We report the case of a hydrocephalic fetus in which clinical exome sequencing revealed a recurrent synonymous variant of unknown significance, c.453G>T, in the L1CAM gene. This report presents the second case of X-linked hydrocephalus in a fetus with this variant. Since we reproduced the RNA analysis, we were able to reclassify this variant as likely pathogenic. Our results stress the importance of not excluding synonymous variants during prioritization.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
BACKGROUND: X-linked nephrogenic diabetes insipidus (NDI) is a rare genetic renal disease caused by pathogenic variants in the AVPR2 gene. Single nucleotide variants and small insertions/deletions in AVPR2 are reliably detected by routine clinical sequencing. Nevertheless, structural variants involving AVPR2 are challenging to identify accurately by conventional genetic testing. Here, we report a novel deletion of AVPR2 in a Czech family identified for the first time by targeted long-read sequencing (T-LRS). METHODS: A male proband with X-linked NDI underwent clinical sequencing of the AVPR2 gene that failed and thus indicated possible whole-gene deletion. Therefore, PCR mapping and subsequent targeted long-read sequencing (T-LRS) using a Pacific Biosciences sequencer were applied to search for the suspected deletion. To validate the deletion breakpoints and prove variant segregation in the family with X-linked NDI, Sanger sequencing of the deletion junction was performed. Quantitative real-time PCR was further carried out to confirm the carrier status of heterozygous females. RESULTS: By T-LRS, a novel 7.5 kb deletion of AVPR2 causing X-linked NDI in the proband was precisely identified. Sanger sequencing of the deletion junction confirmed the variant breakpoints and detected the deletion in the probands ́ mother, maternal aunt, and maternal cousin with X-linked NDI. The carrier status in heterozygous females was further validated by quantitative real-time PCR. CONCLUSIONS: Identifying the 7.5 kb deletion gave a precise molecular diagnosis for the proband, enabled genetic counselling and genetic testing for the family, and further expanded the spectrum of structural variants causing X-linked NDI. Our results also show that T-LRS has significant potential for accurately identifying putative structural variants.
Východiska: Hereditární nádorové syndromy tvoří významnou podskupinu zhoubných nádorových onemocnění způsobených patogenními variantami v některém z mnoha známých nádorových predispozičních genů. Diagnostika nádorové predispozice je založena na genetickém testování pomocí sekvenování nové generace. To umožňuje analýzu mnoha genů najednou, nicméně zároveň se zvyšuje počet identifikovaných variant. Správná klasifikace nalezených variant je zásadní pro klinickou interpretaci výsledků genetického testování. Cíl: Cílem práce je shrnutí pravidel pro klasifikaci identifikovaných variant v rámci jednotlivých pracovišť a představení procesu tvorby společné klasifikace. Sdílení nalezených genetických variant a tvorba jejich konsenzuální klasifikace v rámci národních laboratorně diagnostických komunit probíhá v ČR v rámci konzorcia Czech Cancer Panel for Clinical Application (CZECANCA) sdružujícího výzkumné a diagnostické onkogenetické laboratoře. Tvorba konsenzu pro klasifikaci variant probíhá podle definovaného protokolu. Sdílení výsledků a konsenzuální klasifikace zrychluje a zpřesňuje vydávání výsledků genetického testování, harmonizuje výsledky mezi laboratořemi a přispívá tak ke zkvalitnění péče o jedince ve vysokém riziku vzniku nádorových onemocnění a jejich příbuzné.
Background: Hereditary cancer syndromes are an important subset of malignant cancers caused by pathogenic variants in one of many known cancer predisposition genes. Diagnosis of cancer predisposition is based on genetic testing using next-generation sequencing. This allows many genes to be analysed at once, increasing the number of variants identified. The correct classification of the variants found is essential for the clinical interpretation of genetic test results. Purpose: The aim of this study is to summarise the rules for classifying identified variants within individual laboratories and to present the process for creating a common classification. In the Czech Republic, the sharing of identified genetic variants and the development of their consensus classification among national laboratory diagnostic communities is carried out within the Czech Cancer Panel for Clinical Application (CZECANCA) consortium of scientific and diagnostic oncogenetic laboratories. Consensus for variant classification follows a defined protocol. Sharing the results and consensus classification accelerates and refines the release of genetic test results, harmonises results between laboratories and thus contributes to improving the care of individuals at high risk of cancer and their relatives.
- Klíčová slova
- CZECANCA,
- MeSH
- dědičné nádorové syndromy * diagnóza genetika klasifikace MeSH
- genetická predispozice k nemoci genetika prevence a kontrola MeSH
- genetické testování metody MeSH
- klasifikace MeSH
- konsensus * MeSH
- lidé MeSH
- nádory genetika klasifikace MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- zárodečné mutace genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
V posledních letech dochází ke zvyšování počtu definovaných hereditárních nádorových syndromů, z nichž některé jsou spojeny s predispozicí k rozvoji renálního karcinomu. Na hereditární renální nádorový syndrom je třeba pomýšlet u mladých jedinců s renálním karcinomem, u pacientů s pozitivní rodinnou anamnézou nádorů ledvin, dále u renálních lézí bilaterálních a multifokálních a při výskytu extrarenálních symptomů charakteristických pro některý ze syndromů. Mezi nejčastější hereditární nádorové syndromy asociované s renálním karcinomem patří syndrom von Hippel Lindau, Birt Hogg Dubé syndrom, hereditární papilární renální karcinom, hereditární leiomyomatóza a renální karcinom, sukcinátdehydrogenáza deficientní renální karcinom, komplex tuberózní sklerózy a Cowdenův syndrom. V souvislosti s hereditárním renálním karcinomem jsou popsány mutace v tumor supresorových genech (VHL, BAP1, PTEN, TSC1, TSC2) i v protoonkogenech (MET) V rámci jednotlivých syndromů se setkáváme s rozdíly ve stupni penetrance onemocnění, v histologii jednotlivých typů renálního karcinomu, v jeho agresivitě a metastatickém potenciálu, a tedy i v následné léčbě a dispenzarizaci.
In recent years, there has been an increase in the number of defined hereditary syndromes, some of which may predispose to kidney cancer. Hereditary renal cell carcinoma syndromes are often suggested by early age of onset, family history of kidney cancer, multifocal or bilateral lesions and the presence of other extrarenal lesions typical for the respective syndrome. The most common encountered syndromes are von Hippel Lindau, Birt-Hogg-Dubé, hereditary papillary renal cell carcinoma, hereditary leiomyomatosis and renal cell carcinoma, succinate dehydrogenase deficient renal cell carcinoma, tuberous sclerosis complex and Cowden syndrome. Related to hereditary renal cancer syndromes, germline mutations in tumor suppressor genes (VHL, BAP1, PTEN, TSC1, TSC2) and protooncogenes (MET) are described. Different histological subtypes are found among hereditary kidney cancer syndromes. The degree of kidney cancer penetrance, tumor aggressiveness, metastatic potential widely vary and the treatment and surveillance of kidney cancer is different among hereditary syndromes.
- Klíčová slova
- hereditární syndrom, zárodečná mutace,
- MeSH
- karcinom z renálních buněk * genetika MeSH
- lidé MeSH
- surveillance populace MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- dítě MeSH
- genetické testování metody MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- poruchy růstu * genetika MeSH
- protein SHOX genetika MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- MeSH
- genetické testování metody MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- poruchy růstu * diagnóza genetika patologie MeSH
- protein SHOX MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
