Q112410159
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Cíl studie: Zhodnocení kaskádového vyšetření metodami kvantitativní fluorescenční PCR (QF-PCR – quantitative fluorescence PCR) a SNP array (single nucleotide polymorphism array) při identifikaci chromozomálních abnormalit u potracených plodů. Soubor a metodika: V průběhu let 2018–2020 bylo v laboratořích Gennetu zpracováno 1 094 vzorků potracených plodů. Standardní schéma kaskádového vyšetření zahrnovalo screening základních aneuploidií metodou QF-PCR setem Omnibor (STR markery 13, 18, 21, X a Y), setem SAB-nadstavba I (STR markery 2, 7, 15, 16, 22), setem SAB-nadstavba II (od listopadu 2019, STR markery 4, 6, 14) a následně vyšetření metodou SNP array (Illumina). U všech vzorků bylo provedeno ověření/vyloučení maternální kontaminace. Výsledky: Po vyloučení maternální kontaminace (32 % vzorků) bylo metodou QF-PCR vyšetřeno 742 vzorků, 469 (63,2 %) z nich mělo negativní nález a 273 (36,8 %) patologický nález. Vzorky 469 plodů s negativním QF-PCR nálezem byly následně vyšetřeny metodou SNP array. Normální ženský/mužský profil byl potvrzen u 402 plodů (85,7 %), chromozomální aneuploidie a velké chromozomální aberace (delece/duplikace > 10 Mb) u 51 vzorků (10,9 %). U 16 (3,4 %) vyšetřených plodů byla nalezena mikrodelece nebo mikroduplikace, ve dvou případech se jednalo o patogenní mikrodelece a ve 14 o variantu nejasného významu bez přímé souvislosti s abortem. Byl potvrzen statisticky významný vyšší záchyt chromozomálních aberací u plodů žen s věkem > 35 let. Mezi skupinami vyšetřených abortů u gravidit po spontánní koncepci a po in vitro fertilizaci nebyl prokázán statisticky významný rozdíl. Závěr: Kaskádovým vyšetřením metodami QF-PCR a SNP array byla objasněna genetická příčina u 43 % všech vyšetřených abortů. Záchyt chromozomálních abnormalit u časných abortů v I. trimestru byl 50,4 %.
Objective: The evaluation of quantitative fluorescence PCR (QF-PCR) and single nucleotide polymorphism array (SNP array) analysis for the identification of chromosomal abnormalities in products of conception (POC). Materials and methods: A total of 1,094 POC samples were processed at Gennet in the years 2018–2020. Chromosomal aneuploidies were tested by QF-PCR using a Omnibor set (STR markers 13, 18, 21, X a Y), SAB-I set (STR markers 2, 7, 15, 16, 22), SAB-II set (from November 2019, STR markers 4, 6, 14) followed by SNP array analysis (Illumina) on samples with a negative QF-PCR result. All POC samples were tested for maternal contamination. Results: After exclusion of maternal contamination (32% samples) the total number of 742 POC samples were tested by QF-PCR. Chromosomal aneuploidies were found in 273 POC samples (36.8%). Then, 469 QF-PCR negative POC samples were tested by SNP array analysis. Normal female/male profile was confirmed in 402 samples (85.7%) and chromosomal aneuploidies and chromosomal aberrations (deletion/duplication > 10 Mb) in 51 samples (10.9%). Microdeletion/microduplication was found in 16 POC samples (3.4%), two were classified as pathogenic variants and 14 as variants of unknown significance. In a group of women > 35 years of age, statistically significant increase of the chromosomal abnormalities was confirmed. No statistically significant difference between the in vitro fertilization group and the group of spontaneous conception was found. Conclusion: The application of the molecular work-up based on the stepwise use of QF-PCR and SNP array clarifies the cause of the abortion in 43% POC samples. The overall detection rate in the I. trimester was 50.4%.
Cíl studie: Analýza klinického přínosu array vyšetření choriové biopsie (CVS) a návrh efektivnějšího postupu genetického vyšetření v I. trimestru. Typ studie: Retrospektivní studie. Název a sídlo pracoviště: Gennet, Centrum lékařské genetiky a reprodukční medicíny, Praha. Materiál a metodika: V rámci prenatální diagnostiky v I. trimestru bylo u 913 vzorků CVS provedeno QF-PCR (screening aneuploidií chromozomů 13,18, 21, X, Y) a stanovení karyotypu. Paralelně s těmito metodami bylo u 179 vzorků s normálním výsledkem z obou metod provedeno vyšetření SNP-array (Illumina HumanCytoSNP12 v2.1). Výsledky: Metodou QF-PCR bylo zachyceno 229 chromozomálních aneuploidií z 911 úspěšně provedených vyšetření (25 %). Konvenčními cytogenetickými metodami byly zachyceny nebalancované chromozomální aberace u 239 z 897 úspěšně vyšetřených plodů (27 %), v 95 % šlo o potvrzení výsledku QF-PCR (227/239), 10 nebalancovaných chromozomálních aberací nezahrnovalo chromozomy sledované metodou QF-PCR. Metodou array bylo u plodů s normálním výsledkem z obou výše uvedených metod odhaleno dalších 13 klinicky relevantních chromozomálních aberací (7,5 %). Závěr: Na základě analýzy našich dat a publikovaných studií jsme v laboratořích Gennetu navrhli nový algoritmus pro vyšetření choriových klků v I. trimestru. Hlavní změnou je nahrazení karyotypu metodou array u všech plodů, kde je normální výsledek z QF-PCR. Výsledkem bude efektivnější záchyt patologických klinicky relevantních chromozomálních aberací u vyšetřovaných plodů.
Objective: Array technology in chorionic villus sampling (CVS) – analysis of clinical benefit and a proposal of a more effective 1st trimester genetic testing policy. Design: Retrospective study. Setting: Gennet, Center of Medical Genetics and Reproductive Medicine, Prague. Material and methods: Total of 913 CVS were performed at Gennet between 2010–2014. All 913 samples were tested by QF-PCR rapid test for aneuploidy of chromosomes 13, 18, 21, X and Y and karyotyping following standard long term culture. Microarray analysis (Illumina HumanCytoSNP12 v2.1) was performed on 179 samples with normal result from both – QF-PCR and karyotyping. Results: At 229 samples the common chromosomal aneuploidy was detected using rapid QF-PCR (25% from 911 successful rapid tests). Conventional karyotyping revealed 239 unbalanced chromosome aberrations (27% from 897 successful cultivations). 227/239 (95%) positive karyotypes confirmed QF-PCR finding of common aneuploidies. 10 unbalanced chromosome aberrations were not covered by rapid QF-PCR test. Microarray analysis of samples with normal result from both– QF-PCR and karyotyping– revealed 13 clinically relevant chromosome aberrations (7.5%). Conclusion: New policy for chorionic villi testing at Gennet was established. Based on evaluation of the results of karyotyping, array and QF-PCR and analysis of published data we decided to replace karyotyping by microarray analysis in all cases of foetuses with normal results from QF-PCR. More effective detection of pathological and clinically relevant chromosome aberrations in examined foetuses is expected.
- Klíčová slova
- QF-PCR, kvantitativní fluorescenční PCR,
- MeSH
- algoritmy MeSH
- aneuploidie MeSH
- chromozomální poruchy * diagnóza genetika MeSH
- cytogenetické vyšetření metody statistika a číselné údaje MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- karyotypizace MeSH
- kultivované buňky MeSH
- lidé MeSH
- odběr choriových klků * MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- prenatální diagnóza MeSH
- první trimestr těhotenství MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů * MeSH
- srovnávací genomová hybridizace MeSH
- těhotenství MeSH
- ultrasonografie prenatální MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
- MeSH
- cytogenetické vyšetření MeSH
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- lidské chromozomy, pár 16 * genetika MeSH
- mozaicismus * MeSH
- potrat eugenický MeSH
- prenatální diagnóza MeSH
- těhotenství MeSH
- trizomie * diagnóza MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
- kazuistiky MeSH
Cíl studie: Metoda SNP array (využívající k diagnostice polymorfismy v 1 nukleotidu – single nucleotide polymorphism) umožňuje odhalit v karyotypu nedetekovatelné submikroskopické změny (mikrodelece, mikroduplikace), jež mohou mít kauzální souvislost s patologickým ultrazvukovým nálezem u plodu. V článku je stručně popsán princip, výhody, nevýhody a možnosti použití metody SNP array v prenatální diagnostice. Jsou prezentovány zkušenosti za 10 měsíců používání této metody v prenatální diagnostice. Typ studie: Prospektivní studie. Pracoviště: Gennet, Praha. Metodika: Vyšetření SNP array bylo v období duben 2010 až leden 2011 provedeno u 110 vzorků DNA získané z kultivovaných nebo nekultivovaných buněk plodů po biopsii choria (CVS, n=14), amniocentéze (AMC, n=88), kordocentéze (n=1) a z tkáně z abortů (n=7). Vyšetření byla indikována na základě patologického nálezu na ultrazvuku s normálním karyotypem plodu, případně k dořešení patologického cytogenetického nálezu vzniklého de novo. Zpracování DNA pro chip Illumina InfiniumHD HumanCytoSNP-12v2.1, jeho příprava a skenování byly provedeny podle standardních protokolů firmy Illumina. Data byla analyzována pomocí softwaru Illumina KaryoStudio a GenomeStudio. Výsledky: Metodou SNP array bylo úspěšně vyhodnoceno 108 vzorků (neúspěch vyšetření byl pouze ve 2 případech, 1,8 %). Odchylky od normálního profilu (CNV-Copy Number Variation) byly zachyceny u 29 případů (29/108 = 27 %), z nichž 16 bylo klinicky významných (16/108=15 %). Jako pravděpodobně nepatogenní byly CNV u 8 případů a u 5 případů nebyl zatím původ nalezené CNV ověřen u rodičů. Po odečtení případů ověřujících de novo patologii v karyotypu plodu byla klinicky významná CNV nalezena v 9 případech (9/94 = 10 %). Nález klinicky významné CNV byl nejčastěji v kategorii ultrazvukových nálezů srdečních vad, vad centrálního nervového systému (CNS) a mnohočetných anomálií. Ve všech 14 případech de novo chromozomální přestavby v karyotypu byla jasně specifikována závažnost přestavby (patologie u 7/14 = 50 %). Závěr: Výsledky studie ukazují, že vedle jednoznačného přínosu při posuzování patogenity de novo chromozomálních aberací prokazuje SNP array i jednoznačný přínos pro záchyt dosud skrytých submikroskopických změn.
Objectives: SNP array (array method using Single Nucleotide Polymorphisms) enables to detect cytogenetically undetectable submicroscopic alterations (microdeletions, microduplications), which could be also causative for ultrasonographic anomalies of fetus. This article describes the principle, advantages, disadvantages and application possibilities of the SNP array method in prenatal diagnosis. The ten month experience with SNP array use in prenatal diagnosis is presented. Design: Prospective study. Settings: Gennet, Prague. Material and methods: During the period from April 2010 to January 2011 we performed 110 SNP array analyses of fetal DNA: 14 chorionic villi samples (CVS), 88 amniotic fluid samples (AMC), 1 cord blood sample and 7 miscarriage samples. Laboratory tests were carried out on DNA from both cultured and uncultured fetal cells. Examinations were performed in fetuses with sonographic abnormal findings having normal karyotype. In addition 14 fetal cytogenetic abnormalities were solved. SNP array analysis was performed using Illumina InfiniumHD HumanCytoSNP-12 chip. All data were analysed by Illumina KaryoStudio and GenomeStudio software. Results: SNP array analysis was performed in 108 fetuses (only 2 examination failures, 1.8%). In total, we detected CNV (copy number variation) in 29 samples (29/108 = 27%). 15% (16/108) of fetuses with abnormal ultrasound findings were found to carry clinically relevant CNV. Probably benign CNVs were found in 8 samples (8/108 = 7%) and in additional 5 CNVs parental samples have not been analysed yet. Excluding karyotypically abnormal cases clinically relevant CNVs were found in 10% of fetuses (9/94). In all cases with de novo chromosomal aberration the clinical relevancy was clarified (imbalances in 50%). Conclusion: Our data suggest that SNP array analysis is a relevant and useful technique in prenatal diagnosis.
- Klíčová slova
- ultrazvuková diagnostika,
- MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- lidé MeSH
- prenatální diagnóza MeSH
- sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
- těhotenství MeSH
- ultrasonografie prenatální MeSH
- vrozené vady diagnóza genetika ultrasonografie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
