Exhaled breath condensate (EBC) represents a rich source for countless biomarkers that can provide valuable information about respiratory as well as systemic diseases. Finding non-invasive methods for early detection of lung injury, inflamation and infectious complications in chronic diseases like Cystic fibrosis (CF) or bronchial asthma (AB) would be highly beneficial. We propose to establish EBC “breath-prints” revealing molecular signatures of pulmonary inflammation and specific respiratory bacterial infections of CF patients and AB. We hypothesize that the analysis of EBC can reveal biomarkers specific for severity of the inflammation and infection caused by opportunistic pathogens such as P. aeruginosa. With these breath-prints, we also propose to establish correlations between respiratory microbiota using traditional methods and CF lung disease severity. Together, our studies will advance the development and validation of EBC as a novel tool for the proper diagnosis of AB and monitoring of CF disease activity, treatment efficacy and diagnosis of opportunistic infections.

Kondenzát vydechovaného vzduchu (EBC) představuje bohatý zdroj biomarkerů, které mohou poskytnout cenné informace o respiračních stejně jako o systémových onemocněních. Nalezení neinvazivních metod pro včasnou detekci poškození plic, zánětu a infekčních komplikací u chronických onemocnění, jako je cystická fibróza (CF) nebo astma bronchiale (AB) by bylo velmi přínosné. Navrhujeme proměřit proteinové "dechové otisky" z EBC, tvořící molekulární podpisy plicního zánětu a specifických respiračních bakteriálních infekcí u pacientů s CF a AB. Předpokládáme, že analýza EBC může odhalit biomarkery specifické pro tíži zánětu a identifikovat infekce způsobené oportunními patogeny, jako je např. P. aeruginosa (PA). Tyto dechové profily plánujeme korelovat s nálezy plicní mikroflóry pomocí tradičních metod a s tíží onemocnění cystickou fibrózou. Předpokládáme, že naše studie urychlí využití analýzy EBC jako nového nástroje pro stanovení správné diagnózy AB a umožní neinvazivní sledování aktivity onemocnění CF, účinnosti léčby a zpřesní diagnostiku oportunních infekcí.

• MeSH
• biologické markery MeSH
• bronchiální astma diagnóza   genetika   MeSH
• cystická fibróza diagnóza   genetika   MeSH
• dechové testy metody   MeSH
• lidé MeSH
• proteomika metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Exhaled breath condensate (EBC) represents a rich source for countless biomarkers that can provide valuable information about respiratory as well as systemic diseases. Finding non-invasive methods for early detection of lung cancer on the background of underlying lung injury (inflammation, smoking, infections, etc.) would be highly beneficial. Proteomic analysis of EBC has the potential to detect early changes in the status of the respiratory system and possibly other organs. It could also replace or complement some invasive sampling methods in future and provide non-invasive lung cancer screening technique. Together, our studies will advance the development and validation of EBC as a novel tool for the proper diagnosis of lung cancer and monitoring of disease activity, treatment efficacy and prognosis.

Výdechový plicní kondenzát (exhaled breath condensate, EBC) představuje bohatý zdroj nesčetných biomarkerů, které mohou poskytnout cenné informace o respiračních i systémových onemocněních. Identifikace neinvazivních metod pro sensitivní a specifickou diagnostiku karcinomu plic, která by jej odlišila od jiných plicních nemocí, často doprovázejících nádor (zánět, kouření, infekce), by měla mimořádnou klinickou hodnotu. Proteomická analýza EBC má realistický potenciál detekovat časné změny ve stavu dýchacích cest a pravděpodobně i v dalších orgánech. Tato metoda by mohla nahradit nebo doplnit některé invazivní techniky odběru biologického materiálu v budoucnosti a umožnit neinvazivní skrínink karcinomu plic v rizikových populacích. Předkládaný projekt umožní vývoj a validaci proteomických biomarkerů v EBC pro časnou diagnostiku plicních nádorů, monitorování aktivity onemocnění a stanovení jeho prognózy, případně predikci terapeutické odpovědi.

• MeSH
• dechové testy metody   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• nádory plic diagnóza   genetika   MeSH
• proteomika metody   MeSH
• tekutá biopsie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• Study of selected molecular-genetic markers (EGFR, K-RAS and B-RAF mutation, ALK rearrangements, C-MET and EGFR amplification, expression of Pgp, MRP and LRP-1 proteins) in patients with NSCLC for elucidating of their predictive and prognostic significance. • Examination of 250 retrospective patients and approximately 120 prospectively enrolled patients with operable NSCLC treated with adjuvant chemotherapy based on cisplatin. • Modification of standard laboratory tests to increase individual mutation detection. • Preparation of a draft algorithm of biomarker examination for patients with NSCLC usable prior to adjuvant chemotherapy with the aim of individualizing therapy.

• Studium vybraných molekulárně-genetických markerů (EGFR, K-RAS a B-RAF mutace, ALK přestavby, C-MET a EGFR amplifikace, exprese proteinů Pgp, MRP-1 a LRP) u pacientů s NSCLC s cílem objasnění jejich prediktivního a prognostického významu. • Vyšetření 250 pacientů z retrospektivního souboru a přibližně 120 prospektivně zařazených pacientů s operabilním NSCLC, léčených adjuvantní chemoterapií založenou na cisplatině. • Modifikace standardního laboratorního vyšetření pro zvýšení úspěšnosti záchytu jednotlivých mutací. • Na základě získaných výsledků připravit návrh algoritmu vyšetření jednotlivých biomarkerů u pacientů s NSCLC před zahájením adjuvantní chemoterapie se snahou o individualizaci léčby.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• algoritmy MeSH
• erbB receptory MeSH
• geny ras MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• imunohistochemie MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• maligní karcinoidní syndrom MeSH
• mezoteliom MeSH
• mutace MeSH
• myofibrom MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic farmakoterapie   chirurgie   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• protoonkogenní proteiny B-raf MeSH
• protoonkogenní proteiny c-met MeSH
• protoonkogenní proteiny c-myc MeSH
• receptory fibroblastových růstových faktorů MeSH
• translokace genetická MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• pneumologie a ftizeologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The object of our research is GBM whose prognosis remains bleak. Exploring molecular genetic changes in patients with relapsed GBM could help us to understand the causes of treatment failures. The information acquired will be useful for designing targeted therapies and improve the outcomes of treatment for this disease. The project is based on assessment of GBM cases with recurrence using comprehensive, complementary molecular genetic methods with the cooperation of specialists from relevant departments such as neurosurgury, oncology, pathology and laboratory staff.

Objektem našeho výzkumu je GBM, jehož velmi nepříznivou prognózu se stále nepodařilo změnit. Prozkoumání molekulárně genetických změn u pacientů s recidivou GBM by mohlo pomoci pochopit příčiny neúspěchů léčby tohoto onemocnění. Získané informace bude možné využít v navržení cílenější terapie a zlepšit tak dosud neuspokojivé výsledky léčby. Projekt je založen na zhodnocení případů GBM s recidivou s použitím komplexních a vzájemně se doplňujících molekulárně genetických metod a na dobré spolupráci odborníků z několika pracovišť - neurochirurga, onkologa, patologa a pracovníků laboratoře.

• MeSH
• amplifikace genu MeSH
• DNA modifikační methylasy MeSH
• erbB receptory MeSH
• glioblastom MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• inhibitor p16 cyklin-dependentní kinasy MeSH
• molekulární biologie MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• recidiva MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• neurologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Nowadays there is no reliable possibility for BE patients to predict risk of progression to adenocarcinoma (EAC). Proposed project aims finding of new diagnostic and predictive markers (miRNA based diagnostic panel). Particular miRNA expression analysiswill enable the histopathological diagnostics refinement (dysplastic grade and early detection of progression into HGD and EAC). This statement is based on fact that molecular-genetic examinations are very sensitive and are not influenced by variabilityof histopathological sample subjective evaluation. MiRNA based diagnostic panel will further enable stratification of BE patients to subgroups according to their individual risk of progression to EAC, particularly it will enable the ?high-risk? subgroupsdetection. More accurate risk prediction in BE patients enable more rationalized monitoring design and early detection of progression to higher dysplastic grade or EAC.

