Pomocí molekulárně genetických metod lze prokázat infekční organismy virového, bakteriálního a houbového původu, stejně jako protozoa a parazitické červy. Molekulární metody detekují specifické úseky v sekvencích nukleových kyselin infekčních agens, a není tedy nutné zachování viability hledaných mikroorganismů. Proto je možné použít tyto metody i pro přímý průkaz infekčního agens z fixované tkáně, nejčastějšího dostupného materiálu v patologii. Tento krátký přehledový článek vychází z více než dvacetiletého fungování molekulárně mikrobiologického úseku v rámci patologie a naším cílem je přiblížit možnosti molekulárně genetické detekce infekčních organismů pro patologickou diagnostiku.
Using molecular methods, infectious organisms of viral, bacterial and fungal origin, as well as protozoa and helminths, can be detected. Molecular methods detect specific segments in the nucleic acid sequences of infectious agents and therefore do not require the maintenance of viability of the microorganisms of interest. Therefore, these methods can also be used for direct detection of infectious agents from fixed tissue, the most commonly available material in pathology. This short review article is based on more than 20 years of molecular microbiology within pathology and our aim is to present the possibilities of molecular detection of infectious organisms for pathological diagnosis.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární * klasifikace metody MeSH
- formaldehyd MeSH
- hybridizace in situ metody MeSH
- infekční nemoci * diagnóza etiologie patologie MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiota genetika MeSH
- nukleové kyseliny analýza izolace a purifikace MeSH
- polymerázová řetězová reakce klasifikace metody MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
The variable clinical course in chronic lymphocytic leukaemia (CLL) largely depends on p53 functionality and B-cell receptor (BCR) signalling propensity; however, it is unclear if there is any crosstalk between these pathways. We show that DNA damage response (DDR) activation leads to down-modulating the transcriptional factor FOXP1, which functions as a positive BCR signalling regulator and its high levels are associated with worse CLL prognosis. We identified microRNA (miRNA) miR-34a as the most prominently upregulated miRNA during DDR in CLL cells in vitro and in vivo during FCR therapy (fludarabine, cyclophosphamide, rituximab). MiR-34a induced by DDR activation and p53 stabilization potently represses FOXP1 expression by binding in its 3'-UTR. The low FOXP1 levels limit BCR signalling partially via derepressing BCR-inhibitory molecule CD22. We also show that low miR-34a levels can be used as a biomarker for worse response or shorter progression free survival in CLL patients treated with FCR chemoimmunotherapy, and shorter overall survival, irrespective of TP53 status. Additionally, we have developed a method for the absolute quantification of miR-34a copies and defined precise prognostic/predictive cutoffs. Overall, herein, we reveal for the first time that B cells limit their BCR signalling during DDR by down-modulating FOXP1 via DDR-p53/miR-34a axis.
- MeSH
- chronická lymfatická leukemie farmakoterapie genetika metabolismus patologie MeSH
- cyklofosfamid aplikace a dávkování MeSH
- dospělí MeSH
- forkhead transkripční faktory genetika metabolismus MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mikro RNA genetika MeSH
- míra přežití MeSH
- nádorové biomarkery genetika metabolismus MeSH
- následné studie MeSH
- poškození DNA účinky léků genetika MeSH
- prognóza MeSH
- protokoly protinádorové kombinované chemoterapie terapeutické užití MeSH
- receptory antigenů B-buněk genetika metabolismus MeSH
- regulace genové exprese u nádorů MeSH
- represorové proteiny genetika metabolismus MeSH
- rituximab aplikace a dávkování MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- signální transdukce MeSH
- vidarabin aplikace a dávkování analogy a deriváty MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Ve skríningu karcinomu děložního hrdla (KDH) se celosvětově uplatňují molekulárně genetické metody. Také v České republice už zaujaly své místo hlavně při stratifikaci pacientek s nejasným výsledkem gynekologické cytologie. Nejčastěji využívaným testem je skríningové vyšetření vysoce rizikových typů lidských papilomavirů (HPV). V článku jsou popsány jednotlivé skupiny HPV testů, které mohou být využity ve skríningu KDH, a diskutována kritéria, která musí tyto testy splňovat. V klinické praxi je již také využíváno testu metylačního umlčení tumorsupresorových genů, který dokáže na základě epigenetických charakteristik cervikálního stěru rozlišit pacientky s vysokým krátkodobým rizikem progrese cervikální léze do karcinomu. V článku jsou diskutovány i nové metody a přístupy, které v budoucnu mohou být u pacientek využity pro zpřesnění míry rizika vzniku karcinomu děložního hrdla. Sem patří například stanovení expresních profilů mikroRNA molekul, analýza genomu HPV pomocí sekvenování nové generace, která umožní zařazení virů do subtypů, variant a subvariant, testování integrace viru do genomu buňky nebo metylační analýza virových genů.
