To better understand the effect of species traits on plant invasion, we collected comparative data on 20 reproductive and dispersal traits of 93 herbaceous alien species in the Czech Republic, central Europe, introduced after 1500 A. D. We explain plant invasion success, expressed by two measures: invasiveness, i.e. whether the species is naturalized but non-invasive, or invasive; and dominance in plant communities expressed as the mean cover in vegetation plots. We also tested how important reproductive and dispersal traits are in models including other characteristics generally known to predict invasion outcome, such as plant height, life history and residence time. By using regression/classification trees we show that the biological traits affect invasion success at all life stages, from reproduction (seed production) to dispersal (propagule properties), and the ability to compete with resident species (height). By including species traits information not usually available in multispecies analyses, we provide evidence that traits do play important role in determining the outcome of invasion and can be used to distinguish between alien species that reach the final stage of the invasion process and dominate the local communities from those that do not. No effect of taxonomy ascertained in regression and classification trees indicates that the role of traits in invasiveness should be assessed primarily at the species level.
Cíl práce: Ověření postupu PCR diagnostiky na průkaz Borrelia burgdorferi sensu lato u nervových a kožních forem lymské boreliózy. Metodika: Na izolaci DNA z plazmy, moče a mozkomíšního moku byl použit QIAamp DNA Mini Kit. PCR probíhala jako dvoustupňová amplifikace (nested PCR). Každý biologický materiál byl testován paralelně pomocí pěti amplifikačních systémů:dva primery byly specifické pro plazmidové geny kódující OspA a OspC protein a tři pro chromozomální geny kódující 16S rDNA, flagelin a p66 protein. Výsledky: Z 56 pacientů s neuroboreliózou byla DNA prokázána před léčbou u 41 (77,4 %), 48 pacientů s kožní formou bylo pozitivních ve 26 případech (54,2 %). Po léčbě byla DNA detekována u 22 pacientů s neuroboreliózou (41,5 %). U kožní formy pozitivita přetrvávala u 16 (38,1 %). Po třech měsících bylo celkem pozitivních ještě 23 (28,7 %) pacientů, a po šesti měsících 6 (9,5 %) Nejvíce pozitivních výsledků bylo dosaženo pro 16S rDNA systém, o něco nižší citlivost byla zachycena s primery pro OspA, OspC a flagelin, nejnižší vykazoval p66 systém. Závěr: Metodika prokázala přítomnost DNA ve všech vyšetřovaných biologických tekutinách u obou forem lymské boreliózy. Pro klinické použití stanovení DNA lze doporučit vyšetření minimálně dvou cílových sekvencí.
Aim: Assessment of PCR procedure for proving of the Borrelia burgdorferi sensu lato DNA in nerve and skin forms of Lyme borreliosis. Methods: DNA from plasma, urine and CSF was isolated by QlAamp DNA mini kit. PCR was deigned as two-step amplification (neSted-PCR). Each sample was tested in PCR for five target sequences: two were specific for plasmide genes encoding OspA and OspC proteins and three correlated with genes for IGSrDNA, flagellin and p66 protein. Results: Borrelial DNA was proved in 41 patients suffering from neuroborreliosis out of 56 (77.4 %), among 48 patients with erythema migrans (EM) were found 26 positive (54.2 %). After treatment the specific DNA was detected in 22 patients with neuroborreliosis (41,5 %) and 16 patients with EM (38.1 %). Three months after the treatment 23 patients were positive in both of groups (28.7 %) and next 3 months later the specific DNA was found in 6 (9.5 %). The highest rate of positive resuks was manifested by l6SrDNA target, lower and comparable results were obtained by OspA, C and flageUin primers, the lowest rate was in p66 system. Conclusion: The tested PCR proved specific DNA in all tested biological fluids in both of the clinical forms of Lyme borreliosis with a relatively high sensitivity. The proving of DNA can not be used for the assessment of the effect of treatment due to the long persistence of PCR positivity after antibiotic treatment. To achieve a sufficient diagnostic sensitivity of PCR it is desirable to use minimally two amplification systems in parallel.
