• MeSH
• bakteriologické techniky MeSH
• Morganella morganii izolace a purifikace   MeSH
• Pseudomonas aeruginosa izolace a purifikace   MeSH
• řízení kvality MeSH
• Salmonella izolace a purifikace   MeSH
• Streptococcus izolace a purifikace   MeSH
• testování odbornosti laboratoří * MeSH

• MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• mikrobiologické techniky metody   MeSH
• řízení kvality MeSH
• testování odbornosti laboratoří * MeSH

Během 21. století se objevilo mnoho globálních zdravotních hrozeb souvisejících se zoonózami, novými či znovu se objevujícími infekčními onemocněními, změnou klimatu a/nebo udržitelností životního prostředí. Dosažení harmonizovaných přístupů k detekci a prevenci těchto zdravotních rizik je mnohdy obtížné, protože tradiční přístupy jsou často určovány hranicemi finančně i legislativně oddělených vědních oborů, jako jsou například víceméně samostatně fungující humánní a veterinární medicína, zemědělství, klimatologie, sociologie, ekonomika aj. Hranice mezi těmito jednotlivými obory by však neměly být pevné a spolupráce by měla být nastavena na základě potřeby neboli účelu. K lepší spolupráci vznikají četné spolky, skupiny a sdružení, ať už zájmové nebo odborné. Meziresortní spolupráce se však často potýká s legislativními, kompetenčními a komunikačními uzly. Koncept Jedno zdraví se snaží tyto bariéry prolomit a na základě společné potřeby, která je definována jako zajištění podpory blahobytu a možnosti společného řešení hrozeb pro zdraví a ekosystémy, nastavit nové hranice. Je založen na myšlence dosáhnout lepších výsledků v oblasti veřejného zdraví na celém světě pomocí interdisciplinární spolupráce.

During the 21st century, many global health threats related to zoonoses, new or re-emerging infectious diseases, climate change and/or environmental sustainability have emerged. Achieving harmonized approaches to the detection and prevention of these health risks is often difficult because traditional approaches are usually determined by the boundaries of financially and legislatively separated scientific fields, such as more or less independently functioning human and veterinary medicine, agriculture, climatology, sociology, economics, etc. The boundaries between these individual fields however, should not be solid, and cooperation should be based on common need or purpose. For better cooperation, numerous associations and groups, professional or based on interest, are being formed. Interdepartmental cooperation often struggles with legislative, competence and communication nodes. The "One Health" concept tries to break down these barriers and set new boundaries based on a common need, which is defined as ensuring the support of well-being and the possibility of jointly solving threats to health and ecosystems. It is based on the idea of achieving better public health outcomes worldwide through interdisciplinary collaboration.

• MeSH
• epidemiologie trendy   MeSH
• hodnocení rizik metody   MeSH
• lidé MeSH
• ochrana veřejného zdraví metody   MeSH
• One Health * trendy   MeSH
• přenos infekční nemoci klasifikace   prevence a kontrola   MeSH
• vystavení vlivu životního prostředí prevence a kontrola   škodlivé účinky   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• antibakteriální látky MeSH
• kolaterální senzitivita MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky * metody   MeSH
• odběr biologického vzorku MeSH
• řízení kvality MeSH
• Salmonella enterica izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• Salmonella izolace a purifikace   klasifikace   patogenita   MeSH
• séroskupina MeSH
• Staphylococcus lugdunensis izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• testování odbornosti laboratoří * metody   statistika a číselné údaje   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• zprávy MeSH

V tomto článku podáváme metodickou informaci o laboratorní diagnostice infekcí vyvolaných Shiga toxin-produkujícími kmeny E. coli s důrazem na molekulární metody. Dále informujeme o zavedení celogenomového sekvenování těchto kmenů v Národní referenční laboratoři pro E. coli a shigely pro účely rozpoznání národních i mezinárodních epidemií.

We provide methodological information about laboratory diagnostics of infections caused by Shiga toxin-producing E. coli strains with a particular emphasis on molecular methods. We also report on the implementation of the whole-genome sequencing for the detection of national and international outbreaks caused by these pathogens.

• MeSH
• Escherichia coli * izolace a purifikace   MeSH
• infekce vyvolané Escherichia coli * diagnóza   MeSH
• klinické laboratorní techniky metody   normy   MeSH
• lidé MeSH
• shiga-toxigenní Escherichia coli * izolace a purifikace   MeSH
• směrnice pro lékařskou praxi jako téma MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Byla provedena deskriptivní analýza případů salmonelóz a kontrola kvality dat v elektronickém Informačním systému infekční nemoci v ČR (ISIN) za jednotlivé roky 2018–2021 a byla porovnána období před pandemií (2018–2019) a v průběhu pandemie covid-19 (2020–2021). V ČR bylo ve sledovaném období hlášeno 45 100 salmonelóz (průměrná incidence 105,7 /100 000 obyv.). Ženy tvořily 52,3 % zaznamenaných případů. Nejvyšší věkově specifická incidence byla zjištěna ve věkových skupinách 1–4 roky a u kojenců (564,0 a 456,8 /100 000 obyv.). Ve výskytu onemocnění podle krajů existují v jednotlivých letech statisticky významné rozdíly (p<0,001). Pravděpodobnost hospitalizace i úmrtí byla statisticky významně vyšší s přibývajícím věkem. Při srovnání výskytu salmonelóz před pandemií covid-19 a v jejím průběhu nebyly zjištěny žádné významné rozdíly v hlášených datech. Výskyt salmonelóz v ČR je v posledních letech stabilní, ale incidence je stále násobně vyšší, než je průměr Evropské unie (13,7 /100 000 obyv. v roce 2020). Výskyt onemocnění v ČR zůstal stabilní i v průběhu pandemie covid-19. I přes průběžné kontroly kvality dat na všech úrovních systému zůstávají v ISIN nahlášeny věcné chyby, navrhujeme, aby byla kontrola kvality dat alespoň částečně automatizována.

A descriptive analysis of salmonellosis cases and electronic Infectious Disease Information System (ISIN) data quality control were performed for individual years 2018–2021, and the pre-pandemic (2018–2019) and pandemic (2020–2021) data in the Czech Republic (CR) were compared. In the study period, 45 000 salmonellosis cases were reported in the CR (average incidence of 105.7 per 100000 population). Females accounted for 52.3% of reported cases. The highest age-specific incidence was found in the age groups 1–4 years and infants (564.0 and 456.8 /100000, respectively). Distribution of cases by administrative region differed significantly between years (p<0.001). The probability of hospital admission and death statistically significantly increased with age. When comparing the pre-pandemic and pandemic data, no significant differences were found in reported cases of salmonellosis. Although stable over the recent years, the incidence of salmonellosis in the CR is still many times higher than the European Union average (13.7 /100000 in 2020). Salmonellosis cases remained stable even during the COVID-19 pandemic. Despite continuous data quality controls at all levels of the system, factual errors remain in the ISIN, and we suggest that data quality control should be at least partially automated.

• MeSH
• lidé MeSH
• salmonelóza * epidemiologie   přenos   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Cíl práce: Cílem naší práce bylo podat přehled základních epidemiologických charakteristik humánní yersiniózy a analyzovat hlášená epidemiologická data výskytu tohoto onemocnění v České republice v letech 2018–2020. Metody: Byla provedena deskriptivní analýza yersinióz zaznamenaných v rámci systému pro hlášení infekčních onemocnění (ISIN) v České republice (ČR) v letech 2018–2020. Pro zpracování a třídění dat byl použit program MS Excel 2010. Výsledky: V České republice bylo v letech 2018–2020 hlášeno celkem 1 686 případů humánní yersiniózy (průměrná roční incidence 5/100 000 obyvatel). Nejvyšší průměrná věkově specifická incidence byla zaznamenána ve věkové skupině 1–4 roky (31,3 /100 000 obyv.) a potom u 0letých (26,9 /100 000 obyvatel). Podle pohlaví bylo ve sledovaném období detekováno celkem 942 případů u mužů a 744 u žen, incidence 6,0/100 000 obyvatel a 4,6/100 000 obyvatel. Podle krajů byla nejvyšší průměrná roční incidence v letech 2018–2020 zaznamenána v krajích Jihomoravském (9,1/100 000 obyvatel) a Moravskoslezském (7,5/100 000 obyvatel). Hospitalizováno bylo 14,3 % (n = 241) hlášených případů. Úmrtí nebylo zaznamenáno. Epidemie nebyly v tomto období hlášeny. Importováno bylo celkem 31 případů z obvyklých rekreačních destinací. Sezonnost nebyla v ČR zjištěna, nicméně více případů se objevuje vždy v lednu a v druhé polovině roku. V posledních 3 letech pozorujeme v ČR stagnující trend onemocnění. Závěry: V letech 2018 a 2019 byla yersinióza (způsobená Y. enterocolitica a Y. pseudotuberculosis) čtvrtou nejčastěji hlášenou zoonózou u lidí v Evropské unii se stabilním trendem v letech 2014–2019. Česká republika hlásí až trojnásobnou incidenci, avšak 2,5krát nižší podíl hospitalizovaných oproti průměru zemí Evropské unie, což pravděpodobně ukazuje na kvalitní systém surveillance v ČR. Trend výskytu onemocnění v posledních letech v České republice i Evropské unii stagnuje. Nejčastějším vehikulem přenosu yersiniózy na člověka jsou kontaminované potraviny, zejména nedostatečně tepelně opracované vepřové maso, méně často zelenina či voda. Kontaminace zabíjačkových výrobků z domácích porážek je pravděpodobná, a také by vysvětlovala zvýšený výskyt onemocnění zejména v zimních měsících.

Objective: The aim was to provide an overview of the basic epidemiological characteristics of human yersiniosis and to analyze the reported epidemiological data on the incidence of this disease in the Czech Republic (CZ) in 2018–2020. Methods: A descriptive analysis was performed of cases of yersiniosis captured in the Infectious Disease Information System (ISIN) in the CZ in 2018–2020. MS Excel 2010 was used for data processing and sorting. Results: In the CZ, a total of 1,686 cases of yersiniosis were reported in 2018–2020 (average annual incidence of 5/100,000 population). The highest average age-specific incidence was recorded in the age group 1–4 years (31.3/100,000), followed by 0-year-olds (26.9/100,000). In the study period, 942 cases were male and 744 cases were female, with the respective incidences of 6.0 /100,000 and 4.6/100,000. By administrative region, the highest average annual incidences were recorded in the South Moravian (9.1/100,000) and Moravian-Silesian (7.5/100,000) Regions. Hospital admission was required for 14.3% (n = 241) of reported cases. No death or outbreak was reported during the study period. A total of 31 cases were imported from usual recreational destinations. No seasonality was detected in the CZ; however, more cases always occur in January and in the second half of the year. Over the last three years, a stagnant trend in the incidence of the disease has been observed in the CZ. Conclusions: In 2018 and 2019, yersiniosis (caused by Y. enterocolitica and rarely Y. pseudotuberculosis) was the fourth most commonly reported zoonosis in humans in the European Union (EU), with a stable trend in 2014–2019. The CZ reports an incidence up to three times higher but a 2.5 lower share of hospitalized patients compared to the EU average, which probably indicates that the CZ has an effective surveillance system in place. The trend in the incidence of the disease has stagnated in the CZ and the EU in recent years. The most common vehicle for transmission of yersiniosis to humans is contaminated food, especially undercooked pork, less often vegetables or water. Contamination of products from home slaughtered animals intended for private consumption is likely and would also explain the increased incidence of the disease, particularly in the winter months.

• MeSH
• epidemiologické studie MeSH
• infekce yersiniemi * epidemiologie   MeSH
• lidé MeSH
• Yersinia enterocolitica izolace a purifikace   MeSH
• Yersinia pseudotuberculosis izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Kampylobakterióza už 15 let patří mezi nejčastěji se vyskytující infekční onemocnění vČeské republice (ČR). V letech 2018–2021 bylo v ČR v elektronickém Informačním systému infekční nemoci (ISIN) hlášeno celkem 81115 případů (průměrná incidence 189,5 /100000 obyvatel). Nejvyšší incidence byla zjištěna ve věkové skupině 1–4 letých osob a u kojenců. Hospitalizováno bylo téměř 10000 osob (12,2 %) a bylo hlášeno 34 úmrtí v souvislosti s tímto onemocněním: zemřelo 5 dětí ve věku do 5 let, 3 adolescenti, 7 osob ve věku od 21 do 35 let a dále 19 osob starších 57 let. V pandemických letech (2020–2021) byl ve srovnání s lety 2018 a 2019 zaznamenán pokles případů o 27 %. Kampylobakterióze je třeba věnovat odbornou pozornost a v rámci analytických epidemiologických studií, zohledňujících koncept One Health, pátrat po příčinách jejího vysokého výskytu. Prevence by měla být specificky zaměřena na děti do pěti let věku z důvodu vysoké četnosti případů a na osoby starší 80 let, u nichž je vyšší riziko těžkých průběhů a hospitalizací. Humánní národní referenční laboratoř pro kampylobaktery v ČR není, bylo by vhodné ji zřídit.

Campylobacteriosis has been among the most frequently occurring infectious diseases in the Czech Republic in the last 15 years. In the years 2018–2021, a total of 81,115 cases (average incidence of 189.5/100,000 population) were reported in the electronic Infectious Disease Information System (ISIN) in the Czech Republic. The highest incidence was found in the age group of 1–4 years and in infants. Almost 10,000 people (12.2%) were hospitalized and 34 deaths related to this disease were reported including: 5 children under 5 years, 3 adolescents, 7 people aged 21 to 35 years and 19 people over 57 years. In the pandemic years (2020–2021), there was a 27% decrease in numbers of cases compared to 2018 and 2019. Campylobacteriosis needs to receive professional attention and within the framework of analytical epidemiological studies, taking into account the One Health concept, the causes of its high incidence should be sought. Prevention should be specifically aimed at children under five years of age due to the high frequency of cases and people over 80 years of age, who are at risk of a higher proportion of severe courses and hospitalizations. There is no national reference laboratory for human campylobacter infections in the Czech Republic; it would be, appropriate to create one.

• MeSH
• Campylobacter MeSH
• gastrointestinální nemoci MeSH
• hlášení nemocí statistika a číselné údaje   MeSH
• incidence MeSH
• kampylobakterové infekce * epidemiologie   přenos   prevence a kontrola   MeSH
• kontrola infekčních nemocí metody   MeSH
• lidé MeSH
• nemoci přenášené potravou MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

In August 2017, an increased incidence of Salmonella Bareilly was detected in the Czech Republic. An investigation was conducted with Slovakia to confirm the outbreak and identify the source. Probable outbreak cases were defined as cases with laboratory-confirmed S. Bareilly reported in either of the national surveillance systems, and/or the Czech and Slovak National Reference Laboratory databases from July 2017. Confirmed cases had the pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) outbreak pulsotype or up to 5 alleles difference from outbreak cluster members by core genome multilocus sequence typing (cgMLST). PFGE and whole genome sequencing were used for isolate comparison. The same trawling questionnaire was used in both countries. By the end of October 2018, 325 cases were identified. Among 88 human S. Bareilly isolates analysed by PFGE, 82 (93%) shared an identical pulsotype; cgMLST of 17 S. Bareilly human isolates showed 1-2 allele difference. The trawling questionnaire excluded consumption of unusual or imported foods. In September 2018, an isolate closely related to the outbreak isolates was identified in a powdered egg product. A spray dryer was recognised as the contamination source and the production plant was closed. Using molecular typing methods, we detected a diffuse cross-border outbreak caused by S. Bareilly.

• MeSH
• epidemický výskyt choroby * MeSH
• genom bakteriální MeSH
• lidé MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• pulzní gelová elektroforéza MeSH
• Salmonella * genetika   MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH
• Slovenská republika MeSH

• MeSH
• bakteriologické techniky * MeSH
• řízení kvality MeSH
• testování odbornosti laboratoří * MeSH