• MeSH
• filozofie MeSH
• lingvistika MeSH

• Konspekt
• Věda. Všeobecnosti. Základy vědy a kultury. Vědecká práce
• NLK Obory
• humanitní vědy a umění

Chronická lymfocytární leukémie (CLL) je častou a stále nevyléčitelnou leukémií dospělých, která je charakterizována mimořádnou genetickou i klinickou heterogenitou. V navrhovaném projektu se zaměříme na studium genetického pozadí klonální evoluce u neléčených pacientů s CLL, přičemž budeme sledovat vývoj změn ve vzorcích sbíraných opakovaně v průběhu onemocnění. Naším hlavním cílem je časné odhalení rizika progrese choroby a potřeby léčby. Plánujeme zhodnotit jak prognostický tak prediktivní význam genomických změn detekovaných před podáním terapie. Pro tento účel zavedeme vysoce komplexní test sekvenování nové generace (NGS), který současně analyzuje základní i nové biomarkery CLL. Využijeme výhod tzv. „capture-based” NGS, které umožňuje paralelně analyzovat IGHV mutační status, rekurentní chromozomové a genové defekty i klonalitu lehkých imunoglobulinových řetězců. Předpokládáme, že náš NGS panel navržený konkrétně pro CLL bude používán v klinické praxi jako jednoduchý komplexní test umožňující lepší prognostifikaci pacientů.; Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is common and still incurable leukemia of adults characterized by remarkable genetic and clinical heterogeneity. In the proposed project, we aim to study genetic background of clonal evolution in treatment naive CLL patients by tracking alteration dynamics in consecutive samples collected during the disease course. Our main objective is to early disclose the risk of disease progression and therapy need. We plan to assess both prognostic and predictive value of genomic aberrations detected before treatment administration. For this purpose, a highly complex next-generation sequencing (NGS) tool simultaneously analyzing both fundamental and novel CLL biomarkers will be implemented. We employ benefits of capture-based NGS technology enabling parallel analysis of IGHV mutational status, recurrent chromosomal and gene defects, and immunoglobulin light chains clonality. We presume that our NGS panel tailored for CLL can be widely adopted in clinical practice as a simple comprehensive test for better patient prognostication.

• Klíčová slova
• sekvenování nové generace;, Chronická lymfocytární leukémie;, genomické aberace;, prognóza onemocnění;, klonální evoluce;, chronic lymphocytic leukemia;, Next-generation sequencing;, genomic aberrations;, disease prognosis;, clonal evolution;,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Nepřítomnost společného genomického defektu u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií (CLL) naznačuje, že řada faktorů vnitřního i vnějšího prostředí ovlivňuje vznik, selekci a proliferaci leukemického klonu. Široká škála chromosomálních poškození identifikovaných u CLL vypovídá o tom, že při jejich vzniku a opravě hraje úlohu množství molekulárních mechanismů. Z pohledu každodenní klinické praxe je velmi důležité rozpoznat ty CLL pacienty, u nichž hrozí riziko vzniku chromosomálních aberací, zvláště s komplexním charakterem, neboť se obvykle vyskytují u pacientů s nepříznivým průběhem onemocnění. V rámci projektu proto chceme použít sekvenování nové generace k identifikaci genetických poškození přispívajících ke klonální evoluci CLL; podrobně budeme studovat komplexní chromozomální přestavby. Dále chceme studovat buněčnou signalizaci zprostředkovanou B buněčnými a Toll-like receptory, které hrají významnou úlohu v buněčné odpovědi na podněty vnějšího prostředí, zjistit, zda a jak významně přispívají ke klonální evoluci CLL.; In chronic lymphocytic leukemia (CLL), the absence of primary genomic defect implies that various circumstances, represented by both intrinsic and extrinsic factors, have to be met to support leukemic clone selection, growth and evolution. The variety of structural chromosome variants suggests that several mechanisms are involved in induction of chromosomal breaks and their repair. From a clinical point of view, it is crucial to recognize patients highly susceptible to evolution of complex genomic changes since they typically represent cases with more aggressive disease. Within this project we aim to identify factors predisposing to unfavorable clonal evolution. To achieve this, we will employ next generation sequencing to uncover genetic defects contributing to the development of genomic defects. We will perform a detailed study of complex chromosomal rearrangements. Furthermore, we will investigate B-cell receptor and Toll-like receptor signaling, important mediators of cellular responses to external stimuli, and their relation to the CLL clonal evolution.

• MeSH
• chromothripsis MeSH
• chronická lymfatická leukemie genetika   MeSH
• genom MeSH
• klonální evoluce MeSH
• receptory antigenů B-buněk MeSH
• signální transdukce MeSH
• staging nádorů MeSH
• toll-like receptory MeSH
• výsledek terapie MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Amyloidóza lehkých řetězců imunoglobulinů (ALA) je hematologické onemocnění, které se může vyskytovat současně s jinými dyskraziemi plazmatických buněk (PC). Udává se, že zhruba 10% pacientů s ALA má současně i mnohočetný myelom (MM). Přesto je stále nejasné, zda je tato klinická manifestace způsobena evolucí pouze jednoho aberantního klonu plazmatických buněk či koexistencí více aberantních klonů plazmatických buněk současně. Díky rozvoji techniky sekvenování nové generace (NGS) je dnes možné modelovat diferenciaci buněčných klonů v průběhu progrese onemocnění. Domníváme se, že přítomnost různých klonů ALA a MM lze chápat jako výsledek diverzifikace jednoho klonu během progrese nemoci (rozvětvená evoluce). Popřípadě mohou kritické genomické změny v aberantních plazmatických buňkách dát vzniknout novému unikátnímu klonu (lineární evoluce), který je odpovědný za klinickou manifestaci onemocnění. Získané poznatky tohoto projektu budou znamenat zásadní posun ve stanovení diagnózy onemocnění a volbě následné léčby.; Immunoglobulin light chain amyloidosis (ALA) is a haematological disorder and may coexist with other plasma cell (PC) dyscrasias. It has been reported that 10% of ALA patients may have multiple myeloma (MM) at the same time. Nevertheless, it is still unclear if such clinical manifestation is defined by aberrant PC clones architecture or subsequent clone evolution. Due to the development in next generation sequencing (NGS) technology, it is possible now to model clonal differentiation during tumour progression. We suspect that, presence of different ALA and MM clones can be explained as a result of clone diversification during disease progression (branched evolution). Alternatively, severe genomic changes in aberrant PC can cause forming of new unique clone responsible for mentioned clinical manifestation (linear evolution). Learning outcomes of the offered project would mean certainly progress in the terms of diagnosis and subsequent treatment of ALA patients.

• MeSH
• buněčné klony patologie   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• plazmatické buňky patologie   MeSH
• primární amyloidóza diagnóza   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• alergologie a imunologie
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Chronická lymfocytární leukémie (CLL) se vyznačuje vysokou heterogenitou klinického průběhu a molekulárních vlastností maligních B lymfocytů. CLL má klonální charakter a díky tomu je možné popsat každý případ CLL jedinečnou přestavbou imunoglobulinových genů (IG), kódující B buněčný receptor. Publikované molekulárně-biologické analýzy dokládají význam antigenní stimulace u CLL, což je podpořeno také výsledky epidemiologických studií. Vysokokapacitní sekvenační technologie dosud nebyly široce využívány ve výzkumu IG kvůli řadě metodických nedostatků. Navrhovaný projekt si klade za cíl zavést moderní technologii vysokokapacitního sekvenování IG a provést národní screening nově diagnostikovaných CLL pacientů. Data generovaná pomocí sekvenování budou podrobně studována ve vztahu ke klinickému průběhu CLL, laboratorním parametrům a epidemiologickým nálezům. Abychom dosáhli vytyčených cílů, hodláme provést epidemiologickou studii nově diagnostikovaných CLL na národní úrovni. Jako prostředek plnění cílů také využijeme a dále rozšíříme národní databázi CLL pacientů CLLEAR.; Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is characterized by extraordinary heterogeneity concerning clinical presentation and molecular features. As the clonal disease of B lymphocytes, each case can be described by a specific immunoglobulin gene (IG) encoding for the B cell receptor. Extensive molecular evidence was provided on antigen stimulation operation in CLL, which is also supported by epidemiological studies. High-throughput sequence analysis has not been applied extensively in research focused on IG due to several limitations. The proposed project aims to expertly implement advanced methodology for the high-throughput IG sequence analysis to produce, manage and delve into extensive immunogenetic sequence datasets in CLL. Furthermore the obtained data will be associated with clinical, molecular and epidemiological features of CLL cases as these will be collected through the purpose-specific survey among Czech CLL patients. An extensive national-wide CLL database CLLEAR containing data on clinical course and molecular biomarkers will be used and extended during the project.

• MeSH
• B-buněčný lymfom MeSH
• chronická lymfatická leukemie MeSH
• genetická heterogenita MeSH
• klonální evoluce MeSH
• plošný screening MeSH
• receptory antigenů B-buněk MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

"Genetics and Genomics in Medicine is a new textbook written for undergraduate and graduate students, as well as medical researchers, which explains the science behind the uses of genetics and genomics in medicine today. It is not just about rare inherited and chromosomal disorders, but how genetics affects the whole spectrum of human health and disease. DNA technologies are explained, with emphasis on the modern techniques that have revolutionized the use of genetic information in medicine and are indicating the role of genetics in common complex diseases. The detailed, integrative coverage of genetic approaches to treatment and prevention includes pharmacogenomics and the prospects for personalized medicine. Cancers are essentially genetic diseases and are given a dedicated chapter that includes new insights from cancer genome sequencing. Clinical disorders are covered throughout and there are extensive end-of-chapter questions and problems"--Provided by publisher.

• MeSH
• genom lidský * MeSH
• molekulární biologie MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína

• MeSH
• filosofie lékařská MeSH
• lékařská etika MeSH

• Konspekt
• Věda. Všeobecnosti. Základy vědy a kultury. Vědecká práce
• NLK Obory
• etika, bioetika, lékařská etika
• lékařství
• humanitní vědy a umění

• MeSH
• molekulární biologie MeSH
• proteiny MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biochemie
• molekulární biologie, molekulární medicína

• MeSH
• genetika MeSH
• statistika jako téma MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Statistika
• NLK Obory
• statistika, zdravotnická statistika
• genetika, lékařská genetika