Cíl práce: Sestavení a ověření postupu PCR na průkaz Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Staphylococcus species, Streptococcus pneumoniae a Neisseria menigitidis séroskupiny B a C z jednoho vzorku mozkomíšního moku u pacientů s hnisavou meningitidou. Materiál a metody: Na izolaci DNA z mozkomíšního moku byl použit QIAamp DNA Mini Kit. PCR probíhala jako dvoustupňová amplifikace (nested PCR). Pro E. coli, H. influenzae, L. monocytogenes, S. species a S. pneumoniae byly v první reakci použity univerzální a ve druhé druhově specifické primery kódující bakteriální 16S rDNA. Pro N. menigitidis séroskupiny B a C byl použit amplifikačni systém s primery pro gen SiaD. Výsledky. Z 25 vyšetřených pacientů na začátku léčby byla DNA bakterií prokázána v mozkomíšním moku u 17 (68 %). Šestkrát se jednalo o N. meningitidis séroskupiny B, 4x N. meningitidis séroskupiny C, 5x S. pneumoniae ,lx H, influenzae a Ix L. monocytogenes. Ze 7 pacientů, u kterých byla antibiotická terapie zahájena před diagnostickou lumbální punkcí, byla PCR pozitivní ve čtyřech případech. Závěr. Navržený postup nested PCR je rychlejší než klasická kultivace a hodí se pro včasnou laboratorní diagnostiku infekčního agens. v porovnání s kultivací poskytuje technika mírně vyšší pozitivitu (o 16 %), podobně je tomu i u vzorků vyšetřených po nasazení antibiotické terapie. Metodou PCR nebyla nikdy prokázána jiná bakterie než ta, která byla vykultivována.
Objectives: To propose and verify a PCR assay for detecting Escherichia coii, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Staphylococcus species, Streptococcus pneumoniae and Neisseria meningitidis serogroups B and C in a single sample of the cerebrospinal fluid of patients with purulent meningitis. Material and methods: DNA from the cerebrospinal fluid was isolated using the QIAamp DNA Mini Kit. PCR was performed as twostep amplification (nested PCR). For E. coli, H. influenzae, L. monocytogenes, S. species and S. pneumoniae, universal and speciesspecific primers encoding bacterial 16S rDNA were used in the first and second reaction, respectively. For N. meningitidis serogroups B and C, an amplification system with primers for the SiaD gene was utilized. Resiilts: Of 25 patients examined at the beginning of their treatment, bacterial DNA was detected in the cerebrospinal fluid of 17 (68 %) of them. Those were six cases of N. meningitidis serogroup B, four of N. meningitidis serogroup C, five of S. pneumoniae, one of H. influenzae and one of L. monocytogenes. Of 7 patients in whom antibiotic therapy was initiated prior to diagnostic lumbar puncture, PCR was positive in four cases. Conclusions: The proposed nested PCR approach is faster than traditional culture methods and suitable for early laboratory diagnosis of infectious agents. When compared to culture methods, the technique offers slightly higher positivity (by 16 %). This is similar in samples analyzed after the initiation of antibiotic therapy. The PCR method never detected other bacteria than the cultured ones.
Ve snaze zabránit možnosti kontaminace při provádění dvoustupňové polymerázové řetězové reakce (nested PCR), byl vyzkoušen postup nested PCR v jedné zkumavce. Vysušená kapka kompletní směsi pro polymerázovou reakci bez Taq DNA polymerázy a kapka hygroskopické Taq DNA polymerázy v 50% glycerolu byly umístěny na dně a na víčku PCR zkumavky a testovány na průběh amplifikace. Shledali jsme plnou aktivitu reakční směsi po dobu jednoho měsíce při skladování zkumavek při -20 °C a jeden týden při skladováni při +20 °C. Tento jednozkumavkový nested PCR systém byl ověřen v klinické praxi u diagnostiky lymské boreliózy.
In order to prevent any possible contamination during nested PCR, we have explored the possibility of nested PCR in a single test tube. A dry drop of the complete mixture for a polymerase reaction without Taq DNA polymerase and a drop of hygroscopic Taq DNA polymerase in 50% glycerol were deposited on the bottom and on the cap of a PCR test-tube to examine the course of amplification. The reaction mixture displayed its full activity over a period of one month with the test-tubes stored at -20 °C and for one week when stored at +20 °C. This single test-tube nested PCR system was verified in clinical practice in the diagnosis of Lyme disease (borreliosis).