V současné době pro pacienty s BE neexistuje možnost spolehlivé predikce rizika progrese do EAC. Předkládaný projekt směřuje k nalezení nových diagnostických a prediktivních markerů (diagnostického panelu miRNA). Analýza exprese vybraných miRNA (diagnostický panel) umožní zpřesnění histopatologické diagnostiky (stupně dysplázie a časného záchytu progrese do HGD a EAC) pacientů s BE, především tím, že molekulárně-genetická vyšetření nejsou zatížena variabilitou danou subjektivním hodnocením histopatologického nálezu, a vykazují vyšší míru senzitivity. Diagnostický panel miRNA dále umožní stratifikaci pacientů s BE do skupin dle rizika progrese do EAC, konkrétně umožní nalézt tzv. ?high-risk? podskupinu. Přesnější predikce rizika u pacientů s BE umožní racionálnější nastavení programu jejich sledování, a následně také časnější záchyt progrese do vyššího stupně dysplazie a EAC.

• MeSH
• adenokarcinom in situ MeSH
• Barrettův syndrom patofyziologie   MeSH
• biopsie MeSH
• cytodiagnostika MeSH
• hodnocení rizik MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• mikro RNA analýza   diagnostické užití   MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• nádory jícnu prevence a kontrola   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Annotation I: Validation of different markers for the detection of pancreatic tumours cells in detection of minimal residual disease for pancreatic cancer. Annotation II: Evaluation of the clinical importance of residual disease in pancreatic cancer by comparison of the measurement of minimal residual disease with the progression of disease, over-all and relapse free survival and from response to different treatment regimens.

Anotace I: Validizace zavedených a identifikace nových markerů nádorových buněk vhodných pro detekci minimální reziduální choroby u karcinomu pankreatu. Anotace II: Zhodnocení klinického významu stanovování minimální reziduální choroby u karcinomu pankreatu, zvláště pro diagnostiku, prognózu, zhodnocení účinnosti jednotlivých léčebných režimů a rozpoznání recidivy či progrese.

• MeSH
• analýza přežití MeSH
• lokální recidiva nádoru diagnóza   MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory slinivky břišní diagnóza   MeSH
• progrese nemoci MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• reziduální nádor diagnóza   chirurgie   krev   MeSH
• staging nádorů MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Study of selected predictive factors for adjuvant chemotherapy in patients with operable lung cancer with the aim of suitable patient selection for curative chemotherapeutic intervention. A combination of immunohistochemical and molecular biology markeranalyses on a retrospective sample of patients with evaluated survival after adjuvant chemotherapy in the course of prognostic interpretation. Comparison of results with prospective study. Comparison of detected chemosensitivity by MTT test with pathological markers. Recommendation for additional standardised procedures for evaluating predictive treatment factors before beginning chemotherapy in patients with resected tumours.

Studium vytipovaných prediktivních faktorů adjuvantní chemoterapie u pacientů s operabilním plicním karcinomem s cílem selekce vhodných pacientů ke kurabilnímu chemoterapeutickému zásahu. Kombinace imunohistochemických a molekulárně biologických analýz markerů u retrospektivního souboru pacientů s vyhodnocením přežívání po adjuvantní chemoterapii při interpretaci prognostického významu. Srovnání zjištěné chemorezistence z in vitro kultivovaných nádorových buněk při MTT testu s výsledky detekovaných patologií sledovaných molekulárních markerů. Porovnání výsledků s prospektivní studií. Navržení doporučení pro doplnění standardního postupu o vyšetření prediktivních faktorů před zahájením vlastní terapie po resekci nádoru dle dosažených výsledků.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• biologické markery MeSH
• chemorezistence MeSH
• cytotoxické testy imunologické MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The project is focused on patients with locally advanced rectal cancer and the aim is to identify gene expression profile of these tumors (in vivo). It is clearly demonstrated that biological correlates of gene expression are identifiable, therefore combining microarrays analysis with clinicopathological data, we are able to identify gene expression profiles relating to respond to a given therapy. The ability to provide the individualized therapy is based on existence of strong predictive molecular markes. We expect that by using these profiles to minimalize adverse effects and to achieve the highest quality of live of patients with rectal cancer.

Projekt je zaměřen na pacienty s lokálně pokročilým nádorem konečníku, s cílem stanovit profil genové exprese těchto nádorů pomocí DNA čipů. Biologické koreláty genové exprese jsou identifikovatelné, a proto předpokládáme, že biostatistickými nástroji lze integrovat data z DNA čipových analýz a klinickopatologické parametry nádorů a identifikovat prediktivní profily genové exprese. Navrhovaný projekt a použitá metodika dávají předpoklad k identifikaci molekulárních prediktorů a k jejich budoucímu začlenění do funkční diagnostiky nádorů konečníku. Funkční diagnostika a silné molekulární prediktory jsou předpokladem k individualizaci terapie a k dosažení lepších léčebných výsledků a vyšší kvality života pacientů.

• MeSH
• adjuvantní chemoterapie MeSH
• čipová analýza proteinů MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• exprese genu MeSH
• genetické testování MeSH
• kolorektální nádory terapie   MeSH
• kvalita života MeSH
• nanotechnologie MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• radioterapie MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biochemie
• gastroenterologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• analýza přežití MeSH
• biologická terapie MeSH
• epidemiologické monitorování MeSH
• farmakovigilance MeSH
• lékařská onkologie MeSH
• sběr dat MeSH
• společnosti lékařské ekonomika   MeSH
• zajištění kvality zdravotní péče ekonomika   MeSH
• zdravotní péče - kvalita, dosažitelnost a hodnocení MeSH
• Publikační typ
• zprávy MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• ekonomie, ekonomika, ekonomika zdravotnictví

The project is focused on patients with HER-2 positive breast cancer and the aim is to identify new predictive markers of response to trastuzumab. Our focus is the AKT pathway that plays important role in cancer cells chemoresistance and the value of serum HER-2/neu extracellular domain. The identification of new predictive markers of response to trastuzumab will help to better define the patients who are most likely to benefit from this drug (individualized therapy).

Projekt je zaměřen na pacientky s karcinomem prsu s prokázanou HER-2 pozitivitou, s cílem identifikovat molekulární prediktory chemorezistence a chemosenzitivity na cílenou protinádorovou terapii. Publikované práce i naše předběžné výsledky ukazují, že Akt signální dráha hraje důležitou roli v procesu chemorezistence a sérová hladina HER-2 receptoru koreluje s léčebnou odpovědí u pacientek s karcinomem prsu s prokázanou HER-2 pozitivitou. Navrhovaný projekt a použitá metodika dávají předpoklad k identifikaci hledaných molekulárních prediktorů a k jejich případnému začlenění do funkční diagnostiky nádoru prsu. Získané molekulární prediktory lze v budoucnosti využít k individualizaci terapie, a tak předcházet aplikování neúčinných, vysoce nákladných léčiv.

• MeSH
• alfa receptor estrogenů MeSH
• chemorezistence MeSH
• inhibitory aromatasy MeSH
• monoklonální protilátky imunologie   MeSH
• nádory prsu farmakoterapie   MeSH
• selektivní modulátory estrogenních receptorů MeSH
• senzitivita a specificita MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• gynekologie a porodnictví
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR