p73 is a member of the p53 protein family and has essential functions in several signaling pathways involved in development, differentiation, DNA damage responses and cancer. As a transcription factor, p73 achieves these functions by binding to consensus DNA sequences and p73 shares at least partial target DNA binding sequence specificity with p53. Transcriptional activation by p73 has been demonstrated for more than fifty p53 targets in yeast and/or human cancer cell lines. It has also been shown previously that p53 binding to DNA is strongly dependent on DNA topology and the presence of inverted repeats that can form DNA cruciforms, but whether p73 transcriptional activity has similar dependence has not been investigated. Therefore, we evaluated p73 binding to a set of p53-response elements with identical theoretical binding affinity in their linear state, but different probabilities to form extra helical structures. We show by a yeast-based assay that transactivation in vivo correlated more with the relative propensity of a response element to form cruciforms than to its expected in vitro DNA binding affinity. Structural features of p73 target sites are therefore likely to be an important determinant of its transactivation function.
- MeSH
- aktivace transkripce MeSH
- konformace nukleové kyseliny MeSH
- kvasinky genetika metabolismus MeSH
- lidé MeSH
- nádorový supresorový protein p53 metabolismus MeSH
- obrácené repetice * MeSH
- protein p73 chemie genetika metabolismus MeSH
- sekvence nukleotidů MeSH
- vazba proteinů MeSH
- vazebná místa * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Motivation: The NCBI database contains mitochondrial DNA (mtDNA) genomes from numerous species. We investigated the presence and locations of inverted repeat sequences (IRs) in these mtDNA sequences, which are known to be important for regulating nuclear genomes. Results: IRs were identified in mtDNA in all species. IR lengths and frequencies correlate with evolutionary age and the greatest variability was detected in subgroups of plants and fungi and the lowest variability in mammals. IR presence is non-random and evolutionary favoured. The frequency of IRs generally decreased with IR length, but not for IRs 24 or 30 bp long, which are 1.5 times more abundant. IRs are enriched in sequences from the replication origin, followed by D-loop, stem-loop and miscellaneous sequences, pointing to the importance of IRs in regulatory regions of mitochondrial DNA. Availability and implementation: Data were produced using Palindrome analyser, freely available on the web at http://bioinformatics.ibp.cz. Contact: vaclav@ibp.cz. Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Kazuistika pojednává o torzi vaječníku u mladé dívky, která byla dána do příčinné souvislosti s těžkou kontuzí břicha. Je zajímavá v tom, že prvotní ultrasonografické vyšetření bylo negativní a teprve po několikadenní latenci byla torze diagnostikována sonograficky a klinicky. U děvčete byla provedena adnexektomie s následným histologickým vyšetřením ovaria, které prokázalo nekrózu ovariální tkáně.
- MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- nemoci ovaria MeSH
- torzní deformity MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
Kazuistika pojednává o případu chlapce postiženého dětskou mozkovou obrnou. V tomto a podobných případech je velmi důležité spojení dvou aspektů a to intenzívní vývojové rehabilitace zahájené ihned po porodu s potřebou zapojit celou rodinu do péče o postižené dítě. Dále je nutno přesvědčit nejbližší příbuzné o tom, že matka potřebuje jejich pomoc a že je jí třeba ulehčit břemeno psychického strádání a zátěže vyvolané obavou o budoucnost dítěte.
- MeSH
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- mozková obrna diagnóza patologie MeSH
- péče o dítě MeSH
- poskytování zdravotní péče MeSH
- postižené děti MeSH
- rehabilitace MeSH
- vztahy mezi rodiči a dětmi MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
