1. B-CLL is a heterogeneous malignant disease; the worst prognosis is connected with abnormalities of the TP53 gene. The clinical significance of monoallelic vs. biallelic alterations is not defined as yet. 2. Aim of the project is monitoring of the association of individual alterations (mutations and deletions) with prognosis and application of therapy. 3. The association of particular missense mutations with clinical outcome will be studied. 4. To perform more precise mutational analysis, the modern approaches (microarray resequencing, High Resolution Melting) will be introduced together with established methods (functional analysis FASAY/sequencing).

1. B-CLL je heterogenní onemocnění, nejhorší prognózu mají pacienti s abnormalitami genu TP53. Dosud není jasně definován klinický význam monoalelických a bialelických změn v genu TP53. 2. Cílem projektu je sledovat vliv jednotlivých změn (mutací a delecí) v genu TP53 na prognózu pacientů a určit jejich vztah k aplikaci chemoterapie. 3. Bude studována asociace mezi konkrétními záměnovými mutacemi v genu TP53 a klinickým průběhem onemocnění. 4. Pro zpřesnění mutačních analýz budou stávající metodiky (funkční analýza FASAY/sekvenování) doplněny o moderní metodické přístupy: sekvenování na čipu, analýza křivek tání.

• MeSH
• chronická lymfatická leukemie MeSH
• geny p53 MeSH
• imunohistochemie MeSH
• mutace MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádorový supresorový protein p53 analýza   MeSH
• prognóza MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Many genetic factors contribute to clinical heterogeneity of chronic lymphocytic leukemia, with some of them already serving as prognostic markers. Genetic changes proceeding in the genome of CLL cells during the disease course influence properties of the cancer cells. To identify clinically relevant genomic changes, recurrent detailed analysis of the cellular genome is required. To be able to study alterations in CLL cells, microarray comparative genome hybridization (arrayCGH) will be performed, CLL-specific resequencing microarray will be designed and gene expression of prognosticaly relevant genes and microRNAs will be analyzed using quantitative real time PCR.

Na klinické variabilitě B-buněčné chronické lymfocytární leukémie se podílí řada genetických faktorů, z nichž některé již v současnosti slouží jako prognostické markery. V genomu CLL buněk probíhají během vývoje onemocnění změny, které mohou ovlivnit další chování nádorových buněk. K identifikaci klinicky relevantních genomických změn je potřeba podrobná analýza genomu, prováděná opakovaně během onemocnění. Ke studiu procesů probíhajících v CLL buňkách budeme využívat komparativní genomovou hybridizacina čipu (arrayCGH), CLL-specifický sekvenační čip, jehož návrh je součástí projektu a kvantitativní real-time PCR pro stanovení exprese prognosticky významných genů.

• MeSH
• chronická lymfatická leukemie MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• genom MeSH
• hybridizace in situ MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• prognóza MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

MicroRNAs and small interfering RNAs (siRNA) function as sequence-specific modulators of a gene expression. Regulation of the gene expression using small RNAs, called RNA interference, has a crucial role in tumor formation and properties. Small RNAs areaberrantly expressed in many tumors and each cancerous tissue exhibits a specific miRNA expression profile. Classification and prediction of tumor behavior based on miRNA analysis become an effective instrument in oncological diagnostics. The project will include miRNA analysis (so called miRNome) in patients with chronic lymphocytic leukemia and other tumors and use of siRNA molecules for specific inhibition of the expression of important genes aberrantly expressed in cancer cells. Evaluation of miRNAexpression profiles in tumor cells and correlation of results with clinical data and other prognostic markers enables to specify cancer diagnosis and prognosis and improve therapy effectivity from both medical and economical aspects.

MikroRNA a malé interferující RNA (siRNA) působí jako sekvenčně specifické modulátory genové exprese. Regulace exprese genů prostřednictvím malých RNA, nazývaná jako RNA interference, má zásadní význam pro vznik i vlastnosti nádorů. Malé RNA jsou u mnohatypů nádorů aberantně exprimovány a každá nádorová tkáň vykazuje specifický expresní profil mikroRNA. Klasifikace a predikce chování nádorů založená na analýze mikroRNA se stává velmi efektivním nástrojem v onkologické diagnostice. Projekt se zabývá analýzou mikroRNA (tzv. miRNomu) u pacientů s chronickou lymfatickou leukémií a dalšími malignitami a využitím siRNA pro specifickou inhibici exprese významných genů aberantně exprimovaných v nádorových buňkách. Sledování exprese mikroRNA v nádorových buňkách a korelace výsledků s klinickými daty a ostatními prognostickými markery umožní zpřesnění diagnózy a prognózy nádorových onemocnění i zvýšení efektivity terapie z lékařského i ekonomického hlediska.

• MeSH
• genetická terapie MeSH
• leukemie diagnóza   terapie   MeSH
• malá interferující RNA MeSH
• mikro RNA MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• regulace genové exprese MeSH
• RNA interference MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1. B-CLL is an incurable disease and the worst prognosis, particularly a resistance to treatment is connected with abnormalities in the p53 or ATM genes. 2. Our recent results of in vitro tests indicate, that the sensitivity on potentiation effect of monoclonal antibody rituximab in relation to cytostatics is not determined by inactivation of p53 or deletion of ATM 3. We assume to identify the responsible proteins by using two-dimensional electrophoresis or liquid chromatography, coupled to mass spectrometry protein identification. 4. These identified proteins could serve as the markers of resistance and their knowledge could set aside the patients for which it is not reasonable to apply rituximab in connection to corresponding cytostatics.

1. B-CLL je nevyléčitelné onemocnění a nejhorší prognózu, zejména rezistenci na léčbu, vykazují pacienti s abnormalitami genů p53 nebo ATM. 2. Z našich současných výsledků in vitro testů vyplývá, že citlivost na potenciační efekt monoklonální protilátkyrituximab ve vztahu k cytostatikům není determinována inaktivací p53 nebo delecí ATM. 3. Proteiny poteciálně zodpovědné za tento jev zamýšlíme identifikovat pomocí dvourozměrných elektroforéz a nebo kapalinové chromatografie, doplněné následnou hmotnostní spektrometrií. 4. Tyto proteiny by měly sloužit jako markery rezistence a jejich znalost by mohla vyčlenit pacienty, u kterých není smysluplné aplikovat rituximab spolu s konkrétnmi cytostatiky.

• MeSH
• chronická lymfatická leukemie farmakoterapie   MeSH
• cytostatické látky MeSH
• elektroforéza metody   MeSH
• geny p53 MeSH
• hmotnostní spektrometrie MeSH
• monoklonální protilátky MeSH
• nádorové proteiny analýza   klasifikace   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• tumor supresorové geny MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

DNA microarrays methodology will enable simultaneous detection of a high number of genes and so open wide possibilities for oncological research and clinical praxis Comparison of gene expression of normal and cancer cells will help elucidate the mechanism of malignant cellular transformation, enable monitoring of patient response to therapy and predict disease development. Study of the most frequent types of leukemia - CLL in adults and ALL in children, from the point of view of gene expression profileswill allow discovery of new prognostic and classification criteria of these malignancies Results of microarray analyses will lead to the creation of individualised therapeutic schemes and antitumor therapy optimalisation in leukemias.

Metodika DNA čipů (microarrays) umožňuje současnou detekci exprese velkého počtu genů a tak poskytuje široké možnosti pro onkologický výzkum i klinickou praxi. Srovnání genové exprese u normálních a nádorových buněk přispěje k objasnění mechanismu maligního zvratu buňky, ale také umožní sledovat odpověď pacienta na léčbu a predikovat vývoj onemocnění. Studium nejčastějších typů leukémií - CLL u dospělých a ALL u dětí z hlediska expresních genových profilů umožní nalezení nových prognostických a klasifikačních znaků těchto onemocnění. Výsledky čipových analýz povedou k vytváření individualizovaných terapeutických schémat a optimalizaci protinádorové terapie u leukémií.

• MeSH
• akutní nemoc MeSH
• chronická lymfatická leukemie diagnóza   MeSH
• exprese genu MeSH
• imunologické faktory MeSH
• leukemie MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

CLL is uncurable disease and the cases with the worst prognosis (especially with regard to treatment) are the patients with inactivated p53 tumor-supressor. Whether this is also truth in the case of gradually introduced modern therapy (monoclonal antibodies targeted against epitopes presented on B-lymphocytes) is not clear yet. In vitro tests performed on freshly isolated B-CLL cells with exactly characterized p53 should contribute to elucidation of this issue. The final aim of the study should be optimization of treatment of CLL patients with the worst prognosis.

CLL je nevyléčitelné onemocnění a případy s nejhorší prognózou (zejména s ohledem na léčbu) představují pacienti s inaktivovaným tumor-supresorem p53. Zda toto bude platit i v případě nyní postupně zaváděné moderní léčby (monoklonální protilátky cílené proti epitopům presentovaným na B-lymfocytech) není dosud jasné. In vitro testy na čerstvě izolovaných CLL buňkách s přesně charakterizovaným p53 by měly přispět k osvětlení této záležitosti. Finálním cílem by měla být optimalizace léčby CLL pacientů s nejhorší prognózou.

• MeSH
• chronická lymfatická leukemie farmakoterapie   MeSH
• management nemoci MeSH
• monoklonální protilátky MeSH
• nádorový supresorový protein p53 MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR