Q92929372
Dotaz
Zobrazit nápovědu
Východiska: Přirozená reakce organizmu na hypoxii je regulována různými mechanizmy a transkripčními faktory, zahrnujícími hypoxií indukovatelné faktory (HIFs). Aktivace HIF-1α je u nádorových buněk spojována se zvýšenou expresí P-glykoproteinu a multilékovou rezistencí. V této retrospektivní analýze jsme sledovali kandidátní jednonukleotidové polymorfizmy (single-nucleotide polymorphisms - SNP) genů HIF-1α a HIF-1β a jejich spojení s rizikem vzniku onemocnění monoklonální gamapatie nejasného významu (monoclonal gammopathy of undetermined significance - MGUS) nebo mnohočetného myelomu (MM). Soubor pacientů a metody: Genotypy jednonukleotidových polymorfizmů spojovaných s hypoxií byly určovány pomocí real time polymerázové řetězové reakce alelické diskriminace u nezávislé skupiny pacientů s monoklonální gamapatií (MG) (275 pacientů s MM a 228 s MGUS) a u 219 kontrol bez nádorového onemocnění. Výsledky: Při porovnání pacientů s MM a kontrol jsme pozorovali příznivější vliv genotypu CG genu HIF-1β (rs2228099) oproti genotypu CC (OR 0,65; CI 0,45-0,95; p = 0,026). Obdobně i při zohlednění věku pacientů a jejich indexu tělesné hmotnosti byla signifikantně nižší šance (OR 0,55; p = 0,045) rozvoje onemocnění MM u genotypu CG oproti CC. Log-rank test potvrdil souvislost GT haplotypu (rs11549467, rs2057482) genu HIF-1α s lepším celkovým přežitím (medián 41,8 měsíce; (CI 35,1-48,5) u haplotypu „žádné GT“ a medián 93,8 měsíce (CI 31,3-156,4) u haplotypu „nejméně jeden GT“ (p = 0,0500). Dále byla zjištěna významná souvislost mezi jednonukleotidovými polymorfizmy v genu MDR1 a léčebným účinkem u 110 pacientů s MM léčených bortezomibem. Závěr: Naše studie ukázala možnou genetickou predispozici k riziku rozvoje MG a/nebo k léčebné odpovědi pacientů s MM, nicméně je třeba provést další studie k potvrzení naší počáteční analýzy.
Background: Adaptive response to hypoxia is regulated by several mechanisms and transcription factors, including hypoxia-inducible factors (HIFs). Activation of HIF-1α is associated with increased expression of P-glycoprotein and multidrug resistance in cancer cells. In this retrospective study, we analyzed candidate single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in HIF-1α and HIF-1β associated with risk of monoclonal gammopathy of undetermined significance (MGUS) or multiple myeloma (MM). Patients and Methods: Genotypes of SNPs associated with hypoxia were determined in an independent cohort of monoclonal gammopathies (MG) (275 MM and 228 MGUS patients) and in 219 cancer-free controls by real time polymerase chain reaction allelic discrimination. Results: When MM patients were compared to controls, protective role of CG genotype compared to CC in HIF-1β (rs2228099) for MM development was observed (OR = 0.65; CI 0.45-0.95; p = 0.026). Even after adjustment for patients´ age and body mass index (BMI), there were significantly lower odds (OR = 0.55; p = 0.045) of developing MM patients of CG genotype in comparison to CC genotype. Log-rank test confirmed association of GT haplotype (rs11549467, rs2057482) in HIF-1α with better overall survival (median 41.8 months; (CI 35.1-48.5)) for „none GT“ and median 93.8 months (CI 31.3-156.4) for „at least one GT“ haplotype (p = 0.0500). Further, significant associations between SNPs in MDR1 and outcome of MM were found in 110 MM patients that underwent bortezomib-based treatment. Conclusion: Our study showed a genetic predisposition for risk of MG development and/or outcome of MM patients; nevertheless, further studies are needed to confirm our initial analysis.
Východiska a cíle: Mnohočetný myelom (MM) je druhé nejčastější hematoonkologické onemocnění. Zavedení nových léků do klinické praxe vedlo k výraznému zlepšení přežívání pacientů s MM. I přes tato opatření je přežívání pacientů negativně ovlivněno tzv. extramedulárním relapsem (EM). EM je způsoben ztrátou závislosti plazmatických buněk na mikroprostředí kostní dřeně a jejich migrací do měkkých tkání. Podstata a příčina tohoto procesu nejsou doposud objasněny. MikroRNA (miRNA) jsou krátké, nekódující molekuly RNA, které jsou zapojeny do mnoha fyziologických, ale i patologických procesů. V rámci několika studií byl prokázán význam těchto molekul i u patogeneze MM. Předpokládáme, že se miRNA podílejí rovněž na rozvoji EM. Cílem naší práce bylo analyzovat rozdílné exprese miRNA mezi skupinou MM a EM pacientů. Materiál a metody: Pomocí sekvenování nové generace bylo analyzováno 39 vzorků plazmatických buněk z kostní dřeně pacientů s MM při diagnóze a 9 vzorků plazmatických buněk z kostní dřeně nemocných s EM. Výsledky: Celkem bylo sekvenováno 2 278 miRNA, ale do analýzy bylo zahrnuto 658 miRNA, které byly exprimovány u všech vzorků a měly nejméně 20 čtení. Expresní data byla generována pomocí Chimira tool z fastq dat. Všechny sekvence byly mapovány pomocí miRBase v20. Další analýzy byly provedeny s použitím R/Bioconductor package. Pro normalizaci exprese byl použit Bayesův postup. P hodnoty byly adjustovány s použitím Benjamini-Hochberg metody. Analýza prokázala, že existuje 10 miRNA (p < 0,0005), které jsou statisticky signifikantně exprimovány u EM vs. MM pacientů – konkrétně se jedná o miR-26a-5p, miR-26b-5p, miR-30e-5p, miR-424-3p, miR-503-5p, miR-767-5p, miR-105-5p, miR-5695-5p, miR-450b-5p a miR-92b-3p. Tyto miRNA budou dále ověřeny metodou qPCR na větším souboru pacientů s MM a EM. Závěr: Naše pilotní studie ukázala, že existuje rozdíl expresních hladin některých miRNA mezi skupinou pacientů s MM a EM.