Molecular genetic methods are being applied worldwide in the screening of cervical carcinoma and they have already taken place in the Czech Republic, mainly in the stratification of patients with unclear results of a gynecological cytological smear. Molecular tests for human papillomaviruses (HPV) have proven to be an invaluable diagnostic tool in cervical carcinoma screening. A short description of a distinct group of HPV tests which are intended for cervical cancer screening purposes is given in the article, as well as a validation criteria which such HPV tests should fulfill. The analysis of methylation-mediated silencing of tumor-suppressor genes has already been used in clinical practice, particularly to distinguish patients with a high short-term risk of progression of a cervical lesion to carcinoma using epigenetic markers of a cervical smear. The article also discusses new methods and approaches that can be used in the future for gynecological patients to define their real risk of developing cervical carcinoma. A determination of the expression profiles of microRNA molecules seems to be a very promising biomarker, as well as a deeper analysis of the HPV genome by means of next-generation sequencing that allows for the classification of viruses into unique subtypes, variants, and subvariants. Other discussed stratification approaches include analyses of virus integration into the genome of the cell and methylation of viral genes.
- Klíčová slova
- Next Generation Sequencing (NGS), HPV test,
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární klasifikace MeSH
- diagnostické techniky porodnicko-gynekologické klasifikace MeSH
- DNA testy na papilomavirus MeSH
- genotypizační techniky MeSH
- infekce papilomavirem * diagnóza komplikace MeSH
- lidé MeSH
- metylace MeSH
- mikro RNA MeSH
- nádory děložního čípku * diagnóza patologie prevence a kontrola virologie MeSH
- Papillomaviridae klasifikace patogenita MeSH
- plošný screening MeSH
- sekvenční analýza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Intraspecific cleptoparasitism represents a facultative strategy advantageous for reducing time and energy costs. However, only a few studies about nesting dynamics have described intraspecific cleptoparasitic behaviour in obligate solitary bees. We focused on nesting dynamics with the characterisation of nest owner replacements and frequency of true usurpation in four aggregating species belonging to different phylogenetic lineages--Andrena vaga (Andrenidae), Anthophora plumipes (Apidae), Colletes cunicularius (Colletidae), and Osmia rufa (Megachilidae). Our study, based on the regular observation of individually marked females, shows that nest owner replacement affects 10-45% of nests across all of the studied species and years. However, 39-90% of these nests had been abandoned before owner change and thus true nest usurpations represent only a part of observed nest replacement cases. Females tend to abandon their nests regularly and found new ones when they live long enough, which is in accordance with risk-spreading strategy. We suggest that the original facultative strategy of observed solitary bees during nest founding is not cleptoparasitism per se but rather reuse of any pre-existing nest (similar to "entering" strategy in apoid wasps). This is supported by gradual increase of nests founded by "entering" during the season with an increase in the number of available nests. Although the frequent reuse of conspecific nests results in frequent contact between solitary females, and rarely, in the short-term coexistence of two females in one nest, we detected unexpectedly low level of conflict in these neighbourhood societies. We suggest that nesting dynamics with regular nest switching and reusing reduces long-term and costly intraspecific aggression, a key factor for the origin and evolution of sociality.
- MeSH
- fylogeneze MeSH
- hnízdění fyziologie MeSH
- sociální chování MeSH
- včely fyziologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
