Vysokokapacitní cílené sekvenování nové generace (NGS) umožňuje paralelní vyšetření mnoha nádorových predispozičních genů (panelů) u onkologicky nemocných s podezřením na výskyt dědičného nádorového syndromu. Identifikace nosičů patogenních mutací u pacientů a jejich příbuzných má zásadní prognostický ale i prediktivní význam. Plnou implementaci výsledků NGS do klinické péče o tyto vysoce rizikové osoby omezuje interpretace nacházených variant s nejasným klinickým významem (VUS). Pro zlepšení diagnostického přínosu NGS u nádorových syndromů provedeme komplexní bioinformatickou reanalýzu dat z nádorových NGS panelů (získaných při rutinních vyšetřeních indikovaných nemocných ve 4 centrech v ČR) a asociaci nalezených variant s klinickými a histopatologickými údaji pacientů. Analýza nádorového NGS panelu u 1000 nenádorových kontrol umožní identifikaci populačně specifického genetického pozadí. Vybrané VUS se zjištěným rekurentním výskytem budou charakterizovány pomocí in silico přístupů a funkčních in vitro testů identifikujících patogenetické mechanismy jejich působení.; High-throughput targeted next-gen sequencing (NGS) enable simultaneous analysis of many cancer-susceptibility genes (panels) in oncological patients with suspected hereditary cancer syndrome. Identification of pathogenic mutations in high-risk patients and their relatives has high prognostic and predictive importance. The utility of NGS data for clinical management of high-risk patients is hampered by complicated interpretation of variants of uncertain significance (VUS). In order to improve the diagnostic power of NGS, we will perform comprehensive reanalysis of NGS cancer panel data (obtained from analyses of high-risk individuals at 4 large Czech centers) and correlation of these data with patients’ clinical and histopathological characteristics. To uncover population specific genetic background, we will perform cancer panel NGS analysis of 1000 non-cancer controls. The VUS in cancer-susceptibility genes will be analyzed by in silico approaches. To describe mechanisms of their pathogenicity, selected recurrent variants will be enrolled into the in vitro functional analysis.

• MeSH
• Neoplastic Syndromes, Hereditary diagnosis   genetics   MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Humans MeSH
• Mutation genetics   MeSH
• Prognosis MeSH
• Computational Biology methods   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Testování kandidátních virů ukázalo jejich roli při iniciaci ostrůvkové autoimunity vedoucí k diabetu 1. typu, ale dosud při výzkumu této problematiky nebylo použito sekvenování nové generace (NGS) všech virových populací (tzv. viromu) ve střevě. Naším cílem je zkoumat asociaci složení lidského střevního viromu s ostrůvkovou autoimunitou právě pomocí NGS kombinovaného se specifickými PCR testy. Finská studie DIPP a norská MIDIA poskytnou dohromady vzorky od 50 dětí s časnou ostrůvkovou autoimunitou a od dvou kontrol ke každému z případů. Střevní virom bude charakterizován pomocí NGS ze vzorků stolice odebraných v pěti časových bodech před ostrůvkovou autoimunitou; potvrzení hlavních nálezů bude provedeno pomocí PCR. Navíc budou testovány virové sekvenční signatury v nukleových kyselinách extrahovaných z krve odebrané ve třech časových bodech před ostrůvkovou autoimunitou. Data budou analyzována pomocí logistické regrese se smíšenými efekty. Použití dvou rozdílných vysokorizikových kohort považujeme za unikátní z hlediska robustnosti pro detekci případné kauzální asociace viru.; Candidate virus studies have indicated a role of viruses in initiating islet autoimmunity leading to type 1 diabetes, but no unbiased sequencing of all virus populations (virome) of the gut has been performed in this context. Our aim is to investigate the association of gut virome composition with islet autoimmunity using next-generation sequencing (NGS) followed by confirmation with specific PCR tests from stool and blood. The Finnish DIPP and Norwegian MIDIA studies will together provide samples from 50 young prediabetic children who developed early islet autoimmunity, and from two controls matched to each case. The virome will be characterized by NGS from stool samples collected at five time points before islet autoimmunity. The obtained virus signatures will be tested by a highly multiplexed set of specific PCR assays in stool and also in corresponding blood samples. Statistical analysis will utilize mixed effects logistic regression models. The use of two distinct high-risk cohorts renders the study a unique robustness for detection of causative virus associations.

• MeSH
• Autoimmunity MeSH
• Blood Chemical Analysis MeSH
• Diabetes Mellitus, Type 1 MeSH
• Cohort Studies MeSH
• Infant, Newborn MeSH
• Polymerase Chain Reaction MeSH
• Risk Factors MeSH
• Gastrointestinal Microbiome MeSH
• Viruses MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH
• Check Tag
• Infant, Newborn MeSH
• Geographicals
• Finland MeSH
• Norway MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• virologie
• alergologie a imunologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Díky sekvenování nové generace (NGS) je nyní možné sekvenovat všechny přestavby genů pro imunoglobuliny (Ig) a T-buněčné receptory (TR) v biologických vzorcích. Několik skupin, včetně naší, již prezentovalo výsledky dokládající využitelnost detekce Ig/TCR pro stanovení minimální reziduální nemoci (MRD) u lymfoidních malignit a pro hodnocení imunitního repertoáru za fyziologických I patologických podmínek. I přes neoddiskutovatelné výhody má NGS stále závažné nedostatky, které brání použití metody pro rutinní diagnostiku. Cílem tohoto projektu je (i) zavést a standardizovat v rámci mezinárodní spolupráce různé typy Ig/TCR systémů pro detekci MRD u lymfoproliferativních malignit, (ii) prospektivně zhodnotit proveditelnost a využitelnost nového přístupu založeného na NGS v porovnání se současnými standardně používanými metodami (kvantitativní PCR a průtoková cytometry) na kohortě pacientů s akutní lymfoblastickou leukémií.; Next generation sequencing (NGS) has opened a unique possibility to sequence all rearrangements of immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor (TR) genes in biologic samples. Several groups including ours already presented data on the usefulness of NGS Ig/TR detection for the assessment of minimal residual disease (MRD) in lymphoid malignancies and for the evaluation of the entire immune spectrum in various normal and pathologic conditions. However, despite many advantages, the methodology still suffers from serious flaws, which prevent the introduction of the method into routine diagnostics. The aim of this project is (i) to develop and standardise in international collaboration several types of NGS Ig/TR assays for MRD detection in lymphoproliferative neoplasms, (ii) to prospectively evaluate the feasibility and performance of the new NGS-based approach compared to current gold standard methods (quantitative PCR and flow cytometry) in a cohort of patients with acute lymphoblastic leukemia.

• MeSH
• Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma diagnosis   genetics   MeSH
• Gene Rearrangement MeSH
• Immunoglobulin G genetics   MeSH
• Humans MeSH
• Receptors, Antigen, T-Cell genetics   MeSH
• Neoplasm, Residual diagnosis   genetics   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• alergologie a imunologie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Projekt se zaměřuje na výzkum úlohy genu pro CD36 v patogenezi kognitivních poruch. Projekt vychází z naší předchozí studie, ve které byla prokázána významná asociace mezi CD36 receptorem a Alzheimerovou chorobou (AD). CD36 se podílí na vychytávání Aß, oxidačním stresu a tvorbě zánětlivých cytokinů. V projektu bude komplexně vyšetřeno celkem 950 osob – pacientů s mírnou kognitivní poruchou, kognitivně zdravých seniorů, pacientů s AD a pacientů s jinými typy demencí. Osoby budou vyšetřeny neurologicky, neuropsychologicky a absolvují komplexní laboratorní vyšetření a MR mozku. DNA osob bude použita na NGS sekvenování celého genu pro receptor CD36 za účelem nalezení všech polymorfizmů, které souvisejí se sledovanými klinickými daty. Bude studována interakce genotypů ApoE a dalších kandidátních genů s CD36 genem. Jedná se vůbec o první studii tohoto druhu (celogenová analýza kombinovaná s rozsáhlými klinickými testy) ve výzkumu AD. Projekt umožní lépe porozumět patofyziologii AD (včetně úlohy CD36), což v budoucnu může posloužit k predikci a vývoji specifických léčebných postupů AD.; The project is focused on the role of CD36 gene in the pathogenesis of cognitive disorders. It is based on our recent discovery of a significant association between CD36 gene and Alzheimer’s disease (AD). CD36 is involved in the removal of amyloid ß fragments, mechanisms of oxidative stress and production of cytokines. We shall evaluate 950 subjects; patients with mild cognitive impairment, no cognitive impairment, fully developed AD-type dementia and non-AD dementias. All subjects will undergo neurological, psychological and laboratory tests as well as MRI brain scans. CD36 gene will be analyzed for all polymorphisms/mutations by the state-of-the-art (NGS) whole gene analysis. ApoE and other AD-associated genes will be examined for interactions with the CD36 gene variations. This will be the first study of its kind (whole gene analysis combined with comprehensive clinical testing) ever undertaken in AD research. Expected outcomes are much better understanding of AD pathophysiology leading to new predictive and therapeutic approaches, particularly for the early stages of AD.

• MeSH
• Alzheimer Disease genetics   MeSH
• CD36 Antigens MeSH
• Genotyping Techniques MeSH
• Cognition Disorders genetics   MeSH
• Polymorphism, Genetic MeSH
• Sequence Analysis, DNA MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• neurologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• Nursing MeSH
• Research MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• ošetřovatelství

Kardiomyopatie jsou heterogenní skupinou onemocnění s poruchou struktury a/nebo funkce srdečního svalu, které představují významnou příčinu kardiovaskulární morbidity a mortality a mají často familiární výskyt. Hypertrofická kardiomyopatie je nejčastější monogenně dědičné onemocnění srdce s velkou alelickou a genetickou variabilitou. Vztah dané mutace, fenotypu a klinických komplikací není ve většině případů detailně objasněn. Použití sekvenování nové generace vede k získání dat o větší skupině genů, případně celém exomu u vyšetřovaného pacienta. Navrhovaný projekt je zaměřen: 1) na klinické a genetické vyšetření pacientů s hypertrofickou kardiomyopatií a kardiomyopatiemi s familiárním výskytem a jejich příbuzných pomocí sekvenování nové generace, 2) na identifikaci nových genetických variant a průkaz jejich kauzality k vývoji onemocnění, 3) na vztah konkrétních mutací k projevům onemocnění, rozvoji fenotypu zjištěného klinickým, elektrokardiografickým a echokardiografickým vyšetřením a k riziku vzniku závažných kardiovaskulárních komplikací.; Cardiomyopathies (CMP) are a heterogeneous group of diseases with impaired cardiac structure and/or function, which represent an important cause of cardiovascular morbidity and mortality, and are often hereditary. Hypertrophic cardiomyopathy is the most common monogenic cardiac disorder with substantial allelic and genetic heterogeneity. The relationship between a particular mutation and CMP development, including its clinical complications, is not straightforward and requires further studies. Next Generation Sequencing (NGS) detects mutations in large number of genes or even in the patient’s entire exome. This multidisciplinary proposal focuses on the: 1) detailed clinical examination (phenotyping) and NGS in patients and their relatives with hypertrophic cardiomyopathy, including other hereditary CMP, 2) identification of novel genetic variants and assessment of their disease liability, 3) genotype-phenotype correlations in CMP diagnosed by clinical, electrocardiographic and echocardiographic examinations, including the risk of serious cardiovascular complications.

• MeSH
• Early Diagnosis MeSH
• Genetic Association Studies MeSH
• Genetic Testing MeSH
• Cardiomyopathy, Hypertrophic diagnosis   therapy   MeSH
• Precision Medicine MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH

• Conspectus
• Patologie. Klinická medicína
• NML Fields
• kardiologie
• genetika, lékařská genetika
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Projekt se zaměřuje na molekulární diagnostiku vzácných nefropatií, konkrétně atypického hemolyticko-uremického syndromu (aHUS) a steroidrezistentního nefrotického syndromu (SRNS). Vzhledem k výrazně zvětšenému spektru genů (více jak 24 u SRNS a 7 u aHUS) navrhuje časově náročné a nákladné sekvenování Sangerovo, které udržitelně nepokrývá veškeré známé geny a nezachytí unikátní nové geny, nahradit zaměřeným a exomovým sekvenováním. Prokázání genetické formy SRNS umožňuje individualizace terapie a redukuje zátěž pacientů se SRNS imunosupresivy, které na rozdíl od imunologických variant nejsou indikovány, a umožňuje omezit provedení invazivních vyšetření (biopsie ledviny). Projekt má též za cíl funkčně charakterizovat nalezené genotypy a vyhledat potencionální negenetické biomarkery onemocnění (klinickým fenotypováním a pomocí nových technik využívajících obrazové cytometrie a přímé analýzy podocytů), Finálním cílem je vytvoření racionálního diagnostického schématu pro SRNS a aHUS.; The project continues and significantly broadens the already established long term effort of the team to provide the most accurate genotype analysis for the patients with steroid resistant nephrotic syndrome (SRNS) and atypical hemolytic uremic syndrome (aHUS). The already established methods of diagnosis using Sanger sequencing cannot sustainably cover the whole spectrum and provide only partial information on the genotype after the recent emergent increase of the number of genes causing SRNS and aHUS. The only possibility to continue the effective diagnostic process and provide accurate up-to-date diagnosis is through adopting the novel massive parallel next-gene sequencing methods (NGS) and analyze the unknown variants on protein function level. The knowledge of genetic background is also clinically relevant for the patient. It allows to stop immunosuppressive treatment in genetic SRNS and has a predictive value after kidney transplantation (no recurrence in graft in certain types).

• MeSH
• Atypical Hemolytic Uremic Syndrome diagnosis   MeSH
• Biomarkers MeSH
• Child MeSH
• Molecular Biology MeSH
• Nephrotic Syndrome diagnosis   MeSH
• High-Throughput Nucleotide Sequencing MeSH
• Rare Diseases diagnosis   MeSH
• Check Tag
• Child MeSH

• Conspectus
• Pediatrie
• NML Fields
• nefrologie
• molekulární biologie, molekulární medicína
• pediatrie
• NML Publication type
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• Medical Informatics MeSH
• Publication type
• Congress MeSH
• Collected Work MeSH

• Conspectus
• Lékařské vědy. Lékařství
• NML Fields
• lékařská informatika

• MeSH
• Clinical Medicine MeSH
• Musculoskeletal Manipulations MeSH
• Musculoskeletal Diseases therapy   MeSH
• Musculoskeletal System MeSH
• Physical Therapy Modalities MeSH

• Conspectus
• Fyzioterapie. Psychoterapie. Alternativní lékařství
• NML Fields
• rehabilitační a fyzikální medicína
• ortopedie
• NML Publication type
• kolektivní monografie

• MeSH
• Cells * MeSH
• Molecular Biology MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• molekulární biologie, molekulární medicína
• NML Publication type
• učebnice vysokých škol