Introduction and Aims: Multiple myeloma (MM) is the second most common hematooncological disease. Patient survival has been greatly improved by the introduction of new drugs into clinical practice, but survival is negatively affected by the so-called extramedullary relapse (EM), caused by the loss of plasma cell dependence on the bone marrow microenvironment and their migration out of the bone marrow. The nature and causes of this process are currently unclear. MicroRNAs (miRNAs) are short, non-coding RNA molecules involved in many physiological and pathological processes. Their significance in the pathogenesis of MM has been demonstrated by several studies. We assume that they are also involved in the development of the EM. The aim of this study was to analyze different miRNA expression between MM and EM patients. Material and Methods: Using next generation sequencing, we analyzed 39 samples of bone marrow cells from MM patients at diagnosis and 9 bone marrow plasma samples of EM patients. Results: In total, 2,278 miRNA were sequenced, but only 658 miRNAs were analyzed as they were expressed in all samples and had at least 20 reads. Expression data were generated using the Chimira tool from fastq data. All sequences were mapped using miRBase v20. Further analyses were performed using the R/Bioconductor package. The Bayesian procedure was used for normalization of expression. P values were adjusted using the Benjamini-Hochberg method. Analysis found 10 miRNA (p < 0.0005) that are statistically significantly expressed in EM vs. MM patients – these are miR-26a-5p, miR-26b-5p, miR-30e-5p, miR-424-3p, miR-503-5p, miR-767-5p, miR-105-5p, miR-5695-5p, miR-450b-5p and miR-92b-3p. These miRNAs will be further verified by qPCR method on a larger set of MM and EM patients. Conclusion: Our pilot study has shown that there are differentially expressed miRNAs between MM and EM patients.
- Klíčová slova
- extramedulární relaps,
- MeSH
- karcinogeneze MeSH
- kostní dřeň patologie MeSH
- lidé MeSH
- mikro RNA * MeSH
- mnohočetný myelom * genetika MeSH
- pilotní projekty MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Východiska: Archivace biologického materiálu v biobankách je v současné době zásadním krokem vedoucím k úspěchu výzkumných aktivit. Biobanky jsou zřizovány většinou k výzkumným účelům, protože umožňují shromáždění dostatečného množství materiálu pro analýzy nových nebo otestování již identifikovaných biomarkerů. Biobankování musí reagovat vždy na aktuální potřeby výzkumníků i kliniků, nejde o rigidní systém. Laboratorní analýzy monoklonálních gamapatií jsou založeny na separaci plazmatických buněk z kostní dřeně nemocných. Specifickým problémem je zpravidla nedostatek nádorové frakce buněk, což je dáno umístěním nádorových buněk v kostní dřeni v kombinaci s nízkou infiltrací. Jednou z výzev klinického výzkumu vyžadující změny nastavení v biobance je detekce zbytkového nádorového onemocnění v kostní dřeni, ale i z periferní krve tzv. tekutými biopsiemi. Cíl: Cílem této práce je přiblížit stávající stav v České republice a konkrétní případy jeho využití v hematoonkologii. Závěr: Obecným problémem při řešení řady výzkumných otázek je dostupnost kritického množství vzorků pro statistickou analýzu. Získání kritického množství vzorků biologického materiálu může být rychleji dosaženo spoluprácí biobank sdílejících jak metodické standardy, tak informace o dostupnosti vzorků pro výzkumné projekty.
Background: Archiving of biological materials in biobanks is considered to be the initial crucial part of research activities. Most often, biobanks are founded for research purposes since they allow collection of sufficient material for analysis of new or testing of previously identified biomarkers. Biobanking needs to quickly react to current needs of researchers as well as clinicians, it is not a rigid system. Laboratory analyses of monoclonal gammopathies are based on separation of plasma cells from bone marrow of patients. A specific problem is usually a lack of tumor cell fraction, which is due to location of tumor cell in bone marrow in combination with low infiltration. One of the challenges in clinical research is the necessity of changes in biobanking for samples allowing detection of minimal residual disease in the bone marrow but also from peripheral blood by the so-called liquid biopsies. Aim: The aim of this review is to show the importance of archiving biological material in the Czech Republic and to show concrete examples of its usage in hematooncology. Conclusion: A general problem in solving many research questions is the availability of a critical amount of specimens for statistical analysis. Obtaining critical amount of specimens of biological material can be quickly archived by cooperation of biobanks sharing both methodological standards and informations about the availability of samples for research projects.
- MeSH
- banky biologického materiálu * dějiny etika využití MeSH
- biopsie využití MeSH
- kostní dřeň patologie MeSH
- lidé MeSH
- mnohočetný myelom patologie MeSH
- odběr vzorku krve MeSH
- paraproteinemie MeSH
- plazmatické buňky MeSH
- průtoková cytometrie MeSH
- separace buněk metody MeSH
- vyšetřování kostní dřeně metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
