Mezi nejnebezpečnější respirační patogeny patří u pacientů s cystickou fibrózou (CF) bakterie z komplexu Burkholderia cepacia (Bcc), které způsobují fatální infekce, současnými antibiotickými přípravky neléčitelné. První nadějné látky s terapeutickým potenciálem proti Bcc byly nedávno objeveny, ale molekulární procesy blíže určující interakci těchto látek s bakteriální buňkou zůstávají neznámé. Předmětem projektu je popsat na úrovni transkriptomu inhibiční efekt nových antimikrobních preparátů (molekuly 11026103 a 10126109 a kombinace laktoferrinu s hypothiokyanátem), nalézt cílovou strukturu pro 11026103 a 10126109, ve vztahu k rozdílům v citlivosti vůči 4 novým látkám charakterizovat změny v genomu vzniklé v průběhu dlouhodobé infekce u kmene Bcc ST32, který je mezi pacienty s CF v ČR nejzastoupenější, a určit případný genotyp rezistentních klonů ST32. Metody celogenomového sekvenování a RNA-Seq budou užity k porovnání genomů cca 50 longitudinálních izolátů CF a k popisu buněčných procesů odehrávajících se v souvislosti s expozicí novým antimikrobním preparátům.; The most problematic respiratory pathogens in patients with cystic fibrosis (CF) are arguably bacteria from Burkholderia cepacia complex (Bcc) as they cause fatal infections, untreatable by current antibiotics. Recently, first promising compounds with a therapeutic potential against Bcc have been discovered, yet underlying molecular processes of their interaction with bacterial cells have not been addressed. The project objectives are to describe inhibitory effect of novel compounds on the transcriptomic level (molecules 11026103 and 10126109 and combination of lactoferrin with hypothiocyanite), to identify targets for 11026103 and 10126109, in relation to variable susceptibility to characterize genome changes introduced over the course of infections with Bcc strain ST32 (dominant among Czech CF patients) and to identify a genotype of resistant ST32 clones. The whole genome sequencing and RNA-seq will be utilized for comparative genomics of ca. 50 longitudinal CF isolates and to describe cellular processes in association with exposure to novel antimicrobial compounds, respectively.

• MeSH
• antibakteriální látky terapeutické užití   MeSH
• Burkholderia cenocepacia MeSH
• cystická fibróza MeSH
• genom MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia terapie   MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• transkriptom MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• bakteriologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Akutní vaskulární rejekce (AVR) je závažný typ rejekce s negativním dopadem na přežití štěpu. Doposud byla pokládána za podtyp T-buňkami zprostředkované rejekce, nicméně nedávné poznatky prokázaly možnou souvislost s přítomností dárcovsky specifických protilátek a vysokou rezistencí ke standardní léčbě zaměřené na T buněčnou odpověď. Stanovení fenotypu AVR je nezbytné k správně cílené léčbě a zlepšení prognózy transplantované ledviny. Jako vhodný diagnostický nástroj k odhalení protilátkami zprostředkované rejekce se jeví hodnocení exprese genů endoteliálního poškození (ENDATs – endothelial activation and injury transcripts). K určení fenotypu rejekce bude u nálezu AVR provedeno histologické hodnocení vzorku, vyšetření přítomnosti dárcovsky specifických protilátek a stanovení míry exprese genů endoteliálního poškození pomocí techniky RT-PCR TLDA a to v indikačních biopsiích v prvních 3 měsících po transplantaci ledviny jako i v následných kontrolních biopsiích. Dále bude hodnocena funkce a přežití štěpů v jednotlivých fenotypech AVR a posouzena účinnost imunosupresivní terapie.; Acute vascular rejection (AVR) is a severe clinical condition with detrimental impact on kidney allograft survival. Although it has been thought to be T-cell mediated process, recent clinical findings showed its association with donor specific alloantibodies and resistance to usual, against T-cells directed treatment. Therefore, correct assessment of AVR phenotype (T-cell mediated vs. antibody mediated) would be beneficial for adaptation of treatment strategy and improving long-term prognoses of kidney allografts. Evaluation of endothelial activation and injury transcripts (ENDATs) appears to be sensitive indicator of antibody-mediated rejection. To investigate distinct vascular rejection phenotypes, graft histology, evaluation of donor-specific anti-HLA antibodies and ENDATs using RT-PCR TLDA technique will be performed from indication biopsies during first 3 months after kidney transplantation and consequent surveillance biopsies. Furthermore, impact of the AVR phenotypes on graft function and graft survival, response to immunosuppressive therapy will be assessed.