Cíl práce: Význam polymerázové řetězové reakce v diagnostice lymeské neuroboreliózy a srovnání s průkazem specifických antiboreliových protilátek. Metodika: Na izolaci DNA z moče a mozkomíšního moku byla použita suspenze pryskyřice Chelex 100. DNA z plazmy byla izolována pomocí komerčního setu QlAamp DNA Mini Kit. PCR probíhala jako dvoustupňová amplifikace („nested“ PCR). Byly použity tři sady primerů: pro plazmidový gen kódující OspC protein a pro chromozomální geny kódující 16S rDNA a flagelin. Výsledky: V prospektivní studii bylo vyšetřeno 25 pacientů s diagnózou lymeské neuroboreliózy. DNA spirochéty byla prokázána V mozkomíšním moku u 12 pacientů (48 %), v moči u 13 (52 %) nemocných a v plazmě u 6 (24 %). Specifické antiboreliové protilátky v séru byly detekovány u 20 (80 %) pacientů a autochtonní produkce antiboreliových IgG protilátek v mozkomíšním moku byla zjištěna u 22 vyšetřovaných. Závěr: Na základě získaných výsledků se domníváme, že PCR na průkaz borelií může vhodně doplňovat diagnostiku lymeské neuroboreliózy, ale nemůže nahradit „klasickou“ sérologii.
Aim: The signifikance of polymerase chain reaction in diagnostics of lyme's neuroborreliosis and comparison with the detection of specific anti-borrelia antibodies. Methods: The suspension of resin Chelex 100 was used for the DNA isolation from urine and cerebrospinal fluid. DNA from plasma was isolated by the QlAamp DNA Mini Kit. The nested PCR was used for DNA amplification. All together free sets of primers were used, one set for plasmid gene coding OspC protein, and two other sets for chromosomal genes coding 16S rDNA and flagelin. Results: Twenty-five patiens with the diagnosis of Lyme neuroborreliosis were evaluated in a prospective study. Spirochetal DNA was found in the CSF of 12 patients (48 %), in the urine of 13 pts. (53 %) and in six pts. In blood plasma (24 %). Specific anti-borrelia antibodies were detected in the serum of 20 pts (80 %) and 22 patients showed autochtonous production of antiborrelia IgG antibodies in thein CSF. Conclusion: Our results have shown that PCR detection of borrelia can serve as a useful addendum to diagnostics of lyme neuroborreliosis but cannot replace the „classic“ serology.
Práce: Stanovení antiboreliových protilátek v mozkomíšním moku s využitím dvou odlišných antigenů B. garinii a B. afzelii. Metodika: Na průkaz specifických antiboreliových protilátek byly použity české komerční soupravy EIA Borrelia afélii IgM/IgG a EIA Borrelia garinii IgM/IgG. Pracovní postup byl dodržen přesně podle instrukcí výrobce. Výsledky: Bylo vyšetřeno 45 mozkomíšních moků od pacientů s diagnózou lymeské neuroboréliózy a 42 „kontrolních“ mozkomíšních moků od pacientů s virovými meningoencefalitidami. Oběma soupravami byly nalezeny shodné výsledky u 74 (85 %) a rozdílné u 13 (15 %) pacientů. Z těchto 13 odlišných stanovení byly v 7 případech nalezeny malé odchylky tj. hraniční výsledky proti negačním nebo hraniční výsledky proti pozitivním. U 6 pacientů byl průkaz protilátek ve třídě IgG rozdílný. 5x byly detekovány v mozkomíšním moku protilátky pouze proti B. afzelii a 1x jenom proti B. garinii. Antiboreliové protilátky v mocích u kontrolní skupiny nebyly prokázány. Závěr: Z naměřených výsledků usuzujeme, že nedochází k podstatným rozdílům ve stanovení antiboreliových protilátek v mozkomíšním moku použitými soupravami. Nebyly prokázány ani žádné falešně pozitivní nálezy. Souprava EIA Borrelia afzelii však vykazovala v obou třídách vyšší senzitivitu (91 %/lgM, 95 %/IgG) v porovnání se soupravou EIA Borrelia garinii (64 %/IgM, 65 %/IgG). Specificita obou testů byla srovnatelná.
- MeSH
- antigeny bakteriální diagnostické užití MeSH
- Borrelia imunologie MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- lidé MeSH
- lymská neuroborelióza MeSH
- protilátky bakteriální MeSH
- reagenční diagnostické soupravy normy MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
