The proposed project aims to introduce FISH using fluorescently labeled oligonucleotide probes for detection the expanded repetitive sequences CTG and CCTG in the DMPK gene and ZNF9 gene resp. which are connected with DM1 and DM2. The mutations resposible for DM1 and DM2 are the short repetitive sequences and one from the next steps in diagnostics is the assessment of the number of the repeats by PCR (in shorter alleles) and Souther hybridization. The next task of the project is clinical, electrophysiological and cardiological testing of the DM1 and DM2 patients and the final evaluation of the correlation between the phenotypic features and the detected mutations.

Cílem předkládaného projektu je zavedení metody FISH využívající antisense oligonukleotidové sondy pro diagnostiku expandovaných repetitivních sekvencí CTG a CCTG v genu DMPK resp. ZNF9 spojených s diagnosou DM1 resp. DM2. Typem mutace odpovědné za DM1 aDM2 je expanze krátkých repetitivních sekvencí a jedním z dalších diagnostických kroků je určení počtu těchto repetic metodou PCR (u alel s menším počtem repetic) a Southernovy hybridizace. Dalším úkolem projektu je klinické, elektromyografické a kardiologické sledování pacientů s diagnózou DM1 a DM2 a závěrečné vyhodnocení korelace mezi fenotypovými projevy a detekovanými změnami na molekulární a buněčné úrovni.

• MeSH
• diabetes mellitus 1. typu komplikace   MeSH
• diabetes mellitus 2. typu komplikace   MeSH
• diferenciální diagnóza MeSH
• expanze trinukleotidových repetic MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   MeSH
• myotonická dystrofie diagnóza   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Extension of molecular genetic methods in spinocerebellar ataxias in order to improve diagnostic approaches in patients with ataxia. Longitudinal clinical and electrophysiological study on patients with diagnosed various types of SCA focused on phenotype/genotype correlation. Introduction of advanced molecular genetic diagnostic methods of Pelizaeus Merzbacher disease/spastic paraplegia 2 which could be used for improvement of differential diagnosis of ataxias as well as clasical form of this disease.

Rozšíření DNA metod v oblasti jinak nediagnostikovatelných hereditárních spinocerebelárních chorob s cílem umožnit tak zúžení okruhu široké diferenciální diagnostiky u pacientů s ataxií. Sledování vývoje jednotlivých verifikovaných forem SCA v longitudinální studii po stránce klinické i elektrofyziologické s cílem upřesnění korelace fenotypu a genotypu. Zavedení diagnostiky bodových mutací PLP genu (choroba Pelizaeus-Merzbacherova/spastická paraplegie 2), která doplní dostupnou diagnostiku duplikací a umožní zpřesnění diagnostiky jak ataxií, tak klasických forem Pelizaeus-Merzbacherovy leukodystrofie.

• MeSH
• cerebelární ataxie diagnóza   genetika   MeSH
• elektrofyziologie MeSH
• expanze trinukleotidových repetic MeSH
• fenotyp MeSH
• genotyp MeSH
• longitudinální studie MeSH
• mutační analýza DNA MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

We propose to test a hypothesis following from our preliminary results that the common PCR in vitro simulates the pathological microsatellite expansions in the human genome. We will use PCr and human genome bioinformatics for purpose. Perform PCR in vitro of about 1000 DNA fragments 10-60 nucleotides in lenght occuring pathologically expanding human genome regions. Generalize the results into rules precting propensity to the expansion to the nucleotide sequence. Carry out a bioinformatic analysis of thehuman genome. Find whether the microsatellite frequency of occurrence and lenght correlates with the expansion during PCR in vitro. Generalize the results of the project into rules assigning propensity to expansion to the fragments in the human genome.Analyze selected DNA fragments by biophysical methods to understand the mechanism of expansion.

Na základě našich předběžných výsledků navrhujeme testovat hypotézu, že patologické prodlužování mikrosatelitů v lidském genomu lze simulovat běžnou PCR in vitro. Tuto hypotézu nudeme testovat kombinací PCR a bioinformatiky. Provedeme PCR asi 1000 fragmentů DNA délky 10-60 nukleotidů, které se nacházejí v patologicky se prodlužujících oblastech lidského genomu a výsledky zobecníme do pravidel přiřazujícíh libovolné posloupnosti nukleotidů náchylnost k prodlužování. Provedeme bioinformatickou analýzui nukleotidových posloupností lidského genomu. Zjistíme, zda frekvence výskytu a délka mikrosatelitů v lidském genomu koreluje s jejich prodlužováním při PCR in vitro. Získané výsledky zobecníme do pravidel přiřazujících náchylnost k prodlužování fragmentůmv lidském genomu. Pro pochopení mechanismu prodlužování podrobíme vybrané fragmenty DNA biofyzikální analýze.

• MeSH
• biofyzika metody   MeSH
• expanze trinukleotidových repetic genetika   MeSH
• genom lidský MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• výpočetní biologie MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Diagnosis of fraX positive patiens among mentaly retarded ones,determination of DXS548 and FRAXAC1,cloning of PCR products,assesment of non-B structures of DNA demethylation of DNA and study of stability of hypomethylated repetition.

Odběry krve pacientů suspektních fraX, odhalení podílu fraX pozitivních v populaci mentálně postižených, stanovení (CA)n, klonování PCR produktůů a analýza lokálních struktur DNA, demetylace DNA a vliv metylace na stabilizaci expandované (CGG)n.

• MeSH
• chromozomální fragilita MeSH
• DNA analýza   MeSH
• expanze trinukleotidových repetic MeSH
• mentální retardace genetika   MeSH
• plošný screening MeSH
• polymerázová řetězová reakce využití   metody   MeSH
• syndrom fragilního X MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR