• MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• nádory * diagnóza   genetika   MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• onkologie
• NLK Publikační typ
• kolektivní monografie

Triple negativní karcinom prsu (TNBC) je pozoruhodně heterogenní subtyp karcinomu prsu charakteristický relativně špatnou prognózou, zejména díky agresivnímu klinickému projevu a nedostatku vhodných molekulárních cílů pro účinnou terapii. V předkládanm projektu bude vyvinuta technologická platforma pro komplexní vyšetření heterogenity TNBC. Bude použit přístup zahrnující víceparametrové analýzy jednotlivých buněk - inovativní metodu hmotnostní cytometrie a konvenční průtokovou cytometrii a separaci. Průtoková cytometrie umožní určit buněčné složení nádoru a heterogenitu nádorové i stromální složky tkáně. Kombinace této nativní analýzy s buněčnou separací umožní izolovat definované buněčné populace a provést analýzu jejich transkriptomu. Dále bude pomocí hmotnostní cytometrie komplexně popsáno mikroprostředí nádoru a analyzovány unikátní fenotypy společně s analýzou jejich signálních drah. Tento přístup umožní identifikovat nové buněčné fenotypy/biomarkery zodpovědné za rozvoj onemocnění a rezistenci vůči terapii, což je základním předpokladem k dosažení lepších léčebných výsledků.; Triple-negative breast cancer (TNBC) is remarkably heterogeneous subtype of breast cancer, with relatively poor outcome due to aggressive clinical behavior and lack of characterized molecular targets for therapy. We will develop a technological platform for complex investigation of the heterogeneity of TNBC. The approach will incorporate multiparametric single cell analysis-innovative single cell mass cytometry and conventional flow cytometry combined with cell sorting. Combination of such analysis with cell sorting will enable to isolate defined subpopulations of cancer cells and analyze their transcriptome. Multiparametric flow cytometry will allow us to determine cellular composition of tumor and heterogeneity of both cancer and stromal compartment. Single cell mass cytometry will be used to determine complexity of tumor microenvironment and to analyze complex signaling pathways in cancer cells. This will allow us to identify phenotypes of the cells responsible for disease progression and therapy resistance, which is an essential condition to achieve better treatment outcomes.

• MeSH
• fenotyp MeSH
• genetická heterogenita MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádorové mikroprostředí MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• triple-negativní karcinom prsu diagnóza   MeSH
• Check Tag
• ženské pohlaví MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Mezi nejnebezpečnější respirační patogeny patří u pacientů s cystickou fibrózou (CF) bakterie z komplexu Burkholderia cepacia (Bcc), které způsobují fatální infekce, současnými antibiotickými přípravky neléčitelné. První nadějné látky s terapeutickým potenciálem proti Bcc byly nedávno objeveny, ale molekulární procesy blíže určující interakci těchto látek s bakteriální buňkou zůstávají neznámé. Předmětem projektu je popsat na úrovni transkriptomu inhibiční efekt nových antimikrobních preparátů (molekuly 11026103 a 10126109 a kombinace laktoferrinu s hypothiokyanátem), nalézt cílovou strukturu pro 11026103 a 10126109, ve vztahu k rozdílům v citlivosti vůči 4 novým látkám charakterizovat změny v genomu vzniklé v průběhu dlouhodobé infekce u kmene Bcc ST32, který je mezi pacienty s CF v ČR nejzastoupenější, a určit případný genotyp rezistentních klonů ST32. Metody celogenomového sekvenování a RNA-Seq budou užity k porovnání genomů cca 50 longitudinálních izolátů CF a k popisu buněčných procesů odehrávajících se v souvislosti s expozicí novým antimikrobním preparátům.; The most problematic respiratory pathogens in patients with cystic fibrosis (CF) are arguably bacteria from Burkholderia cepacia complex (Bcc) as they cause fatal infections, untreatable by current antibiotics. Recently, first promising compounds with a therapeutic potential against Bcc have been discovered, yet underlying molecular processes of their interaction with bacterial cells have not been addressed. The project objectives are to describe inhibitory effect of novel compounds on the transcriptomic level (molecules 11026103 and 10126109 and combination of lactoferrin with hypothiocyanite), to identify targets for 11026103 and 10126109, in relation to variable susceptibility to characterize genome changes introduced over the course of infections with Bcc strain ST32 (dominant among Czech CF patients) and to identify a genotype of resistant ST32 clones. The whole genome sequencing and RNA-seq will be utilized for comparative genomics of ca. 50 longitudinal CF isolates and to describe cellular processes in association with exposure to novel antimicrobial compounds, respectively.

