Cíl studie: Cílem této práce je shromáždit aktuální informace o možnostech preimplantačního genetického screeningu a diagnostiky. Typ studie: Souhrnný článek. Název a sídlo pracoviště: Gynekologicko-porodnické oddělení Nemocnice Šternberk, IVF Clinic Olomouc. Výsledky: Preimplantační genetické testování představuje soubor genetických a molekulárně cytogenetických vyšetření, s jejichž pomocí můžeme odhalit abnormality embrya ještě před jeho přenosem do dělohy matky. Toto specializované vyšetření vychází z nejnovějších poznatků genetiky a asistované reprodukce. Preimplantační genetické testování je nutně spojeno s metodou in vitro fertilizace a provádí se na izolovaných blastomerách třetí den kultivace embrya. V současnosti však bývá preferováno vyšetření buněk trofoektodermu z pětidenních blastocyst. Obecně lze konstatovat, že po provedení preimplantačního genetického testování lze k transferu do dělohy vybrat pouze embrya bez genetické zátěže. Závěr: Preimplantační genetické testování je v současné době důležitou součástí léčby neplodnosti. Komplexní diagnostika a léčba neplodných párů je stále více ovlivňována rozvojem a využitím moderních genomických technologií. Další rozvoj a aplikace těchto metod vyžaduje úzkou spolupráci mezi obory asistované reprodukce a klinické genetiky.

Objective: The aim of this work is to summarize the current knowledge about preimplantation genetic screening and diagnostics. Design: A review article. Setting: Department of Gynecology and Obstetrics, District Hospital Šternberk, IVF Clinic, Olomouc. Results: Preimplantation genetic testing is a complex of genetic and molecular cytogenetic examinations, which can help to detect abnormalities in embryos before transfer into the uterus of the mother. These specialized examinations are based on the latest findings in genetics and assisted reproduction. The preimplantation genetic testing is necessarily associated with a method of in vitro fertilization. It is performed on isolated blastomeres on the third day of embryo cultivation. Nowadays, it is preferred trophectoderm examination of cells from the five-day blastocysts. Generally speaking, after preimplantation genetic testing, we can select only embryos without genetic load to transfer into uterus. Conclusion: Preimplantation genetic testing is an important part of treatment of infertility. Complex diagnostics and treatment of infertile couples are increasingly influenced by the development and use of advanced genomic technologies. Further development and application of these modern methods require close cooperation between the field of assisted reproduction and clinical genetics.

• Klíčová slova
• aCGH, karyomapping, NGS,
• MeSH
• aneuploidie MeSH
• asistovaná reprodukce MeSH
• blastocysta cytologie   patologie   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   využití   MeSH
• infertilita terapie   MeSH
• lidé MeSH
• preimplantační diagnóza * metody   MeSH
• srovnávací genomová hybridizace metody   využití   MeSH
• výzkum embrya MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• souhrny MeSH

Nové molekulárně biologické metody umožnily zpřesnění průkazu chromozomálních změn v nádorové tkáni. Tyto změny lze prokázat u většiny maligních nádorů. Rychlý rozvoj celogenomových molekulárně biologických metod napomohl zlepšení poznání genetického pozadí nádorů. V současné době je jejich průkaz součástí diagnostických nebo prognostických schémat používaných u jednotlivých nádorových onemocnění. Jako první bylo v klinické praxi využíváno klasické cytogenetické vyšetření karyotypu, které je využíváno dodnes, i když s nástupem nových molekulárně biologických technik se jeho význam zmenšil. Metodami dnes nejčastěji používanými ke stanovení chromozomálních delecí nebo zmnožení při celogenomovém vyšetření jsou komparativní genomová hybridizace (CGH), array-CGH a SNP array. První dvě jsou založeny na principu porovnání nádorové DNA a normální, kontrolní DNA. Princip SNP array využívá přítomnosti jednonukleových polymorfismů rozložených po celém genomu u každého jedince. SNP array prokazuje nejen delece nebo zmnožení chromozómů, tak jak je tomu u CGH technik, ale je schopna prokázat i ztrátu heterozygozyty nebo unipaternální dizomii. Vyšetření chromozomálních změn se dnes stává rutinním a v některých případech také nezbytným vyšetřením pro stanovené diagnózy a prognózy nádorového onemocnění a správného výběru onkologické terapie.

New molecular biology methods have specified the evidence of chromosomal changes in the tumor tissue. These alterations can be proven to exist in the majority of malignant tumors. The fast progress of whole genome molecular biological methods has helped to improve the knowledge of tumor genetics. The evidence of genetic changes is a component of currently used diagnostic and prognostic schemes in particular cancer diseases. Karyotyping was the first method used in the clinical practice but its importance has decreased with the arrival of new molecular biological methods. The most common methods used for the detection of chromosomal deletions or amplifications are CGH, array-CGH and SNP array. The first two methods are based on the principle of comparison between tumor DNA and control DNA. The principle of SNP array uses the presence of single nucleotide polymorphisms that are located in the whole genome in each individual. SNP array can prove not only deletions or amplifications of the chromosomes but unlike CGH techniques it can also detect a loss of heterozygosity or uniparental disomy. The screening of chromosomal changes has nowadays become routine. These techniques are used for diagnosis, prognosis and treatment of cancer disease in certain cases.

• MeSH
• chromozomální delece MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• genom lidský * genetika   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus * MeSH
• lidé MeSH
• meduloblastom genetika   MeSH
• molekulární biologie MeSH
• neuroblastom genetika   MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů * metody   využití   MeSH
• srovnávací genomová hybridizace * metody   využití   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Cíl studie: Porovnání současných sekvenačních metod, analýza jejich výsledků, analytická a klinická interpretace. Pokus o výhled do budoucnosti. Typ studie: Přehledná práce. Název a sídlo pracoviště: Ústav experimentální medicíny AV ČR, Praha 4. V rámci současného rozvoje sekvenčních metod vrhli výrobci na trh řadu strojů, které jsou schopny během několika dnů sestavit kompletní sekvenci lidského genomu. Metodické principy se příliš neliší a vycházejí z přístupu použitého již při původní analýze sekvence v rámci projektu HGP, který skončil v roce 2003, tj. ze stanovení sekvenci krátkých úseků a jejich následného pospojování počítačovým programem. Cena analýzy jednoho vzorku stále klesá a předpokladem je její snížení v roce 2013 na 1000 USD za vzorek. Poklesem nákladů se možnosti využití celogenomového sekvenování stávají stále dostupnějšími, a proto začínají získávat na významu i jako nástroj genetického testování. Stávají se tak i předmětem konkurenčního boje mezi výrobci, kteří své „sekvenátory“ nové generace nepřetržitě zdokonalují – zvyšují jejich výkon a použitelnost v nejrůznějších aplikacích. Postupně vrůstá i použitelnost jejich výsledků v praktické lékařské diagnostice, která začíná nabízet nebývalé množství dat. Do genetické molekulární diagnostiky vstoupil nový fenomén – celogenomové sekvenování. Naše instituce by k této situaci měly přistupovat racionálně a investovat tak, abychom příliš nezaostali, udrželi v této oblasti s celosvětovým vývojem krok, ale vybavili se jen takovým množství přístrojů, které dokážeme optimálně využít, protože lze oprávněně předpokládat, že zlepšování bude rychle pokračovat a stroje, které budou k dispozici za několik málo let, budou ještě výkonnější a dokonalejší. Také se značně zvýší kvalita interpretace získaných nálezů.

The review has been focused on the last decade of progress in sequencing technologies and possibilities of analyzing larger and larger genomes including the whole human genome. New technologies are making WGS cheaper and reaching the sum of 1000 USD for human WGS is supposed to come in 2013. In spite of the fact that at present the time necessary for getting the assembled fragments takes several days in case of human genome and cost of one run may be several times more than 1000 USD many such devices are being constructed and sold. Step by step not only analytical procedures based on sequencing of amplified small fragments or direct sequencing of isolated DNA strains, but also the interpretation starting from the analytical process to clinical interpretation is taking place. WGS seems to become more and more helpful method in genetic testing, offering an enormous amount of data to be analyzed and interpreted, and in a few years it will most probably become a useful tool also in medical practice.

• Klíčová slova
• sekvenace nové generace, celogenomová sekvenace, analytická interpretace, klinická interpretace, příští vývoj,
• MeSH
• cytogenetické vyšetření přístrojové vybavení   trendy   využití   MeSH
• diagnostické techniky molekulární ekonomika   přístrojové vybavení   trendy   MeSH
• financování organizované MeSH
• srovnávací genomová hybridizace ekonomika   přístrojové vybavení   využití   MeSH

• MeSH
• amplifikace genu MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetické vyšetření * metody   trendy   využití   MeSH
• dítě MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   trendy   využití   MeSH
• lékařská onkologie MeSH
• lidé MeSH
• nádory mozku * diagnóza   terapie   MeSH
• pediatrie MeSH
• srovnávací genomová hybridizace * metody   trendy   využití   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• stupeň nádoru metody   využití   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   využití   MeSH
• financování organizované MeSH
• genetické markery genetika   imunologie   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   využití   MeSH
• lékařská onkologie metody   trendy   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární biologie metody   trendy   MeSH
• nádorové biomarkery izolace a purifikace   MeSH
• nádory děložního čípku diagnóza   genetika   MeSH
• nádory vaječníků diagnóza   genetika   MeSH
• nádory ženských pohlavních orgánů diagnóza   genetika   MeSH
• srovnávací genomová hybridizace metody   využití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• MeSH
• chemorezistence genetika   imunologie   účinky léků   MeSH
• chromozomální aberace účinky léků   MeSH
• cisplatina farmakologie   imunologie   terapeutické užití   MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   využití   MeSH
• doxorubicin farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• financování organizované MeSH
• genetické techniky využití   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   využití   MeSH
• lékařská onkologie metody   trendy   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové buněčné linie účinky léků   MeSH
• neuroblastom genetika   imunologie   MeSH
• srovnávací genomová hybridizace metody   využití   MeSH
• vinkristin farmakologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   využití   MeSH
• financování organizované MeSH
• genetické markery genetika   MeSH
• geny BRCA2 MeSH
• lékařská onkologie metody   trendy   MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 17 genetika   imunologie   MeSH
• mikročipová analýza metody   využití   MeSH
• molekulární biologie metody   trendy   MeSH
• nádorové biomarkery izolace a purifikace   MeSH
• nádory prsu diagnóza   genetika   MeSH
• plošný screening metody   využití   MeSH
• srovnávací genomová hybridizace metody   využití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie diagnóza   genetika   imunologie   MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   využití   MeSH
• dítě MeSH
• financování organizované MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   využití   MeSH
• lékařská onkologie trendy   MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 7 genetika   imunologie   MeSH
• prognóza MeSH
• srovnávací genomová hybridizace metody   využití   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• abstrakty MeSH