• Study of selected molecular-genetic markers (EGFR, K-RAS and B-RAF mutation, ALK rearrangements, C-MET and EGFR amplification, expression of Pgp, MRP and LRP-1 proteins) in patients with NSCLC for elucidating of their predictive and prognostic significance. • Examination of 250 retrospective patients and approximately 120 prospectively enrolled patients with operable NSCLC treated with adjuvant chemotherapy based on cisplatin. • Modification of standard laboratory tests to increase individual mutation detection. • Preparation of a draft algorithm of biomarker examination for patients with NSCLC usable prior to adjuvant chemotherapy with the aim of individualizing therapy.

• Studium vybraných molekulárně-genetických markerů (EGFR, K-RAS a B-RAF mutace, ALK přestavby, C-MET a EGFR amplifikace, exprese proteinů Pgp, MRP-1 a LRP) u pacientů s NSCLC s cílem objasnění jejich prediktivního a prognostického významu. • Vyšetření 250 pacientů z retrospektivního souboru a přibližně 120 prospektivně zařazených pacientů s operabilním NSCLC, léčených adjuvantní chemoterapií založenou na cisplatině. • Modifikace standardního laboratorního vyšetření pro zvýšení úspěšnosti záchytu jednotlivých mutací. • Na základě získaných výsledků připravit návrh algoritmu vyšetření jednotlivých biomarkerů u pacientů s NSCLC před zahájením adjuvantní chemoterapie se snahou o individualizaci léčby.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• algoritmy MeSH
• erbB receptory MeSH
• geny ras MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• imunohistochemie MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• maligní karcinoidní syndrom MeSH
• mezoteliom MeSH
• mutace MeSH
• myofibrom MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic farmakoterapie   chirurgie   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• protoonkogenní proteiny B-raf MeSH
• protoonkogenní proteiny c-met MeSH
• protoonkogenní proteiny c-myc MeSH
• receptory fibroblastových růstových faktorů MeSH
• translokace genetická MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• pneumologie a ftizeologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Overal survival of patients with radicaly operated colorectal cancer is in despite of successes of moder oncosurgical treatment and adjuvant oncological treatment decreased by high risk of early recurrence. The relaps of malignity depends on micrometastatical dissemination of cancer. The potency of malignity to create micrometastases is key to its generalization and formation of distant organs metastases. The main goal of the project is to search for differences in expression of genes related to the behavior of tumor infiltrating lymphocyte tissue between patients with colorectal cancer with good prognosis after radical surgery and early recurrent patients. The partial aim will be to indentify prospectively, in patients with CRC, molecular biological,histopathological and immunohistochemical profile of early colorectal cancer relapse.

Celkové přežití nemocných s radikálně operavaným kolorektálním karcinomem je i přes výrazné úspěchy moderní onkochirurgické léčby doplněné onkologickou adjuvantní léčbou zatíženo vysokým procentem nemocných s časnou recidivou, která zhoršuje kvalitu života a zkracuje celkové přežití nemocných. Recidiva souvisí s mikrometastatickým rozsevem malignity. Schopnost nádorového procesu vytvářet mikrometastatickou nemoc je možno obecně chápat jako klíč ke generalizaci procesu a tvorbě makroskopických vzdálenýchorgánových metastáz. Hlavním záměrem předkládaného projektu je hledat rozdíly v expresi genů, kódujících proteiny signálních drah uplatňujících se v procesech infiltrace tumoru lymfocytární tkání, mezi nádorovými tkáněmi pacientů s dlouhodobou remisí atkáněmi pacientů s časnou recidivou onemocnění. Zároveň budou tyto profily korelovány s dostupnými histopatologickými a imunologickými charakteristikami obou skupin pacientů.

• MeSH
• geny ras MeSH
• kolorektální nádory MeSH
• lokální recidiva nádoru MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• mikrometastázy MeSH
• mikrosatelitní nestabilita MeSH
• mutace MeSH
• protoonkogenní proteiny c-raf MeSH
• recidiva MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH
• simulace molekulového dockingu MeSH
• tumor infiltrující lymfocyty MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• histologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• cetuximab MeSH
• erbB receptory antagonisté a inhibitory   MeSH
• geny ras MeSH
• jaterní insuficience MeSH
• kolorektální nádory MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• mutace MeSH
• neoadjuvantní terapie MeSH
• protokoly antitumorózní kombinované chemoterapie MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• gastroenterologie

• MeSH
• biologická terapie MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   využití   MeSH
• exony účinky léků   MeSH
• geny ras MeSH
• hodnocení léčiv MeSH
• klinické lékařství MeSH
• kolorektální nádory imunologie   terapie   MeSH
• metastázy nádorů imunologie   terapie   MeSH
• metody pro podporu rozhodování MeSH
• mutace MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• protokoly antitumorózní kombinované chemoterapie MeSH
• Publikační typ
• přednášky MeSH
• přehledy MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• studie
• otázky a odpovědi

The intended prospective study will concern still untreated patients with locoregional advanced head and neck carcinomas who will be treated with radiotherapy and concomitant intravenous administration of cetuximab. The aim of the study is finding markers of response to treatment. Genetic alterations in EGFR signal pathway will be detected from tumour samples with the use of laser microdissection. EGFRvIII and VEGF will be determined from RNA by the RT-PCR method. K-ras mutation and STAT-3 will be determined by PCR, amplification of EGFR gene by the FISH method. Therapeutic response, toxicity of treatment and survival time will be monitored in patients in addition to basic parameters. In case of evidence of clinical significance of the monitored markers their detection could become a base for individual decisions on targeted treatment administration, which entails both benefit for the patient and remarkable cost saving.

Plánovná prospektivní studie se bude týkat doposud neléčených pacientů s lokoregionálně pokročilými karcinomy hlavy a krku, kteří budou léčeni vysokodávkovanou radioterapií s konkomitantní 8-týdenní aplikací cetuximabu intravenózně. Cílem studie je nalezení markerů negativní a/nebo pozitivní odpovědi na léčbu inhibitory EGFR s radioterapií. Ze vzorků nádorové tkáně před léčbou a po léčbě budou detekovány genetické alterace v EGFR signální cestě za využití laserové mikrodisekce. Mutace k-ras a STAT-3 budou vyšetřovány z DNA pomocí PCR, EGFRvIII a overexprese VEGF z RNA pomocí RT-PCR a amplifikace genu pro EGFR metodou FISH. U nemocných bude sledována vedle základních parametrů léčebná odpověď, toxicita léčby a doba přežití. Při průkazu klinické významnosti sledovaných markerů by se jejich detekce mohla stát podkladem při individuálním rozhodování o podání cílené léčby, což v praxi přináší prospěch pro nemocného i významnou úsporu finančních prostředků.

• MeSH
• chemorezistence MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• erbB receptory antagonisté a inhibitory   MeSH
• exprese genu MeSH
• geny erbB MeSH
• geny ras MeSH
• nádory hlavy a krku farmakoterapie   radioterapie   MeSH
• spinocelulární karcinom MeSH
• suprese genetická MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• onkologie
• otorinolaryngologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1. Analysis of gene expression profile in MDS patients using cDNA microarray assay . Investigation of mutation status of proliferation genes and by determination of methylation status of differentiation genes. 2. Comparison of results obtained by gene expression profiling with results of clonality assay, measurement of telomere length and with karyotype analysis using molecular cytogenetics methods as well as with clinical data. 3. Determination of valid prognostic factors on the base of results of molecular genetics methods contributing to identification of a subgroup of risk patients with early MDS and potentially adverse outcome which should be indicated for stem cell transplantation. 4. Usefulness of a complex of molecular genetics methods for evaluation of clonal remission after chemotherapy or after administration of drugs targeting methylation status of differentiation genes or activity of proliferation genes.

1. Analýza genového expresního profilu u nemocných s MDS pomocí biočipů, sledování mutačního stavu proliferačních genů a stupně metylace promotorů diferenciačních genů. 2. Porovnání nálezů získaných při vyšetření genového expresního profilu s vyšetřenímstupně klonality, délky telomér, s analýzou karyotypu pomocí metod molekulární cytogentiky a s klinickými daty. 3. Určení prognostických faktorů na molekulárně genetické úrovni, jež by pomohly identifikovat u časných fází MDS rizikové nemocné s potenciálně nepříznivou prognosou a indikovaných k transplantaci krvetvorných buněk. 4. Využití komplexu molekulárně genetických metodik k hodnocení klonální remise po chemoterapii či po podání látek cíleně ovlivňujicích stupeń metylace diferenciačních genů a aktivitu proliferačních genů.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• DNA sondy MeSH
• exprese genu MeSH
• geny ras MeSH
• karyotypizace MeSH
• klonální delece MeSH
• metylace DNA MeSH
• myelodysplastické syndromy MeSH
• prognóza MeSH
• telomery MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Prospective study aimed at screening of polymorphisms and somatic mutations in blood and tissue samples of NSCLC patients. Emphasis on rational selection of therapy schemes and relationships between genetic predictors and the overall response to therapy.150 patients with confirmed NSCLC stage III.A., III.B and IV. will be indicated to chemotherapy according to the status of genetic polymorphisms or targeted biological therapy based on occurrence of somatic mutations. Monitoring of efficiency of commontherapy approaches in correlation with inherited genetic polymorphisms (ERCC1, ERCC2/XPD and XRCC1) and somatic mutations developed within the tumor tissue (EGFR1, k- ras). Diagnosis, dispensarization and follow up provided by Department of pulmonary disease, Faculty hospital Plzen. Molecular-biology examination and evaluation provided by Genomac laboratory.

Prospektivní studie zaměřená na sledování genových polymorfismů a detekci DNA variací ve tkáních nemalobuněčných plicních karcinomů. Orientace na volbu terapie a hledání vztahů mezi genetickými parametry a efektem chemoterapie a biologicky cílené léčby.150ti nemocným s morfologicky ověřeným karcinomem stádií IIIA, IIIB a IV bude indikována chemoterapie podle výsledku vyšetření vybraných genových polymorfismů, nebo biologicky cílená léčba, budou-li prokázány mutace nebo amplifikace genu EGFR. Ve studiibude sledována efektivita současných standardních léčebných postupů ve vztahu ke genovým polymorfismům nemocných a ve vztahu k některým variacím vzniklým v nádorové tkáni (mutace a amplifikace EGFR, mutace k-ras). Diagnostiku, léčení a dispenzarizaci nemocných zajistí Klinika TRN v Plzni, molekulárně-biologické analýzy zajistí Laboratoř molekulární onkologie, Genomac International v Praze.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• amplifikace genu MeSH
• biologická terapie metody   MeSH
• cílená genová oprava MeSH
• geny erbB-1 MeSH
• geny ras MeSH
• mutace MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic diagnóza   terapie   MeSH
• polymorfismus genetický MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The determination of the stage of progress and, as the case may be, of the dissemination of malignant disease plays a principal role in the treatment of neoplasms. Contemporary imaging techniques have their limitations and cannot image this disseminationin its beginning stages. One possible solution to this situation seems to be provided by the detection of tumorous cells circulating in the blood. The presence of K-ras mutation in a large number of patients suffering from colon-rectal carcinoma allowsfor the detection of these cells by using a method of polymerase chain reaction. The determination of the presence of circulating tumorous cells of colon-rectal carcinoma prior to, during, and after surgery constitutes the basis of the proposed project.

Stanovení stupně pokročilosti, a event. diseminace maligního onemocnění má v léčbě neoplazmat zcela zásadní význam. Současné zobrazovací techniky mají svá omezení, a počínající diseminaci nezobrazí. Možnou cestou se ukazuje detekce cirkulujících nádorových buněk v krvi. Přítomnost K-ras mutace u velké části pacientů s kolorektálním karcinomem umožňuje tyto buňky detekovat metodou polymerázové řetězové reakce. Stanovení přítomnosti cirkulujících tumorózních buněk karcinomu kolorekta před, během a po operaci je podstatou navrhovaného projektu. Bude vyhodnocen vztah přítomnosti těchto buněk v krvi v závislosti na povaze výkonu, histologické diferenciaci tumoru. V případě potvrzení příčinného vztahu přítomnosti cirkulujících nádorových buněk v krvi během apo výkonu k rozvoji metastáz nebo lokálních recidiv, byl by tento průkaz v budoucnosti indikací k modifikaci onkologické terapie.

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   trendy   využití   MeSH
• geny ras MeSH
• kolorektální nádory diagnóza   genetika   MeSH
• management nemoci MeSH
• metastázy nádorů MeSH
• polymerázová řetězová reakce využití   MeSH
• prognóza MeSH
• výsledek terapie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• biologie
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• cílená genová oprava metody   využití   MeSH
• cyklin-dependentní kinasy MeSH
• geny ras MeSH
• inhibitory angiogeneze terapeutické užití   MeSH
• intracelulární signální peptidy a proteiny MeSH
• klinické lékařství MeSH
• matrixové metaloproteinasy antagonisté a inhibitory   MeSH
• receptory vaskulárního endoteliálního růstového faktoru antagonisté a inhibitory   MeSH
• sirolimus antagonisté a inhibitory   MeSH
• Publikační typ
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• biologie

The study is designated to determine sensitivity and specifity of K-ras mutations examined in pancreatic juice of patients with malignant and nonmalignant pancreatic and hepatobilliar diseases. DNA isolation will be carried out by phenol-chloroform extraction.RFLP will be used for analysation of PCR products.

Stanovením mutací onkogenu K-ras z DNA izolované z buněk získaných laváží duc. pancreaticus u pacientů s ben. i mal. onemocněními pankreatu a biliárního systému hledat míru senzitivity této gen. změny pro jednotlivé diagnozy. Izolace DNA bude provedena fenol-chloroformovou extrakcí. Produkty PCR reakcí budou analyzovány pomocí metody RFLP.

• MeSH
• geny erbB-2 MeSH
• geny ras MeSH
• mutace MeSH
• nádory slinivky břišní diagnóza   MeSH
• nádory žlučových cest diagnóza   MeSH
• nemoci slinivky břišní diagnóza   MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• biologie
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR