálených metastáz. Výsledky: Celkové přežití bylo 84% a přežití bez známek onemocnění 69%. Celkové přežití vztažené ke gradingu onemocnění bylo 57% u "high-grade" a 96 % u "low-grade" leze. Závěr: Agresivní kompletní resekce je jedinou efektivní metodou léčby.
Aim: Retroperitoneal sarcoma (RPS) represents a rare malignant tumor with high risk of recurrences and lethal course of disease. The aim of the study is an evaluation of the results of the retroperitoneal soft tissue sarcomas treatment. Material and methods: A cohort of 43 patients treated for RPS was retrospectively analyzed. The adjuvant irradiation and chemotherapy was given all patients with positive surgical margin (PSM) and high-grade lesion. We assessed an influence of positive surgical margin and presence of high-grade RPS to risk of recurrence and survival. Median follow-up was 60 (26-128) months. The median age was 61 (35 015075) years. Twelve out of 14 patients with high-grade RPS had the recurrence. All patients with PSM experienced of a recurrence. One patient with the low-grade RPS had metastases as a primary recurrence. The overall survival was 84% and disease-free survival was 69%. Results: The overall survival of high-grade and low-grade RPS was 57% respective 96%. The aggressive complete resection is only effective method for prevention local recurrence. PSM had negative impact to local recurrence and high-grade RPS had negative impact to survival. Conclusion: Current adjuvant chemo and radiotherapy has very limited efficacy.
- Klíčová slova
- chemoterapie, high-grade leze, low-grade leze,
- MeSH
- adjuvantní chemoterapie metody využití MeSH
- adjuvantní radioterapie metody využití MeSH
- analýza přežití MeSH
- chirurgie operační metody využití MeSH
- lidé MeSH
- nádory podle histologického typu MeSH
- počítačová rentgenová tomografie využití MeSH
- radioterapie MeSH
- retroperitoneální prostor chirurgie patologie MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- sarkom diagnóza chirurgie klasifikace MeSH
- statistika jako téma MeSH
- výsledky a postupy - zhodnocení (zdravotní péče) MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
V rámci konference seznamujeme s e-learningovým kurzem “Management kvality ve zdravotnických organizacích”, který prošel akreditací příslušných ministerstev v několika státech EU. Současně předvedeme software “Simulační hra manažerských rolí – QM-RPS”. V současnosti jsou dostupné čtyři základní a deset volitelných modulů (různé kurzy/předměty v závislosti na individuálních požadavcích zákazníků). Kurz naplňje požadavky harmonizovaného schématu Evropské organizace pro kvalitu (EOQ) pro manažéry kvality. Ozřejmíme požadavek na potřebné zapojení laické komunity (občanů) do oblasti managementu kvality ve zdravotnickém prostředí. Kurz lze provozovat v rámci různých prostředí Webu. Předkládáme průběžné poznatky získané v rámci empirického výzkumu projektů Leonardo da Vinci SK 03/B/F/PP – 177014 “IMPROHEALTH", SK/06/3/F/PP – 177443 "IMPROHEALTH _COLLABORATIVE" and KEGA 3-4121-06 “Webové portály nástrojů, metod a případových studií managementu kvality, (“Web portal of tools, methods and case studies of the quality management".)
The aim of this paper is to present courseware "Quality Management in Healthcare Organization" supported by international projects and accredited by the respective ministries in some EU countries, and software "Quality Management Role-Play Simulation QM-RPS”. Four basic and ten optional modules (courses/subjects according to special custom requirements) have been developed. The course is in concert with the requirements of the harmonized scheme of the European Organization for Quality (EOQ) as related to quality nanagers. A claim for involvement of laypeople (citizens) in healthcare quality management will be discussed. Examples of "Quality Management in Healthcare" and application of Role-Play Simulation will be shown. The courseware and simulation can be embedded into different Web learning environments. We present ongoing and continuous knowledge acquired from theoretical and empirical research in projects Leonardo da Vinci SK 03/B/F/PP – 177014 “IMPROHEALTH", SK/06/3/F/PP – 177443 "IMPROHEALTH _COLLABORATIVE" and KEGA 3-4121-06 “Web portal of tools, methods and case studies of quality management".
V príspevku sa autorky zaoberajú použitím vhodných výskumných nástrojov pri detekcii vybraných rizikových faktorov diabetes mellitus 2. typu (výživa, pohybová aktivita, posúdenie BMI a prítomnosť diabetes mellitus v rodinnej anamnéze) u žien po prekonanom gestačnom diabetes mellitus. Predstavujú dva štruktúrované dotazníky. Prvým je michiganský dotazník voľne preložený ako „Vnímanie rizika vzniku diabetes adaptovaný pre ženy s anamnézou GDM“ (Risk Perception Survey for Developing Diabetes (RPS – DD), adapted for women with histories of gestational diabetes). Dotazník sa skladá zo súboru otázok, ktoré sa orientujú na mapovanie vnímania (uvedomenia si) rizika vzniku diabetes mellitus 2. typu u žien v budúcnosti. Druhým výskumným nástrojom je štruktúrovaný dotazník vypracovaný Ústavom preventívneho lekárstva Masarykovej univerzity v Brne pod názvom „Informujíci a motivujíci preventivní vyšetření“. Okrem posúdenia výživových zvyklostí obsahuje aj zhodnotenie pohybovej aktivity, konzumácie alkoholu, fajčenia, psychosociálnej záťaže, rodinnej anamnézy a vybrané klinické parametre (výška, hmotnosť). Analýza obidvoch dotazníkov ukázala, že pre použitie v našich podmienkach je pravdepodobne efektívnejší dotazník vypracovaný na Masarykovej univerzite v Brne.