• MeSH
• antibakteriální látky terapeutické užití   MeSH
• Burkholderia cenocepacia MeSH
• cystická fibróza MeSH
• genom MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia terapie   MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• transkriptom MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• bakteriologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Projekt je zaměřen na analýzu transkriptomu Burkholderia cenocepacia, který mikroorganismus produkuje specificky v terminální fázi infekce pacientů s cystickou fibrózou. K napodobení situace in vivo budou klinické izoláty dvou epidemických kmenů B. cenocepacia inkubovány v mediu obsahujícím buď sputum, nebo sérum/plnou krev, které jsou odebrané ve fázi stabilní infekce a při cepacia syndromu. Změny v genové expresi budou hodnoceny pomocí DNA čipů na základě zpracování alespoň 6 biologických replikátů pro každou podmínku. Míra exprese kandidátních genů (cca 6-8), resp. jejich specifická exprese při cepacia syndromu bude určena RT-PCR analýzou z dalších sput, které reprezentují rozdílné fáze infekce (200 až 300 sput). Kompletní informace o roli vybraných genů v patogenezi infekce bude získána díky testování mutovaných bakterií in vivo (není přímou součástí grantu; bude odesláno k řešení do zahraniční laboratoře).; The project will analyze Burkholderia cenocepacia transcriptome which is produced specifically at the final stage of the infection in patients with cystic fibrosis. To mimic conditions in vivo, clinical isolates of two epidemic B. cenocepacia strains will be incubated in medium containing either sputum or serum/whole blood that are collected at the stage of clinically stable infection or cepacia syndrome. Changes in gene expression will be analyzed using DNA arrays; at least 6 biological replicates for each condition studied will be processed. An expression level of candidate genes (ca. 6-8) and their specific expression at cepacia syndrome will be determined by RT-PCR from other sputa representing different stages of infection (200-300 sputa). A role of selected genes in pathogenesis of the infection will be further studied on bacterial mutants (this is not an inherent part of the project; will be investigated in laboratories abroad).

• MeSH
• Burkholderia cenocepacia patogenita   MeSH
• cystická fibróza komplikace   MeSH
• faktory virulence MeSH
• infekce bakteriemi rodu Burkholderia MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Přestože v posledních dekádách došlo k významnému zlepšení léčebných výsledků v dětské onkologii, i nadále trvá poptávka po nových lécích a postupech, které by umožnily vyléčit pacienty, u kterých se to dnes nedaří, a zároveň by snížily rizika akutních i pozdních následků terapie. Výzkum nových léčebných postupů v onkologii je dnes motivován především snahou o vývoj a registraci nových léků pro frekventní onemocnění dospělého věku. Mechanismus jejich působení, je však u většiny tzv. cílených léků relevantní i pro nádory u dětí. Nezbytnou podmínkou pro efektivní terapii je především porozumění biologii nádoru a jeho adekvátní molekulárně biologická analýza. Cílem tohoto projektu je jednak ověřit vhodnost využití sekvenování nové generace a expresního profilování jako diagnostického základu pro tvorbu individualizovaných léčebných plánů pro děti s vysoce rizikovými solidními nádory a současně ověřit, zda tento přístup umožní identifikovat specifické biologické a klinické vzorce chování a klinického průběhu napříč různými histologiemi.; Despite improvements in the treatment of pediatric malignancies during the last decades there remains an unmet need for new drugs for children with cancer to cure those who presently die from their disease and to reduce the sequelae in survivors. However, drug development in children is still centered on the adult indication although most of targeted oncology drugs might have a Mechanism of Action applicable to a childhood malignancy. The necessary starting point for the new therapeutic strategies is a detailed molecular characterization of the tumor. The project will be exploring the clinical applicability and feasibility of gene expression and mutational data to drive proposal of biologically based rational targeted therapies on a cohort of pediatric patients with high-risk tumors. Genomic and transcriptomic data will be assessed by multidisciplinary tumor board and personalized treatment will be proposed whenever possible. The primary objective is to evaluate the feasibility of a process using genome-wide expression and mutational data to design innovative personalized therapi...

• MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• dítě MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádory diagnóza   terapie   MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Primární sklerózující cholangitida (PSC) je často asociována s idiopatickými střevními záněty (IBD) a to zejména ulcerózní kolitidou (UC) a kolorektálním karcinomem. Odlišný klinický průběh a další charakteristiky, jako zvýšený karcinogenní potenciál, naznačují, že PSC-UC představuje specifický podtyp IBD, který se liší od IBD bez hepatobiliární komponenty. Molekulární mechanismy vedoucí k tomuto rozdílnému klinickému obrazu nejsou v současnosti známy. V tomto projektu se v prospektivní studii zaměříme na zjištění změn v transkriptomu bioptických vzorků tlustého střeva, odebraných pacientům s PSC bez UC, UC bez PSC a PSC-UC a kontrolního souboru. Pomocí celogenomové analýzy transkriptomu určíme unikátní expresní signatury, které budou dále potvrzeny na rozšířených kohortách pacientů. Souběžně budeme charakterizovat dostupné myší modely PSC s ohledem na změny střevní sliznice a geny identifikované v transkriptomové analýze. Pochopení mechanismu patogeneze PSC-UC je významné pro definování nových cílů v diagnostice, prevenci a léčbě tohoto závažného onemocnění.; Primary sclerosing cholangitis (PSC) frequently associates with inflammatory bowel diseases (IBD), in particular ulcerative colitis (UC) and colorectal cancer. Although different clinical course and features (higher carcinogenic potential) suggest that IBD in PSC represents disease entity distinct to IBD without hepatobiliary component underlying molecular mechanisms remain unknown. In this project we will analyze transcriptome of colon biopsy samples collected in a prospective study of patients diagnosed with PSC without UC, UC without PSC, PSC with concurrent UC, and control group. Using whole-genome transcriptome profiling, we will identify expression signatures of the different diagnoses and corroborate these further in expanded patient cohorts. In parallel we will characterize available experimental PSC mouse models with respect to alterations in colonic tissues and genes identified in the transcriptome analysis. Understanding the mechanism involved in pathogenesis of UC in PSC will help to define new targets for disease screening and strategies for its prevention and treatme...

• MeSH
• biologické markery MeSH
• idiopatické střevní záněty genetika   MeSH
• lidé MeSH
• modely nemocí na zvířatech MeSH
• myši MeSH
• prognóza MeSH
• sklerozující cholangitida genetika   komplikace   MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• myši MeSH
• zvířata MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Akutní lymfoblastická leukémie (ALL) je nejčastějším maligním onemocněním u dětí. Prognóza těchto pacientů se neustále zlepšuje i díky přesnější diagnostice a sledování minimální reziduální nemoci (MRN) pomocí průtokové cytometrie. V předkládaném projektu vyvineme automatické nástroje na analýzu velkého počtu multidimenzionálních cytometrických dat, které umožní kategorizaci leukémií dle jejich imunofenotypu s ohledem na přežití a další klinické charakteristiky pacientů. Popis vývoje imunofenotypu leukémií v průběhu léčby umožní optimalizaci detekce MRN. Imunofenotyp leukémií dále zkombinujeme s celogenomovými daty, abychom stanovili relevanci genetických aberací a jejich vliv na fenotyp. Tato integrální analýza povede ke zlepšení diagnostiky specifických maligních onemocnění, predikce prognózy dětských pacientů s ALL i k racionalizaci nákladů zahrnutých metod.; Acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most frequent cancer in children. Its improving outcome depends on accurate diagnosis and minimal residual disease (MRD) monitoring as done by flow cytometry. In proposed project we will develop automatic tools usable in clinical setting to analyse large numbers of multidimensional flow cytometry datasets. This will allow for clinical relevant categorisation of leukemias based on their immunophenotypes (LAIPs) with respect to outcome and other clinical features. Likewise better description of LAIPs dynamics and changes under treatment will allow for optimisation of MRD detection. Moreover, we will use whole genome data to associate genetic traits to immunophenotypes. Such integrative analysis will provide insights into relevance of genetic aberrations and their propagation into phenotype. Thus ultimately the combined analysis will lead to improvement of diagnostic of specific cancer subtypes and to better prediction of treatment outcome as well as rationalisation of costs of involved methods.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie MeSH
• fenomika MeSH
• genomika MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• reziduální nádor MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• sekvenování transkriptomu MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Reakce štěpu proti hostiteli (GvHD) je závažnou komplikací po alogenní transplantaci krvetvorných buněk. V současné klinické praxi je GvHD diagnostikována pouze na základě klinického obrazu, resp. histologického a biochemického vyšetření, v mnoha případech až v době, kdy je GvHD v pokročilém stádiu a její zvládnutí je komplikované či nemožné. Cílem tohoto projektu je charakterizovat změny genomu a proteomu související s GvHD pomocí nejnovějších genomických (cDNA čipy) a proteomických (hmotnostní spektrometrie, proteinové čipy) technik. Tyto poznatky by měly umožnit navržení nových diagnostických, prognostických a léčebných postupů.; Graft-versus-host disease (GvHD) contributes significantly to morbidity and mortality after allogeneic hematopoetic stem cell transplantation. Diagnosis is currently based on clinical features and tissue biopsies. GvHD is generally diagnosed at advancedstages and management of GvHD is then labour-intensive or impossible. Aim of this project is to characterize the genome and proteome alterations linked with GvHD using current diagnostic, prognostic and treatment procedures.

• MeSH
• chromatografie kapalinová MeSH
• homologní transplantace MeSH
• nemoc štěpu proti hostiteli MeSH
• proteom analýza   MeSH
• proteomika MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Dědičné neuropatie, včetně nejčastější formy Charcot-Marie-Tooth (CMT), jsou skupinou onemocnění, pro které je charakteristické distální postižení končetin - svalová slabost a deformity nohou i rukou, svalové atrofie. V naší laboratoři je díky dlouholeté diagnostice této skupiny chorob pro celou ČR shromážděn velký soubor pacientů. Máme vybráno několik velkých rodin (minimálně 4), u kterých příčina onemocnění doposud není známa, a to i po provedení vyšetření nejčastějších genových poruch spojených s CMT, genového mapovaní na SNP čipech, nejnovější metody masivně paralelního sekvenování vyšetřením panelů všech genů, které jsou v současnosti spojovány s CMT a celoexomového sekvenování. Cílem projektu je provedení dalších moderních analýz v těchto rodinách, a tím objasnění příčiny dědičné neuropatie. Využijeme zcela nové možnosti a metody a to celogenomové sekvenování a transkriptomové sekvenování. V první fázi se zaměříme na objasnění příčiny u čtyř velkých rodin, ve druhé fázi budou do projektu zahrnuty i další rodiny (celkem až 10 rodin).; Hereditary neuropathies (IPN) are a group of inherited peripheral neuropathies, which are characterized by distal muscle weakness, foot deformities and muscle atrophy. We have gathered a few families in whom the cause of the disease remained unknown – even after using a variety of methods like linkage analysis, targeted massively parallel sequencing of a gene panel and whole exome sequencing (WES). The aim of the project is to implement advanced analyses, clarify the causes of CMT disease in this group of patients with previously unexplained cause of hereditary neuropathy. We will use new possibilities and methods such as whole genome sequencing and RNA sequencing. Firstly, we will focus on four larger families, with clinically well documented inherited peripheral neuropathy and multiple affected members. Secondly, other families will also be included in the project (up to ten families).

• MeSH
• hereditární motorické a senzitivní neuropatie diagnóza   genetika   MeSH
• lidé MeSH
• sekvenční analýza RNA metody   MeSH
• sekvenování celého genomu metody   MeSH
• sekvenování transkriptomu MeSH
• vzácné nemoci diagnóza   genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• neurologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Zubní kaz je chronické multifaktoriální onemocnění, které postihuje značnou část světové populace. Jeho etiologie je komplexní a zahrnuje interakci mikrobiálních, genetických, biochemických, sociálních a behaviorálních faktorů. Projekt je koncipován jako kombinace prospektivního sledování vybrané kohorty a průřezových studií [dětí s kazem vs. zdravých kontrol nebo dětí s kazem raného dětství (ECC)] a in vitro studií, které se budou zabývat (i) in vitro kultivací kariogenních bakteriálních kmenů za přítomnosti substrátů s různým kariogenním potenciálem, (ii) analýzou jejich transkriptomu/metabolomu, (iii) multivariační analýzou klinických, biochemických, mikrobiálních, genetických faktorů a vlivů zevního prostředí a (iv) edukací matek dětí – behaviorální intervencí. Začlenění získaných poznatků do praxe by mohlo přispět k redukci nákladů na zdravotní péči související s léčbou kazu. Zhodnocení individuálního rizika rozvoje kazu by umožnilo přechod k “personalizované medicíně“ (zejména v rámci diagnostiky a prevence onemocnění).; Dental caries, a chronic multifactorial disease, is a major oral health problem worldwide. Its etiology involves a complex interplay of microbial, genetic, biochemical, social, physical environmental, and health-influencing behavioral factors. The project is designed as a combination of prospective monitoring of selected cohort and a cross-sectional studies [children with caries vs. healthy controls or children with early childhood caries (ECC)], and in vitro studies addressing (i) in vitro cultivation of cariogenic bacterial strains in the presence of substrates with various cariogenic potential, (ii) their transriptome/metabolome analysis, (iii) multivariate analyses of clinical, biochemical, microbial, genetic and environmental factors, and (iv) education of mothers and children–behavioral intervention. Implementation of obtained knowledge might reduce costs on health care in connection with caries. The assessment of the individual risk could rationalize health care in terms of "personalized medicine" (particularly the disease diagnosis and prevention).

• MeSH
• bakteriologické techniky MeSH
• biomedicínské technologie metody   MeSH
• dítě MeSH
• kariogenní látky škodlivé účinky   MeSH
• kohortové studie MeSH
• kultivační techniky metody   MeSH
• lidé MeSH
• metabolom MeSH
• metabolomika metody   MeSH
• průřezové studie MeSH
• stanovení celkové genové exprese metody   MeSH
• zdravotní výchova zubní metody   MeSH
• zubní kaz diagnóza   etiologie   prevence a kontrola   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH

• Konspekt
• Stomatologie
• NLK Obory
• zubní lékařství
• biomedicínské inženýrství
• preventivní medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR