Progress in mass spectrometry lipidomics has led to a rapid proliferation of studies across biology and biomedicine. These generate extremely large raw datasets requiring sophisticated solutions to support automated data processing. To address this, numerous software tools have been developed and tailored for specific tasks. However, for researchers, deciding which approach best suits their application relies on ad hoc testing, which is inefficient and time consuming. Here we first review the data processing pipeline, summarizing the scope of available tools. Next, to support researchers, LIPID MAPS provides an interactive online portal listing open-access tools with a graphical user interface. This guides users towards appropriate solutions within major areas in data processing, including (1) lipid-oriented databases, (2) mass spectrometry data repositories, (3) analysis of targeted lipidomics datasets, (4) lipid identification and (5) quantification from untargeted lipidomics datasets, (6) statistical analysis and visualization, and (7) data integration solutions. Detailed descriptions of functions and requirements are provided to guide customized data analysis workflows.
- MeSH
- hmotnostní spektrometrie MeSH
- kontrolní seznam * MeSH
- lipidomika * MeSH
- metabolismus lipidů MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Although lipids are crucial molecules for cell structure, metabolism, and signaling in most organs, they have additional specific functions in the skin. Lipids are required for the maintenance and regulation of the epidermal barrier, physical properties of the skin, and defense against microbes. Analysis of the lipidome-the totality of lipids-is of similar complexity to those of proteomics or other omics, with lipid structures ranging from simple, linear, to highly complex structures. In addition, the ordering and chemical modifications of lipids have consequences on their biological function, especially in the skin. Recent advances in analytic capability (usually with mass spectrometry), bioinformatic processing, and integration with other dermatological big data have allowed researchers to increasingly understand the roles of specific lipid species in skin biology. In this paper, we review the techniques used to analyze skin lipidomics and epilipidomics.
- MeSH
- big data MeSH
- biomedicínský výzkum MeSH
- epigeneze genetická MeSH
- hmotnostní spektrometrie MeSH
- kůže metabolismus patologie MeSH
- lidé MeSH
- lipidomika metody MeSH
- metabolismus lipidů MeSH
- výpočetní biologie MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
- MeSH
- lidé MeSH
- lipidomika * MeSH
- metabolomika * MeSH
- řízení kvality MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- dopisy MeSH
- komentáře MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
BACKGROUND: IGF-I gene polymorphisms might alter IGF-I level resulting in decreased foetal and postnatal growth and increased risk for diabetes mellitus type 2 and cardiovascular diseases in adulthood. OBJECTIVES: We analyzed the association between Cytosine-Adenosine (CA)10-24 repeats polymorphism in promoter region of the IGF-I gene and early growth in infants with birth weight appropriate for gestational age (AGA) and small for gestational age (SGA). Design and METHODS: All neonates were born at term, 196 of them were AGA and 26 SGA. Blood for DNA analyses was obtained from placental part of umbilical vein. Genotyping was performed using fragment analyses of IGF-I gene promoter region. The data about postnatal growth in the group of AGA children were obtained at the age of 18 months, in SGA children at 12 months. RESULTS: No differences in the frequency of wild type allele with (CA)19 repeats and polymorphisms with (CA)<19 or (CA)>19 repeats were observed between AGA and SGA children. The average birth weight and length in AGA wild type (CA)19 homozygotes were lower in comparison with AGA carriers of various (CA)n polymorphisms but all observed anthropometric differences disappeared at the age of 18 months. In SGA children, no differences were found between number of (CA)n repeats and anthropometric parameters both at birth and at the age of 12 months. CONCLUSIONS: Although (CA)n repeats polymorphism in IGF-I gene might affect prenatal growth in AGA children, our results have not shown any impact of variable number of (CA) n repeats in IGF-I gene on postnatal growth.
- MeSH
- adenosin MeSH
- cytosin MeSH
- hypotrofický novorozenec fyziologie růst a vývoj MeSH
- insulinu podobný růstový faktor I genetika MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- novorozenec MeSH
- polymorfismus genetický MeSH
- porodní hmotnost genetika MeSH
- promotorové oblasti (genetika) genetika MeSH
- repetitivní sekvence nukleových kyselin MeSH
- tělesná výška genetika MeSH
- vývoj dítěte fyziologie MeSH
- Check Tag
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- novorozenec MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Dítě je v průběhu nitroděložního vývinu vystaveno nižšímu napětí kyslíku, a proto si k zabezpečení dostatečného okysličení tkání vytváří větší počet fetálních erytrocytů. Po porodu se tyto krvinky stávají nadbytečné, dochází k jejich rozpadu a jsou nahrazovány erytrocyty s adultním hemoglobinem. Z rozpadlých červených krvinek se uvolňuje bilirubin, který je postupně zpracován v játrech, mění se na látku ve vodě rozpustnou a je z organismu odstraněn močením. U novorozence je kapacita těchto jaterních mechanismů k odstranění bilirubinu nedostatečná, proto se u většiny novorozenců vyskytuje určitý stupeň žloutenky.
Příčiny intrauterinní poruchy fetálního růstu mohou být heterogenní. Předpokládá se, že nižší porodní hmotnost může být ve spojení s postnatálními vlivy prostředí rizikovým faktorem pro vznik řady chorob v dospělosti, např. hypertenze, ischemické choroby srdeční nebo diabetes mellitus 2. typu. Etiopatogeneze tohoto vztahu sice není zatím zcela objasněna, je ale zřejmé, že pre- i postnatální růst a budoucí rizika jsou modulována řadou metabolických změn i genetických faktorů. Podle teorie programmingu díky intrauterinní adaptaci na nepříznivé vlivy dochází k dlouhodobým metabolickým a endokrinním změnám. Zdá se, že vhodným kandidátním systémem pro spojení mezi intrauterinní růstovou poruchou a některými chorobami v dospělosti by mohl být systém IGF-I, IGF-II a jejich vazebných bílkovin (IGFBP), stejně jako některé polymorfismy v promotoru genu pro IGF-I.
The reasons for fetal growth restriction are heterogeneous. It was postulated that low birthweight together with postnatal environmental factors might increase the risk for number of diseases in adulthood, i.e. hypertension, ischaemic heart disease or diabetes mellitus type 2. Pathophysiology of this relationship is not fully understood, but it is evident, that pre- and postnatal growth and subsequent risks are modulated by different metabolic changes and genetic factors. According to programming hypothesis intrauterine adaptation to disadvantageous influences leads to long-term metabolic and endocrine alterations. IGF-I, IGF-II and their binding proteins (IGFBP) system as well as certain polymorphisms in IGF-I promotor gene might be possible candidates in explaining the link between intrauterine growth retardation and some of the diseases in adulthood.
- MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- epidemiologické studie MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- hypotrofický novorozenec fyziologie růst a vývoj MeSH
- insulinu podobný růstový faktor I genetika nedostatek MeSH
- insulinu podobný růstový faktor II genetika nedostatek MeSH
- lidé MeSH
- matka - expozice noxám škodlivé účinky MeSH
- polymorfismus genetický MeSH
- protein-energetická malnutrice komplikace metabolismus MeSH
- proteiny vázající insulinu podobné růstové faktory genetika metabolismus MeSH
- rizikové faktory MeSH
- růstová retardace plodu diagnóza etiologie klasifikace MeSH
- těhotenství MeSH
- vývoj dítěte MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