• MeSH
• akutní nemoc terapie   MeSH
• fenotyp MeSH
• léková rezistence genetika   MeSH
• nemoci cév terapie   MeSH
• rejekce štěpu terapie   MeSH
• transkriptom genetika   MeSH
• transplantace ledvin MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• transplantologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• nádory * diagnóza   genetika   MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• onkologie
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie

Primární sklerózující cholangitida (PSC) je často asociována s idiopatickými střevními záněty (IBD) a to zejména ulcerózní kolitidou (UC) a kolorektálním karcinomem. Odlišný klinický průběh a další charakteristiky, jako zvýšený karcinogenní potenciál, naznačují, že PSC-UC představuje specifický podtyp IBD, který se liší od IBD bez hepatobiliární komponenty. Molekulární mechanismy vedoucí k tomuto rozdílnému klinickému obrazu nejsou v současnosti známy. V tomto projektu se v prospektivní studii zaměříme na zjištění změn v transkriptomu bioptických vzorků tlustého střeva, odebraných pacientům s PSC bez UC, UC bez PSC a PSC-UC a kontrolního souboru. Pomocí celogenomové analýzy transkriptomu určíme unikátní expresní signatury, které budou dále potvrzeny na rozšířených kohortách pacientů. Souběžně budeme charakterizovat dostupné myší modely PSC s ohledem na změny střevní sliznice a geny identifikované v transkriptomové analýze. Pochopení mechanismu patogeneze PSC-UC je významné pro definování nových cílů v diagnostice, prevenci a léčbě tohoto závažného onemocnění.; Primary sclerosing cholangitis (PSC) frequently associates with inflammatory bowel diseases (IBD), in particular ulcerative colitis (UC) and colorectal cancer. Although different clinical course and features (higher carcinogenic potential) suggest that IBD in PSC represents disease entity distinct to IBD without hepatobiliary component underlying molecular mechanisms remain unknown. In this project we will analyze transcriptome of colon biopsy samples collected in a prospective study of patients diagnosed with PSC without UC, UC without PSC, PSC with concurrent UC, and control group. Using whole-genome transcriptome profiling, we will identify expression signatures of the different diagnoses and corroborate these further in expanded patient cohorts. In parallel we will characterize available experimental PSC mouse models with respect to alterations in colonic tissues and genes identified in the transcriptome analysis. Understanding the mechanism involved in pathogenesis of UC in PSC will help to define new targets for disease screening and strategies for its prevention and treatme...

• MeSH
• biologické markery MeSH
• idiopatické střevní záněty genetika   MeSH
• lidé MeSH
• modely nemocí na zvířatech MeSH
• myši MeSH
• prognóza MeSH
• sklerozující cholangitida genetika   komplikace   MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• myši MeSH
• zvířata MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Komplexní patologické změny při chronické bakteriální infekci spolu s antibiotickou terapií představují stres, který selektuje adaptovanou bakteriální populaci na účinek antibiotik. Staphylococcus aureus je modelovým příkladem mimořádně úspěšného patogena, jehož neobvyklými strategiemi tolerance a alternativní rezistence k antibiotikům (perzistence, mutace cílového místa pro antibiotika a hypermutabilita) při chronické infekci se bude navrhovaný projekt prioritně zabývat. V rámci projektu bude pomocí fenotypových, genotypových a transkriptomických metod analyzován soubor vybraných časných a pozdních izolátů S. aureus od kohorty pacientů s cystickou fibrózou a porovnán s kontrolními kmeny z akutní infekce novorozenců a referenčními stafylokokových kmenů (n=100). Průkaz molekulárních mechanismů adaptací povede k lepšímu pochopení tohoto fenoménu a může vést k optimalizaci léčby konkrétních pacientů Pražského centra pro cystickou fibrózu.; Complex structural changes in the affected tissues develop during the course of chronic bacterial infection and along with antibiotic therapy act as strong stressors exerting a severe selective pressure and resulting in adapted bacterial population tolerant to antibiotics. Staphylococcus aureus is an extraordinarily successful opportunistic pathogen whose survival adaptation strategies like tolerance and alternative resistance to antibiotics (persistence, target site mutation, hypermutability) will be the main object of the Project. Therefore, a collection of early and subsequent late S. aureus isolates cultured from respiratory samples of chronically infected cystic fibrosis patients cohort will be analyzed using phenotypic, genotypic and transcriptomic methods and compared with the controls - S. aureus strains from newborn acute infections, and control reference strains (n=100). Determination of these molecular adaptation mechanisms may lead to improve understanding of the phenomena and optimization of antibiotic therapy for individual patients of Prague Cystic Fibrosis Centre.

• MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• bakteriologické techniky metody   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• fenotyp MeSH
• genotyp MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• perzistentní infekce mikrobiologie   MeSH
• stafylokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus aureus izolace a purifikace   MeSH
• tolerance léku MeSH
• transkriptom MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• farmacie a farmakologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Projekt je zaměřen na analýzu transkriptomu Burkholderia cenocepacia, který mikroorganismus produkuje specificky v terminální fázi infekce pacientů s cystickou fibrózou. K napodobení situace in vivo budou klinické izoláty dvou epidemických kmenů B. cenocepacia inkubovány v mediu obsahujícím buď sputum, nebo sérum/plnou krev, které jsou odebrané ve fázi stabilní infekce a při cepacia syndromu. Změny v genové expresi budou hodnoceny pomocí DNA čipů na základě zpracování alespoň 6 biologických replikátů pro každou podmínku. Míra exprese kandidátních genů (cca 6-8), resp. jejich specifická exprese při cepacia syndromu bude určena RT-PCR analýzou z dalších sput, které reprezentují rozdílné fáze infekce (200 až 300 sput). Kompletní informace o roli vybraných genů v patogenezi infekce bude získána díky testování mutovaných bakterií in vivo (není přímou součástí grantu; bude odesláno k řešení do zahraniční laboratoře).; The project will analyze Burkholderia cenocepacia transcriptome which is produced specifically at the final stage of the infection in patients with cystic fibrosis. To mimic conditions in vivo, clinical isolates of two epidemic B. cenocepacia strains will be incubated in medium containing either sputum or serum/whole blood that are collected at the stage of clinically stable infection or cepacia syndrome. Changes in gene expression will be analyzed using DNA arrays; at least 6 biological replicates for each condition studied will be processed. An expression level of candidate genes (ca. 6-8) and their specific expression at cepacia syndrome will be determined by RT-PCR from other sputa representing different stages of infection (200-300 sputa). A role of selected genes in pathogenesis of the infection will be further studied on bacterial mutants (this is not an inherent part of the project; will be investigated in laboratories abroad).

• MeSH
• Burkholderia cenocepacia patogenita   MeSH
• cystická fibróza komplikace   MeSH
• faktory virulence MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• genetické techniky MeSH
• molekulární biologie MeSH

Mitochondriální onemocnění (MO), jejichž odhadovaná incidence je 1:4000, jsou způsobena poruchou jednoho či více komplexů oxidativní fosforylace (OXPHOS) a tvoří klinicky heterogenní skupinu závažných chorob s významným vlivem na morbiditu a mortalitu. OXPHOS je pod kontrolou jak jaderného genomu, tak i mitochondriální DNA (mtDNA). Podskupina MO je typická výskytem instability mtDNA. Delece v mtDNA mohou být způsobeny jak mutacemi v jaderných genech nezbytných pro stabilitu mtDNA nebo mohou vznikat sekundárně z důvodu jiného onemocnění v postižené tkáni. V projektu se zaměříme na objasnění příčin instability mtDNA u skupiny pacientů, budeme hledat nové faktory zodpovědné za vznik četných delecí v mtDNA v tkáních pacientů a budeme charakterizovat patogenní mechanismy. Výsledky projektu výrazně přispějí ke zlepšení péče o pacienty a kvalitnímu genetickému poradenství v postižených rodinách. Projekt dále přispěje k lepšímu pochopení mitochondriální biologie a nové poznatky mohou být využity k rozvoji účinné terapie pro tato závažná mitochondriální onemocnění.; Mitochondrial disorders (MD) with estimated incidence 1:4000 are caused by disturbances of oxidative phosphorylation system (OXPHOS) and represent genetically and clinically heterogeneous group of diseases with significant impact on morbidity and mortality. OXPHOS biogenesis is under dual genetic control, mitochondrial DNA (mtDNA) and nuclear genome. Subgroup of MD is characterized by mtDNA instability. MtDNA deletions may be caused by mutations in nuclear genes essential for mtDNA stability or may arise secondary to other primary disease in affected tissues. In the project we will elucidate genetic bases of mitochondrial DNA instability in 55 patients, to identify novel factors responsible for presence of deleted mtDNA molecules found in patient tissues and characterize their pathogenic mechanism. The results will significantly contribute to quality of clinical management and genetic counseling in patients. Obtained results improve understanding of mitochondrial biology and may be further utilized for development of effective therapy for these severe disorders.

• MeSH
• delece genu MeSH
• mitochondriální DNA genetika   MeSH
• mitochondriální nemoci genetika   MeSH
• oxidativní fosforylace MeSH
• sekvenování exomu MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Triple negativní karcinom prsu (TNBC) je pozoruhodně heterogenní subtyp karcinomu prsu charakteristický relativně špatnou prognózou, zejména díky agresivnímu klinickému projevu a nedostatku vhodných molekulárních cílů pro účinnou terapii. V předkládanm projektu bude vyvinuta technologická platforma pro komplexní vyšetření heterogenity TNBC. Bude použit přístup zahrnující víceparametrové analýzy jednotlivých buněk - inovativní metodu hmotnostní cytometrie a konvenční průtokovou cytometrii a separaci. Průtoková cytometrie umožní určit buněčné složení nádoru a heterogenitu nádorové i stromální složky tkáně. Kombinace této nativní analýzy s buněčnou separací umožní izolovat definované buněčné populace a provést analýzu jejich transkriptomu. Dále bude pomocí hmotnostní cytometrie komplexně popsáno mikroprostředí nádoru a analyzovány unikátní fenotypy společně s analýzou jejich signálních drah. Tento přístup umožní identifikovat nové buněčné fenotypy/biomarkery zodpovědné za rozvoj onemocnění a rezistenci vůči terapii, což je základním předpokladem k dosažení lepších léčebných výsledků.; Triple-negative breast cancer (TNBC) is remarkably heterogeneous subtype of breast cancer, with relatively poor outcome due to aggressive clinical behavior and lack of characterized molecular targets for therapy. We will develop a technological platform for complex investigation of the heterogeneity of TNBC. The approach will incorporate multiparametric single cell analysis-innovative single cell mass cytometry and conventional flow cytometry combined with cell sorting. Combination of such analysis with cell sorting will enable to isolate defined subpopulations of cancer cells and analyze their transcriptome. Multiparametric flow cytometry will allow us to determine cellular composition of tumor and heterogeneity of both cancer and stromal compartment. Single cell mass cytometry will be used to determine complexity of tumor microenvironment and to analyze complex signaling pathways in cancer cells. This will allow us to identify phenotypes of the cells responsible for disease progression and therapy resistance, which is an essential condition to achieve better treatment outcomes.

• MeSH
• fenotyp MeSH
• genetická heterogenita MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádorové mikroprostředí MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• triple-negativní karcinom prsu diagnóza   MeSH
• Check Tag
• ženské pohlaví MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• genetické techniky MeSH
• molekulární biologie MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie